BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-086A09
Chromosome1 (Build37)
Map Location 90,695,322 - 90,811,151
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneSag, Usp40, LOC545344, LOC677561, Ugt1a@, Ugt1a10, Ugt1a9, Ugt1a7c, Ugt1a6a, Ugt1a6b, Ugt1a5, Ugt1a2, Dnajb3, Ugt1a1, LOC100040766, 6430706D22Rik, LOC100038822, Trpm8, Spp2, Glrp1, Arl4c, LOC100040127, 2410088K16Rik
Downstream geneLOC208347, Sh3bp4, LOC383542, EG665688, Centg2
LinkOpen Mouse BAC browser

no map image available.



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-086A09.bB6Ng01-086A09.g
ACCDH899532DH899533
length1,1781,167
definitionDH899532|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-086A09, 5' end.DH899533|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-086A09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(90,809,969 - 90,811,151)(90,695,322 - 90,696,487)
sequence
gaattcaattcagtttagttctgagcagttttgttcagtgaaatcaagtt
gagtgcagctagacttctcagctcagagcagaagagttgagaggaggcag
ttttaaccaggacaattttacagagacggttgctgatgaagacagaaaga
gagagagaaagagagaatgagaaacagccaaagattggaacagattgtca
gagttagtttgaggctaagcagaacaattcagtcagaagctcagagaagc
cagtttgaatcagtcagcttagagaggaatttgggccagaacaactgact
tagttgaaccagccagccagtgttcagaaagagctagaaagggtgagatt
attcaatagtaaacctccaagacaacaattacatctggggaataaaagtt
acttttacacatatgcagtgggcctctgctttgacagagatctgcttgag
ctttatgtagttttccacttgtattgctaaattagcaccccaaaagctag
gaacattgtagattttgtatttttttattaatgatgttcaatctgtataa
catggtgcaatatatactgccatgttaagaatctctaattcgtctgaata
tccatctcataagatggaactaattctttggaggtggttgtacagtagca
ttgtacattttagatgcttctgagtcccatatagaaccagcaagaagaat
tgaacagcaaaatcaaaattcacagcacatatagatggcagaaaatttcc
atcattcccaaggtacctttgatggggactgttttactttcctttctgtt
gctataataaaatgccccgacaaaaacaagactgagcacaagaatttttt
tgacttacaattccaagttacagtccatcattataaggaagttaagactc
aggaacctaaagcatgtggtcacatccacagtcaagaacagagagacaaa
tgcaaagagcacatagctacttgtgctcagcacccttaatcacatataca
gcccagcatgccttgcttatggaatggtgctgcctcgctggattgggtct
tcaaacctcaactaatgtaatcaagacaatttccctagaaaacccccaca
gaccacttggtctagataaatcatgaagaccctctctttctagctgattc
taaattgtgtcatgttgcagtgactaac
gaattcacaatgaacgcagtggagaagaggttgtacaaggagccttgaga
catctcccatctaacgttccgggcctgcctctcaagtctgttcgtaactt
cagaaagctctcaggcccccaaactcaacggatcaacgtcaaaacaaatt
aaacacaggaggcctcttgtaaactatgcctctgcccaggatgagcctgg
cttttctttccattatgtaaattccattaacaaaaacttctaaaaggaga
agccgtggggaggattattaaagatgaatgatgctttcaaaggcaggtca
aggtctaaatccctaaagcaggatcttctccactatggccctcacggaag
actcctaggaacgttccctttgggggcttctctgagttcctgttgacttc
agtgattaatggcttgccctttgaaaaaagcaacaaaataagaaaaacaa
taaaacctcactacggagatagagtaggatccagctgaaggagcgctgcc
tctaatgtaactcgaacataagtaggaactagctaagcttgtcagcaact
agagaggaaaaggctgtacgtctaatataagctgagattaggtttggtga
gaatatatttctgttaatttgttgactaagattgctcctaattaggtcct
gttcccaggactaaagaaggcatccctggctcacagcgcatccggctcat
tcccatataaaagaacatgcctttagcaggccattcccagggagcagcag
ggtcccagccatggtcctgtgctgctttgtgtttatcagggaaagaccta
attctgacaggcagagatgcaggcaggcaggcaggcaggcggtcctgacc
ctgggtaagaactaccagaaaagaacaataccggttcacttcaaagtaat
cgtgacagtatctttgctgtgtaaatcttctacttgttggaacagccaga
ctcgaagtcttttgtctcgcttaacagtttaaagtcaggacctaaaagag
actcaaagaggaatagcctgtgtggaacattgagtatttatagaaactgc
taaacattggtcttgtcatggctactttccctagagggttaaggcagaaa
caagggcagcttaattaaaggagccatttcctcatccctgactgttcgag
tgaattctcatgttgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_90809969_90811151
seq2: B6Ng01-086A09.b_48_1225 (reverse)

