BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-079L07
Chromosome1 (Build37)
Map Location 181,722,730 - 181,908,015
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAhctf1, LOC100040914, LOC100042190, Cdc42bpa
Upstream geneKif26b, Smyd3, LOC666354, LOC433941, Tfb2m, LOC100040874, 9630058J23Rik, Sccpdh, Gm1305
Downstream geneCabc1, Psen2, EG277333, Itpkb, 6330403A02Rik, Gm821, Parp1, Lin9, Mixl1, LOC666431, Acbd3, H3f3a, BC031781, Lefty2, Pycr2, Lefty1, Tmem63a
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-079L07.bB6Ng01-079L07.g
ACCDH895039DH895040
length1,1901,133
definitionDH895039|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-079L07, 5' end.DH895040|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-079L07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(181,722,730 - 181,723,927)(181,906,875 - 181,908,015)
sequence
gaattcaattcctacactccacataaaggtgtatactggagagtgtcaag
atggctcacttgataagacacctgccactgactaatgacctgaatccaat
tcctgggacccacatgatacaaggagagaaccacctcctccaagttgtcc
tctgaccctcaaatgtacaccatgacatacatgtcctcttatacacatgt
atacatgcacacaaaatctaagattttaaaataaagacaagatgaagaga
accgaatccacaaagatgttccctgacctctctacacatgtacccaacat
catcttcagacctccacggcaccaggtatatgcaggaaaaactcagacat
ggaaactagacttctaccatttctttcttttcatttttcttgagaaagag
tcttattaagcagagctggggctgatgagatggctcagcggttaagagca
caagcggctcttccagaggtcctgagttcaactcccagcaaccacatggt
ggctcacaaccacctatagggcgatatgatgccctcttcaggcaagcagg
atgtatatgcaacagagcactcatacattaaagtttaaaaaaatttttgc
taaaagtaaaaaattaaataaaaaagaaaagaaagtaggcagagctgtgg
cctggagcgttacagatccatccacgttcccctgagctcacaatcctgct
gcttcaatcacccacatcctacatctttcaaggtctgctttagtatatca
acacaccaataaaataaaataaaataaaataaaataaaataaaataaaat
gacttagccaagaggactaggatgcctaggtacacataattaaaaaaaaa
aattctatatgaaacaattggccacttaaacatcaacccagatctcttga
gttaaagccagcacagtctacagagcaagttccaggacagctggggccac
acagagaaacattatctgaaaagccaaaagtcctattacacacaacactg
aaatgctcaatttttgtttcccagtaacaaacagatgaattacctgatgc
tcaacttcattctgactgcagacaagtcatccaaacacaggttcaataag
aggatctgtcacatcagtcaccacagcggtcacgctaaaagccacggaga
cttgggagttaaagcctggtactcgcactgctccttcatg
gaattcccaaagctatcagccaggcaaagaaccctaaccttgacccaacc
tctatgaccccaagaaaaggcccttctcttggtcctgacaatccagaaga
aacacgaccctcagaagtcgtctggggggctcctgaaggcagcccaaagc
ctccaggctcgcctgcctctctcctgagacctatggcatgtttctggcct
gcaataaagaccagagcaaaagtaggtgagtcctggagggtctgagcacc
tggcaatgattaagattccatgtgtctgagtgaatacacacacgccattc
aggctaaaatgtttgcaagtacctctgcagagacaactgaatgaagacaa
agcccgaagcaaagcagaggaggaggaccagtgtgagccatgcccagact
ccactccctaacttacctgctagccctaagaactctcgagaacaaaaccc
tgggcagtgcacgcttctttttaaaggggctatgagggggctggagcagt
tccattacagcacccacctctgtaactctagttccagaggatccaacacc
ctcttctagcctccacagaaaattcacatggcgcacataaatgcaggcag
aacaaccatatgtgtaaaattaaatagggggaaagatgggagagagtacc
tggcaactagaatactcaggaaaatgacttctgagtaaggggaggaactc
acggcaggaactcaaggcaggatccacttgcttttctatacaacccagga
ccacctgcctaggggtggagccactcacagtgcagcaggccttcccacag
ccatcattaatcaagaaataactcacagacctgcctacaggcaaatctga
tggaagtatttcccctcctcctagatgactctaactgtatccaatccccc
cccatctctctctctctctctcacacacacacacacacatatacaccttt
attaaatttactttaaacagacctcctaaacacaccatctagttatcact
aacaactgatatgctgaatttgtgctgcagatatggacatgatcctagtg
tgactcacattaaaatagtatgtcatacccaagggtccacactgctgcca
cgaagcactttgcaatattaagtgttataagca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_181722730_181723927
seq2: B6Ng01-079L07.b_49_1238

