BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-087L16
Chromosome1 (Build37)
Map Location 191,311,717 - 191,461,101
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneUsh2a, Kctd3, Kcnk2, LOC100042424, LOC100039307
Downstream geneCenpf, Ptpn14, LOC100042438, Smyd2, Prox1, LOC100039394
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-087L16.bB6Ng01-087L16.g
ACCDH900774DH900775
length1,1421,141
definitionDH900774|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-087L16, 5' end.DH900775|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-087L16, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(191,311,717 - 191,312,862)(191,459,998 - 191,461,101)
sequence
gaattcctaatccagtgcacctttttacttattgcatgtatttcacttaa
ttttacaacaaggtcaataaagaggattttttttttcctcctctgtagtt
aggctcctctttctacagagaagccagggtttggggtctgaatcagacag
gctataaacagaaagaaaacgttaaaaggagctgtccctgtgttgagtaa
agatacgcatataacaaaatatggatgcctccatgaagaagactgagggg
aaagagaagttgtgcttgtatgtgaaacacttggtcaccagacgcctctc
actcactcttactccaaaccatcaaagttgaagtctttagcgaacacact
gagagaagtggcctcctccttacctcccccaggttcccacatccctgctg
ctgtctgtggtagagaagatgtcgacaagttacctcaagaccactgtggg
gtgtctgtctgtctgtcacacttggcagtaatgcagcgttacacactcaa
gtgtttggttgcattttggatgctgcccaccaataactaatcaattaaaa
aggagcatagtattccttgtcttctatcttgccggctcccgtgcccaacc
ctggaacccagtgtgttcccactccctgagtagtatgtcagacggatggt
cgttctggtttcatttctgttgctatgacaaaacatcctgaccaaaagca
acccagaggatataaggaatcatttggctatcaattccgagttgcagttc
ttccagtcagggaaaacaaggtagaaacgcaagcagtgggtcccatcgcc
tccacagtgaagagcagagaacaaggcctgtgcccccagctgcctggtgc
tgctcttccatccagagagtttgcgtctctcttttatagtgcacagctca
gtccacgaaactgtgctgcccacatccaaaggggatcttcccacctcaat
taacaatcaagacgattcccctcagacatgcccacaggccgactgactta
aacactcctcaactgaatcccttttcagctattctagctgtgtcgggctg
acagttaaaactgatcagcacaatgattcactgtgaatattaaataaatc
agtagaaaaaccacggtgttgttctaagattgctttctatga
gaattcccaggttctttcaaaatcacttgagtgccagcaatatgtcataa
aaatattgtcataaaaaataatgtcataaaagataagcaggctagttccc
accagacccaggttcacagcaccgcgttcttcctaacagtgctcttgtag
gactagggtggctatcgtattaaagtgcatgctgacgaccagaagtcagc
tggagctggttgctatctgaggacatttaaattgtgatcttttgcctgtt
attcagataagctatcttccctttggaagaaggggctgaggactgctttg
ctgactaggtcagctcttccaggggtgtgaagcccagtcccaccacagct
gtccatccatgacttacctgagctgtggtgcagacctctgtaggaaggga
agtcatctgaagtcatcattgtgtttgttcaagtcctacactttttcgag
gtctgtgctctgtcttccttttgtggctgagatgaagtagcagggacttg
ggagaactccaactccttgatatgaagaccatgtttaatgttgaatgtgt
ttcctgtcaatcttgtagaatgtgggctattctcatgtgatgaaagatga
cctgtagtagttacttcccgtggccataataaagcaccaaacagaaactt
ttttttaaaaaaatattttttattatgtattttccttaattacatttcca
atgctatcccaaaagtcccccataccctcccccctcactcccctagccac
ccattcccactttttggccctggcgttcccctgtactggggcatataaag
tttgcatgtccaatgggcctctctttccagtgatggccgactaggccatc
ttttgatacatatgcaactagagtcaagagctccagggtactggttagtt
tcatattgttgttctgcctatagggttgtagaccccattagcttcttggg
tacttttctctagctcttcattggggccctgtgatcatccaatagctgac
tgtgagcatcactctgtgtttgctaggcccggcctagtctcacaaaagaa
cagctatattcaggttctttcagcaaactcttgctagtttttgcaaggtg
tcatcatttggaggctgataccgggaaggatcctggatatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_191311717_191312862
seq2: B6Ng01-087L16.b_50_1191

