BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-093L02
Chromosome1 (Build37)
Map Location 20,158,673 - 20,257,607
singlet/doubletdoublet
Overlap genePkhd1
Upstream geneTcfap2b, LOC100040198, LOC226901
Downstream geneIl17a, Il17f, Mcm3, Paqr8, Efhc1, Tram2, LOC100040291, Tmem14a, Gsta3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-093L02.bB6Ng01-093L02.g
ACCDH905109DH905110
length1,150935
definitionDH905109|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-093L02, 5' end.DH905110|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-093L02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(20,158,673 - 20,159,817)(20,256,671 - 20,257,607)
sequence
cttcaactatttgtaacaaccagtcagtttcatatatctgtaaaagttgt
atttggattgtggcatagtcacagtagatcaatattattgtgaattttct
gaatagtcatctgctaactgaacattattatatagactagaaaaatatag
tttttgaaacatagattcttacatatttattaaattgcatggtgattatt
aagatatattcctgaggtggtgagatggcccaatatgaaaaggcactagg
cagcaagcccagtagcctgagtttaaacctcgggacttccatggtggaag
gacataactgactcccacaagtggctctccgatatccacatacatattat
ggtatgctcatccaatgcatgaactcatgcacacacaaacacacacacat
tttaaaaagaactgcagaatacacaggagatttatgttagcatatataat
ctttcaacaaacccacacaaacataattccacctctaacaagaaaattaa
taggaaataacaatcacttttccttaatatctcttaatatgaaaattaat
attaccaacatgtcctaatggattgaaattaaaaaatatgaggaattaga
aatttgtcggctgtcatcctgtggtctctctaatttggtaatgggaaaaa
taggtccaatattgtacaatccatctacacgttctgcttgtttgtacatg
acagggtcttgctgtgtgccacataatggtcttgaaatcatgcttctcct
atctcagcctctctattagtaggattgtttatctgatgtttttacagtac
gtaaatcagagtttgtttagtgaacagcttacatatttcaaaattgttta
tatagccaaaagaaacatagacaattaatttgggaggtggcttatatgag
aagagcagagtgagactgaaggctttgcttgatatttataattattgtat
caattttgaagaagaagactttatagttgctcttattctgagatgaatgc
ttttcaaatcatcacagccaatgaactagaatcttacgcctcactaacgt
ctggtgccacccctccaggcagagcattgttcaatgcaacagttggatga
aggactttcatgggatgagacaatcttaatacaataccccaatttcttaa

gaattcccatggctttcccaagggaagactaccagtggcccagttttcct
accatgcactacaactcagtgcccttgctaaagtggccaacccagaaaca
gatgtcccttttcatttgagctttattttcttttctccataacaaatgaa
atttcacttaatatgagagaggctacttatgttgcttacaagttacaaaa
atgagcattaaaaacatagtgacagaataacattgagatagatttttctc
cctttctctaatttcaatttgtcaatctgtgtttgactcaatcactgggc
taattagagctcacttagactcttctcttgggatcccaactcctgtaggc
cctgacactctttatggcttgctaacttgctggaactaatgagggttttc
tttaatcgagtagttttcaaaccttttatagtctccttcacctgagaaac
atccttactgtgaaagtccattaatatcagtatcataaaccactgagttt
aaggggccatatacttccccagcgtagatgggtcttaatttgggtgggct
gggtatagatttgatgattatgaggtaagaaacccacatttatttgacat
ttaacttcatctagaaaaatcacagccttcccaactttcctttattctgt
ctcagtctcccagaagtctggaactactgaacaccttgtggatcagagta
agaggaacaggataagaatgtcttgatgtgtacccatgatgcatttcttt
ctcagaagaatgtgatattgttattgcagaggtgatatctttctcctgta
caacctttataaactttccatgtgatgttttactttcttcttttatcatt
gttagccggtgtacatgtttgatgtttgtattgtatatgggtgtgacaaa
ctctgggtacaggatggaggtgagaggctaccctt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_20158673_20159817
seq2: B6Ng01-093L02.b_56_1205

seq1  CTTCAACTATTTGTAACAACCAGTCAGTTTCATATATCTGTAAAAGTTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAACTATTTGTAACAACCAGTCAGTTTCATATATCTGTAAAAGTTGT  50

seq1  ATTTGGATTGTGGCATAGTCACAGTAGATCAATATTATTGTGAATTTTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGGATTGTGGCATAGTCACAGTAGATCAATATTATTGTGAATTTTCT  100

seq1  GAATAGTCATCTGCTAACTGAACATTATTATATAGACTAGAAAAATATAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAGTCATCTGCTAACTGAACATTATTATATAGACTAGAAAAATATAG  150

