BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-102J12
Chromosome1 (Build37)
Map Location 127,747,209 - 127,886,688
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLypd1, E030049G20Rik
Upstream geneActr3, Slc35f5
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-102J12.bB6Ng01-102J12.g
ACCDH911438DH911439
length1,1641,082
definitionDH911438|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-102J12, 5' end.DH911439|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-102J12, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(127,885,489 - 127,886,688)(127,747,209 - 127,748,311)
sequence
gaattcccaggagctcctaggccagttagactgctgtatgcagtacaaac
aagatatcccatctcaaaagagaaagaaggtcaagagtgatatctgagat
tgtcctctgacctccacatatgtgctgaattacaaacatgcacacaccca
cacacctttttaaactttatttaaggttgattgtttcttcagttagaaaa
atgtcatgctaagaagaccaagatttctgctctgagttgaaaaaagaaag
ggggtacccattgctctgtagagagctgagaaagctgcatctcattctct
cacacgtgaggactgtgtgctgtaattggcaattaactaaagaattgatc
taggcatctgggatacacatccattcctaggtcagtgatggagaaccaca
aaaaaagcctgtccattcgcccgtagtcgactatcatggtgactattgca
tagaactctaagcatcgttttctaagacagacacactactgtaacaagat
atgaaggggtcaggacctgacctcagaaatgtgaggggatgatagcatag
agatcaatctttaattttgtgagatcaagaaagactcaagggtcataggg
gtggctcagttggtaaagtgttatctgagcatgcatgggaacctgagttt
gatcatcatcacccacatagaagctagccacctcagtacatactgtaacc
ccattgtttgagggacaaagatacgaaggtttctgtactttgctggttag
ccagtattaacaaattgacaaactaactttaaggttcagtaagagacctt
gtctcaaaagctaaggtggagagagaatgagaaagacggtgttttttttt
ttttttttttgcctctttgccatatgtacatacataaggatgtacatatc
cccctcacacaaaatacacacacaatagcaaaatcagtagacattctaga
gtaatatagaaaatcccagatagccatcacagaacatgtcagaagccatc
atcatagcagatgacttgcttaagaggttcattgtaaatataaatgtgag
gagatttctaagtggtggaatctgctggactagaaactgtctacttctag
ttatatgctcatgaatctactacagtcagttggatgctctgcccaattaa
ttgaactactgatc
gaattcaaggtcattgtcatccttggctacaaatccagtttgaggttacc
ctgaactacatgaaatcctattcaaaaaaccccaaaggaaaaaaatgtac
tagctcatgtgattgaagtctctaggtagacttcacatgacctttgactc
actcataatgctttagccttctgagtgctgggattataggcatgcaccct
gctcccaatatcttattcctttgatttgtttgcctgtttgtcttggctaa
ggggagcctctcagggtagtcctcctgtgttgggaagtcatgaactaagg
cttatagacttgcattctttttttctgactgagcaagtttaggtgagatg
cctcctcagggtttctagcctctgattgcctgttttgagtctcatacaca
tcagggatgaaaccagcccctagaatcctgactatccactctcactagct
ttttgtctttggaggggaggatgaatcaagggtaaagatgcccacaggaa
tgtaaaaatgctcgtagtcaaggatggtggggatatggaggagtggctca
gtgagcaaagtgcttgacatgcaagcatgaggactaagctcaaatccccc
aaacccatgtaaaagctagatctataatcctggtgaacctacaggagata
tgagactgagacaggaacatctctctgcaagttcttgggccacctagcct
agtataaacagggtggaaaacttaaagagacactcacctcaaacaaggtg
gaaggtgacaaccagtactcaaggttgtcttctgacctcagcgtacgtac
cacaccatgcatatacacctacatgcacatgctcaaatgcatgcatcaga
cacacatagacagacagatggttttagcagagaaggatgagttcattcta
gctggtagaaaattaccatccagtggtccaaacccatgcataagtcagag
atagctagactttattttgtttttgctcaaccagggtttaggagcagaag
gaattacatttactgattatcatatactgctatgactacatctcatttaa
tattctgcagtcatccagtagaagaataattt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_127885489_127886688
seq2: B6Ng01-102J12.b_47_1210 (reverse)

