BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-101B21
Chromosome1 (Build37)
Map Location 80,578,728 - 80,696,796
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDock10
Upstream geneAp1s3, Wdfy1, Mrpl44, Serpine2, EG433326, LOC665064, LOC100039325, A830043J08Rik, 2310015K22Rik, Cul3, EG620899, 1700016L21Rik
Downstream geneLOC665092, 9430031J16Rik, EG621020
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-101B21.bB6Ng01-101B21.g
ACCDH910408DH910409
length1,1121,119
definitionDH910408|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-101B21, 5' end.DH910409|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-101B21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(80,695,673 - 80,696,796)(80,578,728 - 80,579,830)
sequence
gaattcttaaaatttacaagtaaacaagtaattccccacacattgttttt
gaatattaaacatgttccaataatcagatggatttttcaactgttagtgt
taagttgcttaaaatgaagcaaaattgaaacaagttcacatatccagtta
accacttttcaagtgcaccttggccacaggagcttttgatgccgcattag
acagtgcaggcccagcagacagtgagcttgtccaaagtcagatacctctg
aagcatttgttgagctccttttgatctcagagcagtgtttgtaaccaccc
tgctgtaaaaccaagccctgtgtatgatctacagctaagcctagcttacc
tctcttctccttgtgagtgctcattcctatggctaagacaaaaactagac
acaaccacaacaacaacaacaattggccatttcatatctttaaattatgt
agagaggacataaggaagacatgggtcaactgctaatctgagggtttaag
gtgaattaaaaatgtatcattcctctcctgtcccttgaatagtcttctaa
agtggataactggcagcattgtcaagttggcagatggtctatatcaaaat
agatagaaatgaaatgatgtccgggctagtggtagaggctgaagcatcct
gtgtagccattggctagcatggtacctgctgctttccttgttgctggcag
ctcagcctgccctgcaccttctttccagctagggtgcaatcataaccaca
actcccctacagcctggccatacccactaatttaacttctacctccgttc
tcgttttcaggctggatctcttttttgtcttttcttgcactgcctgtctc
taatgtctcagccctggatttctttgttgctgtattggacagtgtaggtg
catcaggtagtgaacttctacaaagccatgtccgttggaggatttcaatt
gctttgactcagcacagttccagcagtcaggctgacaacactgcagagcc
cagtatagccatgcctggctaccatgagcacagggtgtactattctttag
catgctcccagtactgcaagatgctgtgcctttctctttaggtcaaaaaa
aaaattcagtga
gaattcaccttcttttctaattgtgagtcgtaaaatattctgtgtgtgtg
tgtgtgtgtgcaactatgtgtatgtgtgtatggtatgtgtgtgtgttcta
cacctattggaaggataatatttttgatacaaagtggcagtacagctggt
atccaatctgagaacataccagataaatttcaaattagttgctcacagca
atgagatctgtgtgtactgtggcagctgggtaaaaatctggttccacgta
actgttaatgctactatttttaactacagttgctttgaaatgttttaggg
tacactcagagctatgctgtgaaacaaactgtaagataggaaatggtggg
gcacagtgggccatgtgacctggggagtgggcctggagcaaaaataaggt
cgagccatgcccaaatccggaaaaatctcagcttgagactggccggagta
atggttgcttcctccctgttctgggcctgcctgtaccatggtacacatat
ctatttgacccccccacctctggctcaccttcaggtggtcacatagcact
atggccagatgccaggtttaacttcctctctccctataaggatgtgtcca
tcaagcacacatttttcacgtaaacggagcattacctgggaaccctgcag
tagtgttcactcacctcaaagcctcccactatctccccaggatttagata
gccctattacccgtgaataaagagctgtagcactgagaaccatctcagag
aaggcttcttttctgcccccatccccacccctcagcactcaagaccagag
ttcctgtgaacccaccacgctggctgcgtttcctttcatttcacccagct
tgtaaaagttttctgaattaccccaaaagaagaagcagagtgggggccag
cttggaaataaagaatagagaacatgcaggaccaacaatatatcatctat
gcccatgagaacatggtgattgactgctagccttaacttcttagctgaag
caatgcctggcccttggaaggtggggcggggggttgctactttgggggtg
gcctaactattttcttttttttttttgaggcaagagtaatccaagagcat
ccaacgaaaccatattctc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_80695673_80696796
seq2: B6Ng01-101B21.b_44_1155 (reverse)