seq1  GTTAGTTTTAACTGCCAACATGACACAATCTAGAATCAGCTAGGAAGAGA  50
      |||||   | |||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||
seq2  GTTAG---TCACTG-CAACATGACACAATTTAGAATCAGCTAGAAAGAGA  46

seq1  GTGTCTTCATGA-TTATCTAGACCAAGTTGGTCTGTGGGGG-TGTCTAGG  98
      | |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| | |||| |
seq2  GGGTCTTCATGATTTATCTAGACCAAG-TGGTCTGTGGGGGTTTTCTA-G  94

seq1  GGAAATTGTCTTGATTACATTAGTTGAGGTCTGAAGACCCAATCCAGCGA  148
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  GGAAATTGTCTTGATTACATTAGTTGAGGTTTGAAGACCCAATCCAGCGA  144

seq1  GGCAGCACCATTCCATAAGCAAGGCATGCTGGGCTGTATATGTGGATTAA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GGCAGCACCATTCCATAAGCAAGGCATGCTGGGCTGTATATGT-GATTAA  193

seq1  GGGTGCTGAGCACAAGTAGCTATGTGCTCTTTGCATTTGTCTCTCTGTTC  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGCTGAGCACAAGTAGCTATGTGCTCTTTGCATTTGTCTCTCTGTTC  243

seq1  TTGACTGTGGATGTGACCACATGCTTTAGGTTCCTGAGTCTTAACTTCCT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACTGTGGATGTGACCACATGCTTTAGGTTCCTGAGTCTTAACTTCCT  293

seq1  TATAATGATGGACTGTAACTTGGAATTGTAAGTCAAAAAAATTCTTGTGC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATGATGGACTGTAACTTGGAATTGTAAGTCAAAAAAATTCTTGTGC  343

seq1  TCAGTCTTGTTTTTGTCGGGGCATTTTATTATAGCAACAGAAAGGAAAGT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTCTTGTTTTTGTCGGGGCATTTTATTATAGCAACAGAAAGGAAAGT  393

seq1  AAAACAGTCCCCATCAAAGGTACCTTGGGAATGATGGAAATTTTCTGCCA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACAGTCCCCATCAAAGGTACCTTGGGAATGATGGAAATTTTCTGCCA  443

seq1  TCTATATGTGCTGTGAATTTTGATTTTGCTGTTCAATTCTTCTTGCTGGT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATATGTGCTGTGAATTTTGATTTTGCTGTTCAATTCTTCTTGCTGGT  493

seq1  TCTATATGGGACTCAGAAGCATCTAAAATGTACAATGCTACTGTACAACC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATATGGGACTCAGAAGCATCTAAAATGTACAATGCTACTGTACAACC  543

seq1  ACCTCCAAAGAATTAGTTCCATCTTATGAGATGGATATTCAGACGAATTA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCCAAAGAATTAGTTCCATCTTATGAGATGGATATTCAGACGAATTA  593

seq1  GAGATTCTTAACATGGCAGTATATATTGCACCATGTTATACAGATTGAAC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATTCTTAACATGGCAGTATATATTGCACCATGTTATACAGATTGAAC  643

seq1  ATCATTAATAAAAAAATACAAAATCTACAATGTTCCTAGCTTTTGGGGTG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATTAATAAAAAAATACAAAATCTACAATGTTCCTAGCTTTTGGGGTG  693