seq1  GATCAGTACCCTTCAAAATTAATATTTGGGGGCAGGAGCATCACAACTGA  50
      ||||||||   |||  |||||||      ||||| ||||||| |||||||
seq2  GATCAGTA--GTTC--AATTAAT-----TGGGCA-GAGCATC-CAACTGA  39

seq1  CTGTAGTAGGATGTCACTGAAGGATATAAACTAGAAAAGGTTAGACATGT  100
      |||||||| ||| ||| || || |||| ||||||||     ||||||  |
seq2  CTGTAGTA-GAT-TCA-TG-AGCATAT-AACTAGAA----GTAGACAGTT  80

seq1  TCTAAGGGTCCAGCAGATTCCA-CACTTAGAAATCTTCTTCACATTTATA  149
      ||||   ||||||||||||||| |||||||||||| || |||||||||||
seq2  TCTA---GTCCAGCAGATTCCACCACTTAGAAATC-TCCTCACATTTATA  126

seq1  TATACAATGAAACCTCTTAAGGCAGGTTCCTTCTTGCTATTGATGGATGG  199
      | ||||||| |||||||||| ||| ||  | || ||||| |||| |||||
seq2  TTTACAATG-AACCTCTTAA-GCAAGT--CATC-TGCTA-TGAT-GATGG  169

seq1  CTTCTGACATTGTTCTGTGGATGGCTATTCTGGGATTTTCTATATTACTC  249
      ||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTGACA-TGTTCTGT-GATGGCTA-TCTGGGATTTTCTATATTACTC  216

seq1  TTAGAATGTCTACTGATTTTTGCTATTTGTGTGTGTA-TTTGTGTGAGGG  298
       ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||
seq2  -TAGAATGTCTACTGA-TTTTGCTA-TTGTGTGTGTATTTTGTGTGAGGG  263

seq1  GGATATGTACATCCTTATGTATGTACATATGGGCAAAGAGGCAAAAAAAA  348
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  GGATATGTACATCCTTATGTATGTACATAT-GGCAAAGAGGCAAAAAAAA  312

seq1  AAAAAAAAAAACACCGTCTTTCTCATTCTCTCTCCACCTTAGCTTTTGAG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAAAACACCGTCTTTCTCATTCTCTCTCCACCTTAGCTTTTGAG  362

seq1  ACAAGGTCTCTTACTGAACCTTAAAGTTAGTTTGTCAATTTGTTAATACT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGGTCTCTTACTGAACCTTAAAGTTAGTTTGTCAATTTGTTAATACT  412

seq1  GGCTAACCAGCAAAGTACAGAAACCTTCGTATCTTTGTCCCTCAAACAAT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTAACCAGCAAAGTACAGAAACCTTCGTATCTTTGTCCCTCAAACAAT  462

seq1  GGGGTTACAGTATGTACTGAGGTGGCTAGCTTCTATGTGGGTGATGATGA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTTACAGTATGTACTGAGGTGGCTAGCTTCTATGTGGGTGATGATGA  512

seq1  TCAAACTCAGGTTCCCATGCATGCTCAGATAACACTTTACCAACTGAGCC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAACTCAGGTTCCCATGCATGCTCAGATAACACTTTACCAACTGAGCC  562

seq1  ACCCCTATGACCCTTGAGTCTTTCTTGATCTCACAAAATTAAAGATTGAT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCTATGACCCTTGAGTCTTTCTTGATCTCACAAAATTAAAGATTGAT  612

seq1  CTCTATGCTATCATCCCCTCACATTTCTGAGGTCAGGTCCTGACCCCTTC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTATGCTATCATCCCCTCACATTTCTGAGGTCAGGTCCTGACCCCTTC  662