seq1  GAATTCAATTCCTACACTCCACATAAAGGTGTATACTGGAGAGTGTCAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATTCCTACACTCCACATAAAGGTGTATACTGGAGAGTGTCAAG  50

seq1  ATGGCTCACTTGATAAGACACCTGCCACTGACTAATGACCTGAATCCAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCTCACTTGATAAGACACCTGCCACTGACTAATGACCTGAATCCAAT  100

seq1  TCCTGGGACCCACATGATACAAGGAGAGAACCACCTCCTCCAAGTTGTCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGGACCCACATGATACAAGGAGAGAACCACCTCCTCCAAGTTGTCC  150

seq1  TCTGACCCTCAAATGTACACCATGACATACATGTCCTCTTATACACATGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGACCCTCAAATGTACACCATGACATACATGTCCTCTTATACACATGT  200

seq1  ATACATGCACACAAAATCTAAGATTTTAAAATAAAGACAAGATGAAGAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATGCACACAAAATCTAAGATTTTAAAATAAAGACAAGATGAAGAGA  250

seq1  ACCGAATCCACAAAGATGTTCCCTGACCTCTCTACACATGTACCCAACAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCGAATCCACAAAGATGTTCCCTGACCTCTCTACACATGTACCCAACAT  300

seq1  CATCTTCAGACCTCCACGGCACCAGGTATATGCAGGAAAAACTCAGACAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTTCAGACCTCCACGGCACCAGGTATATGCAGGAAAAACTCAGACAT  350

seq1  GGAAACTAGACTTCTACCATTTCTTTCTTTTCATTTTTCTTGAGAAAGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAACTAGACTTCTACCATTTCTTTCTTTTCATTTTTCTTGAGAAAGAG  400

seq1  TCTTATTAAGCAGAGCTGGGGCTGATGAGATGGCTCAGCGGTTAAGAGCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTATTAAGCAGAGCTGGGGCTGATGAGATGGCTCAGCGGTTAAGAGCA  450

seq1  CAAGCGGCTCTTCCAGAGGTCCTGAGTTCAACTCCCAGCAACCACATGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCGGCTCTTCCAGAGGTCCTGAGTTCAACTCCCAGCAACCACATGGT  500

seq1  GGCTCACAACCACCTATAGGGCGATATGATGCCCTCTTCAGGCAAGCAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCACAACCACCTATAGGGCGATATGATGCCCTCTTCAGGCAAGCAGG  550

seq1  ATGTATATGCAACAGAGCACTCATACATTAAAGTTTAAAAAAATTTTTGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATATGCAACAGAGCACTCATACATTAAAGTTTAAAAAAATTTTTGC  600

seq1  TAAAAGTAAAAAATTAAATAAAAAAGAAAAGAAAGTAGGCAGAGCTGTGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGTAAAAAATTAAATAAAAAAGAAAAGAAAGTAGGCAGAGCTGTGG  650

seq1  CCTGGAGCGTTACAGATCCATCCACGTTCCCCTGAGCTCACAATCCTGCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGAGCGTTACAGATCCATCCACGTTCCCCTGAGCTCACAATCCTGCT  700

seq1  GCTTCAATCACCCACATCCTACATCTTTCAAGGTCTGCTTTAGTATATCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCAATCACCCACATCCTACATCTTTCAAGGTCTGCTTTAGTATATCA  750

