BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-087M04
Chromosome1 (Build37)
Map Location 33,000,590 - 33,118,673
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100041238, Khdrbs2, EG408191
Downstream geneEG633498, LOC213711, LOC100040828, EG666108, Prim2, 1700001G17Rik, Rab23, Bag2, Zfp451, OTTMUSG00000022109, B230209C24Rik, Dst
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-087M04.bB6Ng01-087M04.g
ACCDH900794DH900795
length1,170895
definitionDH900794|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-087M04, 5' end.DH900795|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-087M04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(33,117,475 - 33,118,673)(33,000,590 - 33,001,484)
sequence
gaattcagtccctgtggggtcgatagagaagcacacgggagatgctgaac
atcacctctgtctttgtgtgctctttcttaacttgaccttctgctgttac
tcctattctacattttgactgcttagctgtcttatagtctgtggttacac
taattttttgaggcaatattctttatgactttattttttttctatctggc
aaacattcacagttattcattcattttttgcatagaaccacagactttac
attatgagctcactataacatcacagttcagtatgtaacttgataatcct
acaaacctagccaaattaatctctttctttccccattgctcatgtttcta
actttttcagtggataccacccaattccaagtaggtcttatccgaattgt
tccctatgacctttgcctttccatagttccaatcatcttcagaattctgc
atactcacgcatggtcatgtgtgatcacagttggggtaacagcattggaa
gacatctatgctccttgtacttaagtacatgtaagtttggaccatgtctc
cattgtctggagattctccaccatctaagatagtttctcaaaatatgtgt
tcactaaataagttaaattaatgaacaaatgctatcaattaattgaataa
actagggaaaaaaatctcactttggctttaaatgttcttatttgttaagt
cttgatttttgtttctttctgacttgtaaagactacaattctaagccaat
tcatgtcatcatatgaatattttaaatgaatataaaaagcagttccttta
acattgcaagtctattattataattactattttcattcattcaactccac
agtcctattacttttaactccataatactgttagcatattaaatacaaat
gacactattatttttaagtattaattaaaacaatttcttaatagagaaat
atactgtgtttttcagtgagtaaaggctagtagaatcttaaaccaagttt
tcatgcctgacagattttgaaaaaaaaaaaattaagttgcatttggcaga
agtatgggactattaatttgctttattgaataagtaagatctaatgctag
ggctcttcctttggcatatacttaaatacagttggagctacttgttatga
attcccaatgaattcagacc
gaattcccagggacacaaactttacctccccaatttaaaaccatttcgtt
aaataaaattagctacagccaattactttggagactaaagaggggtggag
tttgagttactggactgaggagcatcagggagggaacatgagaagaagga
gaaaggagggagagaaagaaggagcacaaggaggagaagatggagggagg
aggagaatgcaataagaggaaatggaccatgagcatgtggccagaagaaa
aagcaagggacatatggctgggatgtaagttagaaaagctcagaacctgt
tgaatctaggcttatagtttgtaaataaaatgccaggactttgtgtcttt
atgcaggatagctagaatatacaattcacttacacagaagggaaagattt
gtaagcaaaacctagaaagcttaagaggactgtaatagttaaaaagttac
catgcaacaatcatggtaattaaagcaaccagactgttaaaaggtggggg
gtcttcctcttttcgagcccctcccacactcagttctttctttccctatt
ctgcttgttgtttagctttaaaaaaaaaattagtggctgagacagatgca
gatacttacagacaacaaatggactgaggtcagggacccctatggaagag
ttaggcaaaggagtgaaagagctgaaggagattgcaattccataggaaga
tcgacaatatcaactaaccctgacccctgggaacttgcagagtctaagcc
accagccaaagagcatacatgggctggtcctgggcccctggcacatatgt
aacagaagactgcccagcctggcctcagaaggataggctgtgcctaatcc
tgtagagatttgaacccctagtggagggtgatatgggggtgagtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_33117475_33118673
seq2: B6Ng01-087M04.b_46_1215 (reverse)

seq1  GGTCTTGAATTCATTTTGGATATTACATAACAAAGTAGCTACAACATGTA  50
      |||| ||||||||  ||||  ||| |||||| |||||||| |||| ||||
seq2  GGTC-TGAATTCA--TTGGGAATT-CATAAC-AAGTAGCTCCAAC-TGTA  44

seq1  TTTATAAAGATATATGCAAAAAAGGAAGGAGCACTAGCATTAAGAATCTT  100
      |||   ||| |||||||   ||||||| |||| |||||||||   |||||
seq2  TTT---AAG-TATATGC--CAAAGGAA-GAGCCCTAGCATTA--GATCTT  85