seq1  CTAATTTAGCAATACAAGTGGAAAACTACATAAAGCTCAAGCAGATCTCT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATTTAGCAATACAAGTGGAAAACTACATAAAGCTCAAGCAGATCTCT  743

seq1  GTCAAAGCAGAGGCCCACTGCATATGTGTAAAAGTAACTTTTATTCCCCA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAAGCAGAGGCCCACTGCATATGTGTAAAAGTAACTTTTATTCCCCA  793

seq1  GATGTAATTGTTGTCTTGGAGGTTTACTATTGAATAATCTCACCCTTTCT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTAATTGTTGTCTTGGAGGTTTACTATTGAATAATCTCACCCTTTCT  843

seq1  AGCTCTTTCTGAACACTGGCTGGCTGGTTCAACTAAGTCAGTTGTTCTGG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCTTTCTGAACACTGGCTGGCTGGTTCAACTAAGTCAGTTGTTCTGG  893

seq1  CCCAAATTCCTCTCTAAGCTGACTGATTCAAACTGGCTTCTCTGAGCTTC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAATTCCTCTCTAAGCTGACTGATTCAAACTGGCTTCTCTGAGCTTC  943

seq1  TGACTGAATTGTTCTGCTTAGCCTCAAACTAACTCTGACAATCTGTTCCA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTGAATTGTTCTGCTTAGCCTCAAACTAACTCTGACAATCTGTTCCA  993

seq1  ATCTTTGGCTGTTTCTCATTCTCTCTTTCTCTCTCTCTTTCTGTCTTCAT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTGGCTGTTTCTCATTCTCTCTTTCTCTCTCTCTTTCTGTCTTCAT  1043

seq1  CAGCAACCGTCTCTGTAAAATTGTCCTGGTTAAAACTGCCTCCTCTCAAC  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAACCGTCTCTGTAAAATTGTCCTGGTTAAAACTGCCTCCTCTCAAC  1093

seq1  TCTTCTGCTCTGAGCTGAGAAGTCTAGCTGCACTCAACTTGATTTCACTG  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTGCTCTGAGCTGAGAAGTCTAGCTGCACTCAACTTGATTTCACTG  1143

seq1  AACAAAACTGCTCAGAACTAAACTGAATTGAATTC  1183
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAACTGCTCAGAACTAAACTGAATTGAATTC  1178

seq1: chr1_90695322_90696487
seq2: B6Ng01-086A09.g_68_1234

seq1  GAATTCACAATGAACGCAGTGGAGAAGAGGTTGTACAAGGAGCCTTGAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACAATGAACGCAGTGGAGAAGAGGTTGTACAAGGAGCCTTGAGA  50

seq1  CATCTCCCATCTAACGTTCCGGGCCTGCCTCTCAAGTCTGTTCGTAACTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTCCCATCTAACGTTCCGGGCCTGCCTCTCAAGTCTGTTCGTAACTT  100

seq1  CAGAAAGCTCTCAGGCCCCCAAACTCAACGGATCAACGTCAAAACAAATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAAGCTCTCAGGCCCCCAAACTCAACGGATCAACGTCAAAACAAATT  150

seq1  AAACACAGGAGGCCTCTTGTAAACTATGCCTCTGCCCAGGATGAGCCTGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACACAGGAGGCCTCTTGTAAACTATGCCTCTGCCCAGGATGAGCCTGG  200

seq1  CTTTTCTTTCCATTATGTAAATTCCATTAACAAAAACTTCTAAAAGGAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTCTTTCCATTATGTAAATTCCATTAACAAAAACTTCTAAAAGGAGA  250

seq1  AGCCGTGGGGAGGATTATTAAAGATGAATGATGCTTTCAAAGGCAGGTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCGTGGGGAGGATTATTAAAGATGAATGATGCTTTCAAAGGCAGGTCA  300

seq1  AGGTCTAAATCCCTAAAGCAGGATCTTCTCCACTATGGCCCTCACGGAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCTAAATCCCTAAAGCAGGATCTTCTCCACTATGGCCCTCACGGAAG  350

