BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-097F21
Chromosome1 (Build37)
Map Location 158,172,170 - 158,309,061
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTdrd5, Nphs2, 9430070O13Rik, LOC100038991
Upstream geneXpr1, EG433367, Acbd6, Lhx4, Qscn6, Cep350, LOC676894, Tor1aip1, Ifrg15, Tor1aip2, A230106N23Rik
Downstream geneSoat1, LOC100039026, Abl2, Tor3a, C530043G21Rik, LOC433368, Ralgps2, Angptl1, 4930439D14Rik, 1700057K13Rik, Rasal2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-097F21.bB6Ng01-097F21.g
ACCDH907763DH907764
length1,109818
definitionDH907763|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-097F21, 5' end.DH907764|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-097F21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(158,307,951 - 158,309,061)(158,172,170 - 158,172,987)
sequence
gaattcttttttttttttttttttttaaagatttatttatttattattat
atgtaagtacactgtagctgtcttcagacacaccagaagagggagtcaga
gcttgttatggatggttgtgagccaccatgtggttgctgggatttgaact
ctggaccttcggaagagcagtcgggtgctcttacccactgagccatctca
ccagcccactcagcaggaattcttatgaacacctcagtcttggtttctca
aaataggagctcacgctttaaagagccactctgagggcttcaagccctgt
aacttggttagttagaatcagacacttgccatggaaggcccacgaggaga
gaggcccggcatggaggccatgctgaaaggtacaaaggtcctgctgctgt
tcacgtgcgaacttgggggtcttctctgtgtatacctcattctgagacct
ttcttgctcttttcatcttccagtggaaaagatgttataatccctagtaa
gagaagcccattcgccgtagcccttaatgacttcaaggagtatgaaaagg
taagactttctcaagtctgtctggccgtccattgctggcagagcgtgcca
gcgccggcactcacccacagccgagccacacgccatcctttaaatacggt
gtaaggttgatgaacgacagaaaataaagaaacagcctgtgaaatacggt
tagacatttttcagttctgtttccggtttgtagactaaatgaacttaggc
tgtgtggtgagtgtgcctctgatccttaataagtatcccattacaagtat
catttctgctcccctttgaagatagcttttgtgtaaaggacaaatgggac
tttaaaaattaattactttttataaagcatgggaaaatacacatagcata
aagctttgcctttttaaccactaaagtgtctaggtcagtggcatggcacg
tagtcaccaccgctacatgtgccagtcttcaaactgaagtgcttcctata
aacagtagcttctgtgtttgctttcctccagccctggccagcctaattct
aatccccgtgggatttgaatattctagacttgccatttctgatggctaat
ctcctcagc
gaattcttgggcttacaatcgccacactgaagtcccacgaggtctttaaa
gccgcttttaacccctctccatcacggacctgctgctccagagggagtgc
agcttgtcccatgggtgcagagggacagagcacacgctgggcagtgccac
caaggctccctgtccttttgtcaggccacctgatgctctactgtcacctt
tcaaatacaaaaggaagtacagtgtgctaaggttttagcagctattcctt
ttttcttgtccagctgctgttctgtgagcaaaccttgagagcagctctgg
gcttctgggaatatgttgccacaccgcccagggccaacattagctccttg
ctgtgagtagtgccaaaagctatacagattccgatacaaggctcacatca
aatttggtcagcacgcagtgggaggatgctacgggggcgataaaagaata
tatgatttcagtgtccatcagtccaacctaggtcgcagtcttcgtttcgg
cccatttcagatgagactgacttcacagcactgtagttctcagtgtattc
ccaggacagcggcctgagggctaagccttgatctggcacagtggcttacc
gcatgaggtgctagagaggaaagggggctccagaagcaggaaggagagag
gatgccggccggcagagagtggcaagggaagttagggaagcctctgattc
agggggtgtgcttgcacgtccttccccgagcctcaccattcttaagtttg
acggtttcatgatgagcacagggaggcatgagtatgtatgtatgtatgta
tgtatgtatgtatgtatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_158307951_158309061
seq2: B6Ng01-097F21.b_44_1152 (reverse)

seq1  GCTGAGGGAGATTAGCCATTCATGAATGGGCAAGTACTAGAATCATCAAA  50
      ||||| |||||||||||| ||| |||  ||||||| |||||||  |||||
seq2  GCTGA-GGAGATTAGCCA-TCA-GAAATGGCAAGT-CTAGAATATTCAAA  46

