BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-092F08
Chromosome1 (Build37)
Map Location 133,063,665 - 133,150,390
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLgtn, Rassf5
Upstream geneThsd7b, Daf2, Cd55, Zp3r, C4bp, C4bp-ps1, Pfkfb2, Yod1, AA986860, Fcamr, Pigr, Faim3, Il24, Il20, Il19, Il10, Mapkapk2, Dyrk3
Downstream geneIkbke, Srgap2, LOC100042826, LOC100042821, 2700049P18Rik, Avpr1b, LOC667238, Ctse, 5430435G22Rik, Slc26a9, 4732466D17Rik, Slc41a1, Rab7l1, Nucks1, Slc45a3, Elk4, Mfsd4, Pctk3, LOC100042221, Lemd1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-092F08.bB6Ng01-092F08.g
ACCDH904122DH904123
length1,1741,045
definitionDH904122|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-092F08, 5' end.DH904123|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-092F08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(133,149,189 - 133,150,390)(133,063,665 - 133,064,716)
sequence
gaattcaggccagcttttgctcatcagtggcccaacagggaagtcccaca
gcggggtttccctggaagctcagaacctgcatgtttggtggcatgcagtg
aaagagccaggggattccatggagccagatgcagatgttcgggagataac
acaatccagaccaagccttgtctcctgagcatgcccacacgtccaggacc
cttctgaaaggcttcagttgaccaggatgaccgagctgctaatatgattt
ctagtttcatttcagaagagtttgagtggtcactgcccacacccagagtt
acctataagagcccagggtgttggaagatgctttaaatctcaccccttcc
ctgcaccaattcattaaaatgaaaagaatccattcagtgcatcgggtggg
gaaggagaatgccaggctcctgccaggtattgaagctaccagagtgacaa
gaacactgtcaccgagggactggccctgaggaaagcaggtgtcttagtca
gggtttctattcctgcacaaacgtcatgaccaagaagcaagttggggaga
aaagggtttattcagctgacacttccatactgctgttcatcaccaaggaa
gtcaggactggaactcaagcaggtcaggaagcagaagctgatgcagaggc
catggaggggtgttactggcttgcttcccctggcttgctcatcttgcttt
cttatagaacctaagacaaccagcccagggatggcaccacccacaatggg
ccctccccccttgatcaccaactgagaaaatgccccacagctggatctca
tggaggcacttccccaactgaagctccttcctctgtgataactccagcct
gggtcaagctgacacaaaactagccagtacagtaagcatatgacataact
gctttgtccctcagtagatgttgtgattgggatgcacagctcagtgtggc
aggggtcaccctctttctgggcagtgtgctagagcagctggaagcatgtc
actcgggagcagtgaccccaaagcagatctcgtgcgcatgtgatggctga
acgcgctgggcagaagacagcgtgcaattcttgcgttcttagccgaatag
aagttggaaaggaggaatcatcccaagtcatgcctgatgtgcttgtttca
aggaaccaactgttaagtcaagtc
gaattcaataaaagagttacttaaggctggggagttgtcttcaaaggaaa
gattcttgatacttttttctgtagaaccatagctgacaataattcatatt
gggacccagcaaagtgtgccaagtccatgcagattatcctgccacgtgtc
tctgagtctactggagcctcgtctagtaaagggttagggtgttctgtctg
tttttgtgttttgttttgtttgttttgagacgagctcaccacatagctta
agttggccatgaatttgtgccgctgggtgcaggcctgagctgctgtagag
ctgagtgttctatgcagatacattattatgattacagattgctgggaggt
gctcagtgggtgaggcataaacgcccaagtaattccagaacccaggtaat
gccaggggtacctctgtaatcctagtcctcctattattgatggagacaga
cataggatccctggcaggcagcttatgggtcagaaaacctagtgtctcca
gctgagaaagcgtagggaccatcttctaaacagtgaacggtaaggactga
ctcctgaggtggctctttgacctccacacatgggtgcaccatgccatgca
gatgcctgtactcatccacacgcacacacagacatgcatgcattcacttc
atacacacgcctacgtaaagattgcattgctagactatgtgactcatgtg
aaacagcgtgtggaggctggaagctggtagggagcactttgagacaagca
gtaatctcctcagagcgggcagcagattcccaggaggtccaggtgcgcaa
gtcactgatgtttccgtctcggagtcagtggatgtcagctctctgaggag
ctttgagacactgagttctttggtctgtggttctgtttccagggggtgtc
agtgcttgtacctgcagccggttacaaatccgtgtgctgcaagacttgca
cccagcgctcacgttgtaggatgcagagagatgctgtctgttgcttcatc
tattataactcaaattctcattttaggtgttggaaaagatgcagc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_133149189_133150390
seq2: B6Ng01-092F08.b_48_1221 (reverse)

