BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-087P23
Chromosome1 (Build37)
Map Location 130,248,644 - 130,403,538
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMcm6, Dars
Upstream geneMgat5, Tmem163, Acmsd, Ccnt2, Ysk4, Rab3gap1, Zranb3, LOC666778, LOC100042670, EG666784, R3hdm1, LOC667109, LOC100042111, Ubxd2, Lct
Downstream geneLOC620659, Cxcr4, LOC100042732, Thsd7b
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-087P23.bB6Ng01-087P23.g
ACCDH900972DH900973
length1,153487
definitionDH900972|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-087P23, 5' end.DH900973|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-087P23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(130,402,373 - 130,403,538)(130,248,644 - 130,249,136)
sequence
gaattcatcagattactgggctaaccagcttttttttttttttcccaaaa
aaaaagttcaaaggaaaaaaaacaggttaagaaggggattgttttatgtc
aagaattgcaaacacctagacaagactggggaggagatacttgccatgcc
aagtgtgagaaccagagggcagatcctcagcaccctcaccactgaaaggc
catgcagtgcagtcccagcagctgcaggctaccccagcctttggcaagca
gagacaaagcatccccagggcaagcaggctggccagactagccaatcaga
gagctcagaattcacctcagaaacccagcctcagagaatagacagcaaca
aagaaagataccatcaacaaagctgggtctctatatgtctgtatacaact
acattcacacctgttcacacatacttaagtccatatacatgtgaacagga
atatacacacatacatcgtgcacacatacatgtgcaaaaacaaaacaaaa
caacctgaaaattttagatagagctggggaaatggctcagtttgtgaaat
gagttccacacaagcaagaagacctaagtttgagccccagaacccaggtg
gcggaagggagaagggaggcaccaactcctgaagtttgtcctctgacgtc
catcattaccctagggaacatgactgcccatactagttcaatgtctttgt
tctaatgaagttcccttacaaaggcaacttaaggaagagaggagcttatt
tcaccatgcagctccagaccagctcgatagggaaaccaagtcaggaactt
gaaacgtctaatcatatcacatccacagtccagagcagagaaaataaaca
catgctcccttgcttgctgctcccttgcttgctgctcccttgcttgctgc
tcgcttgcttgctgcttgctgcttgcttgcttgtgctcagtgtattgctc
cacttccatacaggtcagaaaatgatgccacctacagggggtcgagtctt
tcacatcacttatagacatccctactaccagtcacagctgaccctaatag
aacagtccttcactgagaactgcccagagatctggatgtgtcagttgaca
ttagagctagcatcaaggcatgggaattttttatataagatctgaattac
gca
ttttgaattacaaattcacaataaaggtaaaaatgagctagggagtggtg
gtgtatacctttagttccagctcttggaaggcagaggcaggtggatatca
cagtttgagaccaggctggcctacagagcaagttctaggacagccaggac
taaacagaaaaagtctcaaaaacccagaataagtaaataaataaaaacaa
ctatgaaatatgaaaagactgaagaaataaagttgggtgggtggcatgac
atgcatctaaaaccagtgtgttgctgaaggggcagatcttgggtactcac
tggccagtcagcctagctagaggactacctcagactcaggaaaaggttgg
ggttgggggatggatggtggtgcatgcctttttcaaatctatttttattg
tgtgcattggtgttctgcctgcatgtaagcttgtgtgagggtattagatg
ctctggaactggagttataaagagttgatagctgcca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_130402373_130403538
seq2: B6Ng01-087P23.b_49_1201 (reverse)

seq1  TGCGTATTTCAGATTCTTAT----AAAAATCACATGCTTGTGATGCTTAG  46
      |||||| |||||| ||||||    |||| || ||||| | |||||| |||
seq2  TGCGTAATTCAGA-TCTTATATAAAAAATTCCCATGCCT-TGATGC-TAG  47

