BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-085J16
Chromosome1 (Build37)
Map Location 187,427,516 - 187,571,254
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG433387, EG629032, LOC666714, Hlx1, Mosc1, Mosc2, LOC100039079, C130074G19Rik, Mark1, Iars2, Bpnt1, Eprs, 9630028B13Rik, LOC100039138, Slc30a10, 5033404E19Rik
Downstream geneLOC677785, Lyplal1, Tgfb2, Rrp15
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-085J16.bB6Ng01-085J16.g
ACCDH899235DH899236
length1,1551,201
definitionDH899235|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-085J16, 5' end.DH899236|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-085J16, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(187,427,516 - 187,428,681)(187,569,998 - 187,571,254)
sequence
gaattcttaacagcttcagaagaggcttatattggaaatgctgtctctct
gttgcttccctaacctttcctggtcccagcctgttctgccttatgggctg
tctacttaagtgaagagcaggaaaggaatctggaatggagaccttccaca
atgcgctctatcccaaggttgtccacaggagcagaagccgagaagaagtc
agctttcatctgagggacaattgcaaaatgttaggtctcactcatgaaaa
ctaatgtgcagacctccctgagcagatgaggccctccagatttcaggagt
ctcctgtcatcgactcactagagcacaatctatattgtcatttgattaat
ggatgcaatgagtgtaaaattgccaattctgatttctctgtccatgccga
ggaagggtcagctcccatgataatttaataccaggaaaatggttatcttc
agagggaaagataacagtaaggtgttctcattctctcttgtcccctcccc
cttctccctcactatcaccttcttatagttccgaggcttcactcaaaggt
cttgagcatgcacatttacagcctaaggcctttttacatttttgttttga
gagtctcactactgtgcccaggctggctttgaactaactctgtagcccag
gctatccttgaatttgttatcctcttgcctcagcctcctgaacggttagg
atgacagaacctgcagcactaggccccggactgtattattatctcttgaa
ggtctaggaggagccaagtgttttacatatctccagtgcataaattattt
tcttcttttttacacagaatacaattgaggcccagaagcactggtcacaa
agtagctaggcaacctcatcctccatgtatctgaaccttggtcctctaga
ctctaatgtctagactgtcttccccatctcacagcaagcctccatcttct
tacagccctctgcacatcttcatcttggctttgctgccagtgaactctgt
ctgattgagtggcttggacagccatcagtattctctctttcttttttgat
atagttctccccttaagctagaatgctttgatctgtctgaattttgtttg
aatgttgctggaatatatgttggagcttattggattgacctccgaattcc
aagtt
gaattcagatgaggcacaggcagaatagtgtaagagacaatagaatttat
taaagtacagtgctctctcaagggctaagaataggcgataacggccaaag
gggcttcagtctgcttgttaggtgagctttcaattactttctaaaatcct
ttgaacaaatagcttttcttgagggtctttgtcctatccaggtgattgaa
aggcctgtttgatggtctcttccaggagagacaatggtgtgtgtttgttc
tctattggaaagcactctactctacagtattttggggatcctagagccaa
gtttagataattagccattgatagtcttgtagacagttcagagtgtctcc
tcccagggccagagatatgagtcaagtccccttatttaactgataattaa
agccctattgttctagtctttagtttcacaggctgctgaccatgagggaa
gggtctaactcccagtgccctgcagagatgctaaagtctagttgcctaac
atggaccttgacccctcactccatccctagtttgtaggaggcagcacttg
ggaaaggaaggatgttatgaaggtttgtttatactataaatggtctggtt
ttatattttcttgggacccttattcttttcctctcaagtgatttctcgct
tctcaaataggactctctgccctatccccactccatcactgtatatttaa
agcacttaacaggcttacaactagaaaggttgtctcagcatgaaccctgc
cttgactagatatccatgttttgatctggaggtccccaaggcagaacata
gctgacatatgcatggaacaaaaatgagaacagtaaatccagatccctga
aagcagagggaaatgtgaccataaataacaatgctcccatgtagtacctc
caggggtgggacggaaacacagtcacacagggtaacaaggcgctgtgaga
gctttggctttagtctagattgtggaggagcactgagatctttcagctat
tcatgaaacatcattcaactgatacagctatttatttgagccactatgta
atcttaatctacatttgattctaccaaagaaccactgagactctcacttg
tatgctacctgggagcatcttggccttggaaatttcttggaattgagagc
ttaaggcctaggtatccaagtctatttatctagacagagaagatcacctt
c
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_187427516_187428681
seq2: B6Ng01-085J16.b_43_1197