seq1  GAATTCCTAATCCAGTGCACCTTTTTACTTATTGCATGTATTTCACTTAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTAATCCAGTGCACCTTTTTACTTATTGCATGTATTTCACTTAA  50

seq1  TTTTACAACAAGGTCAATAAAGAGGATTTTTTTTTTCCTCCTCTGTAGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTACAACAAGGTCAATAAAGAGGATTTTTTTTTTCCTCCTCTGTAGTT  100

seq1  AGGCTCCTCTTTCTACAGAGAAGCCAGGGTTTGGGGTCTGAATCAGACAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTCCTCTTTCTACAGAGAAGCCAGGGTTTGGGGTCTGAATCAGACAG  150

seq1  GCTATAAACAGAAAGAAAACGTTAAAAGGAGCTGTCCCTGTGTTGAGTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATAAACAGAAAGAAAACGTTAAAAGGAGCTGTCCCTGTGTTGAGTAA  200

seq1  AGATACGCATATAACAAAATATGGATGCCTCCATGAAGAAGACTGAGGGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATACGCATATAACAAAATATGGATGCCTCCATGAAGAAGACTGAGGGG  250

seq1  AAAGAGAAGTTGTGCTTGTATGTGAAACACTTGGTCACCAGACGCCTCTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGAAGTTGTGCTTGTATGTGAAACACTTGGTCACCAGACGCCTCTC  300

seq1  ACTCACTCTTACTCCAAACCATCAAAGTTGAAGTCTTTAGCGAACACACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCACTCTTACTCCAAACCATCAAAGTTGAAGTCTTTAGCGAACACACT  350

seq1  GAGAGAAGTGGCCTCCTCCTTACCTCCCCCAGGTTCCCACATCCCTGCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGAAGTGGCCTCCTCCTTACCTCCCCCAGGTTCCCACATCCCTGCTG  400

seq1  CTGTCTGTGGTAGAGAAGATGTCGACAAGTTACCTCAAGACCACTGTGGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTGTGGTAGAGAAGATGTCGACAAGTTACCTCAAGACCACTGTGGG  450

seq1  GTGTCTGTCTGTCTGTCACACTTGGCAGTAATGCAGCGTTACACACTCAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCTGTCTGTCTGTCACACTTGGCAGTAATGCAGCGTTACACACTCAA  500

seq1  GTGTTTGGTTGCATTTTGGATGCTGCCCACCAATAACTAATCAATTAAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTGGTTGCATTTTGGATGCTGCCCACCAATAACTAATCAATTAAAA  550

seq1  AGGAGCATAGTATTCCTTGTCTTCTATCTTGCCGGCTCCCGTGCCCAACC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGCATAGTATTCCTTGTCTTCTATCTTGCCGGCTCCCGTGCCCAACC  600

seq1  CTGGAACCCAGTGTGTTCCCACTCCCTGAGTAGTATGTCAGACGGATGGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAACCCAGTGTGTTCCCACTCCCTGAGTAGTATGTCAGACGGATGGT  650

seq1  CGTTCTGGTTTCATTTCTGTTGCTATGACAAAACATCCTGACCAAAAGCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTCTGGTTTCATTTCTGTTGCTATGACAAAACATCCTGACCAAAAGCA  700

seq1  ACCCAGAGGATATAAGGAATCATTTGGCTATCAATTCCGAGTTGCAGTTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAGAGGATATAAGGAATCATTTGGCTATCAATTCCGAGTTGCAGTTC  750

