BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-089M07
Chromosome1 (Build37)
Map Location 136,433,783 - 136,602,068
singlet/doubletdoublet
Overlap gene4931440L10Rik, Jarid1b, LOC100042418, Syt2
Upstream geneSnrpe, Zc3h11a, LOC667118, Lax1, Atp2b4, Optc, Prelp, LOC100042352, LOC100042358, Fmod, Btg2, EG667414, Chit1, Chi3l1, Mybph, Adora1, Myog, Ppfia4, LOC100042382, Tmem183a, 4933406M09Rik, Cyb5r1, Adipor1, Klhl12, Rabif
Downstream genePpp1r12b, Ube2t, Lgr6, Ptprv, LOC100042432, Ptpn7, Arl8a, Gpr37l1, LOC100043064, Elf3, Rnpep, Timm17a, Lmod1, Tmem58, Ipo9, Nav1, EG215714, LOC623327
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-089M07.bB6Ng01-089M07.g
ACCDH902260DH902261
length1,031942
definitionDH902260|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-089M07, 5' end.DH902261|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-089M07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(136,601,031 - 136,602,068)(136,433,783 - 136,434,724)
sequence
gaattcaaggcctgatccgtgggttccaacagccacccacctcccgggga
gggaagggactgtccaagaccatactgccaattttagagtcttcccatca
tagctccagtaccagctgtactcaaaagacagcatcgccatgtctcccca
aggagagcttttcctagacatgagtagcaattcccaggccacctatgaag
attccgtgtttggcagaggggccttgaagagggagagcaaactggatctg
tacagtgagcctctctccagagaatgtaagaagccaggatgccagcctcc
cgcagttgtgggagagacgaccccttcaggtaagcctgcccacctgaaag
gggttgggagtgggggctgctcacgcacggcgacctctatcgccatctgc
tggtcagaacacgtggcttgcatgaccccttccagtacagctgggttttt
cctacagagaatgcagcctggaacgttctgtcccacactctttggataag
cattcctgaggatgctctatgtaccacatactcactctcctaggcctggg
aacggcatgccggaagtcacaattcctactagcagagaacggtccatgag
ccgcaggaaagggcaagcccatggctgagggtgcttccttagaagcagaa
aggctggccctctgcgaacacgcccaaggcagacagcctctcactgggac
tcagagatccccagcctcatgcacacggtaggaaggaacaggatgggaag
gaacagaatgggactcaagcagtgccaggggccttgaactcaaagggcct
tggaggtcaggtggtgagcaacaggcgcagtcgaaggcttacgtcagggc
tggacttgaatgtgggacagccagagagccccagacagaggagagcctgt
actgcattcggatgggaaaggtgaagcagatggcctgtggcaggccatgg
ctagtaaaagccgggagtggggtggtgtggcagaagctccctgctgactg
aaaactgcatcataaccatgtagagccaggc
gaattcactgtaactgtctgcatcctgttcccctaccccatgttagggat
tgaatggaggatcttgtacatacatgttggataagcgctctactatgaag
gtcttagatcctcagacctgcatctggttcttgttcattatcattcctgg
ggatcctgtgaaagttaccaaggaggtgagagttcatccctatgagggag
tctgtgcatgatcacagaggcacaagctccaacccttccagctgctgcct
ggacttggacttgggtctagataacttcaacctactttgtacctgtctgg
cctctgacttgaaagaaaaagtggattctgagtgtggctgcggagcagga
aggagcttgggtctctgacaggagcctgtccaagttcatacagcttaata
gtggtgtgagcatgtctgtttcactcactccaggcctcaattataaacct
caaaggtaaaaggagataaatagagcctgttgggctgagctatgccgagg
aaggcactggaagtgcttagcacagcgtctgacacggatgttaattggga
tacctcaccatggcaaccattttgtaaagtatccctgggttctgctgcag
aaatgtgtccgtggtgatatgtcgaagacagcacacatctagacttagaa
tgccaggggttgttctatggttaacatagagagaagcatgcataggtttg
ctgactggtccacagaaacagcccaaacctaaagtgatgtggtaaatagg
gccaagttccacgagttccctcaaagaggagtcttgagggaagatgcagg
gattgatgctaatcccaaagatggggaggaaaagatgactgacccaattt
accacgaccaatttatttaaagcaacctttattgtgtacatgggttgcct
cccactaaagttcaaggctcagcactgattgtgatgaaggct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_136601031_136602068
seq2: B6Ng01-089M07.b_46_1076 (reverse)

seq1  GCCTGGCTCTCCCTTGCTTTCTGATGCAGTTTCTCAGTCAGCAGGGAGCC  50
      |||||||||| | | |  || ||||||||||| ||||||||||||||| |
seq2  GCCTGGCTCTACATGG--TTATGATGCAGTTT-TCAGTCAGCAGGGAG-C  46

