BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-079P01
Chromosome1 (Build37)
Map Location 184,322,226 - 184,464,664
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC435657, ENSMUSG00000073482, Trp53bp2, Capn2, LOC666624
Upstream geneCnih3, Ccdc121, A230079K17Rik, Lbr, EG433384, Enah, Srp9, EG625823, Degs1, 1700047M11Rik, Fbxo28
Downstream geneCapn8, 4922505E12Rik, Susd4, Tlr5
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-079P01.bB6Ng01-079P01.g
ACCDH895211DH895212
length1,0831,114
definitionDH895211|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-079P01, 5' end.DH895212|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-079P01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(184,463,567 - 184,464,664)(184,322,226 - 184,323,355)
sequence
gaattctgttgaattattatctacttgtctatatagcatcactataagag
ggtacatcttcataggtctgcaaaggtgtgctcaaaagggtggactaaca
cctagtggttgttacatatttaagaataacaggaaaagcatattaatatc
aggaaacctaaaatgaatatctcccgaaccttgcctatcagagcaaatct
gtcatggatttttaaaccaaggcagattcatcccaggaagatcacctgct
agctattagcttctcctatctatgatggctcctgataaaggataaagaga
agtagaagatgggctgccaaaagaagaaagccattctgaacactgtttca
gctctatggctggggtgaagagtgaggcagaagggagtctgggtaaaacg
actattctagaccatcctgatagtcttatctttatggctatcctacccac
aagaccagtccacagccctcacaagcctcaactcccattgtggatcttgc
tgaagcagtggctgctgtggaaagtgtcagccattgaggttgggggagtg
gtcctggtttggaggactgtggctgggtgccatctcacctgaaaggtatc
tagagtttatggatgaacttgaacaggaaacaagtcccaagtttgaggct
ttagctcaaactgtcacagtcccagggtgagaaggaagccctgagagata
gttatggaaagagggaaggccagatggtacaaagctaagaagttcacaca
gcatgtggcttgactcagcagccaagtacatagggaaaatggatcctctc
ttggtggctgggagcacacatcatcgactgagaatagttccagagctggc
tagccccgagcaagagatcatcagagcagactagcctctggagccagcta
tatgctgtaagttcacttctgatgtcagataactctgggacgccaacaga
atgctcagtatctatgctgcatatctcccgcagggatgatgcttgaggct
ttgaagtgttgagacagtcctccatgaattgcttcctcccctctcatgct
cttgggaaccacctcagcagaacataccaatgc
gaattcccctacactggagcatcaaaccttcactaggaccaagggcctct
ccttccattgatgcctgtcaaggccatcctctgctacatatgcagctgga
gccatgagtcccatgtatatgccttagttggtggtttagaccctaggagc
tctggttggttgatataatgttctctctctctctctctctctctctctct
ctcaagaattatatcatttctccctttccattccttcctccaaccccctc
ttttgtgggtgcagtgaactttattgatggtattcaagagagtagggagg
gctccctaagcccctcctgttattaagggggtctggggtggaaattgtga
gggagatgctcagtgttggggccaaattgggacatcagcaaccgaaggcc
tctctcttgctctcagtgtccttgctggggtgaatggttcagggtttctt
actccttggaggccatgaaggccatagggtccactaccctgttgctgtaa
ccatattcactgtcataccaagaaatgagttttacaaagttgtcgctgag
agcaatgccagctacagcatcaaaggtggaagagcgggagttgctgttga
agttgcaggagacaatctggtcctctgtgtagcccaggatgcccttttag
tgggccctcagatgcctgcttcaccatcttcttgatgtcattatactttt
gcaggtttctccaggcagcatgtcagatccacatggatatattgtgggcc
atgccagtgagcttcagctctgggatggtcttgcccacagcctttgcagc
aacagtggatgcagggatgatgttctggacagccccacggccatcatgcc
acagcttttcagagggacattcacagtcttcagagtggcatgattgcatg
gaatgtgatcgatcatgagcccttccatgatgccaaagttgtctaaaatg
accttgttcatgggggctagcaaattggtggtgcaggatgcactgctgac
atctgagtgagttgtcatgtcctctggttccaccattgcaacttggatgg
acatggcagaggcagattatggtctttttggtcccacctctaagtggcca
gcttctcatggtgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_184463567_184464664
seq2: B6Ng01-079P01.b_48_1130 (reverse)

