BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-087P01
Chromosome1 (Build37)
Map Location 41,206,569 - 41,365,025
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100041441
Upstream geneIl1r1, Il1rl2, Il1rl1, Il18r1, Il18rap, Slc9a4, Slc9a2, Mfsd9, Tmem182, Ppia-ps1_352.1
Downstream geneLOC383634, LOC666582
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-087P01.bB6Ng01-087P01.g
ACCDH900928DH900929
length1,133878
definitionDH900928|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-087P01, 5' end.DH900929|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-087P01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(41,363,898 - 41,365,025)(41,206,569 - 41,207,444)
sequence
gaattcatgcatgaagtctaagaagctagagtctgatatcaggagaccat
cacatcaataacaacagattcactagctcaaaatgacaaaataaaaacaa
gggcatgagccttgcttcagatcggagctctatatctgagctgcccggta
gaagcctctgaccaaactaatggtgagttttcttctcagttagttctcac
tggaaagtgtctgacaaactaatctagaggtaagtgatgctaaaaccagt
caagtaaacagctaagcccagtcatggcaaaagataggagctaagatctc
cattaatactggagccacaggtccaaagtgaggttcactcaaagacatcc
catagtcgaaaatgtgatgtgtttccaggcttcagcgtttagtagaattg
atgtggtaatgcattcttatcttatgatgctgctttcaaatttacagtga
taatcataatttcatgagcattttaaagtcctaacatacaaacaatgggt
tacagttaaaaagcaggtcaagaccaaactccctctacaaaagattttga
ctaagttgttgaccaaaaatccagaaccaaaattcatacaaaataaggca
aattgcataatgataaaggatcaacactcaaggagttacaatcccaactg
tgttacatcttaaatatgtgaggtaaacaataatgaagccatgggataaa
cagacaaatccattattgaatgaagacttcgccaccttttctccagtaat
tgacagttcaagtaggcacataatcagtaataccaaagtgttgacctaca
cagtaccatcaatcaccgtaacagcattgacattgtacagcactccactg
aaggaataggatttcactctcctttcactcttctgtggaacattcaagat
agaccacacgctgagtctcaaagcatgaatggaatggtgagaaataacag
agacctacaacttacttcctgagatcaaactggggattaaactataaatc
tgtgacaataaagattgttgatatatcctaaaatatttgatactttgggt
cacattttaagaaaaacctcagtaaatctacttccataaagaatattttt
tagcaattttgggggataattaaaatatatttt
gaattctcttgtttctccaccattaattccctatggagaactgagcaagt
ccatggttaccaacatgagctttctaccctgacagcacccacccagggac
cactggaagccaccataatcatgagagtgtgcttgccaggcaccaagggg
tctgtgcttaatagtgacaccttgtgacaatggggagctagtgtaatggt
tatcccaggggctactacagttcgctggatcagagaggctgcaccatgga
aattactagctctggagacgtaggcattatcagcaagccacatgtcctta
ccttcctaacagcagccttggaaaatgtcctggattgactgcagaacttt
cccataaccccattgaatagtcatcaggcatggtaggtgtgcagaacttt
cccatatccccattgaatagtcatcaggcatggtaggtggtgatgcggag
attctagaagtcaccttatgctgctacgtttacatatagactgacatttg
caaccagcacttatgcacttaacagtttcagaacacagattcataactga
attaacttacggagtcatttacaattaggctgacagaatcaagcggtggt
tccccacctatgtggtgtgacccctctaaggtcaaacagccctttcacag
gcgtcaaatatcagatatcctgaatatcagatatttacatcatgattcat
aacagttgcaaaattacagttatgaagtatcgatggttatgggttggcgg
tcaccacaacatgaggaactgtactgaagggttgcagcattgggaagggt
gagaaccactgggattaaaagaatataagctgcccctcaagccccatgtg
gtgttttggagtgtgtgtgagtgtgtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_41363898_41365025
seq2: B6Ng01-087P01.b_48_1180 (reverse)

seq1  AAAATATATTTTTAATTTATCCCCCAAAATTGCT--AAAATATTTTTAAT  48
      ||||||||||||  | ||||||||||||||||||  |||||||| || ||
seq2  AAAATATATTTT--AATTATCCCCCAAAATTGCTAAAAAATATTCTTTAT  48

seq1  TGAAGTAGATTTACTGA-GTTTATCTTAAAATGTGA-CCAAAGTATTCCA  96
       |||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||  ||
seq2  GGAAGTAGATTTACTGAGGTTTTTCTTAAAATGTGACCCAAAGTAT--CA  96