seq1  GAATTCTTAACAGCTTCAGAAGAGGCTTATATTGGAAATGCTGTCTCTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTAACAGCTTCAGAAGAGGCTTATATTGGAAATGCTGTCTCTCT  50

seq1  GTTGCTTCCCTAACCTTTCCTGGTCCCAGCCTGTTCTGCCTTATGGGCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCTTCCCTAACCTTTCCTGGTCCCAGCCTGTTCTGCCTTATGGGCTG  100

seq1  TCTACTTAAGTGAAGAGCAGGAAAGGAATCTGGAATGGAGACCTTCCACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACTTAAGTGAAGAGCAGGAAAGGAATCTGGAATGGAGACCTTCCACA  150

seq1  ATGCGCTCTATCCCAAGGTTGTCCACAGGAGCAGAAGCCGAGAAGAAGTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCGCTCTATCCCAAGGTTGTCCACAGGAGCAGAAGCCGAGAAGAAGTC  200

seq1  AGCTTTCATCTGAGGGACAATTGCAAAATGTTAGGTCTCACTCATGAAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTTCATCTGAGGGACAATTGCAAAATGTTAGGTCTCACTCATGAAAA  250

seq1  CTAATGTGCAGACCTCCCTGAGCAGATGAGGCCCTCCAGATTTCAGGAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATGTGCAGACCTCCCTGAGCAGATGAGGCCCTCCAGATTTCAGGAGT  300

seq1  CTCCTGTCATCGACTCACTAGAGCACAATCTATATTGTCATTTGATTAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGTCATCGACTCACTAGAGCACAATCTATATTGTCATTTGATTAAT  350

seq1  GGATGCAATGAGTGTAAAATTGCCAATTCTGATTTCTCTGTCCATGCCGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGCAATGAGTGTAAAATTGCCAATTCTGATTTCTCTGTCCATGCCGA  400

seq1  GGAAGGGTCAGCTCCCATGATAATTTAATACCAGGAAAATGGTTATCTTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGGGTCAGCTCCCATGATAATTTAATACCAGGAAAATGGTTATCTTC  450

seq1  AGAGGGAAAGATAACAGTAAGGTGTTCTCATTCTCTCTTGTCCCCTCCCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGGAAAGATAACAGTAAGGTGTTCTCATTCTCTCTTGTCCCCTCCCC  500

seq1  CTTCTCCCTCACTATCACCTTCTTATAGTTCCGAGGCTTCACTCAAAGGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTCCCTCACTATCACCTTCTTATAGTTCCGAGGCTTCACTCAAAGGT  550

seq1  CTTGAGCATGCACATTTACAGCCTAAGGCCTTTTTACATTTTTGTTTTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAGCATGCACATTTACAGCCTAAGGCCTTTTTACATTTTTGTTTTGA  600

seq1  GAGTCTCACTACTGTGCCCAGGCTGGCTTTGAACTAACTCTGTAGCCCAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCTCACTACTGTGCCCAGGCTGGCTTTGAACTAACTCTGTAGCCCAG  650

seq1  GCTATCCTTGAATTTGTTATCCTCTTGCCTCAGCCTCCTGAACGGTTAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATCCTTGAATTTGTTATCCTCTTGCCTCAGCCTCCTGAACGGTTAGG  700

seq1  ATGACAGAACCTGCAGCACTAGGCCCCGGACTGTATTATTATCTCTTGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACAGAACCTGCAGCACTAGGCCCCGGACTGTATTATTATCTCTTGAA  750

seq1  GGTCTAGGAGGAGCCAAGTGTTTTACATATCTCCAGTGCATAAATTATTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTAGGAGGAGCCAAGTGTTTTACATATCTCCAGTGCATAAATTATTT  800

seq1  TCTTCTTTTTTACACAGAATACAATTGAGGCCCAGAAGCACTGGTCACAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTTTTTTACACAGAATACAATTGAGGCCCAGAAGCACTGGTCACAA  850

