BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-087O07
Chromosome1 (Build37)
Map Location 73,475,863 - 73,661,424
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC672208, LOC100043291
Upstream geneMarch4, Smarcal1, Ankar, Rpl37a, Igfbp2, Igfbp5, LOC672187, LOC100042860, Tnp1, 1700027A15Rik, Pinc
Downstream geneTns1, Rufy4, Il8rb, Il8ra, Arpc2, Gpbar1, Aamp, Pnkd, Tmbim1, 2410125D13Rik, Gm216, Slc11a1, Ctdsp1, Vil1, Usp37, Rqcd1, Plcd4, Zfp142, Bcs1l, Rnf25, Stk36
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-087O07.bB6Ng01-087O07.g
ACCDH900894DH900895
length1,0861,003
definitionDH900894|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-087O07, 5' end.DH900895|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-087O07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(73,660,356 - 73,661,424)(73,475,863 - 73,476,867)
sequence
gaattcctagctatgacactcaagaatctaacttctatgtttattctgaa
gctaaatctaaaaaaaaacacaaaacaaaacaaataagtaaacaaaagca
aacaagaatacatggtcagggtcatttacaaaatcatgactttgggaggg
aaacaaccctgtccagagtgcacctttttttttttttttttaaatatagt
ttggctttgcatgcctgctagaattatacaaattctcaaaataaaatcaa
ataagaaaaggaaaggactataagaaaaaaggcctcaagttaaacataaa
aagaaataaaataaccccactactcagccaattaatagtatagaccatga
gtctcagtcagcatagaccatgtgtctcagtcagagtttctattcctgca
caaacatcatgaccaagaagcaagttggggaggaaagggtttattcggct
tacacttccacatttgttgttcatcaccaaaggaagtcaggactggaact
aagcaggtcaggaagcaggagctgatgcagaggccatggagggatgttac
atcctggcttgtttctcccagcttgctcagcttgctttcttatagaacct
aagactaccagctcagagatggcaccactcacagtggactgggccctctc
cccttgatcactggttgagaaaataccttacagctggatctcatggaggc
atttcctcacctgaagctccttttctctgtgataatccagctttgtgtca
acttgacacacaaaaccagccagtacaacacggaagagtctagtgtgaca
cctggttctagctggtatatatttagtggcatacagttgaggggggaaaa
gcgccatgcaaagaaatttacactttgctctggtttggtgtttgtaggaa
taatttacacagagcctttgagaaaaattgtaggatagaagaatgaactg
actaataagctattttcagcccctgttgagagaacaaagctaattttgaa
atggggcaggggaggcaggaaaaccttcccgcatggaattcaaaggcact
aagaatgtatttattggttaaaccacctgggcatga
gaattcttcctatcagatatctatatttatacttatatactagtataatg
atagacctcatgaaccatatttatgtgtgtacatatattgaatgcattta
tataaaattttatataattatatgtatttatataagtatatcatgcatga
aatcatatgtatgtaaatacattaatatattgatatgcatttatatgcaa
tttatatctgattatatatttatgtacatacatacacatgagaatatatt
atataaaaacatacataacaaagttgttattatacatacacatacccata
aatgaatattgaagatatgtgtatgtataaatatatatgaatccttgaaa
tttgtgtcaaatttccttatgttttagatatttatctagagagtcatagt
ttttcctatgtttagttcacatcattcccaaaatttaactatgatacttt
tgtggttttctggaataaacttaacagggctgtgtcatagttttgtattt
agctcgtattcttcattttttgttaaatcaaatttatgtctgtatttaag
agtaggattggcctgtggttttccttttcttttcaattgtaatcttatat
tgaaattattgttgctcttattgagtgtattaaaatttttctcttttcat
aatatgaaaagagtttccaggttattggaatgattgctttcataaaagtt
ttgaaatatgaggactgctattccgtcagcacatactggcattcacttgc
atgtttaatatcactatgggtcagagttaactattgttaatcatgaatga
acttattttgtgctgggttttgatacacccctatttccttatcattttac
aaggataggttagctggatataaatgtgcttgtgctggtggtgcaaagtt
taaaattataaataatagatgctttacttgcttcatggggtgatggtaag
tatggattgaatttttaaatttcgtgcaaatgaatacaaaaaaagtagat
tta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_73660356_73661424
seq2: B6Ng01-087O07.b_48_1133 (reverse)

seq1  TCATGCC--AGTGGTTAAACC-ATAAATACATTC-TAGTGCCTTTGAATT  46
      |||||||   |||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TCATGCCCAGGTGGTTTAACCAATAAATACATTCTTAGTGCCTTTGAATT  50

seq1  CCATGC-AGAAGGTTTCTCCTGCCT-CCCTGCCCCA-TTCATAA-TAGCT  92
      ||||||  |||||||| |||||||| |||||||||| |||| || |||||
seq2  CCATGCGGGAAGGTTT-TCCTGCCTCCCCTGCCCCATTTCAAAATTAGCT  99