seq1  GCATTGGTGATGTTCTGGCTGAGTGTGTTTCCCAAGAGCATGGAGAGGGG  50
      |||||||| ||||||| |||||| ||| ||||||||||||| ||||||||
seq2  GCATTGGT-ATGTTCT-GCTGAG-GTGGTTCCCAAGAGCAT-GAGAGGGG  46

seq1  AGGAAGCAATTTCATGGGAGGACCTGTCTTCACACTTCAAAGCCCTCAAA  100
      ||||||||| ||||| |||||| ||||||  ||||||||||| |||| ||
seq2  AGGAAGCAA-TTCAT-GGAGGA-CTGTCTCAACACTTCAAAG-CCTC-AA  91

seq1  GCATTCATTCCCCTGCGGGAGATATGCAGCCATAGATACTGAGCATTCTG  150
      ||| ||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GCA-TCAT--CCCTGCGGGAGATATGCAG-CATAGATACTGAGCATTCTG  137

seq1  TTGGCGTTCCAGAGTTATCTGACATCAGAAGTGAACCTTACAGCATATAG  200
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TTGGCGTCCCAGAGTTATCTGACATCAGAAGTGAA-CTTACAGCATATAG  186

seq1  CTGGCTCCAGAGGCTAGTCTGCTCTGATGATCTCTTGCTCGGGGCTAGCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTCCAGAGGCTAGTCTGCTCTGATGATCTCTTGCTCGGGGCTAGCC  236

seq1  AGCTCTGGAACTATTCTCAGTCGATGATGTGTGCTCCCAGCCACCAAGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCTGGAACTATTCTCAGTCGATGATGTGTGCTCCCAGCCACCAAGAG  286

seq1  AGGATCCATTTTCCCTATGTACTTGGCTGCCTGAGTCAAGCCACATGCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  AGGATCCATTTTCCCTATGTACTTGGCTG-CTGAGTCAAGCCACATGCTG  335

seq1  TGTGAACTTCTTAGCTTTGTACCATCTGGCCTTCCCTCTTTCCATAACTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAACTTCTTAGCTTTGTACCATCTGGCCTTCCCTCTTTCCATAACTA  385

seq1  TCTCTCAGGGCTTCCTTCTCACCCTGGGACTGTGACAGTTTGAGCTAAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCAGGGCTTCCTTCTCACCCTGGGACTGTGACAGTTTGAGCTAAAG  435

seq1  CCTCAAACTTGGGACTTGTTTCCTGTTCAAGTTCATCCATAAACTCTAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAAACTTGGGACTTGTTTCCTGTTCAAGTTCATCCATAAACTCTAGA  485

seq1  TACCTTTCAGGTGAGATGGCACCCAGCCACAGTCCTCCAAACCAGGACCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTTTCAGGTGAGATGGCACCCAGCCACAGTCCTCCAAACCAGGACCA  535

seq1  CTCCCCCAACCTCAATGGCTGACACTTTCCACAGCAGCCACTGCTTCAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCCCAACCTCAATGGCTGACACTTTCCACAGCAGCCACTGCTTCAGC  585

seq1  AAGATCCACAATGGGAGTTGAGGCTTGTGAGGGCTGTGGACTGGTCTTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATCCACAATGGGAGTTGAGGCTTGTGAGGGCTGTGGACTGGTCTTGT  635