seq1  AGTAGCTAGGCAACCTCATCCTCCATGTATCTGAACCTTGGTCCTCTAGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGCTAGGCAACCTCATCCTCCATGTATCTGAACCTTGGTCCTCTAGA  900

seq1  CTCTAATGTCTAGACTGTCTTCCCCATCTCACAGCAAGCCTCCATCTTCT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAATGTCTAGACTGTCTTCCCCATCTCACAGCAAGCCTCCATCTTCT  950

seq1  TACAGGCCCTCTGCACATCTTCATCTTGGCTTTGCTGCCAGTGAACTCTG  1000
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACA-GCCCTCTGCACATCTTCATCTTGGCTTTGCTGCCAGTGAACTCTG  999

seq1  TCTGATTGAGTGGCCTTGGACAGCCATCAGTATTCTTCTCTTTCTTTTTT  1050
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TCTGATTGAGTGG-CTTGGACAGCCATCAGTATTC-TCTCTTTCTTTTTT  1047

seq1  GATTATTAGTTCT-CTCTTAGGCTAGATTGCTTTTGATCTGTCTGATTTT  1099
      |||   ||||||| | |||| |||||| ||| |||||||||||||| |||
seq2  GAT--ATAGTTCTCCCCTTAAGCTAGAATGC-TTTGATCTGTCTGAATTT  1094

seq1  TGTTTGAAATGTTTGCTGG-ATATATGTTTGGAGTTTTATTGTAATTGAC  1148
      |||||| |||| ||||||| ||||||| ||||||  ||||||  ||||||
seq2  TGTTTG-AATG-TTGCTGGAATATATG-TTGGAG-CTTATTG-GATTGAC  1139

seq1  CTCCGATTCCCCAAAGTT  1166
      |||||| | ||  |||||
seq2  CTCCGAATTCC--AAGTT  1155

seq1: chr1_187569998_187571254
seq2: B6Ng01-085J16.g_70_1270 (reverse)

seq1  GAAGGTGTTGGGACTCTTCTCTGTCTTAGGTACTTAAAAATAGCACTGAG  50
      |||||||       ||||||||||| |||      | |||||| |||   
seq2  GAAGGTG------ATCTTCTCTGTC-TAG------ATAAATAG-ACT--T  34

seq1  GAATCCCCCTGAGGGCCTCTAGCCTCTCTTCAAATCTCATAGAAATACTC  100
      | || ||      ||||| ||  |||||    ||| ||  ||||||  ||
seq2  GGATACC----TAGGCCT-TAAGCTCTC----AAT-TCCAAGAAAT-TTC  73

seq1  CAAAGCCAAGATGCTCACAGTGTATGGCATTCTATAGTTGTAGAGTCTCT  150
      ||| |||||||||||| ||| |||  |||| | |  |    |||||||| 
seq2  CAAGGCCAAGATGCTCCCAG-GTA--GCATACAAGTG----AGAGTCTC-  115

seq1  GGTGTGTTCTTTTGTGTAGAGTCAAATGGTAGTTTTAGGATTTCCATAGT  200
       ||| |||||||   ||||| |||||| |||| || ||   || ||||||
seq2  AGTG-GTTCTTT--GGTAGAATCAAAT-GTAGATTAAG--ATTACATAGT  159

seq1  GGGCTCAAAATAAAATAGCTGTATCAGTTTGAATTGATGTTTCCATTGAA  250
       ||||||||   ||||||||||||||| ||||| |||||||||   ||||
seq2  -GGCTCAAA--TAAATAGCTGTATCAG-TTGAA-TGATGTTTC--ATGAA  202

seq1  TAGCTGGAAAGGAATTCCTCAGTGCTCCTCCACAATTCTTAGAACTAAAG  300
      ||||| |||||  ||  |||||||||||||||||||   ||| |||||||
seq2  TAGCT-GAAAG--AT--CTCAGTGCTCCTCCACAAT--CTAG-ACTAAAG  244

seq1  CCAAAGCTCTCACAGCGGCCTTGTTACCCTGTGTGACTGTGTTTCCGTCC  350
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAGCTCTCACAGC-GCCTTGTTACCCTGTGTGACTGTGTTTCCGTCC  293