seq1  ACTCCTAGGAACGTTCCCTTTGGGGGCTTCTCTGAGTTCCTGTTGACTTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCTAGGAACGTTCCCTTTGGGGGCTTCTCTGAGTTCCTGTTGACTTC  400

seq1  AGTGATTAATGGCTTGCCCTTTGAAAAAAGCAACAAAATAAGAAAAACAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGATTAATGGCTTGCCCTTTGAAAAAAGCAACAAAATAAGAAAAACAA  450

seq1  TAAAACCTCACTACGGAGATAGAGTAGGATCCAGCTGAAGGAGCGCTGCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAACCTCACTACGGAGATAGAGTAGGATCCAGCTGAAGGAGCGCTGCC  500

seq1  TCTAATGTAACTCGAACATAAGTAGGAACTAGCTAAGCTTGTCAGCAACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAATGTAACTCGAACATAAGTAGGAACTAGCTAAGCTTGTCAGCAACT  550

seq1  AGAGAGGAAAAGGCTGTACGTCTAATATAAGCTGAGATTAGGTTTGGTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGGAAAAGGCTGTACGTCTAATATAAGCTGAGATTAGGTTTGGTGA  600

seq1  GAATATATTTCTGTTAATTTGTTGACTAAGATTGCTCCTAATTAGGTCCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATATATTTCTGTTAATTTGTTGACTAAGATTGCTCCTAATTAGGTCCT  650

seq1  GTTCCCAGGACTAAAGAAGGCATCCCTGGCTCACAGCGCATCCGGCTCAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCCAGGACTAAAGAAGGCATCCCTGGCTCACAGCGCATCCGGCTCAT  700

seq1  TCCCATATAAAAGAACATGCCTTTAGCAGGCCATTCCCAGGGAGCAGCAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCATATAAAAGAACATGCCTTTAGCAGGCCATTCCCAGGGAGCAGCAG  750

seq1  GGTCCCAGCCATGGTCCTGTGCTGCTTTGTGTTTATCAGGGAAAGACCTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCCAGCCATGGTCCTGTGCTGCTTTGTGTTTATCAGGGAAAGACCTA  800

seq1  ATTCTGACAGGCAGAGATGCAGGCAGGCAGGCAGGCAGGCGGTCCTGACC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGACAGGCAGAGATGCAGGCAGGCAGGCAGGCAGGCGGTCCTGACC  850

seq1  CTGGGTAAGAACTACCAGAAAAGAACAATACCGGTTCACTTCAAAAGTAA  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CTGGGTAAGAACTACCAGAAAAGAACAATACCGGTTCACTTC-AAAGTAA  899

seq1  TCGTGACAGTATCTTTGCTGTGTAAATCTTCTACTTGTTGGAACAGCCAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTGACAGTATCTTTGCTGTGTAAATCTTCTACTTGTTGGAACAGCCAG  949

seq1  ACTCGAAGTCTTTTGTCTCCGCTTAACAGTTTAAAGTCAGGACCTAAAAG  1000
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCGAAGTCTTTTGTCT-CGCTTAACAGTTTAAAGTCAGGACCTAAAAG  998

seq1  AGACTCAAAGAGG-ATAGCCTGTGTGGAACATTGAGTATTTATAGAAACT  1049
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTCAAAGAGGAATAGCCTGTGTGGAACATTGAGTATTTATAGAAACT  1048

seq1  GCT-AACATT-GTCTGTTCATGGCTACTTTCCCTAGGAGGTT-AGGCAGA  1096
      ||| |||||| ||||  |||||||||||||||||||  |||| |||||||
seq2  GCTAAACATTGGTCTTGTCATGGCTACTTTCCCTAGAGGGTTAAGGCAGA  1098

seq1  AAC-AGGCCAGCCTTATTAAA-GAGCCATTTCCCTCATCCCCTGGCTGTT  1144
      ||| ||| |||| | |||||| ||||||||| |||||| ||||| |||||
seq2  AACAAGGGCAGCTTAATTAAAGGAGCCATTT-CCTCAT-CCCTGACTGTT  1146

seq1  CGGAGTG-ATTCTCATGTGTGTG  1166
      | ||||| |||||||||| ||||
seq2  C-GAGTGAATTCTCATGT-TGTG  1167