seq1  CTCTAATTGTCAACTCGACACAACTCAGAATCTCCTGGGCAGTGTCTCAG  96
      |||||| |||||||| |||||| | ||| |||| ||||||||| ||||||
seq2  CTCTAA-TGTCAACT-GACACATC-CAG-ATCT-CTGGGCAGT-TCTCAG  91

seq1  TGAGGGACTG-TCTATTAGGGCCAGCCTGTGGACTTGTTTGTAGGGGATT  145
      ||| |||||| |||||||||| ||| |||| ||| || | ||||||   |
seq2  TGAAGGACTGTTCTATTAGGGTCAG-CTGT-GAC-TGGTAGTAGGG--AT  136

seq1  GTCTTAATTAGTTGATGTGGAAAGACTCGGACCCCTGTAGGTGGCATCAT  195
      ||||  || || |||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||
seq2  GTCT--ATAAG-TGATGT-GAAAGACTCGACCCCCTGTAGGTGGCATCAT  182

seq1  TTTCTGACCTGTATGGAAGTGGAGCAATACACCTGAGCACAAGCAAGCAA  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGACCTGTATGGAAGTGGAGCAATACA-CTGAGCACAAGCAAGCAA  231

seq1  GCAGCAAGCAGCAAGCAAGCGAGCAGCAAGCAAGGGAGCAGCAAGCAAGG  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCAAGCAGCAAGCAAGCGAGCAGCAAGCAAGGGAGCAGCAAGCAAGG  281

seq1  GAGCAGCAAGCAAGGGAGCATGTGTTTA-TTTCTCTGCTCTGGACTGTGG  344
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAGCAAGCAAGGGAGCATGTGTTTATTTTCTCTGCTCTGGACTGTGG  331

seq1  ATGTGATATGATTAGACGTTTCAAGTTCCTGACTTGGTTTCCCTATCGAG  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGATATGATTAGACGTTTCAAGTTCCTGACTTGGTTTCCCTATCGAG  381

seq1  CTGGTCTGGAGCTGCATGGTGAAATAAGCTCCTCTCTTCCTTAAGTTGCC  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTCTGGAGCTGCATGGTGAAATAAGCTCCTCTCTTCCTTAAGTTGCC  431

seq1  TTTGTAAGGGAACTTCATTAGAACAAAGACATTGAACTAGTATGGGCAGT  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTAAGGGAACTTCATTAGAACAAAGACATTGAACTAGTATGGGCAGT  481

seq1  CATGTTCCCTAGGGTAATGATGGACGTCAGAGGACAAACTTCAGGAGTTG  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTTCCCTAGGGTAATGATGGACGTCAGAGGACAAACTTCAGGAGTTG  531

seq1  GTGCCTCCCTTCTCCCTTCCGCCACCTGGGTTCTGGGGCTCAAACTTAGG  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCTCCCTTCTCCCTTCCGCCACCTGGGTTCTGGGGCTCAAACTTAGG  581

seq1  TCTTCTTGCTTGTGTGGAACTCATTTCACAAACTGAGCCATTTCCCCAGC  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTTGCTTGTGTGGAACTCATTTCACAAACTGAGCCATTTCCCCAGC  631

seq1  TCTATCTAAAATTTTCAGGTTGTTTTGTTTTGTTTTTGCACATGTATGTG  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATCTAAAATTTTCAGGTTGTTTTGTTTTGTTTTTGCACATGTATGTG  681

seq1  TGCACGATGTATGTGTGTATATTCCTGTTCACATGTATATGGACTTAAGT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACGATGTATGTGTGTATATTCCTGTTCACATGTATATGGACTTAAGT  731

seq1  ATGTGTGAACAGGTGTGAATGTAGTTGTATACAGACATATAGAGACCCAG  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTGAACAGGTGTGAATGTAGTTGTATACAGACATATAGAGACCCAG  781

seq1  CTTTGTTGATGGTATCTTTCTTTGTTGCTGTCTATTCTCTGAGGCTGGGT  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTTGATGGTATCTTTCTTTGTTGCTGTCTATTCTCTGAGGCTGGGT  831

