BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-103H09
Chromosome1 (Build37)
Map Location 127,616,048 - 127,773,537
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLypd1
Upstream geneActr3, Slc35f5
Downstream geneE030049G20Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-103H09.bB6Ng01-103H09.g
ACCDH912043DH912044
length1,2251,123
definitionDH912043|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-103H09, 5' end.DH912044|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-103H09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(127,772,296 - 127,773,537)(127,616,048 - 127,617,184)
sequence
gaattcctgtgaagtggcaccatgcctcctacgtatgagcatctacacac
tctccttgtatttccagagcaacataccttccaggatggccgatcagtgc
tagaaaatcaatccttacaagcatgcagttacaggaagaaaaaaaaagca
tgaaattgcatgttttaaagaaaactgaaagtacttctttacctcccttt
gagtgttccaggcattttgaagctttactctttctacacgcccaaactgg
caattctcctggaggagtgcgaacctaaaccatgcttgcccagacacctg
caggcaattactgggtaaaggtccctggctgctggtgggatatgttatct
ctcagctgcaaaaatcagcatgcaggcttgagaccattgcttctgcctcc
agtgtcattattttaccttctccatcccaaatcaaagccatttgtcgata
tgaaaatggtcacacacaccaaagctcattgagtcaacaatcttttaaac
tcttccatgtgtatgctcaggtgtatattgaattagttattatgttcact
gcagtggccagatacttgacacaaaaatctgaaaggtttattttggcaca
catgcaggactgtccaggcttttgacattatgatatgacattaccatcca
caaatgtgttgggccacatccacagctgtgctgtgacactaggttggtac
agcttaagtttaagaaggatacagtccatcacagggcagatagcaagagc
acaatgcatctgtagtcaggaagcagcattcacacaagaaataggaccag
gctatcaaacatcatggctgatctccagtgatccacttcctccagccttc
tctaaatgctctagaacctttccaagcagtgccgctacccagagaccaaa
tgctgatcacatgagcctatggagggtatttctcactcaagctacagctg
tcactgtgaaaggttctatagcagatgacagagagagtctgatgatggga
cctgtgcagtactaagcctcagtactagctccaggctctggatctgcacg
atagagaagatcatgtgacccttcaccctagtactttcagccacgctagt
cagcttgtcatccctggtgtgctaaaatgcaacaatgcttacattaatca
tgtcgggggaagaagacttgtttggcctaccgcttgaagccttgggatct
ctcagtcagcatgtgcagcatgtga
gaattcatggttctttgctggtaagatgcttcaatcagactagggcgaga
ggctgctttccttcgagacatcggtacttctctctgggtttctttcctgt
ttcagctggaactcagctgtgagacctgcactttttttttttaaaggcat
atgtgtctgtgtctgggtgtgtgtgtgctgtatgtgtgcaggtacctttg
gaagccagaagagggcgtcagattccctgcagctggaggtctaggctgtt
gtgagctgtctggcatggatgctaagaattggactcagtttccctgggag
agcaggaagtgttctttatcgccatctctccagctccggacccacatttt
gacatcattaactgtctgactatccatgtcttaccagtattatgatcata
acccgtgcttgtgaggtacaatagaaggctttcaagaagcaagataaggt
cccaggatagcaccaggttcacggtagctccactctagctccatctgtct
gcgtgctctgaggccctgtcaggctgctgggtgctggttgctacctgggg
aatagatgtcaaattgagctctactgaaaaagagataagaaggctctctg
tgtggcaagtgaacttcctccttctccagtgtcagcctgctgagctaaca
gaagatcaataatggcccaccactgccttttaattggtatctccaattcc
cagacttccagaagctccggcagactgcggggttgcaattttttgttttg
cctataaaatgctctggaaccaattttgaaaaaaagatgatgttttccag
accgtttgcctcacgtgcttcattttatgatctttgtcccccccccccca
aactctaccatttttctagtacttgctggtggaggccaaagggaaagggc
tgatggggtcaggacttggctcagcagcttaagaagttcaaagacagcag
acagtgtagtatgggctctctagagccccgctgatgcagatagccagatg
gaggaattggggctaagggagagagaaaggattcattctttaatctaggt
ttaactgtcagctggcacagctagactcactgagggtgggagtctcatgg
aggattgggggggagagcaattg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_127772296_127773537
seq2: B6Ng01-103H09.b_43_1267 (reverse)

