BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-096M02
Chromosome1 (Build37)
Map Location 191,193,732 - 191,299,854
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneUsh2a, Kctd3, Kcnk2, LOC100042424, LOC100039307
Downstream geneCenpf, Ptpn14, LOC100042438, Smyd2, Prox1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-096M02.bB6Ng01-096M02.g
ACCDH907313DH907314
length6431,143
definitionDH907313|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-096M02, 5' end.DH907314|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-096M02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(191,193,732 - 191,194,374)(191,298,707 - 191,299,854)
sequence
gaattctttattcatatttgtgattcaaagataaagtatgtggtgctcgg
tacagacacttaggaatgaactgagacagacatattggaaacagaaaagc
aaagtataacatcctgagactaattaattcccagttagcttctggaaagc
cccgaggccctctttatggcacaggaaacttcctgctagctaatacttcc
ctgtcttctctgttctttatggttccaatattgctgatatttatagggag
gtacatgggctaccttgaccctgaactcccctcctccttcttcttcttat
ggtagttcatcattagtgtcttcctgtcttaggaagagcctggcactgca
gcctgtgggagagagctaaccactccaagtgtgcttttggggtatgtgag
ggagcaagtggcataagctagaatactaatatttggaattatgtcatatg
ataaagccaaaaatatctatataagtgtgtaaacagggaaaccacaaagg
ggcccatgagagggaaagtgtgtgggaaggtcaatggaactcgtgacaaa
aagtggatggaggaaacccttcaggaactgagactgaggggacaaaagga
aggcttgtacatgggaaagggagggaattgggggaggaggaac
gaattctcttgggaccagccatcagagcaataattgggaccaactatatc
ttagctaccaagttatcatttgacagggatggtgaatgctaaccagactt
gtgcatttcagaagcatggatgttagggaagggataactacacatttcag
aactcggagggaaaaccctgggagctgcacaaggcagtaataatgatcag
tcagctcattccgctggcttggtcccacattgcaataaccaaatagatct
gccatccttgagatttgataacacaatacccagtaacctggtaaaaacaa
gacacaatgcttatagttaaccaatcagatttatatatcaataaattctc
aatacacaagatgccaatacaataatttcagagccaattgataatgataa
cagctgcccaccttgattagacaaatcattccaatattctaacctgtatg
atatcataacaacctggggctggtcatagccactctgattcacatttgcc
accatcttcttttctccccgataccccaacatgctctctgtctctgcaac
tcttagctctgcctcccttttccctgtccaatcacaggcctcccactgcc
ctcatgtaatcaaacagggaaaatcctgtgacacagcctcttcctcctta
cccccgaccccatgctggctaactttacgtcaacttgacacaagctagaa
tcactggaaaggagggagccttaattgagaaaatgactcaataagatctg
accataggcaagcatacagggtattttcttaatcagtaattgatggggaa
gggaccagcctgttgtggaggtggtcctgggttctataaggaagcaggct
gagcaagtaaagccatggagagcaagccattaagcagcacccttccatgg
tctctgcttcagctcctgcccttaagttcctgccctgtttgagttcctga
cttcctttaaagatgatatggactatagctgaataaaatcctttcctctc
caacttgcattttggtcatagtgtttcaatcacagtatagaactctacta
gacacccccttgctttctggctactgtgaaccttcatgttgtagtatcga
cagttcactttgatctttcactgggcgagagcatcatgtcagt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_191193732_191194374
seq2: B6Ng01-096M02.b_49_691

seq1  GAATTCTTTATTCATATTTGTGATTCAAAGATAAAGTATGTGGTGCTCGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTATTCATATTTGTGATTCAAAGATAAAGTATGTGGTGCTCGG  50

seq1  TACAGACACTTAGGAATGAACTGAGACAGACATATTGGAAACAGAAAAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGACACTTAGGAATGAACTGAGACAGACATATTGGAAACAGAAAAGC  100

seq1  AAAGTATAACATCCTGAGACTAATTAATTCCCAGTTAGCTTCTGGAAAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTATAACATCCTGAGACTAATTAATTCCCAGTTAGCTTCTGGAAAGC  150

