BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-085A24
Chromosome1 (Build37)
Map Location 62,231,730 - 62,338,138
singlet/doubletdoublet
Overlap genePard3b
Upstream geneLOC100042566
Downstream geneLOC667592, Nrp2, LOC100043070, A430093A21Rik, Ndufs1, Eef1b2, Gpr1, 1700039I01Rik, 4930431J08Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-085A24.bB6Ng01-085A24.g
ACCDH898838DH898839
length1,136944
definitionDH898838|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-085A24, 5' end.DH898839|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-085A24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(62,231,730 - 62,232,881)(62,337,190 - 62,338,138)
sequence
gaattcaagtattcacatccatatagtaacattacactgctacacccttg
ttgagatctcagtatcattagagaggctgtttccctacagttgtctgtga
acttagccatgtcaatgtatttggccgtttgatgtgagcagatgttatgt
gaccaaatacttgaaaagcatgttgacttttgctatctgtcttgaatcat
gtgataaacaagactcaggtatccagtggtctgaggaatgtgaggacgtg
agtgattgggacatggggagcatctgcattcctcattagtagctgggagg
caagcatatagtgagtgcactgagcccagcctgagctgattaaactccag
ccaacctgtagaaacacaaactgtgagtatgcagtttactgtgtgtaaca
acccactttagggataatttggtcgcctgctatgttttggagcaatggct
gacttgcagattcacttactttccttcctgaatcaactctgggtagattc
ccttctaccttcaatttgtctgtcacacaaggaacaataggaagaggtat
tcacattttaatttggatgaattctcatcctctataggacctaaatggct
tcttattttatagtcacttttgtctaacaattaatttaaacagagtaatt
gatttaattattaagataaaaagaaaattatatgcctatctgcaagtggc
atattacatatactaagaacattttcattacaatagtaaacatcactatg
aattttaaatggttgttacccactgagattcctccatcccggtttggaat
ttagaattatttatcattagtagcagactaacaggattgggttcctgctg
gagtcacattagatgcagctcagacagcaggaaaaaaccacacacacaca
cacggataaaattgttttgttatatcatttattttatctcacaaccatta
acaaattagcaaaaactccatttccctactcctcaaatatcccttctttc
taattttgataattttgattactttcaaactgccctttgtaggccacact
aacactctactcattgtgttagaattaatgtgcattgttgctgacctaaa
atggagatttactggttcagtgtgaaaaataaggaa
gaattccaaacctgtctgtgacacactttgcaaaacactgcataaggaac
agatgaaagagcttatgggaactgaggtcttattgggtattccttttaga
tgatgtcatcagggaaggtctctgtaagaaaagcatatttgactagggaa
caaactaggtttgtttgactagttaaaagtcttgccaaaagaacaaggag
aacaagtagcttgctggaaaaataagaggagtcaagtcccccttagagga
ggaactaggatggcattgtagaggaaggcagagtaaaggaagcatgcttg
tgggaccccaataaagcatctggctcatggaagtgactggagccacaaga
gcatttgaagcaactgaggaccactgtttgccccaaggttttcagcttcc
tttttctcctacgtagagaccaagcctacagaatagggaatgtgagactg
gtttagttaagagactagacttttgagttcttcagatcagggaggtttgg
tccatgatgagaaatatcccctggggtcaccgtgaccttctgaggcatga
atgggcatactcagggacaaataaattcccatctgtctctggaactggta
tggcttttgaggtccatgtggaaagcaagtgagtgctggaaccgcttcgt
ctctagtgtaatgtcctgcagtgagacagcaagcaatacggggagccaca
gacctttcaatgcaaaagccaatgctcaactatacccgtaagaaaaggaa
cccagtatgttttgtgggttggttctaatgctatttgtattaattctact
cctggaatcacacagaaatccacaggtccatgccctcagttggctctgat
tggaaataaagttgctagtagccaatggctgggtagggagacagagcagg
gattttagattcctggactagaaacacagagagaggggaggggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_62231730_62232881
seq2: B6Ng01-085A24.b_44_1179

seq1  GAATTCAAGTATTCACATCCATATAGTAACATTACACTGCTACACCCTTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGTATTCACATCCATATAGTAACATTACACTGCTACACCCTTG  50

seq1  TTGAGATCTCAGTATCATTAGAGAGGCTGTTTCCCTACAGTTGTCTGTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGATCTCAGTATCATTAGAGAGGCTGTTTCCCTACAGTTGTCTGTGA  100

seq1  ACTTAGCCATGTCAATGTATTTGGCCGTTTGATGTGAGCAGATGTTATGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTAGCCATGTCAATGTATTTGGCCGTTTGATGTGAGCAGATGTTATGT  150