seq1  CACCCCTGGAGGTACTACATGGGAGCATTG-TATTTATGGTCACATTTCC  399
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  CACCCCTGGAGGTACTACATGGGAGCATTGTTATTTATGGTCACATTTCC  343

seq1  CTCTGCTTTCAGGGAATCTGGATTTACTGTTCTCATTTTTGTTCCATGCA  449
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGCTTTCAGGG-ATCTGGATTTACTGTTCTCATTTTTGTTCCATGCA  392

seq1  TATGTCAGCTATGTTCTGCCTTGGGGACCTCCAGATC-AAACATGGATAT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TATGTCAGCTATGTTCTGCCTTGGGGACCTCCAGATCAAAACATGGATAT  442

seq1  CTAGTCAAGGCAGGGTTCATGCTGAGACAACCTTTCTAGTTGTAAGCCTG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTCAAGGCAGGGTTCATGCTGAGACAACCTTTCTAGTTGTAAGCCTG  492

seq1  TTAAGTGCTTTAAATATACAGTGATGGAGTGGGGATAGGGCAGAGAGTCC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGTGCTTTAAATATACAGTGATGGAGTGGGGATAGGGCAGAGAGTCC  542

seq1  TATTTGAGAAGCGAGAAATCACTTGAGAGGAAAAGAATAAGGGTCCCAAG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTGAGAAGCGAGAAATCACTTGAGAGGAAAAGAATAAGGGTCCCAAG  592

seq1  AAAATATAAAACCAGACCATTTATAGTATAAACAAACCTTCATAACATCC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATATAAAACCAGACCATTTATAGTATAAACAAACCTTCATAACATCC  642

seq1  TTCCTTTCCCAAGTGCTGCCTCCTACAAACTAGGGATGGAGTGAGGGGTC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTTCCCAAGTGCTGCCTCCTACAAACTAGGGATGGAGTGAGGGGTC  692

seq1  AAGGTCCATGTTAGGCAACTAGACTTTAGCATCTCTGCAGGGCACTGGGA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTCCATGTTAGGCAACTAGACTTTAGCATCTCTGCAGGGCACTGGGA  742

seq1  GTTAGACCCTTCCCTCATGGTCAGCAGCCTGTGAAACTAAAGACTAGAAC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGACCCTTCCCTCATGGTCAGCAGCCTGTGAAACTAAAGACTAGAAC  792

seq1  AATAGGGCTTTAATTATCAGTTAAATAAGGGGACTTGACTCATATCTCTG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGGGCTTTAATTATCAGTTAAATAAGGGGACTTGACTCATATCTCTG  842

seq1  GCCCTGGGAGGAGACACTCTGAACTGTCTACAAGACTATCAATGGCTAAT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTGGGAGGAGACACTCTGAACTGTCTACAAGACTATCAATGGCTAAT  892

seq1  TATCTAAACTTGGCTCTAGGATCCCCAAAATACTGTAGAGTAGAGTGCTT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTAAACTTGGCTCTAGGATCCCCAAAATACTGTAGAGTAGAGTGCTT  942

seq1  TCCAATAGAGAACAAACACACACCATTGTCTCTCCTGGAAGAGACCATCA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAATAGAGAACAAACACACACCATTGTCTCTCCTGGAAGAGACCATCA  992

seq1  AACAGGCCTTTCAATCACCTGGATAGGACAAAGACCCTCAAGAAAAGCTA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGGCCTTTCAATCACCTGGATAGGACAAAGACCCTCAAGAAAAGCTA  1042

seq1  TTTGTTCAAAGGATTTTAGAAAGTAATTGAAAGCTCACCTAACAAGCAGA  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTCAAAGGATTTTAGAAAGTAATTGAAAGCTCACCTAACAAGCAGA  1092

seq1  CTGAAGCCCCTTTGGCCGTTATCGCCTATTCTTAGCCCTTGAGAGAGCAC  1198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAGCCCCTTTGGCCGTTATCGCCTATTCTTAGCCCTTGAGAGAGCAC  1142

seq1  TGTACTTTAATAAATTCTATTGTCTCTTACACTATTCTGCCTGTGCCTCA  1248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACTTTAATAAATTCTATTGTCTCTTACACTATTCTGCCTGTGCCTCA  1192

seq1  TCTGAATTC  1257
      |||||||||
seq2  TCTGAATTC  1201