BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-088D14
Chromosome1 (Build37)
Map Location 38,998,523 - 39,102,450
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNms, Pdcl3
Upstream gene2300002O18Rik, Txndc9, EG666434, Eif5b, Rev1, EG329123, Aff3, Lonrf2, Chst10, EG625775
Downstream geneNpas2, LOC100041999, Rpl31, Tbc1d8, D1Bwg0212e, Rnf149, EG329126, Creg2, 4933400N17Rik, LOC100042065, Map4k4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-088D14.bB6Ng01-088D14.g
ACCDH901140DH901141
length1,084829
definitionDH901140|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-088D14, 5' end.DH901141|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-088D14, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(38,998,523 - 38,999,614)(39,101,622 - 39,102,450)
sequence
gaattcagtgtgattgctgcacggcctcatttgcgacaccctgagagcca
aattgaaatattgcatgaggagatgattcaaggttcataaatggaacaat
tttagagttttaattatgctgtaagagaattctattaactaaagaattta
ttcttgtgtttgatttagtttcctcattttgtcttttagcgactggcata
ctttctgaagcagagggaaatacattctaaccaacctaaggtaaaaatca
tacatatgctagctcttgtggttacattagtatatatgtttacatcataa
ctttttagtaaatgatgctttagctgtctactagaggatgttctgtattt
gtatatgtgtgtgtataaaaatacagtttcaggaaaaaaaaatcaagttt
ttccttttgatacaaactaccacaaaatattggtacttcatgtgtattct
taaaatcatattatctatgtaataaaattaattatatgtccatgacttaa
atatcatagattggtgcattatggcataacagttctccaacaccgtgggt
cctgtaaagcaccacacctaacagtaactgtaggaatcacagttaccagc
gactcagtagatacaaagttgatgttgatgcattgaaaactgaggagagt
ggtcctgcatagttcacaattctcagtgaagccttgagcaacattttctc
tctactcacttccccaatcctcagcatcacacactccagccgcacccctc
agggtctctcaaacacaccggacccttcagatctttagacagccttttct
tttgcctccctcagagcctgtagctacatcccatgctctcagactaggct
gtccaaccctggcagtgtcttgatctctctgtgccttagttggcttgtct
gttccatgtgtgtaattgaagcaacagctccagttatcctgaccaagtgc
ttcacacctgtgatatgctttcaatggcgcccacagcatgtaatgacagc
caccagtgcctcttgttgcagctacttcctattcaaatttagggtctctc
tctctctctccctcttctctctcctctctgtctc
gaattccagcctccagaacagagaaaaaaattattatatgccacccagcc
cgtggcacgctatagcaccccaaacttagactagagattgggaacgacag
atcttgactgcttcttgacatctatgtgtacggagggttgagaatggacc
tggggtagcccaggggttggtccctagatactgagtagggatccagagtg
tcccacacgtaatgttctcacagaacctgcctcacagatgcaataatctt
ctcatgggtttttctcccacacagccacgtgaactctttcggaggaaggt
gctatagctttctcaccatttgaccatgaatctaataccatgcctaccac
atcgcaggtgcgcagtgggtggaactgatatagtgtggatatgcacgctt
cgtgtgaccaagcaaacatgacttatacataaggacaggtggtccctgcc
ataggtatgccctctgtgagaggtggtgaatcaacacaagatgtttccct
ctttttctggtaagaaaggtcttatggaacatattacccgaggtcgagag
agccctggacactcctgcatttcctgtgccgtggcacattttattactga
gcaggcctccctgtcccctgctgacatttgagtgaagcgcttcacttcac
ttcacttccactttttatggcctcgtcttctgttcatgatcactctctct
gtagggtaagagcccacttttgaagatctgtccaactttgttgactgtca
ttcagtaaggtttctgaatcccaaatgtgccataagcaggggctatgggg
gcagggtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_38998523_38999614
seq2: B6Ng01-088D14.b_48_1131

seq1  GAATTCAGTGTGATTGCTGCACGGCCTCATTTGCGACACCCTGAGAGCCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTGTGATTGCTGCACGGCCTCATTTGCGACACCCTGAGAGCCA  50

seq1  AATTGAAATATTGCATGAGGAGATGATTCAAGGTTCATAAATGGAACAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGAAATATTGCATGAGGAGATGATTCAAGGTTCATAAATGGAACAAT  100

