BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-084N10
Chromosome1 (Build37)
Map Location 129,733,184 - 129,846,228
singlet/doubletdoublet
Overlap geneYsk4, Rab3gap1
Upstream geneLOC383559, Mgat5, LOC667090, Tmem163, Acmsd, Ccnt2
Downstream geneZranb3, LOC666778, LOC100042670, EG666784, R3hdm1, LOC667109, LOC100042111, Ubxd2, Lct, Mcm6, Dars, LOC620659, Cxcr4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-084N10.bB6Ng01-084N10.g
ACCDH898675DH898676
length1,166985
definitionDH898675|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-084N10, 5' end.DH898676|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-084N10, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(129,733,184 - 129,734,367)(129,845,241 - 129,846,228)
sequence
gaattcaatacagataaaacaggaactgccttctgtgttattcacataca
agttaggggcagatcgaatgtctgtcttcccaaagagattttatgtttga
gtcctaaatttcagagtgatgtcaggaggaagtaggacctttaggaggga
attacttcatgagagtggagccctgatagtggcctgagtggtcctagtca
agacaccagtgagccagaaagaggaactaaccaaaggcttccagcgtgca
tacactgaattgaaacattctttcggcagagagaaggcaactcctaagag
tcaggaagctcataaagctaccgagactctgacctaccctgaggctatat
aagcagtaaaaaagaattacttgggggctgagtgaaaagaagagagagag
agagagagagagagagagagagagagagagaggctctttaattgaggtac
ttatagatcacaagtttcaaggatgcagctttcccggattcatcgcccat
ttatttcggtgatccagtggcctttgagtcatccatggttctgtatacag
ccccttatccatgatcctataaataagctaatgaactcactgctccactg
agctggctgtgaatggaatctttcctttggtctattgtctgtactctgac
agatggctagacatgggtttatgtctgaaaagccatataacagcaaccta
ttctaactccttagtccctagaactgagaaataaatttctggtttgtttt
gcttttgtagttttgttttgtttgagacagggtttctctgtgtagccctg
gctgtcctggaacttgtgatacagaccaggctggtcttgaactcacagag
atctgcctgcccctgtctcccaagtgctgggattaagtgcatgcaacatt
gccgcctgacttaaatttctgttctttattatctcactcactcgctatat
ggatttttattgtgacagtagaaattagacacacatgtgccaccaacaca
cacaacccacacaacccacctccacacacactcacacccacacacctctc
ggtacactaactagctaatttgcgtatttaaatttatgtaatgaatgttt
tgcctacatgtacgtctaccacatgcatgcagtcttagctgagcgaagag
atggtcgaatctccta
gaattccagtgtgagctgtaaccagggagctgtgagcctactgtctgcca
cttcacacagcttgtcttatggtgacagactgggaggacagataatgggc
gtgcagctgtggggcactctgaagagagctcacaggactgtcagcccgat
cccattggaagtacatgcagaaggcagaaccttggattctggcacatcct
gagtgtattcagtctaaagcagaagtgtccagcctttgagctccatggta
agtattgtcatctacagagttctcactagagaactgcacaatcgagttat
caaagaagaaaattgcaaaaaggtttttgtgatgtgttaggcttatgagt
tctatattgggctgcatccttagctgtcagtacaatccctccggtcccgg
aatgccatgtgaggttgggggtggggatcaacccagtccctcggacgtgc
taagtgcatgctcgaccactaagataagcctagtacccagtgtctgacca
ccttagcaatgcagcaatgcagcaggaataagttaggggaatgtggtcag
gtgagtgtctcacagttgggggaataaatagctcacagcctgaggtttca
aaatcgttaatgttcgacccagtgccagagctatgtttaagttaaactcg
tatggcataaatgtggttcttaccaaaggggaatcttctcactgcctgat
gagtggggctggctgccagaaactgcctgaggaaaaactgttcactgcat
tcatgtgaaatgtggaccaaccatgtactgactgaaatatcgagctattg
agcaatggtctaagtcaaccgatatagataaccatctcatgatgttctga
ggatgctaagttgcctttatgtagagccagttatgtgacagaggggtcag
aaggagccccttcctgatgggcttgtgccagaagcgtgcacacactgagc
agtcagttgagctgtgtgttggtgcttgtgagagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_129733184_129734367
seq2: B6Ng01-084N10.b_51_1216

seq1  GAATTCAATACAGATAAAACAGGAACTGCCTTCTGTGTTATTCACATACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATACAGATAAAACAGGAACTGCCTTCTGTGTTATTCACATACA  50

seq1  AGTTAGGGGCAGATCGAATGTCTGTCTTCCCAAAGAGATTTTATGTTTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAGGGGCAGATCGAATGTCTGTCTTCCCAAAGAGATTTTATGTTTGA  100

