BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-092J09
Chromosome1 (Build37)
Map Location 164,848,946 - 165,012,588
singlet/doubletdoublet
Overlap geneFmo6, Fmo3, 4921528O07Rik
Upstream genePigc, Dnm3, LOC100039703, Dnm3os, 5630401D24Rik, Vamp4, LOC435651, Myoc, Bat2d, Fmo4, Fmo1, Fmo2
Downstream genePrrx1, LOC100039597, Scyl1bp1, LOC665237, Gm207, LOC100039626, Kifap3, Scyl3, BC055324, 2810422O20Rik, Sele, Sell
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-092J09.bB6Ng01-092J09.g
ACCDH904308DH904309
length9121,073
definitionDH904308|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-092J09, 5' end.DH904309|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-092J09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(165,011,677 - 165,012,588)(164,848,946 - 164,850,022)
sequence
gaattctttgaaaatccagggcaaggctctgcacagaaggaaggaaaaag
tgagccaatcttcacatcttccacagcagagctagatgacaatggagcga
catccaagaaaccctcttggaaaacatggtagcccctgagtgccataaac
aaccaatgtttttattcagtaaagtaaaacaaacagttctgaacatgaga
agagttggagaattgtaattgccaggagctcttcagcaagctaataaaaa
aggaattttattagtccagcaagaaatgactagagaaaacctggtcttgt
atgcagacttcattcaaatatggaactaaaacataaaggaaggtgaaggt
gccattagcaaactgtgtggaaatattatatgtgacatgctaataaagta
ataaagtagaaaacatggagaaggtcatataaatacagtgatggcgttct
gttaagagttagagattattaattaatcaagaactagaaacacaaggcat
gaagattttattaagtaacttagtcaaatatagttttatatgaggagtga
aaaaagaggagaaaatacatgtgagaaaattttgtatttgcttcaatttg
ggaagcaacaagttctgtctcaagtttgactttttaagtaagtcaactaa
tcattgtatcaaaaagataaaccctgctaaggacaacccccagctttggg
agagagttcatgacactctctgtctctgtctgtctctctgtctctgtctg
tctctctgtctctgtctctgtctctctccccctccccccccctctctcac
acacacacacagaatgaaaaaatcgtaatagaagatttaaatgtaacaac
aagaagacataacctaagctgtggggacattaataaatgggtattgggta
tggagtggatat
gaattccaatgtcagtgttcagctgggtgtttaataaggaatgggagaaa
gcaagctgtagcttgcttggcaaacatcggcacttgggaccgactgtaat
ttacttatctctgtaacaatggaagaaggctactaagatagatattcgag
gtgtatgaacaccacccagccactgtgaacttctgactgtgtgttggcat
cctatagctagtatttggtgagtgctttactagcaggagagggaccagat
ttttttatttttatttttatttttttgtctgcttgatttaaagttgtaac
ctaagtaaggggtaaggcagatctccacatgtagcagatattctatgaat
gtttgtcagacaaataagtgatgccctttgtttcatgttactattgcagg
tttatgaactgtatgcaatgatctcataaaatttcagcctctggacacac
tgtcgcacttctaagaataaaagacaatggaagctttttataggtgagca
tccttattcaagatttgatgatggaacactttgaaattcttcatggcatc
tttgaaacagaagtgtttatatctactatatatatatatatatatacata
tatatatatatatacacttatatatgtatatatattttttaggaagttta
aaactcatactatgatttacattttcctcatttctatagttccccaatta
tagatttttgtcagcagtatgttaggagagttatatgtatgctattaatt
tttaaaagacattgaataagaagatacttttcatgatgatcaatagtatt
ggaacaaattaaatcagtataattaagtcactgcctctcttcatggaatc
tatatgctccccacatagatctatatgttcccacataaaagttcttgtag
cctcttgaaaccatgtggtctacagtagagaaagggaggggaagagtctt
tcatcagtgtgagaggcacatgacattggcacagaggtaacactaggctt
ctagcatgcccatcacccccagccccgtgccctggagtattattacccta
tccttgagctaccaggctgtttc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_165011677_165012588
seq2: B6Ng01-092J09.b_49_960 (reverse)

seq1  ATATCCACTCCATACCCAATACCCATTTATTAATGTCCCCACAGCTTAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCCACTCCATACCCAATACCCATTTATTAATGTCCCCACAGCTTAGG  50

seq1  TTATGTCTTCTTGTTGTTACATTTAAATCTTCTATTACGATTTTTTCATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTCTTCTTGTTGTTACATTTAAATCTTCTATTACGATTTTTTCATT  100