seq1  ACACACCAATAAAATAAAATAAAATAAAATAAAATAAAATAAAATAAAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACCAATAAAATAAAATAAAATAAAATAAAATAAAATAAAATAAAAT  800

seq1  GACTTAGCCAAGAGGACTAGGATGCCTAGGTACACATAATTAAAAAAAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTAGCCAAGAGGACTAGGATGCCTAGGTACACATAATTAAAAAAAAA  850

seq1  AATTCTATATGAAACAATTGGCCACTTAAACATCAACCCAGATCTCTTGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCTATATGAAACAATTGGCCACTTAAACATCAACCCAGATCTCTTGA  900

seq1  GTTAAAGCCAGCACAGTCTACAGAGCAAGTTCCAGGACAGCTGGGGCCAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAAGCCAGCACAGTCTACAGAGCAAGTTCCAGGACAGCTGGGGCCAC  950

seq1  ACAGAGAAACATTATCTGAAAAAGCCAAAAGTCCTATTACACACAACACT  1000
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGAAACATTATCTG-AAAAGCCAAAAGTCCTATTACACACAACACT  999

seq1  GAAATGCTCAATTTTTGTTTCCCAGTAACAAACAGATGAATTACCTGATG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATGCTCAATTTTTGTTTCCCAGTAACAAACAGATGAATTACCTGATG  1049

seq1  CCTCAACTTCATTCTGACTGCAGGACAAGTCATCCAAACACAGG-TCAAT  1099
       ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||
seq2  -CTCAACTTCATTCTGACTGCA-GACAAGTCATCCAAACACAGGTTCAAT  1097

seq1  AAGAAGGATCTGTCCAACATCAGTCACCACAGCGGCCACGCCAAAAAGCC  1149
      ||| ||||||||||  ||||||||||||||||||| |||| | |||||||
seq2  AAG-AGGATCTGTC--ACATCAGTCACCACAGCGGTCACG-CTAAAAGCC  1143

seq1  ACCGGAGACTTGGATGTAAATGCTGGGTACTCGCACTGGCTCCTCCATG  1198
      | |||||||||||  || || ||  |||||||||||| |||||| ||||
seq2  A-CGGAGACTTGGGAGTTAAAGCCTGGTACTCGCACT-GCTCCTTCATG  1190

seq1: chr1_181906875_181908015
seq2: B6Ng01-079L07.g_69_1201 (reverse)

seq1  TGCTTATAACACTATAATAATTGCTATAGTGCTTCGTTGGCAGCAGTGT-  49
      ||||||||||||| |||| ||||| | ||||||||| |||||||||||| 
seq2  TGCTTATAACACT-TAAT-ATTGC-AAAGTGCTTCG-TGGCAGCAGTGTG  46

seq1  GACCCTTGGGTTATGACATACCTATTTTAATGTGAGTCACACTAGGATCA  99
      |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCTTGGG-TATGACATA-CTATTTTAATGTGAGTCACACTAGGATCA  94

seq1  TGT-CATATCTGCAGCACAAATTCCAGCATATCAGTTGTTAGTGATAACT  148
      ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCATATCTGCAGCACAAATT-CAGCATATCAGTTGTTAGTGATAACT  143

seq1  AGATGGTGTGTTTAGGAGGTCTGTTTAAAGTAAATTTAATAAAGGTTGTA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  AGATGGTGTGTTTAGGAGGTCTGTTTAAAGTAAATTTAATAAAGG-TGTA  192

seq1  TATGTGTGTGTGTGTGTGTGAGAGAGAGAGAGAGAGATGGGGGGGGATTG  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGTGTGTGTGTGTGTGAGAGAGAGAGAGAGAGATGGGGGGGGATTG  242

seq1  GATACAGTTAGAGTCATCTAGGAGGAGGGGAAATACTTCCATCAGATTTG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACAGTTAGAGTCATCTAGGAGGAGGGGAAATACTTCCATCAGATTTG  292