seq1  TTCCAGTCAGGGAAAACAAGGTAGAAACGCAAGCAGTGGGTCCCATCGCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGTCAGGGAAAACAAGGTAGAAACGCAAGCAGTGGGTCCCATCGCC  800

seq1  TCCACAGTGAAGAGCAGAGAACAAGGCCTGTGCCCCCAGCTGCCTGGTGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACAGTGAAGAGCAGAGAACAAGGCCTGTGCCCCCAGCTGCCTGGTGC  850

seq1  TGCTCTTCCATCCAGAGAGTTTGCGTCTCTCTTTTATAGTGCACAGCTCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTTCCATCCAGAGAGTTTGCGTCTCTCTTTTATAGTGCACAGCTCA  900

seq1  GTCCACGAAACTGTGCTGCCCACATCCAAGGTGGATCTTCCCACCTCAAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||
seq2  GTCCACGAAACTGTGCTGCCCACATCCAAAGGGGATCTTCCCACCTCAAT  950

seq1  TAACAATCAAGACGATTCCCCCTCAGACATGCCCACAGGCCGACCTGACT  1000
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TAACAATCAAGACGATT-CCCCTCAGACATGCCCACAGGCCGA-CTGACT  998

seq1  TAAACAACTCCTCAACTGAATCCCTTTTCAGCTAATTCTAGGCTGTGTCG  1050
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||
seq2  TAAAC-ACTCCTCAACTGAATCCCTTTTCAGCT-ATTCTA-GCTGTGTCG  1045

seq1  GGCTGACAGTTAAAACTGATCAGCACAATGATTCACTGTGAATATTAAAT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGACAGTTAAAACTGATCAGCACAATGATTCACTGTGAATATTAAAT  1095

seq1  AAATCAGTAGAAAAAACCAC-GTG-TGTTCTAAGATTGCTTCCTATGA  1146
      |||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||
seq2  AAATCAGTAG-AAAAACCACGGTGTTGTTCTAAGATTGCTTTCTATGA  1142

seq1: chr1_191459998_191461101
seq2: B6Ng01-087L16.g_112_1210 (reverse)

seq1  CATATCCAGGGATCCATCCCGTAATCAGCCTCCAAATGATGACACCATTG  50
      |||||||| |||||| |||||  ||||||||||||||||||||||| |||
seq2  CATATCCA-GGATCCTTCCCGGTATCAGCCTCCAAATGATGACACC-TTG  48

seq1  CATACACTAGCAAGAGTTTGCTGAAAGAACCCTGATATAGCTG-TCTTTT  99
      || | ||||||||||||||||||||||||||   ||||||||| ||||||
seq2  CAAAAACTAGCAAGAGTTTGCTGAAAGAACCTGAATATAGCTGTTCTTTT  98

seq1  GTGAGACTAGGCCGGGGCCTAGCAAACACAGAAGTGGATGCTCACAGTCA  149
      ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||
seq2  GTGAGACTAGGCC-GGGCCTAGCAAACACAG-AGT-GATGCTCACAGTCA  145

seq1  GCTATTGGATTGATCACAGGGCCCCCAATGGAGGAGCTAGAG-AAAGTAC  198
      ||||||||| ||||||||||| ||||||| || ||||||||| |||||||
seq2  GCTATTGGA-TGATCACAGGG-CCCCAAT-GAAGAGCTAGAGAAAAGTAC  192

seq1  CCAAGGAGCTAATGGGGTCTACAACCCTATAGGCAGAACAACAATATG-A  247
      ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CCAAGAAGCTAATGGGGTCTACAACCCTATAGGCAGAACAACAATATGAA  242

seq1  ACTAACCAGTACCCTGGAGCTCTTGACTCTAGTTGCATATGTATCAAAAG  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAACCAGTACCCTGGAGCTCTTGACTCTAGTTGCATATGTATCAAAAG  292