seq1  TCACTGGATTTTTTTTTTTTTTGAACTAAAAGAG-AAGCCACAGGCATCT  49
      |||||| |    |||||||||||| || |||||| ||| |||| ||||||
seq2  TCACTGAA----TTTTTTTTTTGACCT-AAAGAGAAAGGCACA-GCATCT  44

seq1  TGCAGTACTGGGAAGCATGCTAAAGAATAGTACACCCCTGTGCTCATGGG  99
      |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| 
seq2  TGCAGTACTGGG-AGCATGCTAAAGAATAGTACA-CCCTGTGCTCATGG-  91

seq1  TAAGCCAGGCATGGCTTATACTGGGCTCTGCAGTGTTGTCAGCCTGACTG  149
        ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -TAGCCAGGCATGGC-TATACTGGGCTCTGCAGTGTTGTCAGCCTGACTG  139

seq1  CTGGAACTGTGCTGAGTTCAAAAGCAATTGAAATCCTCCCAACGGGCATG  199
      |||||||||||||||||   ||||||||||||||||| ||||||| ||||
seq2  CTGGAACTGTGCTGAGT--CAAAGCAATTGAAATCCT-CCAACGGACATG  186

seq1  GCTTTGTAGAAGTTCACTACCTGATGCACCTACACTGTCCAATACAGCAA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTGTAGAAGTTCACTACCTGATGCACCTACACTGTCCAATACAGCAA  236

seq1  C-AAGAAATCCAGGCCTGAGACATTAGAGACAGGCAGTGCAAGAAAAGAC  298
      | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGAAATCCAGGGCTGAGACATTAGAGACAGGCAGTGCAAGAAAAGAC  286

seq1  AAAAAAGAGATCCAGCCTGAAAACGAGAACGGAGGTAGAAGTTAAATTAG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAGAGATCCAGCCTGAAAACGAGAACGGAGGTAGAAGTTAAATTAG  336

seq1  TGGGTATGGCCAGGCTGTAGGGGAGTTGTGGTTATGATTGCACCCTAGCT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTATGGCCAGGCTGTAGGGGAGTTGTGGTTATGATTGCACCCTAGCT  386

seq1  GGAAAGAAGGTGCAGGGCAGGCTGAGCTGCCAGCAACAAGGAAAGCAGCA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAGAAGGTGCAGGGCAGGCTGAGCTGCCAGCAACAAGGAAAGCAGCA  436

seq1  GGTACCATGCTAGCCAATGGCTACACAGGATGCTTCAGCCTCTACCACTA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTACCATGCTAGCCAATGGCTACACAGGATGCTTCAGCCTCTACCACTA  486

seq1  GCCCGGACATCATTTCATTTCTATCTATTTTGATATAGACCATCTGCCAA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCGGACATCATTTCATTTCTATCTATTTTGATATAGACCATCTGCCAA  536

seq1  CTTGACAATGCTGCCAGTTATCCACTTTAGAAGACTATTCAAGGGACAGG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGACAATGCTGCCAGTTATCCACTTTAGAAGACTATTCAAGGGACAGG  586

seq1  AGAGGAATGATACATTTTTAATTCACCTTAAACCCTCAGATTAGCAGTTG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGAATGATACATTTTTAATTCACCTTAAACCCTCAGATTAGCAGTTG  636

seq1  ACCCATGTCTTCCTTATGTCCTCTCTACATAATTTAAAGATATGAAATGG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCATGTCTTCCTTATGTCCTCTCTACATAATTTAAAGATATGAAATGG  686