seq1  GACCAAATACTTGAAAAGCATGTTGACTTTTGCTATCTGTCTTGAATCAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAAATACTTGAAAAGCATGTTGACTTTTGCTATCTGTCTTGAATCAT  200

seq1  GTGATAAACAAGACTCAGGTATCCAGTGGTCTGAGGAATGTGAGGACGTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATAAACAAGACTCAGGTATCCAGTGGTCTGAGGAATGTGAGGACGTG  250

seq1  AGTGATTGGGACATGGGGAGCATCTGCATTCCTCATTAGTAGCTGGGAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGATTGGGACATGGGGAGCATCTGCATTCCTCATTAGTAGCTGGGAGG  300

seq1  CAAGCATATAGTGAGTGCACTGAGCCCAGCCTGAGCTGATTAAACTCCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCATATAGTGAGTGCACTGAGCCCAGCCTGAGCTGATTAAACTCCAG  350

seq1  CCAACCTGTAGAAACACAAACTGTGAGTATGCAGTTTACTGTGTGTAACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACCTGTAGAAACACAAACTGTGAGTATGCAGTTTACTGTGTGTAACA  400

seq1  ACCCACTTTAGGGATAATTTGGTCGCCTGCTATGTTTTGGAGCAATGGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCACTTTAGGGATAATTTGGTCGCCTGCTATGTTTTGGAGCAATGGCT  450

seq1  GACTTGCAGATTCACTTACTTTCCTTCCTGAATCAACTCTGGGTAGATTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTGCAGATTCACTTACTTTCCTTCCTGAATCAACTCTGGGTAGATTC  500

seq1  CCTTCTACCTTCAATTTGTCTGTCACACAAGGAACAATAGGAAGAGGTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCTACCTTCAATTTGTCTGTCACACAAGGAACAATAGGAAGAGGTAT  550

seq1  TCACATTTTAATTTGGATGAATTCTCATCCTCTATAGGACCTAAATGGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACATTTTAATTTGGATGAATTCTCATCCTCTATAGGACCTAAATGGCT  600

seq1  TCTTATTTTATAGTCACTTTTGTCTAACAATTAATTTAAACAGAGTAATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTATTTTATAGTCACTTTTGTCTAACAATTAATTTAAACAGAGTAATT  650

seq1  GATTTAATTATTAAGATAAAAAGAAAATTATATGCCTATCTGCAAGTGGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTAATTATTAAGATAAAAAGAAAATTATATGCCTATCTGCAAGTGGC  700

seq1  ATATTACATATACTAAGAACATTTTCATTACAATAGTAAACATCACTATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTACATATACTAAGAACATTTTCATTACAATAGTAAACATCACTATG  750

seq1  AATTTTAAATGGTTGTTACCCACTGAGATTCCTCCATCCCGGTTTGGAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTAAATGGTTGTTACCCACTGAGATTCCTCCATCCCGGTTTGGAAT  800

seq1  TTAGAATTATTTATCATTAGTAGCAGACTAACAGGATTGGTTTCCTGCTG  850
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TTAGAATTATTTATCATTAGTAGCAGACTAACAGGATTGGGTTCCTGCTG  850

seq1  GAGTCACATTAGATGCAGCTCAGACAGCAGGAAAAAACCACACACACACA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCACATTAGATGCAGCTCAGACAGCAGGAAAAAACCACACACACACA  900

seq1  CACAGGATAAAAATTGTTTTGTTTATATCATTTATTTTATCTCACAACCA  950
      ||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAC-GGAT-AAAATTGTTTTG-TTATATCATTTATTTTATCTCACAACCA  947

seq1  TTAACAAATTAGCAAAAACTCCATTTCCCTACTCCTCAAATATTCCCTTC  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TTAACAAATTAGCAAAAACTCCATTTCCCTACTCCTCAAATA-TCCCTTC  996

seq1  TTTCTTAATTTTTGAATAATTTTGATTTACTTTACAAACTGCCCCTTTGT  1050
      |||| |||||||   |||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||
seq2  TTTC-TAATTTT--GATAATTTTGA-TTACTTT-CAAACTG-CCCTTTGT  1040

seq1  AGGCCACACTAACACTCTTACTTCATTGTGTTAGAATTAATGTGCATTGT  1100
      ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  AGGCCACACTAACACTC-TAC-TCATTGTGTTAGAATTAATGTGCATTG-  1087

seq1  TTGCTGACCTAAAAATGAGTATTTACTGTTTCAGTTGTAGAAAATAAAGG  1150
      ||||||||||||||  ||| |||||||| ||||| ||| |||||  ||||
seq2  TTGCTGACCTAAAATGGAG-ATTTACTGGTTCAG-TGT-GAAAAATAAGG  1134