seq1  T-TCACAGAGAGTAGAATTAGGCTTGCCAGGGGCTGAGGGAAAGCAAACA  99
      |  ||| | || |||||||||||| |||| ||||||  ||||||||||||
seq2  TCCCACGGGGATTAGAATTAGGCTGGCCA-GGGCTGGAGGAAAGCAAACA  95

seq1  CCAGGAGCTACTGTTTAATAGG-AGCACTTCAGTTTGAAGGCTGGCACAT  148
       ||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||
seq2  -CAGAAGCTACTGTTT-ATAGGAAGCACTTCAGTTTGAAGACTGGCACAT  143

seq1  GTAGCGGT-GTGACTACGTGCCATGCCACTGACCTAGACACTTTAGTGGT  197
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCGGTGGTGACTACGTGCCATGCCACTGACCTAGACACTTTAGTGGT  193

seq1  T-AAAAGGCAAAGCTTTATGCTATGTGTATTTTCCCATGCTTTATAAAAA  246
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAAGGCAAAGCTTTATGCTATGTGTATTTTCCCATGCTTTATAAAAA  243

seq1  GTAATTAATTTTTAAAGTCCCATTTGTCCTTTACACAAAAGCTATCTTC-  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GTAATTAATTTTTAAAGTCCCATTTGTCCTTTACACAAAAGCTATCTTCA  293

seq1  AAGGGGAGCAGAAATGATACTTGTAATGGGATACTTATTAAGGATCAGAG  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGGAGCAGAAATGATACTTGTAATGGGATACTTATTAAGGATCAGAG  343

seq1  GCACACTCACCACACAGCCTAAGTTCATTTAGTCTACAAACCGGAAACAG  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACACTCACCACACAGCCTAAGTTCATTTAGTCTACAAACCGGAAACAG  393

seq1  AACTGAAAAATGTCTAACCGTATTTCACAGGCTGTTTCTTTATTTTCTGT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGAAAAATGTCTAACCGTATTTCACAGGCTGTTTCTTTATTTTCTGT  443

seq1  CGTTCATCAACCTTACACCGTATTTAAAGGATGGCGTGTGGCTCGGCTGT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTCATCAACCTTACACCGTATTTAAAGGATGGCGTGTGGCTCGGCTGT  493

seq1  GGGTGAGTGCCGGCGCTGGCACGCTCTGCCAGCAATGGACGGCCAGACAG  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGAGTGCCGGCGCTGGCACGCTCTGCCAGCAATGGACGGCCAGACAG  543

seq1  ACTTGAGAAAGTCTTACCTTTTCATACTCCTTGAAGTCATTAAGGGCTAC  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGAGAAAGTCTTACCTTTTCATACTCCTTGAAGTCATTAAGGGCTAC  593

seq1  GGCGAATGGGCTTCTCTTACTAGGGATTATAACATCTTTTCCACTGGAAG  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCGAATGGGCTTCTCTTACTAGGGATTATAACATCTTTTCCACTGGAAG  643

seq1  ATGAAAAGAGCAAGAAAGGTCTCAGAATGAGGTATACACAGAGAAGACCC  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAAAGAGCAAGAAAGGTCTCAGAATGAGGTATACACAGAGAAGACCC  693

seq1  CCAAGTTCGCACGTGAACAGCAGCAGGACCTTTGTACCTTTCAGCATGGC  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGTTCGCACGTGAACAGCAGCAGGACCTTTGTACCTTTCAGCATGGC  743

seq1  CTCCATGCCGGGCCTCTCTCCTCGTGGGCCTTCCATGGCAAGTGTCTGAT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCATGCCGGGCCTCTCTCCTCGTGGGCCTTCCATGGCAAGTGTCTGAT  793

seq1  TCTAACTAACCAAGTTACAGGGCTTGAAGCCCTCAGAGTGGCTCTTTAAA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAACTAACCAAGTTACAGGGCTTGAAGCCCTCAGAGTGGCTCTTTAAA  843

seq1  GCGTGAGCTCCTATTTTGAGAAACCAAGACTGAGGTGTTCATAAGAATTC  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGTGAGCTCCTATTTTGAGAAACCAAGACTGAGGTGTTCATAAGAATTC  893

seq1  CTGCTGAGTGGGCTGGTGAGATGGCTCAGTGGGTAAGAGCACCCGACTGC  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGAGTGGGCTGGTGAGATGGCTCAGTGGGTAAGAGCACCCGACTGC  943

seq1  TCTTCCGAAGGTCCAGAGTTCAAATCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCGAAGGTCCAGAGTTCAAATCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACA  993