seq1  TTCTTGCCACACCACCCCACTCCCGGCCTTTTTACT-GGCATGGCCCTGC  99
      ||| |||||||||||||||||||||||  ||||||| | ||||| |||||
seq2  TTC-TGCCACACCACCCCACTCCCGGC--TTTTACTAGCCATGG-CCTGC  92

seq1  CACAGGCCATCTGCTTCACCTTTCCCATCCGAATGCAGTACTGGCTCTCC  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CACAGGCCATCTGCTTCACCTTTCCCATCCGAATGCAGTACAGGCTCTCC  142

seq1  TCTGTCTGGGGCTCTCTGGCTGTCCCACCTTCCAGTCCAGCCCTGACGTA  199
      |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||
seq2  TCTGTCTGGGGCTCTCTGGCTGTCCCACATTCAAGTCCAGCCCTGACGTA  192

seq1  AGCCTTCGACTGCGCCTTGTTGCTCACCACCTGACCTCCAAGGCCCTTTG  249
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTTCGACTGCGCC-TGTTGCTCACCACCTGACCTCCAAGGCCCTTTG  241

seq1  AGTTC-AGGCCCCTGGCACTGCTTGAGTCCCATTCTGTTCCTTCCCATCC  298
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCAAGGCCCCTGGCACTGCTTGAGTCCCATTCTGTTCCTTCCCATCC  291

seq1  TGTTCCTTCCTACCGTGTGCATGAGGCTGGGGATCTCTGAGTCCCAGTGA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCCTTCCTACCGTGTGCATGAGGCTGGGGATCTCTGAGTCCCAGTGA  341

seq1  GAGGCTGTCTGCCTTGGGCGTGTTCGCAGAGGGCCAGCCTTTCTGCTTCT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCTGTCTGCCTTGGGCGTGTTCGCAGAGGGCCAGCCTTTCTGCTTCT  391

seq1  AAGGAAGCACCCTCAGCCATGGGCTTGCCCTTTCCTGCGGCTCATGGACC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAGCACCCTCAGCCATGGGCTTGCCCTTTCCTGCGGCTCATGGACC  441

seq1  GTTCTCTGCTAGTAGGAATTGTGACTTCCGGCATGCCGTTCCCAGGCCTA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTCTGCTAGTAGGAATTGTGACTTCCGGCATGCCGTTCCCAGGCCTA  491

seq1  GGAGAGTGAGTATGTGGTACATAGAGCATCCTCAGGAATGCTTATCCAAA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAGTGAGTATGTGGTACATAGAGCATCCTCAGGAATGCTTATCCAAA  541

seq1  GAGTGTGGGACAGAACGTTCCAGGCTGCATTCTCTGTAGGAAAAACCCAG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGTGGGACAGAACGTTCCAGGCTGCATTCTCTGTAGGAAAAACCCAG  591

seq1  CTGTACTGGAAGGGGTCATGCAAGCCACGTGTTCTGACCAGCAGATGGCG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTACTGGAAGGGGTCATGCAAGCCACGTGTTCTGACCAGCAGATGGCG  641

seq1  ATAGAGGTCGCCGTGCGTGAGCAGCCCCCACTCCCAACCCCTTTCAGGTG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAGGTCGCCGTGCGTGAGCAGCCCCCACTCCCAACCCCTTTCAGGTG  691

seq1  GGCAGGCTTACCTGAAGGGGTCGTCTCTCCCACAACTGCGGGAGGCTGGC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGGCTTACCTGAAGGGGTCGTCTCTCCCACAACTGCGGGAGGCTGGC  741

seq1  ATCCTGGCTTCTTACATTCTCTGGAGAGAGGCTCACTGTACAGATCCAGT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTGGCTTCTTACATTCTCTGGAGAGAGGCTCACTGTACAGATCCAGT  791

seq1  TTGCTCTCCCTCTTCAAGGCCCCTCTGCCAAACACGGAATCTTCATAGGT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTCTCCCTCTTCAAGGCCCCTCTGCCAAACACGGAATCTTCATAGGT  841

seq1  GGCCTGGGAATTGCTACTCATGTCTAGGAAAAGCTCTCCTTGGGGAGACA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTGGGAATTGCTACTCATGTCTAGGAAAAGCTCTCCTTGGGGAGACA  891

seq1  TGGCGATGCTGTCTTTTGAGTACAGCTGGTACTGGAGCTATGATGGGAAG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCGATGCTGTCTTTTGAGTACAGCTGGTACTGGAGCTATGATGGGAAG  941

seq1  ACTCTAAAATTGGCAGTATGGTCTTGGACAGTCCCTTCCCTCCCCGGGAG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTAAAATTGGCAGTATGGTCTTGGACAGTCCCTTCCCTCCCCGGGAG  991