seq1  ACTTAATTTTCAAATAAAAGCAAATATATAGGTCCCATACTTCTTGCCAA  150
      |||||   |||||   |||||||||  ||| |||||||||||| ||||||
seq2  ACTTA---TTCAA--TAAAGCAAATTAATA-GTCCCATACTTC-TGCCAA  128

seq1  ATGGCAACCTTAATTTTTTTTTTTTTCAAAATCTGTCAGGCCATGAAAAC  200
      || |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| 
seq2  AT-GCAA-CTTAA-TTTTTTTTTTTTCAAAATCTGTCAGG-CATGAAAA-  173

seq1  CTTGGTTTAAGATTCTACTAGCCTTTACTCACTGAAAAACACAGTATATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGTTTAAGATTCTACTAGCCTTTACTCACTGAAAAACACAGTATATT  223

seq1  TCTCTATTTAAGAAATTGTTTTAATTAATACCTTAAAAATAATAGTGTCA  300
      |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TCTCTA-TTAAGAAATTGTTTTAATTAATA-CTTAAAAATAATAGTGTCA  271

seq1  TTTGTATTTAATATGCTAACAGTATTATGGAGTTAAAAGTAATAGGACTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTATTTAATATGCTAACAGTATTATGGAGTTAAAAGTAATAGGACTG  321

seq1  TGGAGTTGAATGAATGAAAATAGTAATTATAATAATAGACTTGCAATGTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGTTGAATGAATGAAAATAGTAATTATAATAATAGACTTGCAATGTT  371

seq1  AAAGGAACTGCTTTTTATATTCATTTAAAATATTCATATGATGACATGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGAACTGCTTTTTATATTCATTTAAAATATTCATATGATGACATGAA  421

seq1  TTGGCTTAGAATTGTAGTCTTTACAAGTCAGAAAGAAACAAAAATCAAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCTTAGAATTGTAGTCTTTACAAGTCAGAAAGAAACAAAAATCAAGA  471

seq1  CTTAACAAATAAGAACATTTAAAGCCAAAGTGAGATTTTTTTCCCTAGTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAACAAATAAGAACATTTAAAGCCAAAGTGAGATTTTTTTCCCTAGTT  521

seq1  TATTCAATTAATTGATAGCATTTGTTCATTAATTTAACTTATTTAGTGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCAATTAATTGATAGCATTTGTTCATTAATTTAACTTATTTAGTGAA  571

seq1  CACATATTTTGAGAAACTATCTTAGATGGTGGAGAATCTCCAGACAATGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATATTTTGAGAAACTATCTTAGATGGTGGAGAATCTCCAGACAATGG  621

seq1  AGACATGGTCCAAACTTACATGTACTTAAGTACAAGGAGCATAGATGTCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACATGGTCCAAACTTACATGTACTTAAGTACAAGGAGCATAGATGTCT  671

seq1  TCCAATGCTGTTACCCCAACTGTGATCACACATGACCATGCGTGAGTATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAATGCTGTTACCCCAACTGTGATCACACATGACCATGCGTGAGTATG  721

seq1  CAGAATTCTGAAGATGATTGGAACTATGGAAAGGCAAAGGTCATAGGGAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATTCTGAAGATGATTGGAACTATGGAAAGGCAAAGGTCATAGGGAA  771

seq1  CAATTCGGATAAGACCTACTTGGAATTGGGTGGTATCCACTGAAAAAGTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTCGGATAAGACCTACTTGGAATTGGGTGGTATCCACTGAAAAAGTT  821

seq1  AGAAACATGAGCAATGGGGAAAGAAAGAGATTAATTTGGCTAGGTTTGTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACATGAGCAATGGGGAAAGAAAGAGATTAATTTGGCTAGGTTTGTA  871

seq1  GGATTATCAAGTTACATACTGAACTGTGATGTTATAGTGAGCTCATAATG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTATCAAGTTACATACTGAACTGTGATGTTATAGTGAGCTCATAATG  921

seq1  TAAAGTCTGTGGTTCTATGCAAAAAATGAATGAATAACTGTGAATGTTTG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGTCTGTGGTTCTATGCAAAAAATGAATGAATAACTGTGAATGTTTG  971

seq1  CCAGATAGAAAAAAAATAAAGTCATAAAGAATATTGCCTCAAAAAATTAG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGATAGAAAAAAAATAAAGTCATAAAGAATATTGCCTCAAAAAATTAG  1021

seq1  TGTAACCACAGACTATAAGACAGCTAAGCAGTCAAAATGTAGAATAGGAG  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAACCACAGACTATAAGACAGCTAAGCAGTCAAAATGTAGAATAGGAG  1071