seq1  CCCGAGGCCCTCTTTATGGCACAGGAAACTTCCTGCTAGCTAATACTTCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGAGGCCCTCTTTATGGCACAGGAAACTTCCTGCTAGCTAATACTTCC  200

seq1  CTGTCTTCTCTGTTCTTTATGGTTCCAATATTGCTGATATTTATAGGGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTTCTCTGTTCTTTATGGTTCCAATATTGCTGATATTTATAGGGAG  250

seq1  GTACATGGGCTACCTTGACCCTGAACTCCCCTCCTCCTTCTTCTTCTTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACATGGGCTACCTTGACCCTGAACTCCCCTCCTCCTTCTTCTTCTTAT  300

seq1  GGTAGTTCATCATTAGTGTCTTCCTGTCTTAGGAAGAGCCTGGCACTGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGTTCATCATTAGTGTCTTCCTGTCTTAGGAAGAGCCTGGCACTGCA  350

seq1  GCCTGTGGGAGAGAGCTAACCACTCCAAGTGTGCTTTTGGGGTATGTGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGTGGGAGAGAGCTAACCACTCCAAGTGTGCTTTTGGGGTATGTGAG  400

seq1  GGAGCAAGTGGCATAAGCTAGAATACTAATATTTGGAATTATGTCATATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCAAGTGGCATAAGCTAGAATACTAATATTTGGAATTATGTCATATG  450

seq1  ATAAAGCCAAAAATATCTATATAAGTGTGTAAACAGGGAAACCACAAAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAGCCAAAAATATCTATATAAGTGTGTAAACAGGGAAACCACAAAGG  500

seq1  GGCCCATGAGAGGGAAAGTGTGTGGGAAGGTCAATGGAACTCGTGACAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCATGAGAGGGAAAGTGTGTGGGAAGGTCAATGGAACTCGTGACAAA  550

seq1  AAGTGGATGGAGGAAACCCTTCAGGAACTGAGACTGAGGGGACAAAAGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGGATGGAGGAAACCCTTCAGGAACTGAGACTGAGGGGACAAAAGGA  600

seq1  AGGCTTGTACATGGGAAAGGGAGGGAATTGGGGGAGGAGGAAC  643
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTTGTACATGGGAAAGGGAGGGAATTGGGGGAGGAGGAAC  643

seq1: chr1_191298707_191299854
seq2: B6Ng01-096M02.g_69_1211 (reverse)

seq1  ACTGCCATGATGCTCTGCCCAAGTGAAGGAATCAAAGTG-ACTGTCGATA  49
      |||| |||||||||||  || |||||| | ||||||||| ||||||||||
seq2  ACTGACATGATGCTCTCGCCCAGTGAAAG-ATCAAAGTGAACTGTCGATA  49

seq1  CTACAACCATGAAGGTGTCACAGTAGCCAGAAAGCAA-GGGGTGTCCTAG  98
      |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||
seq2  CTACAA-CATGAAGGT-TCACAGTAGCCAGAAAGCAAGGGGGTGT-CTAG  96

seq1  TTAGAGTTTCTATACTGTGA-TGAAACACTATGACCAAAATGCAAGTTGG  147
       ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -TAGAG-TTCTATACTGTGATTGAAACACTATGACCAAAATGCAAGTTGG  144

seq1  AGAGGAAAGGATTTTATTCAGCTTATAGTTCCATATCATCTTTAAAGGAA  197
      |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGAAAGGATTTTATTCAGC-TATAG-TCCATATCATCTTTAAAGGAA  192

seq1  GTCAGGAACTCAAACAGGGCAGGAACTTAAGGGCAGGAGCTGAAGCAGAG  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGGAACTCAAACAGGGCAGGAACTTAAGGGCAGGAGCTGAAGCAGAG  242

seq1  ACCATGGAAGGGTGCTGCTTAATGGCTTGCTCTCCATGGCTTTACTTGCT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATGGAAGGGTGCTGCTTAATGGCTTGCTCTCCATGGCTTTACTTGCT  292