seq1  TTTAGAGTTTTAATTATGCTGTAAGAGAATTCTATTAACTAAAGAATTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGAGTTTTAATTATGCTGTAAGAGAATTCTATTAACTAAAGAATTTA  150

seq1  TTCTTGTGTTTGATTTAGTTTCCTCATTTTGTCTTTTAGCGACTGGCATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGTGTTTGATTTAGTTTCCTCATTTTGTCTTTTAGCGACTGGCATA  200

seq1  CTTTCTGAAGCAGAGGGAAATACATTCTAACCAACCTAAGGTAAAAATCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTGAAGCAGAGGGAAATACATTCTAACCAACCTAAGGTAAAAATCA  250

seq1  TACATATGCTAGCTCTTGTGGTTACATTAGTATATATGTTTACATCATAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATATGCTAGCTCTTGTGGTTACATTAGTATATATGTTTACATCATAA  300

seq1  CTTTTTAGTAAATGATGCTTTAGCTGTCTACTAGAGGATGTTCTGTATTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTAGTAAATGATGCTTTAGCTGTCTACTAGAGGATGTTCTGTATTT  350

seq1  GTATATGTGTGTGTATAAAAATACAGTTTCAGGAAAAAAAAATCAAGTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATATGTGTGTGTATAAAAATACAGTTTCAGGAAAAAAAAATCAAGTTT  400

seq1  TTCCTTTTGATACAAACTACCACAAAATATTGGTACTTCATGTGTATTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTTTGATACAAACTACCACAAAATATTGGTACTTCATGTGTATTCT  450

seq1  TAAAATCATATTATCTATGTAATAAAATTAATTATATGTCCATGACTTAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATCATATTATCTATGTAATAAAATTAATTATATGTCCATGACTTAA  500

seq1  ATATCATAGATTGGTGCATTATGGCATAACAGTTCTCCAACACCGTGGGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCATAGATTGGTGCATTATGGCATAACAGTTCTCCAACACCGTGGGT  550

seq1  CCTGTAAAGCACCACACCTAACAGTAACTGTAGGAATCACAGTTACCAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTAAAGCACCACACCTAACAGTAACTGTAGGAATCACAGTTACCAGC  600

seq1  GACTCAGTAGATACAAAGTTGATGTTGATGCATTGAAAACTGAGGAGAGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCAGTAGATACAAAGTTGATGTTGATGCATTGAAAACTGAGGAGAGT  650

seq1  GGTCCTGCATAGTTCACAATTCTCAGTGAAGCCTTGAGCAACATTTTCTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCTGCATAGTTCACAATTCTCAGTGAAGCCTTGAGCAACATTTTCTC  700

seq1  TCTACTCACTTCCCCAATCCTCAGCATCACACACTCCAGCCGCACCCCTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACTCACTTCCCCAATCCTCAGCATCACACACTCCAGCCGCACCCCTC  750

seq1  AGGGTCTCTCAAACACACCGGACCCTTCAGATCTTTAGACAGCCTTTTCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTCTCTCAAACACACCGGACCCTTCAGATCTTTAGACAGCCTTTTCT  800

seq1  TTTGCCTCCCTCAGAGCCTGTAGCTACATCCCATGCTCTCAGACTAGGCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCCTCCCTCAGAGCCTGTAGCTACATCCCATGCTCTCAGACTAGGCT  850

seq1  GTCCAACCCTGGCAGTGTCTTGATCTCTCTGTGCCTTAGTTGGCTTGTCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCAACCCTGGCAGTGTCTTGATCTCTCTGTGCCTTAGTTGGCTTGTCT  900

seq1  GTTCCATGTGTGTAATTGAAGCAACAGCTCCAGTTATCCTGACCAAGTGC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCATGTGTGTAATTGAAGCAACAGCTCCAGTTATCCTGACCAAGTGC  950

seq1  TTCAACACCTGTGATATGCTTTCAATGGCGCCCACAGCATGGTAAATGAC  1000
      ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||
seq2  TTC-ACACCTGTGATATGCTTTCAATGGCGCCCACAGCATG--TAATGAC  997

