BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-097B11
Chromosome1 (Build37)
Map Location 53,318,781 - 53,456,817
singlet/doubletdoublet
Overlap genePms1, LOC671024, Ormdl1, Osgepl1, Asnsd1, EG627858, EG627866, LOC100042162
Upstream geneLOC546735, Nab1, LOC546736, Gm553, LOC100042094, EG433305, 5330401P04Rik, 2210010L05Rik, Inpp1, Hibch, 1700019D03Rik, Gdf8, 1700019A02Rik
Downstream geneDnahc7, Stk17b, Hecw2, 4930511H11Rik, Gtf3c3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-097B11.bB6Ng01-097B11.g
ACCDH907555DH907556
length1,1551,038
definitionDH907555|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-097B11, 5' end.DH907556|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-097B11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(53,318,781 - 53,319,929)(53,455,750 - 53,456,817)
sequence
gaattccatttgaaactataggatcaccatctttactatgtattttgggt
tttttgttaaacctttacttcaaattacaagtgtatgtgtgtctgtggtt
gggcatatgtaggtgagtacaggtgtctgaggccagaggaaggtactggg
tctttggaacagttgtgaacatcatgtgggtattgggaactcaggtcctc
tgcaagagcagtaagtactcttaactgccaagccacacctctatcctgac
tgtccatatttctatcaccatctggttttcactccttaaagtccaattac
aacactctatactttgtctagcacaatcctccaaagaaccagttctaaaa
cttgtcattgtcacctggtactgggatcttaattatcccacctcttatca
ccaactttctgggatgggggattttctatgaccataataacatgcttaag
ccaatcaattttaaaaagaaaaaacatttactttaactcataactggagg
tttttaatcatgatcatctggtaccatgctttgggacctgcagtgagctg
tacatcttggtgcatgtggccaagaaaacttgtgtcttaacaactaggaa
gcaaagagagaagaagggatatggacccagtagcctcttacagggcatac
ctaatgtctaatgactgaaagaccctcctactagtgaacaagcctttcac
aaaggggacaattgagatcttaactatgtcacccatctagtgaatacttg
ggtatagaagttttatacttctagaattttcatttggttcttccaaactt
tccatttagcatacgaactcccaacttttttctttaatgatgcaggattt
tgctttaaaacctttttggcaaatagtttcttcctagaggttctcatttt
gctcatctgcctccgctgtgctttttcttttgctgatagctcttaatttt
cccttgatcatgtcctttaaagctttgatttgatttacataaaagaatca
cagttgcttgaagatggttgtgttcctgtcaaacaggaactagtaacaac
ctggtgctgtagcttgatgatggaattaatcctttccctctggtaagtct
ggaaactcttttgaataagtccagtctccaactttctttaatcactgctc
cagca
gaattcctgagtctcctacctccatcatccaaatgttagagttacaggtc
tattgctaccaagcctggctttgtgtggtattgaggattgaacccagggc
tttatgcatgctaagaaaacactgtaccaactctcctaaaccccacccct
aaccccagacatatcactaagcttttcaacaaccattcttttgaatctat
caggtatttcatcaaccccagtatctttagaatctgtcactagggagtta
ttttttaggagattattattttaaaatatttgaaatttcttgtgtatatg
ttgaactctgtgtatgtagtgaagtggattgtctcttatatgggatagac
ttcttagaatatgactttcttttaaagatgtgtatcagggtgttagttca
ctatgctatgctgaattcactttccactgtgtattgcagttcaatgttac
agtatccttgtagcttcaatgactgtagttattaagttttggcagagcac
gtactttcaagagagtcagaccttctgtctatggtttacccatgagaggg
acactaacagtttggcattaatgcagtaagtagcagagtgatagagtgct
ccctatatggttcctctggtaatgagaatactggttttcatccagtggtg
gggcttctcagatactgttgatactggctgttatttgaatgagctctagt
tttggctgcttcaacaacagtgaagggtctaagcactcttttgattagac
actcttcaagtacagttgcttcacagggagtgaaaggagtcagaattcct
cctcccccctgtagtagtcacctttccttgtgagcagtgtgtgaccaggt
aagtgtgaggcaactgatgcaggggcccaagacaggtgcagtggggtagt
ttatttttgctactagttggtatgtctactcagtagctatctctcagtag
tccctgcctgtgcattcttggggacagatgaatatttctgttgccctgca
gcttttcttcagattgttctaccacagtatatgtaata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_53318781_53319929
seq2: B6Ng01-097B11.b_47_1201

seq1  GAATTCCATTTGAAACTATAGGATCACCATCTTTACTATGTATTTTGGGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATTTGAAACTATAGGATCACCATCTTTACTATGTATTTTGGGT  50

seq1  TTTTTGTTAAACCTTTACTTCAAATTACAAGTGTATGTGTGTCTGTGGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGTTAAACCTTTACTTCAAATTACAAGTGTATGTGTGTCTGTGGTT  100

seq1  GGGCATATGTAGGTGAGTACAGGTGTCTGAGGCCAGAGGAAGGTACTGGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCATATGTAGGTGAGTACAGGTGTCTGAGGCCAGAGGAAGGTACTGGG  150