seq1  GACTTGACTTAAAACCAGTCTGGTTCCTTGAAACAAAGCCCACATCCCAG  50
      ||||||||||||   |||| ||||||||||||||||    |||||  |||
seq2  GACTTGACTTAA---CAGT-TGGTTCCTTGAAACAA---GCACAT--CAG  41

seq1  CCATGACCTTTGGGGCTGGCTCCTCCCTTTCCAAACTTCCTACTTCTGCT  100
       ||||||   | ||| ||  |||| ||||||| ||||| ||| ||| || 
seq2  GCATGAC---TTGGGATGATTCCT-CCTTTCC-AACTT-CTA-TTCGGC-  83

seq1  TAGGAACGC-AGAAATGCACGCCTGTGCTTCTGCCCAGCGCGTTCCAGGC  149
      || |||||| |||| |||||| |||| ||||||||||||||||||   ||
seq2  TAAGAACGCAAGAATTGCACG-CTGT-CTTCTGCCCAGCGCGTTC--AGC  129

seq1  CACTCACATGCGCACTGAGATTCTGCTTTGGGGTCACCTGCTCCCGAGTG  199
      || |||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CA-TCACATGCGCAC-GAGA-TCTGCTTTGGGGTCA-CTGCTCCCGAGTG  175

seq1  ACATGCTTCCAGCCTGCTCTAGCCACACTGCCCAGAAAGGAGGGTGACCC  249
      |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||
seq2  ACATGCTTCCAG-CTGCTCTAG-CACACTGCCCAGAAA-GAGGGTGACCC  222

seq1  CTGCCACACCTGAGCTGTGCATTCCAATCACAACATCTACTGAGGGACAA  299
      |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCACA-CTGAGCTGTGCATCCCAATCACAACATCTACTGAGGGACAA  271

seq1  AGCAGTTATGTCATATGCTTACTGTACTGGCTAGTTTTGTGTCAGCTTGA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGTTATGTCATATGCTTACTGTACTGGCTAGTTTTGTGTCAGCTTGA  321

seq1  CCCAGGCTGGAGTTATCACAGAGGAAGGAGCTTCAGTTGGGGAAGTGCCT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGGCTGGAGTTATCACAGAGGAAGGAGCTTCAGTTGGGGAAGTGCCT  371

seq1  CCATGAGATCCAGCTGTGGGGCATTTTCTCAGTTGGTGATCAAGGGGGGA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGAGATCCAGCTGTGGGGCATTTTCTCAGTTGGTGATCAAGGGGGGA  421

seq1  GGGCCCATTGTGGGTGGTGCCATCCCTGGGCTGGTTGTCTTAGGTTCTAT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCCATTGTGGGTGGTGCCATCCCTGGGCTGGTTGTCTTAGGTTCTAT  471

seq1  AAGAAAGCAAGATGAGCAAGCCAGGGGAAGCAAGCCAGTAACACCCCTCC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAGCAAGATGAGCAAGCCAGGGGAAGCAAGCCAGTAACACCCCTCC  521

seq1  ATGGCCTCTGCATCAGCTTCTGCTTCCTGACCTGCTTGAGTTCCAGTCCT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCCTCTGCATCAGCTTCTGCTTCCTGACCTGCTTGAGTTCCAGTCCT  571