seq1  ATGGCCTAGTCGGCCATCACTGGAAAGAGAGGCCCATTGGACATGCAAAC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCCTAGTCGGCCATCACTGGAAAGAGAGGCCCATTGGACATGCAAAC  342

seq1  TTTATATGCCCCAGTACAGGGGAACGCCAGGGCCAAAAAGTGGGAATGGG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATATGCCCCAGTACAGGGGAACGCCAGGGCCAAAAAGTGGGAATGGG  392

seq1  TGGCTAGGGGAGTGAGGGGGGAGGGTATGGGGGACTTTTGGGATAGCATT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTAGGGGAGTGAGGGGGGAGGGTATGGGGGACTTTTGGGATAGCATT  442

seq1  GGAAATGTAATTAAGGAAAATACATAATAAAAAATATTTTTTTAAAAAAA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAATGTAATTAAGGAAAATACATAATAAAAAATATTTTTTTAAAAAAA  492

seq1  AGTTTCTGTTTGGTGCTTTATTATGGCCACGGGAAGTAACTACTACAGGT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTCTGTTTGGTGCTTTATTATGGCCACGGGAAGTAACTACTACAGGT  542

seq1  CATCTTTCATCACATGAGAATAGCCCACATTCTACAAGATTGACAGGAAA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTTTCATCACATGAGAATAGCCCACATTCTACAAGATTGACAGGAAA  592

seq1  CACATTCAACATTAAACATGGTCTTCATATCAAGGAGTTGGAGTTCTCCC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATTCAACATTAAACATGGTCTTCATATCAAGGAGTTGGAGTTCTCCC  642

seq1  AAGTCCCTGCTACTTCATCTCAGCCACAAAAGGAAGACAGAGCACAGACC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCCCTGCTACTTCATCTCAGCCACAAAAGGAAGACAGAGCACAGACC  692

seq1  TCGAAAAAGTGTAGGACTTGAACAAACACAATGATGACTTCAGATGACTT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGAAAAAGTGTAGGACTTGAACAAACACAATGATGACTTCAGATGACTT  742

seq1  CCCTTCCTACAGAGGTCTGCACCACAGCTCAGGTAAGTCATGGATGGACA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTCCTACAGAGGTCTGCACCACAGCTCAGGTAAGTCATGGATGGACA  792

seq1  GCTGTGGTGGGACTGGGCTTCACACCCCTGGAAGAGCTGACCTAGTCAGC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTGGTGGGACTGGGCTTCACACCCCTGGAAGAGCTGACCTAGTCAGC  842

seq1  AAAGCAGTCCTCAGCCCCTTCTTCCAAAGGGAAGATAGCTTATCTGAATA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCAGTCCTCAGCCCCTTCTTCCAAAGGGAAGATAGCTTATCTGAATA  892

seq1  ACAGGCAAAAGATCACAATTTAAATGTCCTCAGATAGCAACCAGCTCCAG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGCAAAAGATCACAATTTAAATGTCCTCAGATAGCAACCAGCTCCAG  942

seq1  CTGACTTCTGGTCGTCAGCATGCACTTTAATACGATAGCCACCCTAGTCC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACTTCTGGTCGTCAGCATGCACTTTAATACGATAGCCACCCTAGTCC  992

seq1  TACAAGAGCACTGTTAGGAAGAACGCGGTGCTGTGAACCTGGGTCTGGTG  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAGAGCACTGTTAGGAAGAACGCGGTGCTGTGAACCTGGGTCTGGTG  1042

seq1  GGAACTAGCCTGCTTATCTTTTATGACATTATTTTTTATGACAATATTTT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACTAGCCTGCTTATCTTTTATGACATTATTTTTTATGACAATATTTT  1092

seq1  TATGACA  1104
      |||||||
seq2  TATGACA  1099