seq1  TCTTTGGAACAGTTGTGAACATCATGTGGGTATTGGGAACTCAGGTCCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGGAACAGTTGTGAACATCATGTGGGTATTGGGAACTCAGGTCCTC  200

seq1  TGCAAGAGCAGTAAGTACTCTTAACTGCCAAGCCACACCTCTATCCTGAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAGAGCAGTAAGTACTCTTAACTGCCAAGCCACACCTCTATCCTGAC  250

seq1  TGTCCATATTTCTATCACCATCTGGTTTTCACTCCTTAAAGTCCAATTAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCATATTTCTATCACCATCTGGTTTTCACTCCTTAAAGTCCAATTAC  300

seq1  AACACTCTATACTTTGTCTAGCACAATCCTCCAAAGAACCAGTTCTAAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACTCTATACTTTGTCTAGCACAATCCTCCAAAGAACCAGTTCTAAAA  350

seq1  CTTGTCATTGTCACCTGGTACTGGGATCTTAATTATCCCACCTCTTATCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTCATTGTCACCTGGTACTGGGATCTTAATTATCCCACCTCTTATCA  400

seq1  CCAACTTTCTGGGATGGGGGATTTTCTATGACCATAATAACATGCTTAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACTTTCTGGGATGGGGGATTTTCTATGACCATAATAACATGCTTAAG  450

seq1  CCAATCAATTTTAAAAAGAAAAAACATTTACTTTAACTCATAACTGGAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATCAATTTTAAAAAGAAAAAACATTTACTTTAACTCATAACTGGAGG  500

seq1  TTTTTAATCATGATCATCTGGTACCATGCTTTGGGACCTGCAGTGAGCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTAATCATGATCATCTGGTACCATGCTTTGGGACCTGCAGTGAGCTG  550

seq1  TACATCTTGGTGCATGTGGCCAAGAAAACTTGTGTCTTAACAACTAGGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATCTTGGTGCATGTGGCCAAGAAAACTTGTGTCTTAACAACTAGGAA  600

seq1  GCAAAGAGAGAAGAAGGGATATGGACCCAGTAGCCTCTTACAGGGCATAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAGAGAGAAGAAGGGATATGGACCCAGTAGCCTCTTACAGGGCATAC  650

seq1  CTAATGTCTAATGACTGAAAGACCCTCCTACTAGTGAACAAGCCTTTCAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATGTCTAATGACTGAAAGACCCTCCTACTAGTGAACAAGCCTTTCAC  700

seq1  AAAGGGGACAATTGAGATCTTAACTATGTCACCCATCTAGTGAATACTTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGGGACAATTGAGATCTTAACTATGTCACCCATCTAGTGAATACTTG  750

seq1  GGTATAGAAGTTTTATACTTCTAGAATTTTCATTTGGTTCTTCCAAACTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATAGAAGTTTTATACTTCTAGAATTTTCATTTGGTTCTTCCAAACTT  800

seq1  TCCATTTAGCATACGAACTCCCAACTTTTTTCTTTAATGATGCAGGA-TT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TCCATTTAGCATACGAACTCCCAACTTTTTTCTTTAATGATGCAGGATTT  850

seq1  TGCTTTAAAACCTTTTTGGCAAATAG-TTCTTCCTAGAGGTTCTCATTTT  898
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTAAAACCTTTTTGGCAAATAGTTTCTTCCTAGAGGTTCTCATTTT  900

seq1  GCTCATCTGCCTCCGCTGTGCTTTTTCTTTTGCTGATAGCTCTT-ATTTT  947
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GCTCATCTGCCTCCGCTGTGCTTTTTCTTTTGCTGATAGCTCTTAATTTT  950

seq1  CCCTTGATCATGTCCTTTAAAGCTTTGATTTGATTTACATAAAAGAATCA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTGATCATGTCCTTTAAAGCTTTGATTTGATTTACATAAAAGAATCA  1000

seq1  CAGTTGC-TGAAGATGGTTGTGTTCCTGTCAAACAGGAACTAGTAACAAC  1046
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTGCTTGAAGATGGTTGTGTTCCTGTCAAACAGGAACTAGTAACAAC  1050

seq1  CT-GTGCTGTAGCTTGATGATGGAATTAATCCTTTTCCTCTTGTAAGTCT  1095
      || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||
seq2  CTGGTGCTGTAGCTTGATGATGGAATTAATCCTTTCCCTCTGGTAAGTCT  1100

seq1  GAAAGCTC-TTTGAAT-AGTCCAGTCT-CAACTTTCTTT-AGCACTGCTC  1141
      | || ||| ||||||| |||||||||| ||||||||||| | ||||||||
seq2  GGAAACTCTTTTGAATAAGTCCAGTCTCCAACTTTCTTTAATCACTGCTC  1150

seq1  AGTCAGCA  1149
         |||||
seq2  ---CAGCA  1155

seq1: chr1_53455750_53456817
seq2: B6Ng01-097B11.g_70_1107 (reverse)