seq1  AATATTTTA-GATATATCAACAATCTTTA-TGTCACAGATTTATAGTTTA  144
      ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  AATATTTTAGGATATATCAACAATCTTTATTGTCACAGATTTATAGTTTA  146

seq1  AT-CCCAGTTTGATCTCAGGATGTAAGTTGTAGGTCTCTGTTATTTCTCA  193
      || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCCAGTTTGATCTCAGGAAGTAAGTTGTAGGTCTCTGTTATTTCTCA  196

seq1  CCATTCCATTCATGCTTTGAGACTCAGCGTGTGGTCTATCTTGAATGTTC  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTCCATTCATGCTTTGAGACTCAGCGTGTGGTCTATCTTGAATGTTC  246

seq1  CACAGAAGAGTGAAAGGAGAGTG-AATCCTATTCCTTCAGTGGAGTGCTG  292
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGAAGAGTGAAAGGAGAGTGAAATCCTATTCCTTCAGTGGAGTGCTG  296

seq1  TACAATGTCAATGCTGTTACGGTGATTGATGGTACTGTGTAGGTCAACAC  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAATGTCAATGCTGTTACGGTGATTGATGGTACTGTGTAGGTCAACAC  346

seq1  -TTGGTATTACTGATTATGTGCCTACTTGAACTGTCAATTACTGGAGAAA  391
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGTATTACTGATTATGTGCCTACTTGAACTGTCAATTACTGGAGAAA  396

seq1  AGGTGGCGAAGTCTTCATTCAATAATGGATTTGTCTGTTTATCCCATGGC  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGGCGAAGTCTTCATTCAATAATGGATTTGTCTGTTTATCCCATGGC  446

seq1  TTCATTATTGTTTACCTCACATATTTAAGATGTAACACAGTTGGGATTGT  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTATTGTTTACCTCACATATTTAAGATGTAACACAGTTGGGATTGT  496

seq1  AACTCCTTGAGTGTTGATCCTTTATCATTATGCAATTTGCCTTATTTTGT  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCCTTGAGTGTTGATCCTTTATCATTATGCAATTTGCCTTATTTTGT  546

seq1  ATGAATTTTGGTTCTGGATTTTTGGTCAACAACTTAGTCAAAATCTTTTG  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATTTTGGTTCTGGATTTTTGGTCAACAACTTAGTCAAAATCTTTTG  596

seq1  TAGAGGGAGTTTGGTCTTGACCTGCTTTTTAACTGTAACCCATTGTTTGT  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGGGAGTTTGGTCTTGACCTGCTTTTTAACTGTAACCCATTGTTTGT  646

seq1  ATGTTAGGACTTTAAAATGCTCATGAAATTATGATTATCACTGTAAATTT  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTAGGACTTTAAAATGCTCATGAAATTATGATTATCACTGTAAATTT  696

seq1  GAAAGCAGCATCATAAGATAAGAATGCATTACCACATCAATTCTACTAAA  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGCAGCATCATAAGATAAGAATGCATTACCACATCAATTCTACTAAA  746

seq1  CGCTGAAGCCTGGAAACACATCACATTTTCGACTATGGGATGTCTTTGAG  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCTGAAGCCTGGAAACACATCACATTTTCGACTATGGGATGTCTTTGAG  796

seq1  TGAACCTCACTTTGGACCTGTGGCTCCAGTATTAATGGAGATCTTAGCTC  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACCTCACTTTGGACCTGTGGCTCCAGTATTAATGGAGATCTTAGCTC  846

seq1  CTATCTTTTGCCATGACTGGGCTTAGCTGTTTACTTGACTGGTTTTAGCA  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCTTTTGCCATGACTGGGCTTAGCTGTTTACTTGACTGGTTTTAGCA  896

seq1  TCACTTACCTCTAGATTAGTTTGTCAGACACTTTCCAGTGAGAACTAACT  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTTACCTCTAGATTAGTTTGTCAGACACTTTCCAGTGAGAACTAACT  946

seq1  GAGAAGAAAACTCACCATTAGTTTGGTCAGAGGCTTCTACCGGGCAGCTC  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGAAAACTCACCATTAGTTTGGTCAGAGGCTTCTACCGGGCAGCTC  996

seq1  AGATATAGAGCTCCGATCTGAAGCAAGGCTCATGCCCTTGTTTTTATTTT  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATATAGAGCTCCGATCTGAAGCAAGGCTCATGCCCTTGTTTTTATTTT  1046