seq1  TCACATGCTTGCACATTGCTGACTGAGAGATCTCCACAGCCCTTTCAAAA  50
      |||||||| |||||| |||||||||||||||| |||  ||   |||  ||
seq2  TCACATGC-TGCACA-TGCTGACTGAGAGATC-CCAAGGC---TTC--AA  42

seq1  CTGTTAGCCCAAACAAGTCTTTCTTCTCCCGACATTGATTAATGTAAGCA  100
        | ||| ||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||
seq2  GCGGTAGGCCAAACAAGTC-TTCTTCCCCCGACA-TGATTAATGTAAGCA  90

seq1  TTGTGTGCATTTTAAGCACA-CAGTGATGACAAGCTGACTAGCGTGGCTT  149
      |||| |||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |
seq2  TTGT-TGCATTTT-AGCACACCAGGGATGACAAGCTGACTAGCGTGGC-T  137

seq1  GAAAGTACTAGGGTGAAGGGTCACATGATCTTCTCTATCGTGCAGATCCA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGTACTAGGGTGAAGGGTCACATGATCTTCTCTATCGTGCAGATCCA  187

seq1  GAGCCTGGGAGCTAGTTACTGAGGCTTAGTAACTTGCACAGGTCCCATCA  249
      |||||| |||||||| |||||||||||||||   ||||||||||||||||
seq2  GAGCCT-GGAGCTAG-TACTGAGGCTTAGTA--CTGCACAGGTCCCATCA  233

seq1  TCAGACTCTCTCCTGTCATCTGCTATAGAACCTTTCACAGTGACAGCTGT  299
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGACTCTCT-CTGTCATCTGCTATAGAACCTTTCACAGTGACAGCTGT  282

seq1  AGCTTGAGTGAGAAATACCCTCCATAGGCTCATGTGATCAGCATTTGGTC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTGAGTGAGAAATACCCTCCATAGGCTCATGTGATCAGCATTTGGTC  332

seq1  TCTGGGTAGCGGCACTGCTTGGAAAGGTTCTAGAGCATTTAGAGAAGGCT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGGTAGCGGCACTGCTTGGAAAGGTTCTAGAGCATTTAGAGAAGGCT  382

seq1  GGAGGAAGTGGATCACTGGAGATCAGCCATGATGTTTGATAGCCTGGTCC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGAAGTGGATCACTGGAGATCAGCCATGATGTTTGATAGCCTGGTCC  432

seq1  TATTTCTTGTGTGAATGCTGCTTCCTGACTACAGATGCATTGTGCTCTTG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTCTTGTGTGAATGCTGCTTCCTGACTACAGATGCATTGTGCTCTTG  482

seq1  CTATCTGCCCTGTGATGGACTGTATCCTTCTTAAACTTAAGCTGTACCAA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCTGCCCTGTGATGGACTGTATCCTTCTTAAACTTAAGCTGTACCAA  532

seq1  CCTAGTGTCACAGCACAGCTGTGGATGTGGCCCAACACATTTGTGGATGG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGTGTCACAGCACAGCTGTGGATGTGGCCCAACACATTTGTGGATGG  582

seq1  TAATGTCATATCATAATGTCAAAAGCCTGGACAGTCCTGCATGTGTGCCA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGTCATATCATAATGTCAAAAGCCTGGACAGTCCTGCATGTGTGCCA  632

seq1  AAATAAACCTTTCAGATTTTTGTGTCAAGTATCTGGCCACTGCAGTGAAC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAACCTTTCAGATTTTTGTGTCAAGTATCTGGCCACTGCAGTGAAC  682

seq1  ATAATAACTAATTCAATATACACCTGAGCATACACATGGAAGAGTTTAAA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATAACTAATTCAATATACACCTGAGCATACACATGGAAGAGTTTAAA  732