seq1  CCTGTAGGCAGGTCTGTGGAGTTATTTCTTGATTAATGATGGCTGTGGGA  348
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTAGGCAGGTCTGT-GAGTTATTTCTTGATTAATGATGGCTGTGGGA  341

seq1  AGGCCCTGCTGCACTGTGAGTGGCTCCACCCCTAGGCAGGTGGTCCTGGG  398
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGG-CCTGCTGCACTGTGAGTGGCTCCACCCCTAGGCAGGTGGTCCTGGG  390

seq1  TTGTATAGAAAAGCAAGTGGATCCTGCCTTGAGTTCCTGCCGTGAGTTCC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTATAGAAAAGCAAGTGGATCCTGCCTTGAGTTCCTGCCGTGAGTTCC  440

seq1  TCCCCTTACTCAGAAGTCATTTTCCTGAGTATTCTAGTTGCCAGGTACTC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCTTACTCAGAAGTCATTTTCCTGAGTATTCTAGTTGCCAGGTACTC  490

seq1  TCTCCCATCTTTCCCCCTATTTAATTTTACACATATGGTTGTTCTGCCTG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCCATCTTTCCCCCTATTTAATTTTACACATATGGTTGTTCTGCCTG  540

seq1  CATTTATGTGCGCCATGTGAATTTTCTGTGGAGGCTAGAAGAGGGTGTTG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTATGTGCGCCATGTGAATTTTCTGTGGAGGCTAGAAGAGGGTGTTG  590

seq1  GATCCTCTGGAACTAGAGTTACAGAGGTGGGTGCTGTAATGGAACTGCTC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCTCTGGAACTAGAGTTACAGAGGTGGGTGCTGTAATGGAACTGCTC  640

seq1  CAGCCCCCTCATAGCCCCTTTAAAAAGAAGCGTGCACTGCCCAGGGTTTT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCCCCTCATAGCCCCTTTAAAAAGAAGCGTGCACTGCCCAGGGTTTT  690

seq1  GTTCTCGAGAGTTCTTAGGGCTAGCAGGTAAGTTAGGGAGTGGAGTCTGG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTCGAGAGTTCTTAGGGCTAGCAGGTAAGTTAGGGAGTGGAGTCTGG  740

seq1  GCATGGCTCACACTGGTCCTCCTCCTCTGCTTTGCTTCGGGCTTTGTCTT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGGCTCACACTGGTCCTCCTCCTCTGCTTTGCTTCGGGCTTTGTCTT  790

seq1  CATTCAGTTGTCTCTGCAGAGGTACTTGCAAACATTTTAGCCTGAATGGC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCAGTTGTCTCTGCAGAGGTACTTGCAAACATTTTAGCCTGAATGGC  840

seq1  GTGTGTGTATTCACTCAGACACATGGAATCTTAATCATTGCCAGGTGCTC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTATTCACTCAGACACATGGAATCTTAATCATTGCCAGGTGCTC  890

seq1  AGACCCTCCAGGACTCACCTACTTTTGCTCTGGTCTTTATTGCAGGCCAG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCCTCCAGGACTCACCTACTTTTGCTCTGGTCTTTATTGCAGGCCAG  940

seq1  AAACATGCCATAGGTCTCAGGAGAGAGGCAGGCGAGCCTGGAGGCTTTGG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATGCCATAGGTCTCAGGAGAGAGGCAGGCGAGCCTGGAGGCTTTGG  990

seq1  GCTGCCTTCAGGAGCCCCCCAGACGACTTCTGAGGGTCGTGTTTCTTCTG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCCTTCAGGAGCCCCCCAGACGACTTCTGAGGGTCGTGTTTCTTCTG  1040

seq1  GATTGTCAGGACCAAGAGAAGGGCCTTTTCTTGGGGTCATAGAGGTTGGG  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGTCAGGACCAAGAGAAGGGCCTTTTCTTGGGGTCATAGAGGTTGGG  1090

seq1  TCAAGGTTAGGGTTCTTTGCCTGGCTGATAGCTTTGGGAATTC  1141
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGGTTAGGGTTCTTTGCCTGGCTGATAGCTTTGGGAATTC  1133