seq1  TATTACATATATACATAATAGTATTACATATTACTGTTGCTAGAACAATC  50
                           ||||||||| ||||| || ||||||||||
seq2  ---------------------TATTACATA-TACTG-TGGTAGAACAATC  27

seq1  TGGAAGAAAAGCTCCAGGAGCCACAGAAATATTTCATCTGTCCCCAGGAA  100
      | ||||||||||| |||| || ||||||||| |||||||||||||| |||
seq2  T-GAAGAAAAGCTGCAGG-GCAACAGAAATA-TTCATCTGTCCCCAAGAA  74

seq1  TGCACAGGCAGGGACCTACTGAGAGATAGCTACTGAGTAGACATACCCAA  150
      |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  |
seq2  TGCACAGGCAGGGA-CTACTGAGAGATAGCTACTGAGTAGACATACC--A  121

seq1  ACTAGTAGCAAAAAATAAACTACCCCACTGCACCTGTCTTGGGCCCCTGC  200
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGTAGC-AAAAATAAACTACCCCACTGCACCTGTCTTGGGCCCCTGC  170

seq1  ATCAGTTGCCTCACACTTACCTGGTCACACACTGCTCACAAGGAAAGGTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGTTGCCTCACACTTACCTGGTCACACACTGCTCACAAGGAAAGGTG  220

seq1  ACTACTACAGGGGGGAGGAGGAATTCTGACTCCTTTCACTCCCTGTGAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACTACAGGGGGGAGGAGGAATTCTGACTCCTTTCACTCCCTGTGAAG  270

seq1  CAACTGTACTTGAAGAGTGTCTAATCAAAAGAGTGCTTAGACCCTTCACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTGTACTTGAAGAGTGTCTAATCAAAAGAGTGCTTAGACCCTTCACT  320

seq1  GTTGTTGAAGCAGCCAAAACTAGAGCTCATTCAAATAACAGCCAGTATCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTTGAAGCAGCCAAAACTAGAGCTCATTCAAATAACAGCCAGTATCA  370

seq1  ACAGTATCTGAGAAGCCCCACCACTGGATGAAAACCAGTATTCTCATTAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTATCTGAGAAGCCCCACCACTGGATGAAAACCAGTATTCTCATTAC  420

seq1  CAGAGGAACCATATAGGGAGCACTCTATCACTCTGCTACTTACTGCATTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGGAACCATATAGGGAGCACTCTATCACTCTGCTACTTACTGCATTA  470

seq1  ATGCCAAACTGTTAGTGTCCCTCTCATGGGTAAACCATAGACAGAAGGTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCAAACTGTTAGTGTCCCTCTCATGGGTAAACCATAGACAGAAGGTC  520

seq1  TGACTCTCTTGAAAGTACGTGCTCTGCCAAAACTTAATAACTACAGTCAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTCTCTTGAAAGTACGTGCTCTGCCAAAACTTAATAACTACAGTCAT  570

seq1  TGAAGCTACAAGGATACTGTAACATTGAACTGCAATACACAGTGGAAAGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGCTACAAGGATACTGTAACATTGAACTGCAATACACAGTGGAAAGT  620

seq1  GAATTCAGCATAGCATAGTGAACTAACACCCTGATACACATCTTTAAAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGCATAGCATAGTGAACTAACACCCTGATACACATCTTTAAAAG  670

seq1  AAAGTCATATTCTAAGAAGTCTATCCCATATAAGAGACAATCCACTTCAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTCATATTCTAAGAAGTCTATCCCATATAAGAGACAATCCACTTCAC  720

seq1  TACATACACAGAGTTCAACATATACACAAGAAATTTCAAATATTTTAAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATACACAGAGTTCAACATATACACAAGAAATTTCAAATATTTTAAAA  770

seq1  TAATAATCTCCTAAAAAATAACTCCCTAGTGACAGATTCTAAAGATACTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAATCTCCTAAAAAATAACTCCCTAGTGACAGATTCTAAAGATACTG  820

seq1  GGGTTGATGAAATACCTGATAGATTCAAAAGAATGGTTGTTGAAAAGCTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTGATGAAATACCTGATAGATTCAAAAGAATGGTTGTTGAAAAGCTT  870

seq1  AGTGATATGTCTGGGGTTAGGGGTGGGGTTTAGGAGAGTTGGTACAGTGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGATATGTCTGGGGTTAGGGGTGGGGTTTAGGAGAGTTGGTACAGTGT  920

seq1  TTTCTTAGCATGCATAAAGCCCTGGGTTCAATCCTCAATACCACACAAAG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTAGCATGCATAAAGCCCTGGGTTCAATCCTCAATACCACACAAAG  970

seq1  CCAGGCTTGGTAGCAATAGACCTGTAACTCTAACATTTGGATGATGGAGG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGCTTGGTAGCAATAGACCTGTAACTCTAACATTTGGATGATGGAGG  1020

seq1  TAGGAGACTCAGGAATTC  1068
      ||||||||||||||||||
seq2  TAGGAGACTCAGGAATTC  1038