seq1  CTGTGTGTGTGTGTGAGAGAGGGGGGGGGAGGGGGAGAGAGACAGAGACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTGTGTGTGTGAGAGAGGGGGGGGGAGGGGGAGAGAGACAGAGACA  150

seq1  GAGACAGAGAGACAGACAGAGACAGAGAGACAGACAGAGACAGAGAGTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACAGAGAGACAGACAGAGACAGAGAGACAGACAGAGACAGAGAGTGT  200

seq1  CATGAACTCTCTCCCAAAGCTGGGGGTTGTCCTTAGCAGGGTTTATCTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAACTCTCTCCCAAAGCTGGGGGTTGTCCTTAGCAGGGTTTATCTTT  250

seq1  TTGATACAATGATTAGTTGACTTACTTAAAAAGTCAAACTTGAGACAGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATACAATGATTAGTTGACTTACTTAAAAAGTCAAACTTGAGACAGAA  300

seq1  CTTGTTGCTTCCCAAATTGAAGCAAATACAAAATTTTCTCACATGTATTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTTGCTTCCCAAATTGAAGCAAATACAAAATTTTCTCACATGTATTT  350

seq1  TCTCCTCTTTTTTCACTCCTCATATAAAACTATATTTGACTAAGTTACTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTCTTTTTTCACTCCTCATATAAAACTATATTTGACTAAGTTACTT  400

seq1  AATAAAATCTTCATGCCTTGTGTTTCTAGTTCTTGATTAATTAATAATCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAATCTTCATGCCTTGTGTTTCTAGTTCTTGATTAATTAATAATCT  450

seq1  CTAACTCTTAACAGAACGCCATCACTGTATTTATATGACCTTCTCCATGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACTCTTAACAGAACGCCATCACTGTATTTATATGACCTTCTCCATGT  500

seq1  TTTCTACTTTATTACTTTATTAGCATGTCACATATAATATTTCCACACAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTACTTTATTACTTTATTAGCATGTCACATATAATATTTCCACACAG  550

seq1  TTTGCTAATGGCACCTTCACCTTCCTTTATGTTTTAGTTCCATATTTGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCTAATGGCACCTTCACCTTCCTTTATGTTTTAGTTCCATATTTGAA  600

seq1  TGAAGTCTGCATACAAGACCAGGTTTTCTCTAGTCATTTCTTGCTGGACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGTCTGCATACAAGACCAGGTTTTCTCTAGTCATTTCTTGCTGGACT  650

seq1  AATAAAATTCCTTTTTTATTAGCTTGCTGAAGAGCTCCTGGCAATTACAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAATTCCTTTTTTATTAGCTTGCTGAAGAGCTCCTGGCAATTACAA  700

seq1  TTCTCCAACTCTTCTCATGTTCAGAACTGTTTGTTTTACTTTACTGAATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCAACTCTTCTCATGTTCAGAACTGTTTGTTTTACTTTACTGAATA  750

seq1  AAAACATTGGTTGTTTATGGCACTCAGGGGCTACCATGTTTTCCAAGAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACATTGGTTGTTTATGGCACTCAGGGGCTACCATGTTTTCCAAGAGG  800

seq1  GTTTCTTGGATGTCGCTCCATTGTCATCTAGCTCTGCTGTGGAAGATGTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCTTGGATGTCGCTCCATTGTCATCTAGCTCTGCTGTGGAAGATGTG  850

seq1  AAGATTGGCTCACTTTTTCCTTCCTTCTGTGCAGAGCCTTGCCCTGGATT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATTGGCTCACTTTTTCCTTCCTTCTGTGCAGAGCCTTGCCCTGGATT  900

seq1  TTCAAAGAATTC  912
      ||||||||||||
seq2  TTCAAAGAATTC  912

seq1: chr1_164848946_164850022
seq2: B6Ng01-092J09.g_71_1143

seq1  GAATTCCAATGTCAGTGTTCAGCTGGGTGTTTAATAAGGAATGGGAGAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAATGTCAGTGTTCAGCTGGGTGTTTAATAAGGAATGGGAGAAA  50

seq1  GCAAGCTGTAGCTTGCTTGGCAAACATCGGCACTTGGGACCGACTGTAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGCTGTAGCTTGCTTGGCAAACATCGGCACTTGGGACCGACTGTAAT  100