seq1  GGGTAGGATAGCCATAAAGATAAGACTATCAGGATGGTCTAGAATAGTCG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTAGGATAGCCATAAAGATAAGACTATCAGGATGGTCTAGAATAGTCG  685

seq1  TTTTACCCAGACTCCCTTCTGCCTCACTCTTCACCCCAGCCATAGAGCTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTACCCAGACTCCCTTCTGCCTCACTCTTCACCCCAGCCATAGAGCTG  735

seq1  AAACAGTGTTCAGAATGGCTTTCTTCTTTTGGCAGCCCATCTTCTACTTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGTGTTCAGAATGGCTTTCTTCTTTTGGCAGCCCATCTTCTACTTC  785

seq1  TCTTTATCCTTTATCAGGAGCCATCATAGATAGGAGAAGCTAATAGCTAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTATCCTTTATCAGGAGCCATCATAGATAGGAGAAGCTAATAGCTAG  835

seq1  CAGGTGATCTTCCTGGGATGAATCTGCCTTGGTTTAAAAATCCATGACAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTGATCTTCCTGGGATGAATCTGCCTTGGTTTAAAAATCCATGACAG  885

seq1  ATTTGCTCTGATAGGCAAGGTTCGGGAGATATTCATTTTAGGTTTCCTGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGCTCTGATAGGCAAGGTTCGGGAGATATTCATTTTAGGTTTCCTGA  935

seq1  TATTAATATGCTTTTCCTGTTATTCTTAAATATGTAACAACCACTAGGTG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAATATGCTTTTCCTGTTATTCTTAAATATGTAACAACCACTAGGTG  985

seq1  TTAGTCCACCCTTTTGAGCACACCTTTGCAGACCTATGAAGATGTACCCT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTCCACCCTTTTGAGCACACCTTTGCAGACCTATGAAGATGTACCCT  1035

seq1  CTTATAGTGATGCTATATAGACAAGTAGATAATAATTCAACAGAATTC  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATAGTGATGCTATATAGACAAGTAGATAATAATTCAACAGAATTC  1083

seq1: chr1_184322226_184323355
seq2: B6Ng01-079P01.g_67_1180

seq1  GAATTCCCCTACACTGGAGCATCAAACCTTCACTAGGACCAAGGGCCTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCCTACACTGGAGCATCAAACCTTCACTAGGACCAAGGGCCTCT  50

seq1  CCTTCCATTGATGCCTGTCAAGGCCATCCTCTGCTACATATGCAGCTGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCCATTGATGCCTGTCAAGGCCATCCTCTGCTACATATGCAGCTGGA  100

seq1  GCCATGAGTCCCATGTATATGCCTTAGTTGGTGGTTTAGACCCTAGGAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATGAGTCCCATGTATATGCCTTAGTTGGTGGTTTAGACCCTAGGAGC  150

seq1  TCTGGTTGGTTGATATAATGTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGTTGGTTGATATAATGTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT  200

seq1  CTCAAGAATTATATCATTTCTCCCTTTCCATTCCTTCCTCCAACCCCCTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAGAATTATATCATTTCTCCCTTTCCATTCCTTCCTCCAACCCCCTC  250

seq1  TTTTGTGGGTGCAGTGAACTTTATTGATGGTATTCAAGAGAGTAGGGAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTGGGTGCAGTGAACTTTATTGATGGTATTCAAGAGAGTAGGGAGG  300

seq1  GCTCCCTAAGCCCCTCCTGTTATTAAGGGGGTCTGGGGTGGAAATTGTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCCTAAGCCCCTCCTGTTATTAAGGGGGTCTGGGGTGGAAATTGTGA  350

seq1  GGGAGATGCTCAGTGTTGGGGCCAAATTGGGACATCAGCAACCGAAGGCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGATGCTCAGTGTTGGGGCCAAATTGGGACATCAGCAACCGAAGGCC  400

