BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-094E01
Chromosome1 (Build37)
Map Location 6,212,838 - 6,318,824
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRb1cc1
Upstream geneEG636659, Oprk1, Npbwr1, 4732440D04Rik
Downstream geneEG620393, LOC100039302, LOC664946, St18, LOC665015, LOC665027, LOC100039347, LOC435608, Pcmtd1, LOC545302
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-094E01.bB6Ng01-094E01.g
ACCDH905523DH905524
length1,101641
definitionDH905523|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-094E01, 5' end.DH905524|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-094E01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(6,212,838 - 6,213,955)(6,318,184 - 6,318,824)
sequence
gaattcaaatatcctggagtatgtggatggcctgaactatgcagccaaat
cttatctcaaaacaaaaacaaaaaaacaaaaaagccaggcgtggtggcac
acgcctttaatcccagcacttgggaggcagaggcaggtggatttctgagt
ttgaggccagcctggtctacagagtgagttccaagacagccagggctaca
cagagaaaccctgtcttgaaaaaccaaaaaacaaaaatatcaggatgtgc
atactaaacttaaaaatgagaactactaaggtggcacaagacactgtttt
agcattcagattgccactaactattatgtgttgaaaaggtaacaaacaat
gcacattggctttttccctcattcttgttccttcccctttcttatctttt
ttctcttgagaccaaaaaaaaaaagtcagtctcatgtactccaggaagac
tgacttggaacccctaatcctcctgtctttgcggtctgtaccacccgcca
tacctattctactggcagcaatgtaagtttaactcttaaagagacttaac
ctgcactgtgtactaaaaatgcacaaagaactgcttgtctgttttagagt
ctcagggtagtcagtctcaaattcaattgacccccctgactctgtcttct
aaggatgctattaagtgtatgctcgtacacctgctgcttgatttattttt
ttgggggggtgattgtttgcttgcttgatgagatagggtctctatgtagc
cctagctgtcctgaaattcactacgttgttctgtttcaccttgtctcccc
taaatggtcactcatatttactcctttaatttttatctttagggagacag
aagaataaaaacagatgactcagaaaacctatagtcaagctctgccctac
tatatgaccttgattggattcatctaccagttctttgatttgataagtaa
agacctatttcccaggaataatcttcatatggagcatgtcgttatcatca
gacctatctcaaactcagaatagtactcggctatgtaaatctttcacttc
attccattgttcaacatgctaatgtatcttcttttcctggtttgggattg
a

gaattcatgggaaaggaagagggagaatataattaaatgtttataaccaa
tcctgcattgaaagaagcaaagagtagtctgtttaaaattggctgcaaaa
gaaattggactctcatgtacaaaaaaaaaaaaaaagataaatacaaacca
caaactgtatacttttcacaaatagttagcataaaatataactcttagaa
gtagcttgtgcttaatggtgatatttttagattcaacactaaaagtacaa
tcaatggaaaattatacacttagacctaattaaaatgtaaattttcagct
ttgtgaaagatactcttgtaagaattataatatagttataaaagaagaat
aaagtattgtgcattaagagaacatatccaaggtaggtccagtgtcatac
acctatgatcccagcactagagaagctaaggcaaaagcaaaaggccagtc
tggagtatgaagcaataacttcacttaacaagaaaagaacaacataaaga
tccaaacagaacacttacagattaacaataaagagggaatatggcaatat
ggctaagtgatagagtgcttgtcttgcatgaaggatctggtgagttagac
ccccagaaacacagagagaggggggagaagggggagaggga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_6212838_6213955
seq2: B6Ng01-094E01.b_46_1146

seq1  GAATTCAAATATCCTGGAGTATGTGGATGGCCTGAACTATGCAGCCAAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAATATCCTGGAGTATGTGGATGGCCTGAACTATGCAGCCAAAT  50

seq1  CTTATCTCAAAACAAAAACAAAAAAACAAAAAAGCCAGGCGTGGTGGCAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATCTCAAAACAAAAACAAAAAAACAAAAAAGCCAGGCGTGGTGGCAC  100