seq1  TTTTTGAAACATAGATTCTTACATATTTATTAAATTGCATGGTGATTATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGAAACATAGATTCTTACATATTTATTAAATTGCATGGTGATTATT  200

seq1  AAGATATATTCCTGAGGTGGTGAGATGGCCCAATATGAAAAGGCACTAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATATATTCCTGAGGTGGTGAGATGGCCCAATATGAAAAGGCACTAGG  250

seq1  CAGCAAGCCCAGTAGCCTGAGTTTAAACCTCGGGACTTCCATGGTGGAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAAGCCCAGTAGCCTGAGTTTAAACCTCGGGACTTCCATGGTGGAAG  300

seq1  GACATAACTGACTCCCACAAGTGGCTCTCCGATATCCACATACATATTAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATAACTGACTCCCACAAGTGGCTCTCCGATATCCACATACATATTAT  350

seq1  GGTATGCTCATCCAATGCATGAACTCATGCACACACAAACACACACACAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATGCTCATCCAATGCATGAACTCATGCACACACAAACACACACACAT  400

seq1  TTTAAAAAGAACTGCAGAATACACAGGAGATTTATGTTAGCATATATAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAAAGAACTGCAGAATACACAGGAGATTTATGTTAGCATATATAAT  450

seq1  CTTTCAACAAACCCACACAAACATAATTCCACCTCTAACAAGAAAATTAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCAACAAACCCACACAAACATAATTCCACCTCTAACAAGAAAATTAA  500

seq1  TAGGAAATAACAATCACTTTTCCTTAATATCTCTTAATATGAAAATTAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAAATAACAATCACTTTTCCTTAATATCTCTTAATATGAAAATTAAT  550

seq1  ATTACCAACATGTCCTAATGGATTGAAATTAAAAAATATGAGGAATTAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACCAACATGTCCTAATGGATTGAAATTAAAAAATATGAGGAATTAGA  600

seq1  AATTTGTCGGCTGTCATCCTGTGGTCTCTCTAATTTGGTAATGGGAAAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTGTCGGCTGTCATCCTGTGGTCTCTCTAATTTGGTAATGGGAAAAA  650

seq1  TAGGTCCAATATTGTACAATCCATCTACACGTTCTGCTTGTTTGTACATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTCCAATATTGTACAATCCATCTACACGTTCTGCTTGTTTGTACATG  700

seq1  ACAGGGTCTTGCTGTGTGCCACATAATGGTCTTGAAATCATGCTTCTCCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGGTCTTGCTGTGTGCCACATAATGGTCTTGAAATCATGCTTCTCCT  750

seq1  ATCTCAGCCTCTCTATTAGTAGGATTGTTTATCTGATGTTTTTACAGTAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCAGCCTCTCTATTAGTAGGATTGTTTATCTGATGTTTTTACAGTAC  800

seq1  GTAAATCAGAGTTTGTTTAGTGAACAGCTTACATATTTCAAAATTGTTTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAATCAGAGTTTGTTTAGTGAACAGCTTACATATTTCAAAATTGTTTA  850

seq1  TATAGCCAAAAGAAACATAGACAATTAATTTGGGAGGTGGCTTATATGAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGCCAAAAGAAACATAGACAATTAATTTGGGAGGTGGCTTATATGAG  900

seq1  AAGAGCAGAGTGAGACTGAAGGCTTTGCTTGATATTTATAATTATTGTAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGCAGAGTGAGACTGAAGGCTTTGCTTGATATTTATAATTATTGTAT  950

seq1  CAATTTTGAAGAAGAAGACTTTATAAGTTGCTCTTATTCTGAGATGAATG  1000
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTTTGAAGAAGAAGACTTTAT-AGTTGCTCTTATTCTGAGATGAATG  999

seq1  CTTTTCAAAATCATCACAGCCAATGAACTAGAATCTTACG-CTCACCTAA  1049
      |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||
seq2  CTTTTC-AAATCATCACAGCCAATGAACTAGAATCTTACGCCTCA-CTAA  1047

seq1  CGTCT-GTGCCA-CCCTCCAAGCAGAGCCATTGTTCATTGCAACAGTT-G  1096
      ||||| |||||| ||||||| |||||| ||||||||| |||||||||| |
seq2  CGTCTGGTGCCACCCCTCCAGGCAGAG-CATTGTTCAATGCAACAGTTGG  1096

seq1  ATGAATGAC-TTCAT-GGAT-AGACCATCTTAATAC-ATACACC-ATTTC  1141
      ||||| ||| ||||| |||| |||| |||||||||| |||| || |||||
seq2  ATGAAGGACTTTCATGGGATGAGACAATCTTAATACAATACCCCAATTTC  1146