seq1  TCTCTCTTGCTCTCAGTGTCCTTGCTGGGGTGAATGGTTCAGGGTTTCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTTGCTCTCAGTGTCCTTGCTGGGGTGAATGGTTCAGGGTTTCTT  450

seq1  ACTCCTTGGAGGCCATGAAGGCCATAGGGTCCACTACCCTGTTGCTGTAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCTTGGAGGCCATGAAGGCCATAGGGTCCACTACCCTGTTGCTGTAA  500

seq1  CCATATTCACTGTCATACCAAGAAATGAGTTTTACAAAGTTGTCGCTGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATATTCACTGTCATACCAAGAAATGAGTTTTACAAAGTTGTCGCTGAG  550

seq1  AGCAATGCCAGCTACAGCATCAAAGGTGGAAGAGCGGGAGTTGCTGTTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAATGCCAGCTACAGCATCAAAGGTGGAAGAGCGGGAGTTGCTGTTGA  600

seq1  AGTTGCAGGAGACAATCTGGTCCTCTGTGTAGCCCAGGATGCCC-TTTAG  649
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  AGTTGCAGGAGACAATCTGGTCCTCTGTGTAGCCCAGGATGCCCTTTTAG  650

seq1  TGGGCCCTCAGATGCCTGCTTCACCATCTTCTTGATGTCATTATAC-TTT  698
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TGGGCCCTCAGATGCCTGCTTCACCATCTTCTTGATGTCATTATACTTTT  700

seq1  GCAGGTTTCTCCAGGCAGCATGTCAGATCCACATGGATATATTGT-GGCC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GCAGGTTTCTCCAGGCAGCATGTCAGATCCACATGGATATATTGTGGGCC  750

seq1  ATGCCAGTGAGCTTCAGCTCTGGGATGGTCTTGCCCACAGCCTTTGCAGC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCAGTGAGCTTCAGCTCTGGGATGGTCTTGCCCACAGCCTTTGCAGC  800

seq1  AACAGTGGATGCAGGGATGATGTTCTGGACAGCCCCACGGCCATCATGCC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGTGGATGCAGGGATGATGTTCTGGACAGCCCCACGGCCATCATGCC  850

seq1  ACAGCTTTTCAGAGGGACCATTCACAGTCTTCAGAGTGGCAGTGATTGCA  897
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  ACAGCTTTTCAGAGGGA-CATTCACAGTCTTCAGAGTGGCA-TGATTGCA  898

seq1  TGGACTGTGATCGATCATGAGCCCTTCCATGATGCCAAAGTTGTCATAGA  947
      |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |
seq2  TGGAATGTGATCGATCATGAGCCCTTCCATGATGCCAAAGTTGTCTAAAA  948

seq1  TGACCTTGGTCA-GGGGGCTAAGCAAATTGGTGGTGCAGGATGCACTGCT  996
      |||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCTTGTTCATGGGGGCT-AGCAAATTGGTGGTGCAGGATGCACTGCT  997

seq1  GACAATCTTGAGTGAGTTGTCATAGTTCTCCTGGTTCACACCCATTGCAA  1046
      ||| ||| ||||||||||||||| || || ||||||| || ||||||| |
seq2  GAC-ATC-TGAGTGAGTTGTCAT-GTCCT-CTGGTTC-CA-CCATTGC-A  1040

seq1  ACATGGA-GGCAATGGCAGAAGGGGCAGAGATTATGGTCCTTTTGGTCCC  1095
      || |||| ||  ||||||||   |||  ||||||||||| ||||||||||
seq2  ACTTGGATGGACATGGCAGA---GGC--AGATTATGGTCTTTTTGGTCCC  1085

seq1  ACCCCTCAAGTGGGCCCCAGCCTTCTCCATGGTGG  1130
      ||| || ||||||   |||| ||||| ||||||||
seq2  ACCTCT-AAGTGG---CCAG-CTTCT-CATGGTGG  1114