seq1  GTCCTAAATTTCAGAGTGATGTCAGGAGGAAGTAGGACCTTTAGGAGGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTAAATTTCAGAGTGATGTCAGGAGGAAGTAGGACCTTTAGGAGGGA  150

seq1  ATTACTTCATGAGAGTGGAGCCCTGATAGTGGCCTGAGTGGTCCTAGTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACTTCATGAGAGTGGAGCCCTGATAGTGGCCTGAGTGGTCCTAGTCA  200

seq1  AGACACCAGTGAGCCAGAAAGAGGAACTAACCAAAGGCTTCCAGCGTGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACACCAGTGAGCCAGAAAGAGGAACTAACCAAAGGCTTCCAGCGTGCA  250

seq1  TACACTGAATTGAAACATTCTTTCGGCAGAGAGAAGGCAACTCCTAAGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACTGAATTGAAACATTCTTTCGGCAGAGAGAAGGCAACTCCTAAGAG  300

seq1  TCAGGAAGCTCATAAAGCTACCGAGACTCTGACCTACCCTGAGGCTATAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGAAGCTCATAAAGCTACCGAGACTCTGACCTACCCTGAGGCTATAT  350

seq1  AAGCAGTAAAAAAGAATTACTTGGGGGCTGAGTGAAAAGAAGAGAGAGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGTAAAAAAGAATTACTTGGGGGCTGAGTGAAAAGAAGAGAGAGAG  400

seq1  AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGCTCTTTAATTGAGGTAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGCTCTTTAATTGAGGTAC  450

seq1  TTATAGATCACAAGTTTCAAGGATGCAGCTTTCCCGGATTCATCGCCCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAGATCACAAGTTTCAAGGATGCAGCTTTCCCGGATTCATCGCCCAT  500

seq1  TTATTTCGGTGATCCAGTGGCCTTTGAGTCATCCATGGTTCTGTATACAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTCGGTGATCCAGTGGCCTTTGAGTCATCCATGGTTCTGTATACAG  550

seq1  CCCCTTATCCATGATCCTATAAATAAGCTAATGAACTCACTGCTCCACTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTTATCCATGATCCTATAAATAAGCTAATGAACTCACTGCTCCACTG  600

seq1  AGCTGGCTGTGAATGGAATCTTTCCTTTGGTCTATTGTCTGTACTCTGAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGGCTGTGAATGGAATCTTTCCTTTGGTCTATTGTCTGTACTCTGAC  650

seq1  AGATGGCTAGACATGGGTTTATGTCTGAAAAGCCATATAACAGCAACCTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGGCTAGACATGGGTTTATGTCTGAAAAGCCATATAACAGCAACCTA  700

seq1  TTCTAACTCCTTAGTCCCTAGAACTGAGAAATAAATTTCTGGTTTGTTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAACTCCTTAGTCCCTAGAACTGAGAAATAAATTTCTGGTTTGTTTT  750

seq1  GCTTTTGTAGTTTTGTTTTGTTTGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTTGTAGTTTTGTTTTGTTTGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTG  800

seq1  GCTGTCCTGGAACTTGTGATACAGACCAGGCTGGTCTTGAACTCACAGAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTCCTGGAACTTGTGATACAGACCAGGCTGGTCTTGAACTCACAGAG  850

seq1  ATCTGCCTGCCCCTGTCTCCCAAGTGCTGGGATTAAGTGCATGCAACATT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGCCTGCCCCTGTCTCCCAAGTGCTGGGATTAAGTGCATGCAACATT  900

seq1  GCCGCCTGACTTAAATTTCTGTTCTTTATTATCTCACTCACTCGCTATAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCGCCTGACTTAAATTTCTGTTCTTTATTATCTCACTCACTCGCTATAT  950

seq1  GGA-TTTTATTGTGACAGTAGAAATTAAGACACACATGTGCACACACAAA  999
      ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||   ||| ||
seq2  GGATTTTTATTGTGACAGTAGAAATT-AGACACACATGTGC---CACCAA  996

seq1  CACACACAAACACACACAAACACACACACACACACACACACACACACACA  1049
      ||||||| ||| ||||||       || |||   ||||||||| ||||| 
seq2  CACACAC-AACCCACACA-------ACCCACCTCCACACACACTCACACC  1038

seq1  CACACACACTCTCGGTACAACCTAACTAGCTAATTTGCGTATTTAAATTT  1099
      ||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACAC-CTCTCGGTACA--CTAACTAGCTAATTTGCGTATTTAAATTT  1085

seq1  ATGTAAATGAATGTTTTGCCTACATGTACGTCTACCACATGCATGCAGTC  1149
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGT-AATGAATGTTTTGCCTACATGTACGTCTACCACATGCATGCAGTC  1134

seq1  CTAGCTGAGGCCAGAAGAGGATGTCAGATCTCCTA  1184
       ||||||||    ||||||   |||  ||||||||
seq2  TTAGCTGAG---CGAAGAGATGGTCGAATCTCCTA  1166