seq1  TTAA  1145
      ||||
seq2  TTAA  1150

seq1: chr1_20256671_20257607
seq2: B6Ng01-093L02.g_70_1004 (reverse)

seq1  AAGGGTGACCTCTCACCTCCATACCTGTACCCTAGAGTTTGTACACACCC  50
      ||||||  |||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||
seq2  AAGGGTAGCCTCTCACCTCCAT-CCTGTACCC-AGAGTTTGT-CACACCC  47

seq1  ATATAC-ATACAAACATCAAACATGTACACCGGCTAACAATGATAAAAGA  99
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATACAATACAAACATCAAACATGTACACCGGCTAACAATGATAAAAGA  97

seq1  AGAAAGTAAAACATCACATGGAAAGTTTATAAAGGTTGTACAGGAGAAAG  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGTAAAACATCACATGGAAAGTTTATAAAGGTTGTACAGGAGAAAG  147

seq1  ATATCACCTCTGCAATAACAATATCACATTCTTCTGAGAAAGAAATGCAT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCACCTCTGCAATAACAATATCACATTCTTCTGAGAAAGAAATGCAT  197

seq1  CATGGGTACACATCAAGACATTCTTATCCTGTTCCTCTTACTCTGATCCA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGGTACACATCAAGACATTCTTATCCTGTTCCTCTTACTCTGATCCA  247

seq1  CAAGGTGTTCAGTAGTTCCAGACTTCTGGGAGACTGAGACAGAATAAAGG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGTGTTCAGTAGTTCCAGACTTCTGGGAGACTGAGACAGAATAAAGG  297

seq1  AAAGTTGGGAAGGCTGTGATTTTTCTAGATGAAGTTAAATGTCAAATAAA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTTGGGAAGGCTGTGATTTTTCTAGATGAAGTTAAATGTCAAATAAA  347

seq1  TGTGGGTTTCTTACCTCATAATCATCAAATCTATACCCAGCCCACCCAAA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGGTTTCTTACCTCATAATCATCAAATCTATACCCAGCCCACCCAAA  397

seq1  TTAAGACCCATCTACGCTGGGGAAGTATATGGCCCCTTAAACTCAGTGGT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGACCCATCTACGCTGGGGAAGTATATGGCCCCTTAAACTCAGTGGT  447

seq1  TTATGATACTGATATTAATGGACTTTCACAGTAAGGATGTTTCTCAGGTG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGATACTGATATTAATGGACTTTCACAGTAAGGATGTTTCTCAGGTG  497

seq1  AAGGAGACTATAAAAGGTTTGAAAACTACTCGATTAAAGAAAACCCTCAT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGACTATAAAAGGTTTGAAAACTACTCGATTAAAGAAAACCCTCAT  547

seq1  TAGTTCCAGCAAGTTAGCAAGCCATAAAGAGTGTCAGGGCCTACAGGAGT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTCCAGCAAGTTAGCAAGCCATAAAGAGTGTCAGGGCCTACAGGAGT  597

seq1  TGGGATCCCAAGAGAAGAGTCTAAGTGAGCTCTAATTAGCCCAGTGATTG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGATCCCAAGAGAAGAGTCTAAGTGAGCTCTAATTAGCCCAGTGATTG  647

seq1  AGTCAAACACAGATTGACAAATTGAAATTAGAGAAAGGGAGAAAAATCTA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAAACACAGATTGACAAATTGAAATTAGAGAAAGGGAGAAAAATCTA  697

seq1  TCTCAATGTTATTCTGTCACTATGTTTTTAATGCTCATTTTTGTAACTTG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAATGTTATTCTGTCACTATGTTTTTAATGCTCATTTTTGTAACTTG  747

seq1  TAAGCAACATAAGTAGCCTCTCTCATATTAAGTGAAATTTCATTTGTTAT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCAACATAAGTAGCCTCTCTCATATTAAGTGAAATTTCATTTGTTAT  797

seq1  GGAGAAAAGAAAATAAAGCTCAAATGAAAAGGGACATCTGTTTCTGGGTT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAAAAGAAAATAAAGCTCAAATGAAAAGGGACATCTGTTTCTGGGTT  847

seq1  GGCCACTTTAGCAAGGGCACTGAGTTGTAGTGCATGGTAGGAAAACTGGG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCACTTTAGCAAGGGCACTGAGTTGTAGTGCATGGTAGGAAAACTGGG  897

seq1  CCACTGGTAGTCTTCCCTTGGGAAAGCCATGGGAATTC  937
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTGGTAGTCTTCCCTTGGGAAAGCCATGGGAATTC  935