seq1  ATATCTTGTTACAGTAGTGTGTCTGTCTTAGAAAACGATGCTTAGAGTTC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCTTGTTACAGTAGTGTGTCTGTCTTAGAAAACGATGCTTAGAGTTC  712

seq1  TATGCAATAGTCACCATGATAGTCGACTACGGGCGAATGGACAGGCTTTT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCAATAGTCACCATGATAGTCGACTACGGGCGAATGGACAGGCTTTT  762

seq1  TTTGTGGTTCTCCATCACTGACCTAGGAATGGATGTGTATCCCAGATGCC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGGTTCTCCATCACTGACCTAGGAATGGATGTGTATCCCAGATGCC  812

seq1  TAGATCAATTCTTTAGTTAATTGCCAATTACAGCACACAGTCCTCACGTG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATCAATTCTTTAGTTAATTGCCAATTACAGCACACAGTCCTCACGTG  862

seq1  TGAGAGAATGAGATGCAGCTTTCTCAGCTCTCTACAGAGCAATGGGTACC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAGAATGAGATGCAGCTTTCTCAGCTCTCTACAGAGCAATGGGTACC  912

seq1  CCCTTTCTTTTTTCAACTCAGAGCAGAAATCTTGGTCTTCTTAGCATGAC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTTCTTTTTTCAACTCAGAGCAGAAATCTTGGTCTTCTTAGCATGAC  962

seq1  ATTTTTCTAACTGAAGAAACAATCAACCTTAAATAAAGTTTAAAAAGGTG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTCTAACTGAAGAAACAATCAACCTTAAATAAAGTTTAAAAAGGTG  1012

seq1  TGTGGGTGTGTGCATGTTTGTAATTCAGCACATATGTGGAGGTCAGAGGA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGGTGTGTGCATGTTTGTAATTCAGCACATATGTGGAGGTCAGAGGA  1062

seq1  CAATCTCAGATATCACTCTTGACCTTCTTTCTCTTTTGAGATGGGATATC  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCTCAGATATCACTCTTGACCTTCTTTCTCTTTTGAGATGGGATATC  1112

seq1  TTGTTTGTACTGCATACAGCAGTCTAACTGGCCTAGGAGCTCCTGGGAAT  1198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTGTACTGCATACAGCAGTCTAACTGGCCTAGGAGCTCCTGGGAAT  1162

seq1  TC  1200
      ||
seq2  TC  1164

seq1: chr1_127747209_127748311
seq2: B6Ng01-102J12.g_67_1148

seq1  GAATTCAAGGTCATTGTCATCCTTGGCTACAAATCCAGTTTGAGGTTACC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGGTCATTGTCATCCTTGGCTACAAATCCAGTTTGAGGTTACC  50

seq1  CTGAACTACATGAAATCCTATTCAAAAAACCCCAAAGGAAAAAAATGTAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAACTACATGAAATCCTATTCAAAAAACCCCAAAGGAAAAAAATGTAC  100

seq1  TAGCTCATGTGATTGAAGTCTCTAGGTAGACTTCACATGACCTTTGACTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTCATGTGATTGAAGTCTCTAGGTAGACTTCACATGACCTTTGACTC  150

seq1  ACTCATAATGCTTTAGCCTTCTGAGTGCTGGGATTATAGGCATGCACCCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCATAATGCTTTAGCCTTCTGAGTGCTGGGATTATAGGCATGCACCCT  200

seq1  GCTCCCAATATCTTATTCCTTTGATTTGTTTGCCTGTTTGTCTTGGCTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCCAATATCTTATTCCTTTGATTTGTTTGCCTGTTTGTCTTGGCTAA  250

seq1  GGGGAGCCTCTCAGGGTAGTCCTCCTGTGTTGGGAAGTCATGAACTAAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAGCCTCTCAGGGTAGTCCTCCTGTGTTGGGAAGTCATGAACTAAGG  300