seq1  ACGCCTTTAATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGTGGATTTCTGAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGCCTTTAATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGTGGATTTCTGAGT  150

seq1  TTGAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGTGAGTTCCAAGACAGCCAGGGCTACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGTGAGTTCCAAGACAGCCAGGGCTACA  200

seq1  CAGAGAAACCCTGTCTTGAAAAACCAAAAAACAAAAATATCAGGATGTGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGAAACCCTGTCTTGAAAAACCAAAAAACAAAAATATCAGGATGTGC  250

seq1  ATACTAAACTTAAAAATGAGAACTACTAAGGTGGCACAAGACACTGTTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTAAACTTAAAAATGAGAACTACTAAGGTGGCACAAGACACTGTTTT  300

seq1  AGCATTCAGATTGCCACTAACTATTATGTGTTGAAAAGGTAACAAACAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATTCAGATTGCCACTAACTATTATGTGTTGAAAAGGTAACAAACAAT  350

seq1  GCACATTGGCTTTTTCCCTCATTCTTGTTCCTTCCCCTTTCTTATCTTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACATTGGCTTTTTCCCTCATTCTTGTTCCTTCCCCTTTCTTATCTTTT  400

seq1  TTCTCTTGAGACCAAAAAAAAAAAGTCAGTCTCATGTACTCCAGGAAGAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTTGAGACCAAAAAAAAAAAGTCAGTCTCATGTACTCCAGGAAGAC  450

seq1  TGACTTGGAACCCCTAATCCTCCTGTCTTTGCGGTCTGTACCACCCGCCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTTGGAACCCCTAATCCTCCTGTCTTTGCGGTCTGTACCACCCGCCA  500

seq1  TACCTATTCTACTGGCAGCAATGTAAGTTTAACTCTTAAAGAGACTTAAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTATTCTACTGGCAGCAATGTAAGTTTAACTCTTAAAGAGACTTAAC  550

seq1  CTGCACTGTGTACTAAAAATGCACAAAGAACTGCTTGTCTGTTTTAGAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCACTGTGTACTAAAAATGCACAAAGAACTGCTTGTCTGTTTTAGAGT  600

seq1  CTCAGGGTAGTCAGTCTCAAATTCAATTGACCCCCCTGACTCTGTCTTCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGGGTAGTCAGTCTCAAATTCAATTGACCCCCCTGACTCTGTCTTCT  650

seq1  AAGGATGCTATTAAGTGTATGCTCGTACACCTGCTGCTTGATTTATTTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGATGCTATTAAGTGTATGCTCGTACACCTGCTGCTTGATTTATTTTT  700

seq1  TTGGGGGGGTGATTGTTTGCTTGCTTGATGAGATAGGGTCTCTATGTAGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGGGGGTGATTGTTTGCTTGCTTGATGAGATAGGGTCTCTATGTAGC  750

seq1  CCTAGCTGTCCTGAAATTCACTACGTTGTTCTGTTTCACCTTGTCTCCCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGCTGTCCTGAAATTCACTACGTTGTTCTGTTTCACCTTGTCTCCCC  800

seq1  TAAATGGTCACTCATATTTACTCCTTTAATTTTTATCTTTAGGGAGACAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGGTCACTCATATTTACTCCTTTAATTTTTATCTTTAGGGAGACAG  850

seq1  AAGAATAAAAACAGATGACTCAGAAAACCTATAGTCAAGCTCTGCCCTAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATAAAAACAGATGACTCAGAAAACCTATAGTCAAGCTCTGCCCTAC  900

seq1  TATATGACCTTGATTGGATTCATCTACCAGTTCTTTGATTTGATAAGTAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGACCTTGATTGGATTCATCTACCAGTTCTTTGATTTGATAAGTAA  950

seq1  AGACCTATTTCCCAAGAAATAATCTTCATATGGAGCAATGTCCGTATCAA  1000
      ||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||  ||||| 
seq2  AGACCTATTTCCC-AGGAATAATCTTCATATGGAGC-ATGTCGTTATCA-  997