seq1  AGATTGTTGACTCAATGAGCTTTGGTGTGTGTGACCATTTTCATATCGAC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTGTTGACTCAATGAGCTTTGGTGTGTGTGACCATTTTCATATCGAC  782

seq1  AAATGGCTTTGATTTGGGATGGAGAAGGTAAAATAATGACACTGGAGGCA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGGCTTTGATTTGGGATGGAGAAGGTAAAATAATGACACTGGAGGCA  832

seq1  GAAGCAATGGTCTCAAGCCTGCATGCTGATTTTTGCAGCTGAGAGATAAC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCAATGGTCTCAAGCCTGCATGCTGATTTTTGCAGCTGAGAGATAAC  882

seq1  ATATCCCACCAGCAGCCAGGGACCTTTACCCAGTAATTGCCTGCAGGTGT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCCCACCAGCAGCCAGGGACCTTTACCCAGTAATTGCCTGCAGGTGT  932

seq1  CTGGGCAAGCATGGTTTAGGTTCGCACTCCTCCAGGAGAATTGCCAGTTT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGCAAGCATGGTTTAGGTTCGCACTCCTCCAGGAGAATTGCCAGTTT  982

seq1  GGGCGTGTAGAAAGAGTAAAGCTTCAAAATGCCTGGAACACTCAAAGGGA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCGTGTAGAAAGAGTAAAGCTTCAAAATGCCTGGAACACTCAAAGGGA  1032

seq1  GGTAAAGAAGTACTTTCAGTTTTCTTTAAAACATGCAATTTCATGCTTTT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAAAGAAGTACTTTCAGTTTTCTTTAAAACATGCAATTTCATGCTTTT  1082

seq1  TTTTTCTTCCTGTAACTGCATGCTTGTAAGGATTGATTTTCTAGCACTGA  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCTTCCTGTAACTGCATGCTTGTAAGGATTGATTTTCTAGCACTGA  1132

seq1  TCGGCCATCCTGGAAGGTATGTTGCTCTGGAAATACAAGGAGAGTGTGTA  1199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGCCATCCTGGAAGGTATGTTGCTCTGGAAATACAAGGAGAGTGTGTA  1182

seq1  GATGCTCATACGTAGGAGGCATGGTGCCACTTCACAGGAATTC  1242
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCTCATACGTAGGAGGCATGGTGCCACTTCACAGGAATTC  1225

seq1: chr1_127616048_127617184
seq2: B6Ng01-103H09.g_68_1190

seq1  GAATTCATGGTTCTTTGCTGGTAAGATGCTTCAATCAGACTAGGGCGAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGGTTCTTTGCTGGTAAGATGCTTCAATCAGACTAGGGCGAGA  50

seq1  GGCTGCTTTCCTTCGAGACATCGGTACTTCTCTCTGGGTTTCTTTCCTGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGCTTTCCTTCGAGACATCGGTACTTCTCTCTGGGTTTCTTTCCTGT  100

seq1  TTCAGCTGGAACTCAGCTGTGAGACCTGCACTTTTTTTTTTTAAAGGCAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGCTGGAACTCAGCTGTGAGACCTGCACTTTTTTTTTTTAAAGGCAT  150

seq1  ATGTGTCTGTGTCTGGGTGTGTGTGTGCTGTATGTGTGCAGGTACCTTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTCTGTGTCTGGGTGTGTGTGTGCTGTATGTGTGCAGGTACCTTTG  200

seq1  GAAGCCAGAAGAGGGCGTCAGATTCCCTGCAGCTGGAGGTCTAGGCTGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCCAGAAGAGGGCGTCAGATTCCCTGCAGCTGGAGGTCTAGGCTGTT  250

seq1  GTGAGCTGTCTGGCATGGATGCTAAGAATTGGACTCAGTTTCCCTGGGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGCTGTCTGGCATGGATGCTAAGAATTGGACTCAGTTTCCCTGGGAG  300

seq1  AGCAGGAAGTGTTCTTTATCGCCATCTCTCCAGCTCCGGACCCACATTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGGAAGTGTTCTTTATCGCCATCTCTCCAGCTCCGGACCCACATTTT  350