seq1  AGCCACCAGGTGCCTCTTGTTGCAGCTACTTCCTATTCAAAATTTAAGGG  1050
      |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||
seq2  AGCCACCA-GTGCCTCTTGTTGCAGCTACTTCCTATTCAAA--TTTAGGG  1044

seq1  TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC  1092
      |||||||||||||||| |||| |||||||| |||||| ||||
seq2  TCTCTCTCTCTCTCTCCCTCT-TCTCTCTC-CTCTCTGTCTC  1084

seq1: chr1_39101622_39102450
seq2: B6Ng01-088D14.g_69_897 (reverse)

seq1  ACACACACACACACACACACACACCCTGCCCCCATAGCCCCTGCTTATGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACACACACACACCCTGCCCCCATAGCCCCTGCTTATGG  50

seq1  CACATTTGGGATTCAGAAACCTTACTGAATGACAGTCAACAAAGTTGGAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATTTGGGATTCAGAAACCTTACTGAATGACAGTCAACAAAGTTGGAC  100

seq1  AGATCTTCAAAAGTGGGCTCTTACCCTACAGAGAGAGTGATCATGAACAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCTTCAAAAGTGGGCTCTTACCCTACAGAGAGAGTGATCATGAACAG  150

seq1  AAGACGAGGCCATAAAAAGTGGAAGTGAAGTGAAGTGAAGCGCTTCACTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACGAGGCCATAAAAAGTGGAAGTGAAGTGAAGTGAAGCGCTTCACTC  200

seq1  AAATGTCAGCAGGGGACAGGGAGGCCTGCTCAGTAATAAAATGTGCCACG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTCAGCAGGGGACAGGGAGGCCTGCTCAGTAATAAAATGTGCCACG  250

seq1  GCACAGGAAATGCAGGAGTGTCCAGGGCTCTCTCGACCTCGGGTAATATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAGGAAATGCAGGAGTGTCCAGGGCTCTCTCGACCTCGGGTAATATG  300

seq1  TTCCATAAGACCTTTCTTACCAGAAAAAGAGGGAAACATCTTGTGTTGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCATAAGACCTTTCTTACCAGAAAAAGAGGGAAACATCTTGTGTTGAT  350

seq1  TCACCACCTCTCACAGAGGGCATACCTATGGCAGGGACCACCTGTCCTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCACCTCTCACAGAGGGCATACCTATGGCAGGGACCACCTGTCCTTA  400

seq1  TGTATAAGTCATGTTTGCTTGGTCACACGAAGCGTGCATATCCACACTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATAAGTCATGTTTGCTTGGTCACACGAAGCGTGCATATCCACACTAT  450

seq1  ATCAGTTCCACCCACTGCGCACCTGCGATGTGGTAGGCATGGTATTAGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGTTCCACCCACTGCGCACCTGCGATGTGGTAGGCATGGTATTAGAT  500

seq1  TCATGGTCAAATGGTGAGAAAGCTATAGCACCTTCCTCCGAAAGAGTTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGGTCAAATGGTGAGAAAGCTATAGCACCTTCCTCCGAAAGAGTTCA  550

seq1  CGTGGCTGTGTGGGAGAAAAACCCATGAGAAGATTATTGCATCTGTGAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGGCTGTGTGGGAGAAAAACCCATGAGAAGATTATTGCATCTGTGAGG  600

seq1  CAGGTTCTGTGAGAACATTACGTGTGGGACACTCTGGATCCCTACTCAGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTTCTGTGAGAACATTACGTGTGGGACACTCTGGATCCCTACTCAGT  650

seq1  ATCTAGGGACCAACCCCTGGGCTACCCCAGGTCCATTCTCAACCCTCCGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAGGGACCAACCCCTGGGCTACCCCAGGTCCATTCTCAACCCTCCGT  700

seq1  ACACATAGATGTCAAGAAGCAGTCAAGATCTGTCGTTCCCAATCTCTAGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATAGATGTCAAGAAGCAGTCAAGATCTGTCGTTCCCAATCTCTAGT  750

seq1  CTAAGTTTGGGGTGCTATAGCGTGCCACGGGCTGGGTGGCATATAATAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGTTTGGGGTGCTATAGCGTGCCACGGGCTGGGTGGCATATAATAAT  800

seq1  TTTTTTCTCTGTTCTGGAGGCTGGAATTC  829
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTCTCTGTTCTGGAGGCTGGAATTC  829