seq1  GTCATTTTGAGCTAGTGAATCTGTTGTTATTGATGTGATGGTCTCCTGAT  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATTTTGAGCTAGTGAATCTGTTGTTATTGATGTGATGGTCTCCTGAT  1096

seq1  ATCAGACTCTAGCTTCTTAGACTTCATGCATGAATTC  1128
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGACTCTAGCTTCTTAGACTTCATGCATGAATTC  1133

seq1: chr1_41206569_41207444
seq2: B6Ng01-087P01.g_68_945

seq1  GAATTCTCTTGTTTCTCCACCATTAATTCCCTATGGAGAACTGAGCAAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTTGTTTCTCCACCATTAATTCCCTATGGAGAACTGAGCAAGT  50

seq1  CCATGGTTACCAACATGAGCTTTCTACCCTGACAGCACCCACCCAGGGAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGGTTACCAACATGAGCTTTCTACCCTGACAGCACCCACCCAGGGAC  100

seq1  CACTGGAAGCCACCATAATCATGAGAGTGTGCTTGCCAGGCACCAAGGGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGGAAGCCACCATAATCATGAGAGTGTGCTTGCCAGGCACCAAGGGG  150

seq1  TCTGTGCTTAATAGTGACACCTTGTGACAATGGGGAGCTAGTGTAATGGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGCTTAATAGTGACACCTTGTGACAATGGGGAGCTAGTGTAATGGT  200

seq1  TATCCCAGGGGCTACTACAGTTCGCTGGATCAGAGAGGCTGCACCATGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCCAGGGGCTACTACAGTTCGCTGGATCAGAGAGGCTGCACCATGGA  250

seq1  AATTACTAGCTCTGGAGACGTAGGCATTATCAGCAAGCCACATGTCCTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTACTAGCTCTGGAGACGTAGGCATTATCAGCAAGCCACATGTCCTTA  300

seq1  CCTTCCTAACAGCAGCCTTGGAAAATGTCCTGGATTGACTGCAGAACTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCCTAACAGCAGCCTTGGAAAATGTCCTGGATTGACTGCAGAACTTT  350

seq1  CCCATAACCCCATTGAATAGTCATCAGGCATGGTAGGTGTGCAGAACTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATAACCCCATTGAATAGTCATCAGGCATGGTAGGTGTGCAGAACTTT  400

seq1  CCCATATCCCCATTGAATAGTCATCAGGCATGGTAGGTGGTGATGCGGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATATCCCCATTGAATAGTCATCAGGCATGGTAGGTGGTGATGCGGAG  450

seq1  ATTCTAGAAGTCACCTTATGCTGCTACGTTTACATATAGACTGACATTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTAGAAGTCACCTTATGCTGCTACGTTTACATATAGACTGACATTTG  500

seq1  CAACCAGCACTTATGCACTTAACAGTTTCAGAACACAGATTCATAACTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCAGCACTTATGCACTTAACAGTTTCAGAACACAGATTCATAACTGA  550

seq1  ATTAACTTACGGAGTCATTTACAATTAGGCTGACAGAATCAAGCGGTGGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAACTTACGGAGTCATTTACAATTAGGCTGACAGAATCAAGCGGTGGT  600

seq1  TCCCCACCTATGTGGTGTGACCCCTCTAAGGTCAAACAGCCCTTTCACAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCACCTATGTGGTGTGACCCCTCTAAGGTCAAACAGCCCTTTCACAG  650

seq1  GCGTCAAATATCAGATATCCTGAATATCAGATATTTACATCATGATTCAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGTCAAATATCAGATATCCTGAATATCAGATATTTACATCATGATTCAT  700

seq1  AACAGTTGCAAAATTACAGTTATGAAGTATCGATGGTTAT-GGTTGGCGG  749
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  AACAGTTGCAAAATTACAGTTATGAAGTATCGATGGTTATGGGTTGGCGG  750

seq1  TCACCACAACATGAGGAACTGTACTGAAGGGTTGCAGCATTGGGAAGGGT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCACAACATGAGGAACTGTACTGAAGGGTTGCAGCATTGGGAAGGGT  800

seq1  GAGAACCACT-GGATTAAAAGAATATAAGCTGCCCCTCAAGCCCCATGTG  848
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAACCACTGGGATTAAAAGAATATAAGCTGCCCCTCAAGCCCCATGTG  850

seq1  GTGTTTTGGAGTGTGTGTGAGTGTGTGT  876
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTTGGAGTGTGTGTGAGTGTGTGT  878