seq1  CAGCCTGCTTCCTTATAGAACCCAGGACCACCTCCACAACAGGCTGGTCC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCTGCTTCCTTATAGAACCCAGGACCACCTCCACAACAGGCTGGTCC  342

seq1  CTTCCCCATCAATTACTGATTAAGAAAATACCCTGTATGCTTGCCTATGG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCCCATCAATTACTGATTAAGAAAATACCCTGTATGCTTGCCTATGG  392

seq1  TCAGATCTTATTGAGTCATTTTCTCAATTAAGGCTCCCTCCTTTCCAGTG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGATCTTATTGAGTCATTTTCTCAATTAAGGCTCCCTCCTTTCCAGTG  442

seq1  ATTCTAGCTTGTGTCAAGTTGACGTAAAGTTAGCCAGCATGGGGTCGGGG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTAGCTTGTGTCAAGTTGACGTAAAGTTAGCCAGCATGGGGTCGGGG  492

seq1  GTAAGGAGGAAGAGGCTGTGTCACAGGATTTTCCCTGTTTGATTACATGA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGGAGGAAGAGGCTGTGTCACAGGATTTTCCCTGTTTGATTACATGA  542

seq1  GGGCAGTGGGAGGCCTGTGATTGGACAGGGAAAAGGGAGGCAGAGCTAAG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCAGTGGGAGGCCTGTGATTGGACAGGGAAAAGGGAGGCAGAGCTAAG  592

seq1  AGTTGCAGAGACAGAGAGCATGTTGGGGTATCGGGGAGAAAAGAAGATGG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGCAGAGACAGAGAGCATGTTGGGGTATCGGGGAGAAAAGAAGATGG  642

seq1  TGGCAAATGTGAATCAGAGTGGCTATGACCAGCCCCAGGTTGTTATGATA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAAATGTGAATCAGAGTGGCTATGACCAGCCCCAGGTTGTTATGATA  692

seq1  TCATACAGGTTAGAATATTGGAATGATTTGTCTAATCAAGGTGGGCAGCT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATACAGGTTAGAATATTGGAATGATTTGTCTAATCAAGGTGGGCAGCT  742

seq1  GTTATCATTATCAATTGGCTCTGAAATTATTGTATTGGCATCTTGTGTAT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATCATTATCAATTGGCTCTGAAATTATTGTATTGGCATCTTGTGTAT  792

seq1  TGAGAATTTATTGATATATAAATCTGATTGGTTAACTATAAGCATTGTGT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAATTTATTGATATATAAATCTGATTGGTTAACTATAAGCATTGTGT  842

seq1  CTTGTTTTTACCAGGTTACTGGGTATTGTGTTATCAAATCTCAAGGATGG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTTTTTACCAGGTTACTGGGTATTGTGTTATCAAATCTCAAGGATGG  892

seq1  CAGATCTATTTGGTTATTGCAATGTGGGACCAAGCCAGCGGAATGAGCTG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATCTATTTGGTTATTGCAATGTGGGACCAAGCCAGCGGAATGAGCTG  942

seq1  ACTGATCATTATTACTGCCTTGTGCAGCTCCCAGGGTTTTCCCTCCGAGT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGATCATTATTACTGCCTTGTGCAGCTCCCAGGGTTTTCCCTCCGAGT  992

seq1  TCTGAAATGTGTAGTTATCCCTTCCCTAACATCCATGCTTCTGAAATGCA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAAATGTGTAGTTATCCCTTCCCTAACATCCATGCTTCTGAAATGCA  1042

seq1  CAAGTCTGGTTAGCATTCACCATCCCTGTCAAATGATAACTTGGTAGCTA  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTCTGGTTAGCATTCACCATCCCTGTCAAATGATAACTTGGTAGCTA  1092

seq1  AGATATAGTTGGTCCCAATTATTGCTCTGATGGCTGGTCCCAAGAGAATT  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATATAGTTGGTCCCAATTATTGCTCTGATGGCTGGTCCCAAGAGAATT  1142

seq1  C  1148
      |
seq2  C  1143