seq1  GACTTCCTTGGTGATGAACAGCAGTATGGAAGTGTCAGCTGAATAAACCC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTCCTTGGTGATGAACAGCAGTATGGAAGTGTCAGCTGAATAAACCC  621

seq1  TTTTCTCCCCAACTTGCTTCTTGGTCATGACGTTTGTGCAGGAATAGAAA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTCCCCAACTTGCTTCTTGGTCATGACGTTTGTGCAGGAATAGAAA  671

seq1  CCCTGACTAAGACACCTGCTTTCCTCAGGGCCAGTCCCTCGGTGACAGTG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGACTAAGACACCTGCTTTCCTCAGGGCCAGTCCCTCGGTGACAGTG  721

seq1  TTCTTGTCACTCTGGTAGCTTCAATACCTGGCAGGAGCCTGGCATTCTCC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGTCACTCTGGTAGCTTCAATACCTGGCAGGAGCCTGGCATTCTCC  771

seq1  TTCCCCACCCGATGCACTGAATGGATTCTTTTCATTTTAATGAATTGGTG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCCACCCGATGCACTGAATGGATTCTTTTCATTTTAATGAATTGGTG  821

seq1  CAGGGAAGGGGTGAGATTTAAAGCATCTTCCAACACCCTGGGCTCTTATA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGAAGGGGTGAGATTTAAAGCATCTTCCAACACCCTGGGCTCTTATA  871

seq1  GGTAACTCTGGGTGTGGGCAGTGACCACTCAAACTCTTCTGAAATGAAAC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAACTCTGGGTGTGGGCAGTGACCACTCAAACTCTTCTGAAATGAAAC  921

seq1  TAGAAATCATATTAGCAGCTCGGTCATCCTGGTCAACTGAAGCCTTTCAG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAATCATATTAGCAGCTCGGTCATCCTGGTCAACTGAAGCCTTTCAG  971

seq1  AAGGGTCCTGGACGTGTGGGCATGCTCAGGAGACAAGGCTTGGTCTGGAT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGTCCTGGACGTGTGGGCATGCTCAGGAGACAAGGCTTGGTCTGGAT  1021

seq1  TGTGTTATCTCCCGAACATCTGCATCTGGCTCCATGGAATCCCCTGGCTC  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTATCTCCCGAACATCTGCATCTGGCTCCATGGAATCCCCTGGCTC  1071

seq1  TTTCACTGCATGCCACCAAACATGCAGGTTCTGAGCTTCCAGGGAAACCC  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCACTGCATGCCACCAAACATGCAGGTTCTGAGCTTCCAGGGAAACCC  1121

seq1  CGCTGTGGGACTTCCCTGTTGGGCCACTGATGAGCAAAAGCTGGCCTGAA  1199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCTGTGGGACTTCCCTGTTGGGCCACTGATGAGCAAAAGCTGGCCTGAA  1171

seq1  TTC  1202
      |||
seq2  TTC  1174

seq1: chr1_133063665_133064716
seq2: B6Ng01-092F08.g_66_1110

seq1  GAATTCAATAAAAGAGTTACTTAAGGCTGGGGAGTTGTCTTCAAAGGAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATAAAAGAGTTACTTAAGGCTGGGGAGTTGTCTTCAAAGGAAA  50

seq1  GATTCTTGATACTTTTTTCTGTAGAACCATAGCTGACAATAATTCATATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCTTGATACTTTTTTCTGTAGAACCATAGCTGACAATAATTCATATT  100

seq1  GGGACCCAGCAAAGTGTGCCAAGTCCATGCAGATTATCCTGCCACGTGTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACCCAGCAAAGTGTGCCAAGTCCATGCAGATTATCCTGCCACGTGTC  150

seq1  TCTGAGTCTACTGGAGCCTCGTCTAGTAAAGGGTTAGGGTGTTCTGTCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAGTCTACTGGAGCCTCGTCTAGTAAAGGGTTAGGGTGTTCTGTCTG  200