seq1  TCTGTCTCTC-ACAGTGGCTGAAAATAGC-TAATAGTCA-TTCATTC-TC  138
      |   |||||| |||| ||||||||||||| || |||||| ||||||| ||
seq2  TTGTTCTCTCAACAGGGGCTGAAAATAGCTTATTAGTCAGTTCATTCTTC  149

seq1  TATCCTACAA-TTTTCTC-AAGGCTCTGTGTAAATTATT-CTACAAACAC  185
      |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TATCCTACAATTTTTCTCAAAGGCTCTGTGTAAATTATTCCTACAAACAC  199

seq1  CAAA-CAGAGCAAAGTGTAAATTTCTTTGCATGGCGCTTTT-CCCCCTCA  233
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CAAACCAGAGCAAAGTGTAAATTTCTTTGCATGGCGCTTTTCCCCCCTCA  249

seq1  ACTGTATGCCACTAAATATATACCAGCTAGAACCAGGTGTCACACTAGAC  283
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTATGCCACTAAATATATACCAGCTAGAACCAGGTGTCACACTAGAC  299

seq1  TCTTCCGTGTTGTACTGGCTGGTTTTGTGTGTCAAGTTGACAC-AAGCTG  332
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TCTTCCGTGTTGTACTGGCTGGTTTTGTGTGTCAAGTTGACACAAAGCTG  349

seq1  GAGTTATCACAGAG-AAAGGAGCTTCAGGTGAGGAAATGCCTCCATGAGA  381
      || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GA-TTATCACAGAGAAAAGGAGCTTCAGGTGAGGAAATGCCTCCATGAGA  398

seq1  TCCAGCTGTAAGGTATTTTCTCAACCAGTGATCAAGGGGAGAGGGCCCAG  431
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGCTGTAAGGTATTTTCTCAACCAGTGATCAAGGGGAGAGGGCCCAG  448

seq1  TCCACTGTGAGTGGTGCCATCTCTGAGCTGGTAGTCTTAGGTTCTATAAG  481
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACTGTGAGTGGTGCCATCTCTGAGCTGGTAGTCTTAGGTTCTATAAG  498

seq1  AAAGCAAGCTGAGCAAGCTGGGAGAAACAAGCCAGGATGTAACATCCCTC  531
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCAAGCTGAGCAAGCTGGGAGAAACAAGCCAGGATGTAACATCCCTC  548

seq1  CATGGCCTCTGCATCAGCTCCTGCTTCCTGACCTGCTTAGTTCCAGTCCT  581
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGCCTCTGCATCAGCTCCTGCTTCCTGACCTGCTTAGTTCCAGTCCT  598

seq1  GACTTCCTTTGGTGATGAACAACAAATGTGGAAGTGTAAGCCGAATAAAC  631
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTCCTTTGGTGATGAACAACAAATGTGGAAGTGTAAGCCGAATAAAC  648

seq1  CCTTTCCTCCCCAACTTGCTTCTTGGTCATGATGTTTGTGCAGGAATAGA  681
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTCCTCCCCAACTTGCTTCTTGGTCATGATGTTTGTGCAGGAATAGA  698

seq1  AACTCTGACTGAGACACATGGTCTATGCTGACTGAGACTCATGGTCTATA  731
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCTGACTGAGACACATGGTCTATGCTGACTGAGACTCATGGTCTATA  748

seq1  CTATTAATTGGCTGAGTAGTGGGGTTATTTTATTTCTTTTTATGTTTAAC  781
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTAATTGGCTGAGTAGTGGGGTTATTTTATTTCTTTTTATGTTTAAC  798

seq1  TTGAGGCCTTTTTTCTTATAGTCCTTTCCTTTTCTTATTTGATTTTATTT  831
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGGCCTTTTTTCTTATAGTCCTTTCCTTTTCTTATTTGATTTTATTT  848

seq1  TGAGAATTTGTATAATTCTAGCAGGCATGCAAAGCCAAACTATATTTAAA  881
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAATTTGTATAATTCTAGCAGGCATGCAAAGCCAAACTATATTTAAA  898

seq1  AAAAAAAAAAAAAAGGTGCACTCTGGACAGGGTTGTTTCCCTCCCAAAGT  931
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAAAAAAAGGTGCACTCTGGACAGGGTTGTTTCCCTCCCAAAGT  948

seq1  CATGATTTTGTAAATGACCCTGACCATGTATTCTTGTTTGCTTTTGTTTA  981
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGATTTTGTAAATGACCCTGACCATGTATTCTTGTTTGCTTTTGTTTA  998

seq1  CTTATTTGTTTTGTTTTGTGTTTTTTTTTAGATTTAGCTTCAGAATAAAC  1031
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATTTGTTTTGTTTTGTGTTTTTTTTTAGATTTAGCTTCAGAATAAAC  1048