seq1  CCAATTGTTGTTGTTGTTGTGGTTGTGTCTAGTTTTTGTCTTAGCCATAG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATTGTTGTTGTTGTTGTGGTTGTGTCTAGTTTTTGTCTTAGCCATAG  736

seq1  GAATGAGCACTCACAAGGAGAAGAGAGGTAAGCTAGGCTTAGCTGTAGAT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGAGCACTCACAAGGAGAAGAGAGGTAAGCTAGGCTTAGCTGTAGAT  786

seq1  CATACACAGGGCTTGGTTTTACAGCAGGGTGGTTACAAACACTGCTCTGA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACACAGGGCTTGGTTTTACAGCAGGGTGGTTACAAACACTGCTCTGA  836

seq1  GATCAAAAGGAGCTCAACAAATGCTTCAGAGGTATCTGACTTTGGACAAG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCAAAAGGAGCTCAACAAATGCTTCAGAGGTATCTGACTTTGGACAAG  886

seq1  CTCACTGTCTGCTGGGCCTGCACTGTCTAATGCGGCATCAAAAGCTCCTG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACTGTCTGCTGGGCCTGCACTGTCTAATGCGGCATCAAAAGCTCCTG  936

seq1  TGGCCAAGGTGCACTTGAAAAGTGGTTAACTGGATATGTGAACTTGTTTC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCAAGGTGCACTTGAAAAGTGGTTAACTGGATATGTGAACTTGTTTC  986

seq1  AATTTTGCTTCATTTTAAGCAACTTAACACTAACAGTTGAAAAATCCATC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTGCTTCATTTTAAGCAACTTAACACTAACAGTTGAAAAATCCATC  1036

seq1  TGATTATTGGAACATGTTTAATATTCAAAAACAATGTGTGGGGAATTACT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTATTGGAACATGTTTAATATTCAAAAACAATGTGTGGGGAATTACT  1086

seq1  TGTTTACTTGTAAATTTTAAGAATTC  1124
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTACTTGTAAATTTTAAGAATTC  1112

seq1: chr1_80578728_80579830
seq2: B6Ng01-101B21.g_68_1186

seq1  GAATTCACCTTCTTTTCTAATTGTGAGTCGTAAAATATTCTGTGTGTGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACCTTCTTTTCTAATTGTGAGTCGTAAAATATTCTGTGTGTGTG  50

seq1  TGTGTGTGTGCAACTATGTGTATGTGTGTATGGTATGTGTGTGTGTTCTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGCAACTATGTGTATGTGTGTATGGTATGTGTGTGTGTTCTA  100

seq1  CACCTATTGGAAGGATAATATTTTTGATACAAAGTGGCAGTACAGCTGGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTATTGGAAGGATAATATTTTTGATACAAAGTGGCAGTACAGCTGGT  150

seq1  ATCCAATCTGAGAACATACCAGATAAATTTCAAATTAGTTGCTCACAGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAATCTGAGAACATACCAGATAAATTTCAAATTAGTTGCTCACAGCA  200

seq1  ATGAGATCTGTGTGTACTGTGGCAGCTGGGTAAAAATCTGGTTCCACGTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGATCTGTGTGTACTGTGGCAGCTGGGTAAAAATCTGGTTCCACGTA  250

seq1  ACTGTTAATGCTACTATTTTTAACTACAGTTGCTTTGAAATGTTTTAGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTTAATGCTACTATTTTTAACTACAGTTGCTTTGAAATGTTTTAGGG  300

seq1  TACACTCAGAGCTATGCTGTGAAACAAACTGTAAGATAGGAAATGGTGGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACTCAGAGCTATGCTGTGAAACAAACTGTAAGATAGGAAATGGTGGG  350

