BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-105H17
Chromosome1 (Build37)
Map Location 186,187,465 - 186,249,876
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG666649, 1700056E22Rik, Dusp10
Downstream geneEG433387, EG629032, LOC666714, Hlx1, Mosc1, Mosc2, LOC100039079, C130074G19Rik, Mark1, Iars2, Bpnt1, Eprs
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-105H17.bB6Ng01-105H17.g
ACCDH913494DH913495
length1,0801,095
definitionDH913494|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-105H17, 5' end.DH913495|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-105H17, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(186,187,465 - 186,188,546)(186,248,784 - 186,249,876)
sequence
gaattcctaacagttgaagtgttatttgtaaatggactctattggagcaa
aggagcatacccacaagcagaggagaaatgtgacgttacatctcgtcttt
gcattctgtcaacacaccgaaggtcatgatggatcctgcgcatagcgagg
acacacagctgagtggctgtcaaagcaagtgtaatgactatgatatattt
ctgatgatgtggcccagacggcgtggaacagacatgcttcaagctagagc
ttcctttgaatgccagaaggggatggtgtttctagaaacatcagggaaac
cccttaatcaccaaggaacctcttaattcctttaacttctgcccttcctt
gtgtcagctagggacctatgttagtgagtgggagcccagggctccttatt
ttctcagtccttccctacctgtgcagaagacagtgtagggaacgtcctgt
atgtaacaaggactgatatgaaagtttcctctgggacagagttcctatgc
tcttgtattatacattattgtaatgagccaattctgagtaaatgctctta
ctcttagtttatggctagaaaaatggctcagtagttaaagacctggactg
ctcttgcagaggacccaagctcagtccccagcatggactcacaaacactt
ataactccagttccaggggatctgacacccttactagcctccatcacaca
cacacacacacacacacacacacacacacacacacaccagtttgaagcca
gtatgggctacataataagactgttgctcaaagcttaaccaaaaaaaaaa
aaaaaaaaaggcaataaagaaaaacctctcagaagtaggaagagaatctg
gaatataaaattaacttctaaaatcagtatcatttctccaagctataaat
agccagttaagaaaaatatttagataatatgaaacactattacaaaacta
ataaaatgcctcagatctaatttaattgaagaccccatacaacttctaga
gaaaatattaatagacagtttaggttcttggtgtacaaacacacacacca
ccaattttcccctagtcatctacttactta
gaattctcttagggcactgactgcaggtcacctgtgtttcctggcatccc
tgttcaacagtggagttcagctgtcttgtatcttgctggcaactatctaa
gcactgggtgcttgccacaagcccaggaaatagaagcatcagtcactgca
cttgatccacactctaaagcatccaggcctaattttagcagttggagagc
aaggaaataattaaagagtagcttgcttattcctaggttagagaactgtg
ttgcgtggaggcaactcagagtttaaaatatttattctatttgcttgact
atcaattgatttattttgggcccaagtcatagagactcaaacacacaaga
catgctggcatgaggaggtcacaggagatgagtagtccttgtttcatgaa
actgtagtttcatgaaagtttatgaaggtttataagaagccgccattctt
taggatatatttaggaattgttttaagctggaaatagaacctctgtctac
accaccttgtcatagcaataggaaattaggactccgtggtttgtcctttt
aatatcaagagtctactggcaaagtatgagtctcaactttcacacatggc
ttacggtataagtctcattagagccacttacttacatactaaaaaataaa
aactgatatgtttacaaattttattactagaaacaaaattttattatcag
aaacaaagggtggccataccaaaaaaattggtttacatgttttattcatt
tctgtcagcaaatacctaataagtgcctttcaaaaagagtttgactaggg
tatagatgctgcctctcagtacaattcattcactcattcataagcattct
gctgaagtatttatatataaaagtttgcttaagggataatttgactggac
tgtttcaaggaatggggaggactttaagccataaaacagtagcatgggat
ttgcagtactataataaggtatgtagactttttataagtggggagtggct
gaggagcccactgttgctgggttgaatgtaagtattgttaaactgccatt
aaacattgtaaaagcattgctatggtaatgaaggtgtcccttgtt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_186187465_186188546
seq2: B6Ng01-105H17.b_36_1115

seq1  GAATTCCTAACAGTTGAAGTGTTATTTGTAAATGGACTCTATTGGAGCAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTAACAGTTGAAGTGTTATTTGTAAATGGACTCTATTGGAGCAA  50

seq1  AGGAGCATACCCACAAGCAGAGGAGAAATGTGACGTTACATCTCGTCTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGCATACCCACAAGCAGAGGAGAAATGTGACGTTACATCTCGTCTTT  100

seq1  GCATTCTGTCAACACACCGAAGGTCATGATGGATCCTGCGCATAGCGAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTCTGTCAACACACCGAAGGTCATGATGGATCCTGCGCATAGCGAGG  150