seq1  ATAGAAGTTAGATTCTTGAGTGTCATAGCTAGGAATTC  1069
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAAGTTAGATTCTTGAGTGTCATAGCTAGGAATTC  1086

seq1: chr1_73475863_73476867
seq2: B6Ng01-087O07.g_68_1069

seq1  GAATTCTTCCTATCAGATATCTATATTTATACTTATATACTAGTATAATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCCTATCAGATATCTATATTTATACTTATATACTAGTATAATG  50

seq1  ATAGACCTCATGAACCATATTTATGTGTGTACATATATTGAATGCATTTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGACCTCATGAACCATATTTATGTGTGTACATATATTGAATGCATTTA  100

seq1  TATAAAATTTTATATAATTATATGTATTTATATAAGTATATCATGCATGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAAATTTTATATAATTATATGTATTTATATAAGTATATCATGCATGA  150

seq1  AATCATATGTATGTAAATACATTAATATATTGATATGCATTTATATGCAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCATATGTATGTAAATACATTAATATATTGATATGCATTTATATGCAA  200

seq1  TTTATATCTGATTATATATTTATGTACATACATACACATGAGAATATATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATATCTGATTATATATTTATGTACATACATACACATGAGAATATATT  250

seq1  ATATAAAAACATACATAACAAAGTTGTTATTATACATACACATACCCATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAAAAACATACATAACAAAGTTGTTATTATACATACACATACCCATA  300

seq1  AATGAATATTGAAGATATGTGTATGTATAAATATATATGAATCCTTGAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAATATTGAAGATATGTGTATGTATAAATATATATGAATCCTTGAAA  350

seq1  TTTGTGTCAAATTTCCTTATGTTTTAGATATTTATCTAGAGAGTCATAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGTCAAATTTCCTTATGTTTTAGATATTTATCTAGAGAGTCATAGT  400

seq1  TTTTCCTATGTTTAGTTCACATCATTCCCAAAATTTAACTATGATACTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCTATGTTTAGTTCACATCATTCCCAAAATTTAACTATGATACTTT  450

seq1  TGTGGTTTTCTGGAATAAACTTAACAGGGCTGTGTCATAGTTTTGTATTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGTTTTCTGGAATAAACTTAACAGGGCTGTGTCATAGTTTTGTATTT  500

seq1  AGCTCGTATTCTTCATTTTTTGTTAAATCAAATTTATGTCTGTATTTAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCGTATTCTTCATTTTTTGTTAAATCAAATTTATGTCTGTATTTAAG  550

seq1  AGTAGGATTGGCCTGTGGTTTTCCTTTTCTTTTCAATTGTAATCTTATAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGGATTGGCCTGTGGTTTTCCTTTTCTTTTCAATTGTAATCTTATAT  600

seq1  TGAAATTATTGTTGCTCTTATTGAGTGTATTAAAATTTTTCTCTTTTCAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATTATTGTTGCTCTTATTGAGTGTATTAAAATTTTTCTCTTTTCAT  650

seq1  AATATGAAAAGAGTTTCCAGGTTATTGGAATGATTGCTTTCATAAAAGTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATGAAAAGAGTTTCCAGGTTATTGGAATGATTGCTTTCATAAAAGTT  700

seq1  TTGAAATATGAGGACTGCTATTCCGTCAGCACATACTGGCATTCACTTGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAATATGAGGACTGCTATTCCGTCAGCACATACTGGCATTCACTTGC  750

seq1  ATGTTTAATATCACTAT-GGTCAGAGTTAACTATTGTTAATCATGAATGA  799
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTAATATCACTATGGGTCAGAGTTAACTATTGTTAATCATGAATGA  800

seq1  ACTTATTTTGTGCT-GGTTTTGATACACCCCTATTTCCTTATCATTTTAC  848
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTATTTTGTGCTGGGTTTTGATACACCCCTATTTCCTTATCATTTTAC  850

seq1  AAGGATAGGTTAGCTGGATATAAAATGTGCTTGTGCTGGTGGTGCAAAGT  898
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGATAGGTTAGCTGGATAT-AAATGTGCTTGTGCTGGTGGTGCAAAGT  899

seq1  TTAAAATTATAAAATAATAGATGCTTTACTTGCTTCATGGGGTGATTGTT  948
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
seq2  TTAAAATTAT-AAATAATAGATGCTTTACTTGCTTCATGGGGTGA-TGGT  947

seq1  AAGTATGGATTGAATTTTTAAATTTCGTGCAAATGAAATTACAAAAAAAG  998
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||
seq2  AAGTATGGATTGAATTTTTAAATTTCGTGCAAATGAA--TACAAAAAAAG  995

seq1  TAGATTT  1005
      |||||||
seq2  TAGATTT  1002