seq1  TTCTGAGGTGAATTCTGAGCTCTCTGATTGGCTAGTCTGGCCAGCCTGCT  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGAGGTGAATTCTGAGCTCTCTGATTGGCTAGTCTGGCCAGCCTGCT  881

seq1  TGCCCTGGGGATGCTTTGTCTCTGCTTGCCAAAGGCTGGGGTAGCCTGCA  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCTGGGGATGCTTTGTCTCTGCTTGCCAAAGGCTGGGGTAGCCTGCA  931

seq1  GCTGCTGGGACTGCACTGCATGGCCTTTCAGTGGTGAGGGTGCTGAGGAT  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCTGGGACTGCACTGCATGGCCTTTCAGTGGTGAGGGTGCTGAGGAT  981

seq1  CTGCCCTCTGGTTCTCACACTTGGCATGGCAAGTATCTCCTCCCCAGTCT  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCCTCTGGTTCTCACACTTGGCATGGCAAGTATCTCCTCCCCAGTCT  1031

seq1  TGTCTAGGTGTTTGCAATTCTTGACATAAAACAATCCCCTTCTTAACCTG  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTAGGTGTTTGCAATTCTTGACATAAAACAATCCCCTTCTTAACCTG  1081

seq1  TTTTTTTTCCTTTGAACTTTTTTTTTGGGAAAAAAAAAAAAAAGCTGGTT  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTTCCTTTGAACTTTTTTTTTGGGAAAAAAAAAAAAAAGCTGGTT  1131

seq1  AGCCCAGTAATCTGATGAATTC  1166
      ||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCAGTAATCTGATGAATTC  1153

seq1: chr1_130248644_130249136
seq2: B6Ng01-087P23.g_69_561

seq1  GAATTCTTTTGAATTACAAATTCACAATAAAGGTAAAAATGAGCTAGGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTTGAATTACAAATTCACAATAAAGGTAAAAATGAGCTAGGGA  50

seq1  GTGGTGGTGTATACCTTTAGTTCCAGCTCTTGGAAGGCAGAGGCAGGTGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTGGTGTATACCTTTAGTTCCAGCTCTTGGAAGGCAGAGGCAGGTGG  100

seq1  ATATCACAGTTTGAGACCAGGCTGGCCTACAGAGCAAGTTCTAGGACAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCACAGTTTGAGACCAGGCTGGCCTACAGAGCAAGTTCTAGGACAGC  150

seq1  CAGGACTAAACAGAAAAAGTCTCAAAAACCCAGAATAAGTAAATAAATAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGACTAAACAGAAAAAGTCTCAAAAACCCAGAATAAGTAAATAAATAA  200

seq1  AAACAACTATGAAATATGAAAAGACTGAAGAAATAAAGTTGGGTGGGTGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAACTATGAAATATGAAAAGACTGAAGAAATAAAGTTGGGTGGGTGG  250

seq1  CATGACATGCATCTAAAACCAGTGTGTTGCTGAAGGGGCAGATCTTGGGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGACATGCATCTAAAACCAGTGTGTTGCTGAAGGGGCAGATCTTGGGT  300

seq1  ACTCACTGGCCAGTCAGCCTAGCTAGAGGACTACCTCAGACTCAGGAAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCACTGGCCAGTCAGCCTAGCTAGAGGACTACCTCAGACTCAGGAAAA  350

seq1  GGTTGGGGTTGGGGGATGGATGGTGGTGCATGCCTTTTTCAAATCTATTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGGGGTTGGGGGATGGATGGTGGTGCATGCCTTTTTCAAATCTATTT  400

seq1  TTATTGTGTGCATTGGTGTTCTGCCTGCATGTAAGCTTGTGTGAGGGTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTGTGTGCATTGGTGTTCTGCCTGCATGTAAGCTTGTGTGAGGGTAT  450

seq1  TAGATGCTCTGGAACTGGAGTTATAAAGAGTTGATAGCTGCCA  493
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATGCTCTGGAACTGGAGTTATAAAGAGTTGATAGCTGCCA  493