seq1  ACACACAGCTGAGTGGCTGTCAAAGCAAGTGTAATGACTATGATATATTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACAGCTGAGTGGCTGTCAAAGCAAGTGTAATGACTATGATATATTT  200

seq1  CTGATGATGTGGCCCAGACGGCGTGGAACAGACATGCTTCAAGCTAGAGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATGATGTGGCCCAGACGGCGTGGAACAGACATGCTTCAAGCTAGAGC  250

seq1  TTCCTTTGAATGCCAGAAGGGGATGGTGTTTCTAGAAACATCAGGGAAAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTTGAATGCCAGAAGGGGATGGTGTTTCTAGAAACATCAGGGAAAC  300

seq1  CCCTTAATCACCAAGGAACCTCTTAATTCCTTTAACTTCTGCCCTTCCTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTAATCACCAAGGAACCTCTTAATTCCTTTAACTTCTGCCCTTCCTT  350

seq1  GTGTCAGCTAGGGACCTATGTTAGTGAGTGGGAGCCCAGGGCTCCTTATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCAGCTAGGGACCTATGTTAGTGAGTGGGAGCCCAGGGCTCCTTATT  400

seq1  TTCTCAGTCCTTCCCTACCTGTGCAGAAGACAGTGTAGGGAACGTCCTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCAGTCCTTCCCTACCTGTGCAGAAGACAGTGTAGGGAACGTCCTGT  450

seq1  ATGTAACAAGGACTGATATGAAAGTTTCCTCTGGGACAGAGTTCCTATGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAACAAGGACTGATATGAAAGTTTCCTCTGGGACAGAGTTCCTATGC  500

seq1  TCTTGTATTATACATTATTGTAATGAGCCAATTCTGAGTAAATGCTCTTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGTATTATACATTATTGTAATGAGCCAATTCTGAGTAAATGCTCTTA  550

seq1  CTCTTAGTTTATGGCTAGAAAAATGGCTCAGTAGTTAAAGACCTGGACTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTAGTTTATGGCTAGAAAAATGGCTCAGTAGTTAAAGACCTGGACTG  600

seq1  CTCTTGCAGAGGACCCAAGCTCAGTCCCCAGCATGGACTCACAAACACTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTGCAGAGGACCCAAGCTCAGTCCCCAGCATGGACTCACAAACACTT  650

seq1  ATAACTCCAGTTCCAGGGGATCTGACACCCTTACTAGCCTCCATCACACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACTCCAGTTCCAGGGGATCTGACACCCTTACTAGCCTCCATCACACA  700

seq1  CACACACACACACACACACACACACACACACACACACCAGTTTGAAGCCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACACACACACACACACACACACACCAGTTTGAAGCCA  750

seq1  GTATGGGCTACATAATAAGACTGTTGCTCAAAGCTTAACCAAAAAAAAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||
seq2  GTATGGGCTACATAATAAGACTGTTGCTCAAAGCTTAACC--AAAAAAAA  798

seq1  AAAAAAAAAAAGGCAATAAAGAAAAACCTCTCAGAAGTAGGAAGAGAATC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAAAAGGCAATAAAGAAAAACCTCTCAGAAGTAGGAAGAGAATC  848

seq1  TGGAATATAAAATTAACTTCTAAAATCAGTATCATTTCTCCAAGCTATAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAATATAAAATTAACTTCTAAAATCAGTATCATTTCTCCAAGCTATAA  898

seq1  ATAGCCAGTTAAGAAAAATATTTAGATAATATGAAACACTATTTACAAAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  ATAGCCAGTTAAGAAAAATATTTAGATAATATGAAACACTA-TTACAAAA  947

seq1  CTAATAAAATGCCTCAGATCTAATTTAATTGAGAACACCATACAAC-TCT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||| |||
seq2  CTAATAAAATGCCTCAGATCTAATTTAATTGAAGACCCCATACAACTTCT  997

seq1  AGAGAAAATATTAATAGACAGTCTAAGTTCTTGGTGTACAAACACACACA  1049
      |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAAATATTAATAGACAGTTTAGGTTCTTGGTGTACAAACACACACA  1047

seq1  -CACCAATTTTCCCCTAGTCAATCTACATACTTA  1082
       ||||||||||||||||||| |||||| ||||||
seq2  CCACCAATTTTCCCCTAGTC-ATCTACTTACTTA  1080

seq1: chr1_186248784_186249876
seq2: B6Ng01-105H17.g_66_1160 (reverse)

seq1  AACAA-GGACAAC-TCATTAACATTAGCAATGCTTTTACAATGTTTAATG  48
      ||||| ||||| | |||||| || ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAGGGACACCTTCATTACCA-TAGCAATGCTTTTACAATGTTTAATG  49