seq1: chr1_129845241_129846228
seq2: B6Ng01-084N10.g_68_1052 (reverse)

seq1  CCTCTCCCCAGCACCCAACACAACTGCTCAACTGACTGCTCAGTGTGTTG  50
      |||||| | |||| ||||||| || |||||||||||||||||||||| ||
seq2  CCTCTCACAAGCA-CCAACAC-ACAGCTCAACTGACTGCTCAGTGTG-TG  47

seq1  CACGCTTCTGGCACAAG-CCATCAGGGAAGGGGCTCC-TCTGTCCCCTCT  98
      ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||| |||||||
seq2  CACGCTTCTGGCACAAGCCCATCA-GGAAGGGGCTCCTTCTGACCCCTCT  96

seq1  GTCACATACCTGGCTCTTACATAAAGGCAACTTAGCATCCTCAGAACATC  148
      |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACATAACTGGCTC-TACATAAAGGCAACTTAGCATCCTCAGAACATC  145

seq1  ATGAGATGGTTATCTATATCGGTTGACTTAGACCATTGCTCAATAGCTCG  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGATGGTTATCTATATCGGTTGACTTAGACCATTGCTCAATAGCTCG  195

seq1  ATATTTCAGTCAGTACATGGTTGGTCCACATTTCACATGAATGCAGTGAA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTCAGTCAGTACATGGTTGGTCCACATTTCACATGAATGCAGTGAA  245

seq1  CAGTTTTTCCTCAGGCAGTTTCTGGCAGCCAGCCCCACTCATCAGGCAGT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTTTCCTCAGGCAGTTTCTGGCAGCCAGCCCCACTCATCAGGCAGT  295

seq1  GAGAAGATTCCCCTTTGGTAAGAACCACATTTATGCCATACGAGTTTAAC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGATTCCCCTTTGGTAAGAACCACATTTATGCCATACGAGTTTAAC  345

seq1  TTAAACATAGCTCTGGCACTGGGTCGAACATTAACGATTTTGAAACCTCA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAACATAGCTCTGGCACTGGGTCGAACATTAACGATTTTGAAACCTCA  395

seq1  GGCTGTGAGCTATTTATTCCCCCAACTGTGAGACACTCACCTGACCACAT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGTGAGCTATTTATTCCCCCAACTGTGAGACACTCACCTGACCACAT  445

seq1  TCCCCTAACTTATTCCTGCTGCATTGCTGCATTGCTAAGGTGGTCAGACA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCTAACTTATTCCTGCTGCATTGCTGCATTGCTAAGGTGGTCAGACA  495

seq1  CTGGGTACTAGGCTTATCTTAGTGGTCGAGCATGCACTTAGCACGTCCGA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGTACTAGGCTTATCTTAGTGGTCGAGCATGCACTTAGCACGTCCGA  545

seq1  GGGACTGGGTTGATCCCCACCCCCAACCTCACATGGCATTCCGGGACCGG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACTGGGTTGATCCCCACCCCCAACCTCACATGGCATTCCGGGACCGG  595

seq1  AGGGATTGTACTGACAGCTAAGGATGCAGCCCAATATAGAACTCATAAGC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGATTGTACTGACAGCTAAGGATGCAGCCCAATATAGAACTCATAAGC  645

seq1  CTAACACATCACAAAAACCTTTTTGCAATTTTCTTCTTTGATAACTCGAT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACACATCACAAAAACCTTTTTGCAATTTTCTTCTTTGATAACTCGAT  695

seq1  TGTGCAGTTCTCTAGTGAGAACTCTGTAGATGACAATACTTACCATGGAG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCAGTTCTCTAGTGAGAACTCTGTAGATGACAATACTTACCATGGAG  745

seq1  CTCAAAGGCTGGACACTTCTGCTTTAGACTGAATACACTCAGGATGTGCC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAAGGCTGGACACTTCTGCTTTAGACTGAATACACTCAGGATGTGCC  795

seq1  AGAATCCAAGGTTCTGCCTTCTGCATGTACTTCCAATGGGATCGGGCTGA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATCCAAGGTTCTGCCTTCTGCATGTACTTCCAATGGGATCGGGCTGA  845

seq1  CAGTCCTGTGAGCTCTCTTCAGAGTGCCCCACAGCTGCACGCCCATTATC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCCTGTGAGCTCTCTTCAGAGTGCCCCACAGCTGCACGCCCATTATC  895

seq1  TGTCCTCCCAGTCTGTCACCATAAGACAAGCTGTGTGAAGTGGCAGACAG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCTCCCAGTCTGTCACCATAAGACAAGCTGTGTGAAGTGGCAGACAG  945

seq1  TAGGCTCACAGCTCCCTGGTTACAGCTCACACTGGAATTC  988
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCTCACAGCTCCCTGGTTACAGCTCACACTGGAATTC  985