seq1  GACATCATTAACTGTCTGACTATCCATGTCTTACCAGTATTATGATCATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATCATTAACTGTCTGACTATCCATGTCTTACCAGTATTATGATCATA  400

seq1  ACCCGTGCTTGTGAGGTACAATAGAAGGCTTTCAAGAAGCAAGATAAGGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCGTGCTTGTGAGGTACAATAGAAGGCTTTCAAGAAGCAAGATAAGGT  450

seq1  CCCAGGATAGCACCAGGTTCACGGTAGCTCCACTCTAGCTCCATCTGTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGGATAGCACCAGGTTCACGGTAGCTCCACTCTAGCTCCATCTGTCT  500

seq1  GCGTGCTCTGAGGCCCTGTCAGGCTGCTGGGTGCTGGTTGCTACCTGGGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGTGCTCTGAGGCCCTGTCAGGCTGCTGGGTGCTGGTTGCTACCTGGGG  550

seq1  AATAGATGTCAAATTGAGCTCTACTGAAAAAGAGATAAGAAGGCTCTCTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGATGTCAAATTGAGCTCTACTGAAAAAGAGATAAGAAGGCTCTCTG  600

seq1  TGTGGCAAGTGAACTTCCTCCTTCTCCAGTGTCAGCCTGCTGAGCTAACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGCAAGTGAACTTCCTCCTTCTCCAGTGTCAGCCTGCTGAGCTAACA  650

seq1  GAAGATCAATAATGGCCCACCACTGCCTTTTAATTGGTATCTCCAATTCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGATCAATAATGGCCCACCACTGCCTTTTAATTGGTATCTCCAATTCC  700

seq1  CAGACTTCCAGAAGCTCCGGCAGACTGCGGGGTTGCAATTTTTTGTTTTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACTTCCAGAAGCTCCGGCAGACTGCGGGGTTGCAATTTTTTGTTTTG  750

seq1  CCTATAAAATGCTCTGGAACCAATTTTGAAAAAAAGATGATGTTTTCCAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATAAAATGCTCTGGAACCAATTTTGAAAAAAAGATGATGTTTTCCAG  800

seq1  ACCGTTTGCCTCACGTGCTTCATTTTATGATCTTTGTCCCCCCCCCCCCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCGTTTGCCTCACGTGCTTCATTTTATGATCTTTGTCCCCCCCCCCCCA  850

seq1  AACTCTACCATTTTTCTAGTACTTGCTGGTGGAGGCCAAAGGGAAAGGGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCTACCATTTTTCTAGTACTTGCTGGTGGAGGCCAAAGGGAAAGGGC  900

seq1  TGATGGGGTCAGGACTTGGCTCAGGCAGCTTAAGAAGTTCCAAAGACAAG  950
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||
seq2  TGATGGGGTCAGGACTTGGCTCA-GCAGCTTAAGAAGTT-CAAAGAC-AG  947

seq1  CAAGACAGTGTAGTATGGGCTCTCTAGAGCCCCCGCTGAATGCAGATAGC  1000
      | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||
seq2  C-AGACAGTGTAGTATGGGCTCTCTAGAG-CCCCGCTG-ATGCAGATAGC  994

seq1  CAGAATGGAGGATATGGGGCTAAGGAGAGAGAGAAAAGGATTCATTCTTT  1050
      ||| ||||||||  ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||
seq2  CAG-ATGGAGGAATTGGGGCTAAGG-GAGAGAG-AAAGGATTCATTCTTT  1041

seq1  ATCCTAGGTTTTAACTGTCAGCTTGGCACAGCCTAGACTCAACTGA-GGT  1099
      |  ||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| |||
seq2  AATCTAGG-TTTAACTGTCAGC-TGGCACAG-CTAGACTC-ACTGAGGGT  1087

seq1  GGGAGTCTCAATGGAGGGATTGTGGGGAGAGCAGATTG  1137
      ||||||||| |||||||  | | |||||||||| ||||
seq2  GGGAGTCTC-ATGGAGGATTGGGGGGGAGAGCA-ATTG  1123