seq1  TTCAGACCTATCTCATACTCAGAAATAGTACTCGCTAATGTAAAATCTTT  1050
       |||||||||||||| |||||| |||||||||||   |||| ||||||||
seq2  -TCAGACCTATCTCAAACTCAG-AATAGTACTCGGCTATGT-AAATCTTT  1044

seq1  CCAACTGCAAATCCCATTGTTCAAACATGTCTAAATGTATTCTTCTTTTC  1100
      |  ||| |  || ||||||||| |||||| || |||||| ||||||||||
seq2  C--ACTTC--ATTCCATTGTTC-AACATG-CT-AATGTA-TCTTCTTTTC  1086

seq1  CCTTGTTTTGGGGATTGA  1118
      |  || ||| ||||||||
seq2  C--TGGTTT-GGGATTGA  1101


seq1: chr1_6318184_6318824
seq2: B6Ng01-094E01.g_68_708 (reverse)

seq1  TCCCTCTCCCCCTTCTCCCCCCTCTCTCTGTGTTTCTGGGGGTCTAACTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCTCCCCCTTCTCCCCCCTCTCTCTGTGTTTCTGGGGGTCTAACTC  50

seq1  ACCAGATCCTTCATGCAAGACAAGCACTCTATCACTTAGCCATATTGCCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGATCCTTCATGCAAGACAAGCACTCTATCACTTAGCCATATTGCCA  100

seq1  TATTCCCTCTTTATTGTTAATCTGTAAGTGTTCTGTTTGGATCTTTATGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCCCTCTTTATTGTTAATCTGTAAGTGTTCTGTTTGGATCTTTATGT  150

seq1  TGTTCTTTTCTTGTTAAGTGAAGTTATTGCTTCATACTCCAGACTGGCCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTTTTCTTGTTAAGTGAAGTTATTGCTTCATACTCCAGACTGGCCT  200

seq1  TTTGCTTTTGCCTTAGCTTCTCTAGTGCTGGGATCATAGGTGTATGACAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCTTTTGCCTTAGCTTCTCTAGTGCTGGGATCATAGGTGTATGACAC  250

seq1  TGGACCTACCTTGGATATGTTCTCTTAATGCACAATACTTTATTCTTCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACCTACCTTGGATATGTTCTCTTAATGCACAATACTTTATTCTTCTT  300

seq1  TTATAACTATATTATAATTCTTACAAGAGTATCTTTCACAAAGCTGAAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAACTATATTATAATTCTTACAAGAGTATCTTTCACAAAGCTGAAAA  350

seq1  TTTACATTTTAATTAGGTCTAAGTGTATAATTTTCCATTGATTGTACTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACATTTTAATTAGGTCTAAGTGTATAATTTTCCATTGATTGTACTTT  400

seq1  TAGTGTTGAATCTAAAAATATCACCATTAAGCACAAGCTACTTCTAAGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGTTGAATCTAAAAATATCACCATTAAGCACAAGCTACTTCTAAGAG  450

seq1  TTATATTTTATGCTAACTATTTGTGAAAAGTATACAGTTTGTGGTTTGTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATTTTATGCTAACTATTTGTGAAAAGTATACAGTTTGTGGTTTGTA  500

seq1  TTTATCTTTTTTTTTTTTTTTGTACATGAGAGTCCAATTTCTTTTGCAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATCTTTTTTTTTTTTTTTGTACATGAGAGTCCAATTTCTTTTGCAGC  550

seq1  CAATTTTAAACAGACTACTCTTTGCTTCTTTCAATGCAGGATTGGTTATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTTTAAACAGACTACTCTTTGCTTCTTTCAATGCAGGATTGGTTATA  600

seq1  AACATTTAATTATATTCTCCCTCTTCCTTTCCCATGAATTC  641
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATTTAATTATATTCTCCCTCTTCCTTTCCCATGAATTC  641


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |