BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-094E20
Chromosome1 (Build37)
Map Location 32,372,143 - 32,525,197
singlet/doubletdoublet
Overlap geneKhdrbs2
Upstream geneLOC624275, LOC666056, LOC100041238
Downstream geneEG408191, EG633498, LOC213711, LOC100040828, EG666108, Prim2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-094E20.bB6Ng01-094E20.g
ACCDH905561DH905562
length1,2041,108
definitionDH905561|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-094E20, 5' end.DH905562|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-094E20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(32,523,959 - 32,525,197)(32,372,143 - 32,373,267)
sequence
gaattctggagtcagaatgtatttattattttaggtaatattttaatatt
ctatccaacttccgttgttttgcttttgaaactagttccatggctggcct
ggaactcatcatgtagaaccagactggcactaaacttcacttttctcagt
ctcttgagtcgaggtctggactaccacacgtggcccagcaaacttttgtt
cctcggttccttatttgtaaaagtagttatctcaagtttaaaaagaaatg
aggtgagttaatgtgtataataatgccatgagtatagatgagcctcttac
cttgtgcactacataagcacccagtcttactgacttgtgctgttagtgtt
gttgagactgtttagctctattttcaatcatgacagagcagaacagcaga
gacctgtggtcatcatctgctgtcatcatctgctgttaatacgctcagag
tgagaactcacgtaccttgatggagctgtgggagttattctgatccctct
gcctctaatacctcggccccggccagactcttctgagccattcaagtaag
acaactcccggagttgctcttgacgaatttcatcattgtagtcctagaag
ataaaaacacaacgagatgaattactatcagaaattgggttcttagagct
gaaacacaaacatacaccacaaacaaaagaaacatgatgaggataccact
tagtcttagaacatttgcctatcatgtgagagatctcaaaatctgtcaca
ggcatttcaaaacatgaaaacagagctgagtctagttccaggccttcctt
caaagctctgatgcaagtactcaggagcctgaggggaaagggatgcttcc
agggagtctacagtctgttggagaacatcctgaattctaggtcagtccgg
gcaactgtgaaacagacaaacaacccagctttgtctgtccctttgctctg
ggtctgaaatgatgctaagaatgtgcgatctctacaagcctcttattgta
taaggaacacaagctgcttctttcatcagaagtgctcttcgcgatactgc
atttatgatcttaaatccattaggctttatctgagaagagagacggtctg
tcaaatcaaattactgacctggaggattagtgaatagatgtcctgcctac
tcaatgctctggttccaggcccacgaatggctgaacgaggatggattgtc
tgaa
gaattccatggtttcctttatttgcttacttagtttatttatttatttat
ttattcttcttctatgcacattctcagttgcttgcatacagttcttcatt
ttatctggctaacacagttaacctagcatgcctcaacacctttatgggag
tatcatataactaatatgtgatgtcttatgtgcttttattggtatctaaa
atatatcttatgccaattttattatccttttaaatttaatttgtttctat
tttatgagtgttggtatttacatgcatgcctgtatgatatatgatgtctg
tatgtcagtgtcagatcctatgggactgtagttacagacagttttgagct
gttgtgtcagtgatagaaattgaaccaggatcctctggaataaaaatcaa
tcagtggtcttaacctctcagcaatctctccaggccacatatggtaactt
taaagctaggagatactggagagttctttacaatctcagaaaaattagta
ctatttacacttcagtttctaagagcttcactgttatgtatgacatgttt
gaatgccagctacaaatatttaactttttttgtagtgattttatagtcac
atgctatgaatttttaatatacaccacaacatttattcttgcagaaaaaa
agaaatatttgcaattgaatttgtcaaggaatttatgtctcactagtgag
tgaaatgcaatttatctgccaaaaggagttgtttctcagatataataaat
ttgaagatgagaaatcgtgatgatacaatgcttcaccaagactgtttact
gaacatgtacattttatacaataatgcaacacggctcattcatgtagttt
ttatgtttgttataaactcagaattattatatcagttctagagacctttt
aaccaatttaatcatactatatatatttttttttgccacatgactcttta
tgtttcagagaatccaattcagcaaacttctcagatccctgctcctcttt
tcgttccttggagaaatgctgatctctctgggggctgcctatatcagcat
cctaagcaagtttggatgtgttttctctgactgactccttcatttatgta
cctaggaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_32523959_32525197
seq2: B6Ng01-094E20.b_46_1249 (reverse)

seq1  TTCAGACAATCTCATCTATTCTGTGTCTTGGGGCTATTCCTGTTTGGGCT  50
      ||||||||||| ||||         || |   || |||| ||   || ||
seq2  TTCAGACAATC-CATC--------CTCGTTCAGCCATTCGTG---GGCCT  38

seq1  GTGAACCAGGAGCTATTTGAGTA-GCAGGCATTCATAATCTACACA-TAT  98
      | |||||| ||||   ||||||| |||||        |||||  || || 
seq2  G-GAACCA-GAGC--ATTGAGTAGGCAGG------ACATCTATTCACTAA  78

seq1  TCATCCAAGTTCAGTATATTGATGTTGACAGGACTGTCTCTCTTCTTCAG  148
      || ||| || ||||||  ||||| |||||| ||| |||||||||| ||||
seq2  TCCTCC-AGGTCAGTAATTTGAT-TTGACA-GACCGTCTCTCTTC-TCAG  124

seq1  ATAAAGCCTAAAATGGTATTTAAGATCATTAAATGCAGTATCGCGAAGAG  198
      |||||||||  ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAGCCT--AATGG-ATTTAAGATCA-TAAATGCAGTATCGCGAAGAG  170

seq1  CACTTTCTCGATGAAAGAAGCAGCTTTGTGTTCTTTATACAATAAGAGGC  248
      ||| |||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||
seq2  CAC-TTCT-GATGAAAGAAGCAGC-TTGTGTTCCTTATACAATAAGAGGC  217

seq1  TTGTAGAGATTCGCACATTCTTTAGCATCATTTCAGACCCAGAGCAAAGG  298
      ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAGAGA-TCGCACATTC-TTAGCATCATTTCAGACCCAGAGCAAAGG  265

seq1  GACAGACAAAGCTGGGTTGTTTGTCTTGTTTCACAGTTGCCCGGACTGAC  348
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGACAAAGCTGGGTTGTTTGTC-TGTTTCACAGTTGCCCGGACTGAC  314

seq1  CTAGAATTCAGGATGTTCTCCAACAGACTGTAGACTCCCTGGAAGCATCC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAATTCAGGATGTTCTCCAACAGACTGTAGACTCCCTGGAAGCATCC  364

seq1  CTTTCCACCTCAGGCTCCTGAGTACTTGCATCAGAGCTTTGAAGGAAGGC  448
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCC-CCTCAGGCTCCTGAGTACTTGCATCAGAGCTTTGAAGGAAGGC  413

seq1  CTGGAACTAGACTCAGCTCTGTTTTCATGTTTTGAAATGCCTGTGACAGA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAACTAGACTCAGCTCTGTTTTCATGTTTTGAAATGCCTGTGACAGA  463

seq1  TTTTGAGATCTCTCACATGATAGGCAAATGTTCTAAGACTAAGTGGTATC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGAGATCTCTCACATGATAGGCAAATGTTCTAAGACTAAGTGGTATC  513

seq1  CTCATCATGTTTCTTTTGTTTGTGGTGTATGTTTGTGTTTCAGCTCTAAG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATCATGTTTCTTTTGTTTGTGGTGTATGTTTGTGTTTCAGCTCTAAG  563

seq1  AACCCAATTTCTGATAGTAATTCATCTCGTTGTGTTTTTATCTTCTAGGA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCAATTTCTGATAGTAATTCATCTCGTTGTGTTTTTATCTTCTAGGA  613

seq1  CTACAATGATGAAATTCGTCAAGAGCAACTCCGGGAGTTGTCTTACTTGA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAATGATGAAATTCGTCAAGAGCAACTCCGGGAGTTGTCTTACTTGA  663

seq1  ATGGCTCAGAAGAGTCTGGCCGGGGCCGAGGTATTAGAGGCAGAGGGATC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCTCAGAAGAGTCTGGCCGGGGCCGAGGTATTAGAGGCAGAGGGATC  713

seq1  AGAATAACTCCCACAGCTCCATCAAGGTACGTGAGTTCTCACTCTGAGCG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATAACTCCCACAGCTCCATCAAGGTACGTGAGTTCTCACTCTGAGCG  763

seq1  TATTAACAGCAGATGATGACAGCAGATGATGACCACAGGTCTCTGCTGTT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAACAGCAGATGATGACAGCAGATGATGACCACAGGTCTCTGCTGTT  813

seq1  CTGCTCTGTCATGATTGAAAATAGAGCTAAACAGTCTCAACAACACTAAC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTCTGTCATGATTGAAAATAGAGCTAAACAGTCTCAACAACACTAAC  863

seq1  AGCACAAGTCAGTAAGACTGGGTGCTTATGTAGTGCACAAGGTAAGAGGC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACAAGTCAGTAAGACTGGGTGCTTATGTAGTGCACAAGGTAAGAGGC  913

seq1  TCATCTATACTCATGGCATTATTATACACATTAACTCACCTCATTTCTTT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCTATACTCATGGCATTATTATACACATTAACTCACCTCATTTCTTT  963

seq1  TTAAACTTGAGATAACTACTTTTACAAATAAGGAACCGAGGAACAAAAGT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAACTTGAGATAACTACTTTTACAAATAAGGAACCGAGGAACAAAAGT  1013

seq1  TTGCTGGGCCACGTGTGGTAGTCCAGACCTCGACTCAAGAGACTGAGAAA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTGGGCCACGTGTGGTAGTCCAGACCTCGACTCAAGAGACTGAGAAA  1063

seq1  AGTGAAGTTTAGTGCCAGTCTGGTTCTACATGATGAGTTCCAGGCCAGCC  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAAGTTTAGTGCCAGTCTGGTTCTACATGATGAGTTCCAGGCCAGCC  1113

seq1  ATGGAACTAGTTTCAAAAGCAAAACAACGGAAGTTGGATAGAATATTAAA  1198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAACTAGTTTCAAAAGCAAAACAACGGAAGTTGGATAGAATATTAAA  1163

seq1  ATATTACCTAAAATAATAAATACATTCTGACTCCAGAATTC  1239
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTACCTAAAATAATAAATACATTCTGACTCCAGAATTC  1204

seq1: chr1_32372143_32373267
seq2: B6Ng01-094E20.g_64_1171

seq1  GAATTCCATGGTTTCCTTTATTTGCTTACTTAGTTTATTTATTTATTTAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATGGTTTCCTTTATTTGCTTACTTAGTTTATTTATTTATTTAT  50

seq1  TTATTCTTCTTCTATGCACATTCTCAGTTGCTTGCATACAGTTCTTCATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTCTTCTTCTATGCACATTCTCAGTTGCTTGCATACAGTTCTTCATT  100

seq1  TTATCTGGCTAACACAGTTAACCTAGCATGCCTCAACACCTTTATGGGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTGGCTAACACAGTTAACCTAGCATGCCTCAACACCTTTATGGGAG  150

seq1  TATCATATAACTAATATGTGATGTCTTATGTGCTTTTATTGGTATCTAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCATATAACTAATATGTGATGTCTTATGTGCTTTTATTGGTATCTAAA  200

seq1  ATATATCTTATGCCAATTTTATTATCCTTTTAAATTTAATTTGTTTCTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATCTTATGCCAATTTTATTATCCTTTTAAATTTAATTTGTTTCTAT  250

seq1  TTTATGAGTGTTGGTATTTACATGCATGCCTGTATGATATATGATGTCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGAGTGTTGGTATTTACATGCATGCCTGTATGATATATGATGTCTG  300

seq1  TATGTCAGTGTCAGATCCTATGGGACTGTAGTTACAGACAGTTTTGAGCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTCAGTGTCAGATCCTATGGGACTGTAGTTACAGACAGTTTTGAGCT  350

seq1  GTTGTGTCAGTGATAGAAATTGAACCAGGATCCTCTGGAATAAAAATCAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTGTCAGTGATAGAAATTGAACCAGGATCCTCTGGAATAAAAATCAA  400

seq1  TCAGTGGTCTTAACCTCTCAGCAATCTCTCCAGGCCACATATGGTAACTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTGGTCTTAACCTCTCAGCAATCTCTCCAGGCCACATATGGTAACTT  450

seq1  TAAAGCTAGGAGATACTGGAGAGTTCTTTACAATCTCAGAAAAATTAGTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGCTAGGAGATACTGGAGAGTTCTTTACAATCTCAGAAAAATTAGTA  500

seq1  CTATTTACACTTCAGTTTCTAAGAGCTTCACTGTTATGTATGACATGTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTTACACTTCAGTTTCTAAGAGCTTCACTGTTATGTATGACATGTTT  550

seq1  GAATGCCAGCTACAAATATTTAACTTTTTTTGTAGTGATTTTATAGTCAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGCCAGCTACAAATATTTAACTTTTTTTGTAGTGATTTTATAGTCAC  600

seq1  ATGCTATGAATTTTTAATATACACCACAACATTTATTCTTGCAGAAAAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTATGAATTTTTAATATACACCACAACATTTATTCTTGCAGAAAAAA  650

seq1  AGAAATATTTGCAATTGAATTTGTCAAGGAATTTATGTCTCACTAGTGAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATATTTGCAATTGAATTTGTCAAGGAATTTATGTCTCACTAGTGAG  700

seq1  TGAAATGCAATTTATCTGCCAAAAGGAGTTGTTTCTCAGATATAATAAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATGCAATTTATCTGCCAAAAGGAGTTGTTTCTCAGATATAATAAAT  750

seq1  TTGAAGATGAGAAATCGTGATGATACAATGCTTCACCAAGACTGTTTACT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAGATGAGAAATCGTGATGATACAATGCTTCACCAAGACTGTTTACT  800

seq1  GAACATGTACATTTTATACAATAATGCAACACGGCTCATTCATGTAGTTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACATGTACATTTTATACAATAATGCAACACGGCTCATTCATGTAGTTT  850

seq1  TTATGTTTGTTATAAACTCAGAATTATTATATCAGTTCTAGAGAACCTTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TTATGTTTGTTATAAACTCAGAATTATTATATCAGTTCTAGAG-ACCTTT  899

seq1  TAACCAATTTAATCAATACTAATATATATTTTTTTTTGCCACATGAACCT  950
      |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||  ||
seq2  TAACCAATTTAATC-ATACT-ATATATATTTTTTTTTGCCACATGA--CT  945

seq1  CTTTTATGTTTCAAGAGAATCCAATTCAGGCAACCTTCTCAGAATTCCCT  1000
      | |||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||  |||||
seq2  C-TTTATGTTTC-AGAGAATCCAATTCA-GCAAACTTCTCAGA--TCCCT  990

seq1  --TGCTCTCTATCGTTCCTTTGAGGAAATGCTGATCTCCCTGGGGGCTGC  1048
        | |||| | ||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||
seq2  GCTCCTCT-TTTCGTTCCTTGGA-GAAATGCTGATCTCTCTGGGGGCTGC  1038

seq1  CTATATCCAGCATCCCCAGAGCAGTGTTGTGATGTTTTCTCTGAACTGAC  1098
      |||||| ||||||||  ||   ||| | |   ||||||||||| ||||||
seq2  CTATAT-CAGCATCCTAAG-CAAGTTTGGATGTGTTTTCTCTG-ACTGAC  1085

seq1  TCCTTCATTTTTTATGTCACCTAGGAA  1125
      |||||||   ||||||| |||||||||
seq2  TCCTTCA---TTTATGT-ACCTAGGAA  1108