seq1  GCACAGTGGGCCATGTGACCTGGGGAGTGGGCCTGGAGCAAAAATAAGGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAGTGGGCCATGTGACCTGGGGAGTGGGCCTGGAGCAAAAATAAGGT  400

seq1  CGAGCCATGCCCAAATCCGGAAAAATCTCAGCTTGAGACTGGCCGGAGTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGCCATGCCCAAATCCGGAAAAATCTCAGCTTGAGACTGGCCGGAGTA  450

seq1  ATGGTTGCTTCCTCCCTGTTCTGGGCCTGCCTGTACCATGGTACACATAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTTGCTTCCTCCCTGTTCTGGGCCTGCCTGTACCATGGTACACATAT  500

seq1  CTATTTGACCCCCCCACCTCTGGCTCACCTTCAGGTGGTCACATAGCACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTTGACCCCCCCACCTCTGGCTCACCTTCAGGTGGTCACATAGCACT  550

seq1  ATGGCCAGATGCCAGGTTTAACTTCCTCTCTCCCTATAAGGATGTGTCCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCCAGATGCCAGGTTTAACTTCCTCTCTCCCTATAAGGATGTGTCCA  600

seq1  TCAAGCACACATTTTTCACGTAAACGGAGCATTACCTGGGAACCCTGCAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGCACACATTTTTCACGTAAACGGAGCATTACCTGGGAACCCTGCAG  650

seq1  TAGTGTTCACTCACCTCAAAGCCTCCCACTATCTCCCCAGGATTTAGATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGTTCACTCACCTCAAAGCCTCCCACTATCTCCCCAGGATTTAGATA  700

seq1  GCCCTATTACCCGTGAATAAAGAGCTGTAGCACTGAGAACCATCTCAGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTATTACCCGTGAATAAAGAGCTGTAGCACTGAGAACCATCTCAGAG  750

seq1  AAGGCTTC-TTTCTGCCCCCATCCCCACCCC-CAGCACTCAAGACCAGAG  798
      |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  AAGGCTTCTTTTCTGCCCCCATCCCCACCCCTCAGCACTCAAGACCAGAG  800

seq1  TTCCTGTGAACCCACCACGCT-GCTGCG-TTCCTTTCATTTCACCCAGCT  846
      ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGTGAACCCACCACGCTGGCTGCGTTTCCTTTCATTTCACCCAGCT  850

seq1  TGTAAAAG-TATCTGAATTACCCCAAAGGAAGAAGCAGAGT-GGGGCCAG  894
      |||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||
seq2  TGTAAAAGTTTTCTGAATTACCCCAAAAGAAGAAGCAGAGTGGGGGCCAG  900

seq1  C-TGGAAATAAAGAATAGAGAACATGCAGGACCAACAATATATCATCTAT  943
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGAAATAAAGAATAGAGAACATGCAGGACCAACAATATATCATCTAT  950

seq1  G-CCATGAGAACAATGTGATTGACTGCTAGCCTTCAACTCTTAGCTGAAG  992
      | |||||||||||  ||||||||||||||||||| |  ||||||||||||
seq2  GCCCATGAGAACATGGTGATTGACTGCTAGCCTTAACTTCTTAGCTGAAG  1000

seq1  CAATGCTTG--CCCTGGAAGGTGGGGC-GGGGGTTGCTACTTT-GGGGTG  1038
      |||||| ||  || ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||
seq2  CAATGCCTGGCCCTTGGAAGGTGGGGCGGGGGGTTGCTACTTTGGGGGTG  1050

seq1  G-CTAAGTATTTT-TTTTTTTTTTTTGAGGCTAG-GTAATCCAA-AGCAT  1084
      | |||| |||||| ||||||||||||||||| || ||||||||| |||||
seq2  GCCTAACTATTTTCTTTTTTTTTTTTGAGGCAAGAGTAATCCAAGAGCAT  1100

seq1  CCAACGAAACCATAATCTC  1103
      |||||||||||||| ||||
seq2  CCAACGAAACCATATTCTC  1119