seq1  GTGGGTGGCTGTTGGAACCCACGGATCAGGCCTTGAATTC  1038
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGTGGCTGTTGGAACCCACGGATCAGGCCTTGAATTC  1031

seq1: chr1_136433783_136434724
seq2: B6Ng01-089M07.g_71_1012

seq1  GAATTCACTGTAACTGTCTGCATCCTGTTCCCCTACCCCATGTTAGGGAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTGTAACTGTCTGCATCCTGTTCCCCTACCCCATGTTAGGGAT  50

seq1  TGAATGGAGGATCTTGTACATACATGTTGGATAAGCGCTCTACTATGAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGGAGGATCTTGTACATACATGTTGGATAAGCGCTCTACTATGAAG  100

seq1  GTCTTAGATCCTCAGACCTGCATCTGGTTCTTGTTCATTATCATTCCTGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTAGATCCTCAGACCTGCATCTGGTTCTTGTTCATTATCATTCCTGG  150

seq1  GGATCCTGTGAAAGTTACCAAGGAGGTGAGAGTTCATCCCTATGAGGGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCCTGTGAAAGTTACCAAGGAGGTGAGAGTTCATCCCTATGAGGGAG  200

seq1  TCTGTGCATGATCACAGAGGCACAAGCTCCAACCCTTCCAGCTGCTGCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGCATGATCACAGAGGCACAAGCTCCAACCCTTCCAGCTGCTGCCT  250

seq1  GGACTTGGACTTGGGTCTAGATAACTTCAACCTACTTTGTACCTGTCTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTTGGACTTGGGTCTAGATAACTTCAACCTACTTTGTACCTGTCTGG  300

seq1  CCTCTGACTTGAAAGAAAAAGTGGATTCTGAGTGTGGCTGCGGAGCAGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTGACTTGAAAGAAAAAGTGGATTCTGAGTGTGGCTGCGGAGCAGGA  350

seq1  AGGAGCTTGGGTCTCTGACAGGAGCCTGTCCAAGTTCATACAGCTTAATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGCTTGGGTCTCTGACAGGAGCCTGTCCAAGTTCATACAGCTTAATA  400

seq1  GTGGTGTGAGCATGTCTGTTTCACTCACTCCAGGCCTCAATTATAAACCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTGTGAGCATGTCTGTTTCACTCACTCCAGGCCTCAATTATAAACCT  450

seq1  CAAAGGTAAAAGGAGATAAATAGAGCCTGTTGGGCTGAGCTATGCCGAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGGTAAAAGGAGATAAATAGAGCCTGTTGGGCTGAGCTATGCCGAGG  500

seq1  AAGGCACTGGAAGTGCTTAGCACAGCGTCTGACACGGATGTTAATTGGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCACTGGAAGTGCTTAGCACAGCGTCTGACACGGATGTTAATTGGGA  550

seq1  TACCTCACCATGGCAACCATTTTGTAAAGTATCCCTGGGTTCTGCTGCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTCACCATGGCAACCATTTTGTAAAGTATCCCTGGGTTCTGCTGCAG  600

seq1  AAATGTGTCCGTGGTGATATGTCGAAGACAGCACACATCTAGACTTAGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTGTCCGTGGTGATATGTCGAAGACAGCACACATCTAGACTTAGAA  650

seq1  TGCCAGGGGTTGTTCTATGGTTAACATAGAGAGAAGCATGCATAGGTTTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAGGGGTTGTTCTATGGTTAACATAGAGAGAAGCATGCATAGGTTTG  700

seq1  CTGACTGGTCCACAG-AACAGCCCAAACCTAAAGTGATGTGGTAAATA-G  748
      ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CTGACTGGTCCACAGAAACAGCCCAAACCTAAAGTGATGTGGTAAATAGG  750

seq1  GCCAAGTTCCACGAGTTCCCTCAAAGAGGAGTCTTGAGGGAAGATGCAGG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAGTTCCACGAGTTCCCTCAAAGAGGAGTCTTGAGGGAAGATGCAGG  800

seq1  GATTGATGCTAATCCCAAAGATGGGAGGAAAAAGATGACGGACCCAAATT  848
      |||||||||||||||||||||||||  | |||||||||| ||||||| ||
seq2  GATTGATGCTAATCCCAAAGATGGGGAGGAAAAGATGACTGACCCAATTT  850

seq1  ACCACGACCAAATTAATTAAAGCAAACTTTATTTGTGTACATGGGTTGCC  898
      ||||||||||| ||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||
seq2  ACCACGACCAATTTATTTAAAGCAACCTTTA-TTGTGTACATGGGTTGCC  899

seq1  TCCCACTAAGGTTCAAAGGCTCAGCACTGGATGTGATGAAGGCT  942
      ||||||||| |||| ||||||||||||||  |||||||||||||
seq2  TCCCACTAAAGTTC-AAGGCTCAGCACTGATTGTGATGAAGGCT  942