seq1  AA  1152
      ||
seq2  AA  1136

seq1: chr1_62337190_62338138
seq2: B6Ng01-085A24.g_67_1010 (reverse)

seq1  CCCCCTCCCCCTCTCTCCTGTGTTTCTGGTCCAGGAATCTTAAAATTCCT  50
      |||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||| |||
seq2  CCCCCT-CCCCTCTCT-CTGTGTTTCTAGTCCAGGAATC-TAAAATCCCT  47

seq1  GCCTCTGTCTCCCTACCCAGCCATTGGCTACTAGCAACTTTATTTCCCAA  100
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  G-CTCTGTCTCCCTACCCAGCCATTGGCTACTAGCAACTTTATTT-CCAA  95

seq1  TCAGAGCCAACTGAGGGCATGGACCTGTGGATTTCTGTGTGATTCCAGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGCCAACTGAGGGCATGGACCTGTGGATTTCTGTGTGATTCCAGGA  145

seq1  GTAGAATTAATACAAATAGCATTAGAACCAACCCACAAAACATACTGGGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAATTAATACAAATAGCATTAGAACCAACCCACAAAACATACTGGGT  195

seq1  TCCTTTTCTTACGGGTATAGTTGAGCATTGGCTTTTGCATTGAAAGGTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTTCTTACGGGTATAGTTGAGCATTGGCTTTTGCATTGAAAGGTCT  245

seq1  GTGGCTCCCCGTATTGCTTGCTGTCTCACTGCAGGACATTACACTAGAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCTCCCCGTATTGCTTGCTGTCTCACTGCAGGACATTACACTAGAGA  295

seq1  CGAAGCGGTTCCAGCACTCACTTGCTTTCCACATGGACCTCAAAAGCCAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAAGCGGTTCCAGCACTCACTTGCTTTCCACATGGACCTCAAAAGCCAT  345

seq1  ACCAGTTCCAGAGACAGATGGGAATTTATTTGTCCCTGAGTATGCCCATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGTTCCAGAGACAGATGGGAATTTATTTGTCCCTGAGTATGCCCATT  395

seq1  CATGCCTCAGAAGGTCACGGTGACCCCAGGGGATATTTCTCATCATGGAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCCTCAGAAGGTCACGGTGACCCCAGGGGATATTTCTCATCATGGAC  445

seq1  CAAACCTCCCTGATCTGAAGAACTCAAAAGTCTAGTCTCTTAACTAAACC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACCTCCCTGATCTGAAGAACTCAAAAGTCTAGTCTCTTAACTAAACC  495

seq1  AGTCTCACATTCCCTATTCTGTAGGCTTGGTCTCTACGTAGGAGAAAAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTCACATTCCCTATTCTGTAGGCTTGGTCTCTACGTAGGAGAAAAAG  545

seq1  GAAGCTGAAAACCTTGGGGCAAACAGTGGTCCTCAGTTGCTTCAAATGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCTGAAAACCTTGGGGCAAACAGTGGTCCTCAGTTGCTTCAAATGCT  595

seq1  CTTGTGGCTCCAGTCACTTCCATGAGCCAGATGCTTTATTGGGGTCCCAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTGGCTCCAGTCACTTCCATGAGCCAGATGCTTTATTGGGGTCCCAC  645

seq1  AAGCATGCTTCCTTTACTCTGCCTTCCTCTACAATGCCATCCTAGTTCCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCATGCTTCCTTTACTCTGCCTTCCTCTACAATGCCATCCTAGTTCCT  695

seq1  CCTCTAAGGGGGACTTGACTCCTCTTATTTTTCCAGCAAGCTACTTGTTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTAAGGGGGACTTGACTCCTCTTATTTTTCCAGCAAGCTACTTGTTC  745

seq1  TCCTTGTTCTTTTGGCAAGACTTTTAACTAGTCAAACAAACCTAGTTTGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTGTTCTTTTGGCAAGACTTTTAACTAGTCAAACAAACCTAGTTTGT  795

seq1  TCCCTAGTCAAATATGCTTTTCTTACAGAGACCTTCCCTGATGACATCAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTAGTCAAATATGCTTTTCTTACAGAGACCTTCCCTGATGACATCAT  845

seq1  CTAAAAGGAATACCCAATAAGACCTCAGTTCCCATAAGCTCTTTCATCTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAAGGAATACCCAATAAGACCTCAGTTCCCATAAGCTCTTTCATCTG  895

seq1  TTCCTTATGCAGTGTTTTGCAAAGTGTGTCACAGACAGGTTTGGAATTC  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTATGCAGTGTTTTGCAAAGTGTGTCACAGACAGGTTTGGAATTC  944