seq1  TTTTTGTGTTTTGTTTTGTTTGTTTTGAGACGAGCTCACCACATAGCTTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGTGTTTTGTTTTGTTTGTTTTGAGACGAGCTCACCACATAGCTTA  250

seq1  AGTTGGCCATGAATTTGTGCCGCTGGGTGCAGGCCTGAGCTGCTGTAGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGGCCATGAATTTGTGCCGCTGGGTGCAGGCCTGAGCTGCTGTAGAG  300

seq1  CTGAGTGTTCTATGCAGATACATTATTATGATTACAGATTGCTGGGAGGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGTGTTCTATGCAGATACATTATTATGATTACAGATTGCTGGGAGGT  350

seq1  GCTCAGTGGGTGAGGCATAAACGCCCAAGTAATTCCAGAACCCAGGTAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGTGGGTGAGGCATAAACGCCCAAGTAATTCCAGAACCCAGGTAAT  400

seq1  GCCAGGGGTACCTCTGTAATCCTAGTCCTCCTATTATTGATGGAGACAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGGGGTACCTCTGTAATCCTAGTCCTCCTATTATTGATGGAGACAGA  450

seq1  CATAGGATCCCTGGCAGGCAGCTTATGGGTCAGAAAACCTAGTGTCTCCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGGATCCCTGGCAGGCAGCTTATGGGTCAGAAAACCTAGTGTCTCCA  500

seq1  GCTGAGAAAGCGTAGGGACCATCTTCTAAACAGTGAACGGTAAGGACTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAGAAAGCGTAGGGACCATCTTCTAAACAGTGAACGGTAAGGACTGA  550

seq1  CTCCTGAGGTGGCTCTTTGACCTCCACACATGGGTGCACCATGCCATGCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGAGGTGGCTCTTTGACCTCCACACATGGGTGCACCATGCCATGCA  600

seq1  GATGCCTGTACTCATCCACACGCACACACAGACATGCATGCATTCACTTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCCTGTACTCATCCACACGCACACACAGACATGCATGCATTCACTTC  650

seq1  ATACACACGCCTACGTAAAGATTGCATTGCTAGACTATGTGACTCATGTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACACACGCCTACGTAAAGATTGCATTGCTAGACTATGTGACTCATGTG  700

seq1  AAACAGCGTGTGGAGGCTGGAAGCTGGTAGGGAGCACTTTGAGACAAGCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGCGTGTGGAGGCTGGAAGCTGGTAGGGAGCACTTTGAGACAAGCA  750

seq1  GTAATCTCCTCAGAGCGGGCAGCAGATTCCCAGGAGGTCCAGGTGCGCAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATCTCCTCAGAGCGGGCAGCAGATTCCCAGGAGGTCCAGGTGCGCAA  800

seq1  GTCACTGATGTTCCCGTCTCGGAGTCAGTGGATGTCAGCTCTCTGAGGAG  850
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACTGATGTTTCCGTCTCGGAGTCAGTGGATGTCAGCTCTCTGAGGAG  850

seq1  CTTTGAGACACTGAGTTCTTTGGTCTGTGGTTCTGTTTCCCAGGGGGTGT  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  CTTTGAGACACTGAGTTCTTTGGTCTGTGGTTCTGTTT-CCAGGGGGTGT  899

seq1  CAGTGCTTGTAACCTGCAGCCGGTTACAAATCCGTGTGCTGCAAAGACTT  950
      |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CAGTGCTTGT-ACCTGCAGCCGGTTACAAATCCGTGTGCTGC-AAGACTT  947

seq1  GCACCCAGCGCTCACGGTTGTAGGATGCAGAGAGATGCTGTCTGTTGCCT  1000
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GCACCCAGCGCTCAC-GTTGTAGGATGCAGAGAGATGCTGTCTGTTG-CT  995

seq1  TCATCTATTTATAACTCAAATTCTCATTTTAGGTGTTTGAAAAATATGCA  1050
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||
seq2  TCATCTA-TTATAACTCAAATTCTCATTTTAGGTG-TTGGAAAAGATGCA  1043

seq1  GC  1052
      ||
seq2  GC  1045