seq1  CTTATAGACTTGCATTCTTTTTTTCTGACTGAGCAAGTTTAGGTGAGATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATAGACTTGCATTCTTTTTTTCTGACTGAGCAAGTTTAGGTGAGATG  350

seq1  CCTCCTCAGGGTTTCTAGCCTCTGATTGCCTGTTTTGAGTCTCATACACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTCAGGGTTTCTAGCCTCTGATTGCCTGTTTTGAGTCTCATACACA  400

seq1  TCAGGGATGAAACCAGCCCCTAGAATCCTGACTATCCACTCTCACTAGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGGATGAAACCAGCCCCTAGAATCCTGACTATCCACTCTCACTAGCT  450

seq1  TTTTGTCTTTGGAGGGGAGGATGAATCAAGGGTAAAGATGCCCACAGGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTCTTTGGAGGGGAGGATGAATCAAGGGTAAAGATGCCCACAGGAA  500

seq1  TGTAAAAATGCTCGTAGTCAAGGATGGTGGGGATATGGAGGAGTGGCTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAAAATGCTCGTAGTCAAGGATGGTGGGGATATGGAGGAGTGGCTCA  550

seq1  GTGAGCAAAGTGCTTGACATGCAAGCATGAGGACTAAGCTCAAATCCCCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGCAAAGTGCTTGACATGCAAGCATGAGGACTAAGCTCAAATCCCCC  600

seq1  AAACCCATGTAAAAGCTAGATCTATAATCCTGGTGAACCTACAGGAGATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCCATGTAAAAGCTAGATCTATAATCCTGGTGAACCTACAGGAGATA  650

seq1  TGAGACTGAGACAGGAACATCTCTCTGCAAGTTCTTGGGCCACCTAGCCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGACTGAGACAGGAACATCTCTCTGCAAGTTCTTGGGCCACCTAGCCT  700

seq1  AGTATAAACAGGGTGGAAAACTTAAAGAGACACTCACCTCAAACAAGGTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATAAACAGGGTGGAAAACTTAAAGAGACACTCACCTCAAACAAGGTG  750

seq1  GAAGGTGACAACCAGTACTCAAGGTTGTCTTCTGACCTCAGCGTACGTAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGTGACAACCAGTACTCAAGGTTGTCTTCTGACCTCAGCGTACGTAC  800

seq1  CACACCATGCATATACACCTACATGCACATGCTCAAATGCATGCATCAGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACCATGCATATACACCTACATGCACATGCTCAAATGCATGCATCAGA  850

seq1  CACACATAGACAGACAGATGGTTTTAGCAGAGAAGGATGAGTTCATTCTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACATAGACAGACAGATGGTTTTAGCAGAGAAGGATGAGTTCATTCTA  900

seq1  GGCTGGTAGAAAATTACCATCCAGTGGTCCAAAACCCATGCATAAGTCAG  950
       ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| 
seq2  -GCTGGTAGAAAATTACCATCCAGTGGTCC-AAACCCATGCATAAGTCA-  947

seq1  GAGAATAGCTAAGACTTTATTTTGTCTTTGCCTCAAACCCAGGGTTTAGG  1000
      ||| |||||| |||||||||||||| |||| |||||  ||||||||||||
seq2  GAG-ATAGCT-AGACTTTATTTTGTTTTTG-CTCAA--CCAGGGTTTAGG  992

seq1  AAGCAGAAGGGAAATAACATTTACTGATTATCAATATACTGCCTATTGAC  1050
       |||||||||  ||| |||||||||||||||| |||||||| ||| ||||
seq2  -AGCAGAAGG--AATTACATTTACTGATTATC-ATATACTG-CTA-TGAC  1036

seq1  ATACATCTCATTTTATATTCCTTGCAGTCATCCAGTAAGGAAGATATTAA  1100
       |||||||||||| ||||||  |||||||||||||||  ||||  | |||
seq2  -TACATCTCATTTAATATTC--TGCAGTCATCCAGTA--GAAG--AATAA  1079

seq1  TTT  1103
      |||
seq2  TTT  1082