seq1  ACCATCCATAACAAGCTCTGACTCCCTCTTCTGGTGTGTCTGAAGACAGC  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATCCATAACAAGCTCTGACTCCCTCTTCTGGTGTGTCTGAAGACAGC  1043

seq1  TACAGTGTACTTACATATAATAATAAATAAATAAATCTTTAAAAAAAAAA  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGTGTACTTACATATAATAATAAATAAATAAATCTTTAAAAAAAAAA  1093

seq1  AAAAAAAAAAGAATTC  1111
      ||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAAAGAATTC  1109

seq1: chr1_158172170_158172987
seq2: B6Ng01-097F21.g_66_883

seq1  GAATTCTTGGGCTTACAATCGCCACACTGAAGTCCCACGAGGTCTTTAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGGGCTTACAATCGCCACACTGAAGTCCCACGAGGTCTTTAAA  50

seq1  GCCGCTTTTAACCCCTCTCCATCACGGACCTGCTGCTCCAGAGGGAGTGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCGCTTTTAACCCCTCTCCATCACGGACCTGCTGCTCCAGAGGGAGTGC  100

seq1  AGCTTGTCCCATGGGTGCAGAGGGACAGAGCACACGCTGGGCAGTGCCAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTGTCCCATGGGTGCAGAGGGACAGAGCACACGCTGGGCAGTGCCAC  150

seq1  CAAGGCTCCCTGTCCTTTTGTCAGGCCACCTGATGCTCTACTGTCACCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGCTCCCTGTCCTTTTGTCAGGCCACCTGATGCTCTACTGTCACCTT  200

seq1  TCAAATACAAAAGGAAGTACAGTGTGCTAAGGTTTTAGCAGCTATTCCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATACAAAAGGAAGTACAGTGTGCTAAGGTTTTAGCAGCTATTCCTT  250

seq1  TTTTCTTGTCCAGCTGCTGTTCTGTGAGCAAACCTTGAGAGCAGCTCTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTTGTCCAGCTGCTGTTCTGTGAGCAAACCTTGAGAGCAGCTCTGG  300

seq1  GCTTCTGGGAATATGTTGCCACACCGCCCAGGGCCAACATTAGCTCCTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCTGGGAATATGTTGCCACACCGCCCAGGGCCAACATTAGCTCCTTG  350

seq1  CTGTGAGTAGTGCCAAAAGCTATACAGATTCCGATACAAGGCTCACATCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGAGTAGTGCCAAAAGCTATACAGATTCCGATACAAGGCTCACATCA  400

seq1  AATTTGGTCAGCACGCAGTGGGAGGATGCTACGGGGGCGATAAAAGAATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTGGTCAGCACGCAGTGGGAGGATGCTACGGGGGCGATAAAAGAATA  450

seq1  TATGATTTCAGTGTCCATCAGTCCAACCTAGGTCGCAGTCTTCGTTTCGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGATTTCAGTGTCCATCAGTCCAACCTAGGTCGCAGTCTTCGTTTCGG  500

seq1  CCCATTTCAGATGAGACTGACTTCACAGCACTGTAGTTCTCAGTGTATTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATTTCAGATGAGACTGACTTCACAGCACTGTAGTTCTCAGTGTATTC  550

seq1  CCAGGACAGCGGCCTGAGGGCTAAGCCTTGATCTGGCACAGTGGCTTACC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGACAGCGGCCTGAGGGCTAAGCCTTGATCTGGCACAGTGGCTTACC  600

seq1  GCATGAGGTGCTAGAGAGGAAAGGGGGCTCCAGAAGCAGGAAGGAGAGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGAGGTGCTAGAGAGGAAAGGGGGCTCCAGAAGCAGGAAGGAGAGAG  650

seq1  GATGCCGGCCGGCAGAGAGTGGCAAGGGAAGTTAGGGAAGCCTCTGATTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCCGGCCGGCAGAGAGTGGCAAGGGAAGTTAGGGAAGCCTCTGATTC  700

seq1  AGGGGGTGTGCTTGCACGTCCTTCCCCGAGCCTCACCATTCTTAAGTTTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGGTGTGCTTGCACGTCCTTCCCCGAGCCTCACCATTCTTAAGTTTG  750

seq1  ACGGTTTCATGATGAGCACAGGGAGGCATGAGTATGTATGTATGTATGTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGTTTCATGATGAGCACAGGGAGGCATGAGTATGTATGTATGTATGTA  800

seq1  TGTATGTATGTATGTATG  818
      ||||||||||||||||||
seq2  TGTATGTATGTATGTATG  818