seq1  TTACTTATCTCTGTAACAATGGAAGAAGGCTACTAAGATAGATATTCGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTTATCTCTGTAACAATGGAAGAAGGCTACTAAGATAGATATTCGAG  150

seq1  GTGTATGAACACCACCCAGCCACTGTGAACTTCTGACTGTGTGTTGGCAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTATGAACACCACCCAGCCACTGTGAACTTCTGACTGTGTGTTGGCAT  200

seq1  CCTATAGCTAGTATTTGGTGAGTGCTTTACTAGCAGGAGAGGGACCAGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATAGCTAGTATTTGGTGAGTGCTTTACTAGCAGGAGAGGGACCAGAT  250

seq1  TTTTTTATTTTTATTTTTATTTTTTTGTCTGCTTGATTTAAAGTTGTAAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTATTTTTATTTTTATTTTTTTGTCTGCTTGATTTAAAGTTGTAAC  300

seq1  CTAAGTAAGGGGTAAGGCAGATCTCCACATGTAGCAGATATTCTATGAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGTAAGGGGTAAGGCAGATCTCCACATGTAGCAGATATTCTATGAAT  350

seq1  GTTTGTCAGACAAATAAGTGATGCCCTTTGTTTCATGTTACTATTGCAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGTCAGACAAATAAGTGATGCCCTTTGTTTCATGTTACTATTGCAGG  400

seq1  TTTATGAACTGTATGCAATGATCTCATAAAATTTCAGCCTCTGGACACAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGAACTGTATGCAATGATCTCATAAAATTTCAGCCTCTGGACACAC  450

seq1  TGTCGCACTTCTAAGAATAAAAGACAATGGAAGCTTTTTATAGGTGAGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCGCACTTCTAAGAATAAAAGACAATGGAAGCTTTTTATAGGTGAGCA  500

seq1  TCCTTATTCAAGATTTGATGATGGAACACTTTGAAATTCTTCATGGCATC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTATTCAAGATTTGATGATGGAACACTTTGAAATTCTTCATGGCATC  550

seq1  TTTGAAACAGAAGTGTTTATATCTACTATATATATATATATATATACATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAAACAGAAGTGTTTATATCTACTATATATATATATATATATACATA  600

seq1  TATATATATATATACACTTATATATGTATATATATTTTTTAGGAAGTTT-  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TATATATATATATACACTTATATATGTATATATATTTTTTAGGAAGTTTA  650

seq1  AAACTCATACTATGATTTACATTTTCCTCATTTCTATAGTTCCCCAATTA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTCATACTATGATTTACATTTTCCTCATTTCTATAGTTCCCCAATTA  700

seq1  TAGATTTTTGTCAGCAGTATGTTAGGAGAGTTATATGTATGCTATTTAAT  749
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TAGATTTTTGTCAGCAGTATGTTAGGAGAGTTATATGTATGCTA-TTAAT  749

seq1  TTTTAAAAGACATTGAATAAGAAGATACTTTTCATGATGATCAATAGTAT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAAAGACATTGAATAAGAAGATACTTTTCATGATGATCAATAGTAT  799

seq1  TGGAAC-AATTAAATCAGTATAATTAAGTCACTGCCTCTCTTCATGGAAT  848
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAACAAATTAAATCAGTATAATTAAGTCACTGCCTCTCTTCATGGAAT  849

seq1  CTATATGCTCCCCACATAGAATCTATATGTTCCCCACAT-AAAGTTCTTG  897
      ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||
seq2  CTATATGCTCCCCACATAG-ATCTATATGTT-CCCACATAAAAGTTCTTG  897

seq1  TAGCCCCTTGAAACCATGTGGTCTACAGTAGAGAAAGGGAAGGGAAGAAG  947
      ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||
seq2  TAGCCTCTTGAAACCATGTGGTCTACAGTAGAGAAAGGGAGGGGAAG-AG  946

seq1  TCTTTCAACAGTGTGAGAGGCACATGACATTGGCACAGAGGTAACACTAG  997
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCATCAGTGTGAGAGGCACATGACATTGGCACAGAGGTAACACTAG  996

seq1  GCCTCTAGCATGCCCATCACCCCCAGCCCCAGTGCCCTGGAAGTATTTGT  1047
      || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||  |
seq2  GCTTCTAGCATGCCCATCACCCCCAGCCCC-GTGCCCTGG-AGTATTATT  1044

seq1  ACCTTATCCTTGCAGCTACCCAGCTGTTTC  1077
      ||| |||||||| |||||||  ||||||||
seq2  ACCCTATCCTTG-AGCTACCAGGCTGTTTC  1073