seq1  TAACAGCAGAAGGTCAAGTTAAGAAAGAGCACACAAAGACAGAGGTGATG  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAGCAGAAGGTCAAGTTAAGAAAGAGCACACAAAGACAGAGGTGATG  1121

seq1  TTCAGCATCTCCCGTGTGCTTCTCTATCGACCCCACAGGGACTGAATTC  1199
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGCATCTCCCGTGTGCTTCTCTATCGACCCCACAGGGACTGAATTC  1170

seq1: chr1_33000590_33001484
seq2: B6Ng01-087M04.g_69_963

seq1  GAATTCCCAGGGACACAAACTTTACCTCCCCAATTTAAAACCATTTCGTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCAGGGACACAAACTTTACCTCCCCAATTTAAAACCATTTCGTT  50

seq1  AAATAAAATTAGCTACAGCCAATTACTTTGGAGACTAAAGAGGGGTGGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAAATTAGCTACAGCCAATTACTTTGGAGACTAAAGAGGGGTGGAG  100

seq1  TTTGAGTTACTGGACTGAGGAGCATCAGGGAGGGAACATGAGAAGAAGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAGTTACTGGACTGAGGAGCATCAGGGAGGGAACATGAGAAGAAGGA  150

seq1  GAAAGGAGGGAGAGAAAGAAGGAGCACAAGGAGGAGAAGATGGAGGGAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGAGGGAGAGAAAGAAGGAGCACAAGGAGGAGAAGATGGAGGGAGG  200

seq1  AGGAGAATGCAATAAGAGGAAATGGACCATGAGCATGTGGCCAGAAGAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGAATGCAATAAGAGGAAATGGACCATGAGCATGTGGCCAGAAGAAA  250

seq1  AAGCAAGGGACATATGGCTGGGATGTAAGTTAGAAAAGCTCAGAACCTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAAGGGACATATGGCTGGGATGTAAGTTAGAAAAGCTCAGAACCTGT  300

seq1  TGAATCTAGGCTTATAGTTTGTAAATAAAATGCCAGGACTTTGTGTCTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATCTAGGCTTATAGTTTGTAAATAAAATGCCAGGACTTTGTGTCTTT  350

seq1  ATGCAGGATAGCTAGAATATACAATTCACTTACACAGAAGGGAAAGATTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAGGATAGCTAGAATATACAATTCACTTACACAGAAGGGAAAGATTT  400

seq1  GTAAGCAAAACCTAGAAAGCTTAAGAGGACTGTAATAGTTAAAAAGTTAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGCAAAACCTAGAAAGCTTAAGAGGACTGTAATAGTTAAAAAGTTAC  450

seq1  CATGCAACAATCATGGTAATTAAAGCAACCAGACTGTTAAAAGGTGGGGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCAACAATCATGGTAATTAAAGCAACCAGACTGTTAAAAGGTGGGGG  500

seq1  GTCTTCCTCTTTTCGAGCCCCTCCCACACTCAGTTCTTTCTTTCCCTATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTCCTCTTTTCGAGCCCCTCCCACACTCAGTTCTTTCTTTCCCTATT  550

seq1  CTGCTTGTTGTTTAGCTTTAAAAAAAAAATTAGTGGCTGAGACAGATGCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTGTTGTTTAGCTTTAAAAAAAAAATTAGTGGCTGAGACAGATGCA  600

seq1  GATACTTACAGACAACAAATGGACTGAGGTCAGGGACCCCTATGGAAGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACTTACAGACAACAAATGGACTGAGGTCAGGGACCCCTATGGAAGAG  650

seq1  TTAGGCAAAGGAGTGAAAGAGCTGAAGGAGATTGCAATTCCATAGGAAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGCAAAGGAGTGAAAGAGCTGAAGGAGATTGCAATTCCATAGGAAGA  700

seq1  TCGACAATATCAACTAACCCTGACCCCTGGGAACTTGCAGAGTCTAAGCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGACAATATCAACTAACCCTGACCCCTGGGAACTTGCAGAGTCTAAGCC  750

seq1  ACCAGCCAAAGAGCATACATGGGCTGGTCCTGGGCCCCTGGCACATATGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGCCAAAGAGCATACATGGGCTGGTCCTGGGCCCCTGGCACATATGT  800

seq1  AACAGAAGACTGCCCAGCCTGGCCTCAGAAGGATAGGCTGTGCCTAATCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGAAGACTGCCCAGCCTGGCCTCAGAAGGATAGGCTGTGCCTAATCC  850

seq1  TGTAGAGATTTGAACCCCTAGTGGAGGGTGATATGGGGGTGAGTG  895
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGAGATTTGAACCCCTAGTGGAGGGTGATATGGGGGTGAGTG  895