seq1  GCAGTTTAACAATACTTAACATCTACCCAGCACCAGTGGGCTCCTCAGCC  98
      ||||||||||||||||||   || |||||||| |||||||||||||||||
seq2  GCAGTTTAACAATACTTACATTCAACCCAGCAACAGTGGGCTCCTCAGCC  99

seq1  ACT-CCCACTTAT-AAGAGTCTACATAACTTATTATAGTACTGCAAATCC  146
      ||| ||||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCCCACTTATAAAAAGTCTACATACCTTATTATAGTACTGCAAATCC  149

seq1  CATGCTACTTGTTTTATGGCTTAAAGTCCTCCCCATTCCTTGAAACAGTC  196
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCTAC-TGTTTTATGGCTTAAAGTCCTCCCCATTCCTTGAAACAGTC  198

seq1  CAGTCAAATTATCCCTTAAGCAAACTTTTATATATAAATACTTCAGCAGA  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCAAATTATCCCTTAAGCAAACTTTTATATATAAATACTTCAGCAGA  248

seq1  ATGCTTATGAATGAGTGAATGAATTGTACTGAGAGGCAGCATCTATACCC  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTATGAATGAGTGAATGAATTGTACTGAGAGGCAGCATCTATACCC  298

seq1  TAGTCAAACTCTTTTTGAAAGGCACTTATTAGGTATTTGCTGACAGAAAT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCAAACTCTTTTTGAAAGGCACTTATTAGGTATTTGCTGACAGAAAT  348

seq1  GAATAAAACATGTAAACCAATTTTTTTGGTATGGCCACCCTTTGTTTCTG  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAAAACATGTAAACCAATTTTTTTGGTATGGCCACCCTTTGTTTCTG  398

seq1  ATAATAAAATTTTGTTTCTAGTAATAAAATTTGTAAACATATCAGTTTTT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATAAAATTTTGTTTCTAGTAATAAAATTTGTAAACATATCAGTTTTT  448

seq1  ATTTTTTAGTATGTAAGTAAGTGGCTCTAATGAGACTTATACCGTAAGCC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTTAGTATGTAAGTAAGTGGCTCTAATGAGACTTATACCGTAAGCC  498

seq1  ATGTGTGAAAGTTGAGACTCATACTTTGCCAGTAGACTCTTGATATTAAA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTGAAAGTTGAGACTCATACTTTGCCAGTAGACTCTTGATATTAAA  548

seq1  AGGACAAACCACGGAGTCCTAATTTCCTATTGCTATGACAAGGTGGTGTA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACAAACCACGGAGTCCTAATTTCCTATTGCTATGACAAGGTGGTGTA  598

seq1  GACAGAGGTTCTATTTCCAGCTTAAAACAATTCCTAAATATATCCTAAAG  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGAGGTTCTATTTCCAGCTTAAAACAATTCCTAAATATATCCTAAAG  648

seq1  AATGGCGGCTTCTTATAAACCTTCATAAACTTTCATGAAACTACAGTTTC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGCGGCTTCTTATAAACCTTCATAAACTTTCATGAAACTACAGTTTC  698

seq1  ATGAAACAAGGACTACTCATCTCCTGTGACCTCCTCATGCCAGCATGTCT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAACAAGGACTACTCATCTCCTGTGACCTCCTCATGCCAGCATGTCT  748

seq1  TGTGTGTTTGAGTCTCTATGACTTGGGCCCAAAATAAATCAATTGATAGT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTTTGAGTCTCTATGACTTGGGCCCAAAATAAATCAATTGATAGT  798

seq1  CAAGCAAATAGAATAAATATTTTAAACTCTGAGTTGCCTCCACGCAACAC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCAAATAGAATAAATATTTTAAACTCTGAGTTGCCTCCACGCAACAC  848

seq1  AGTTCTCTAACCTAGGAATAAGCAAGCTACTCTTTAATTATTTCCTTGCT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCTCTAACCTAGGAATAAGCAAGCTACTCTTTAATTATTTCCTTGCT  898

seq1  CTCCAACTGCTAAAATTAGGCCTGGATGCTTTAGAGTGTGGATCAAGTGC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAACTGCTAAAATTAGGCCTGGATGCTTTAGAGTGTGGATCAAGTGC  948

seq1  AGTGACTGATGCTTCTATTTCCTGGGCTTGTGGCAAGCACCCAGTGCTTA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGACTGATGCTTCTATTTCCTGGGCTTGTGGCAAGCACCCAGTGCTTA  998

seq1  GATAGTTGCCAGCAAGATACAAGACAGCTGAACTCCACTGTTGAACAGGG  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGTTGCCAGCAAGATACAAGACAGCTGAACTCCACTGTTGAACAGGG  1048

seq1  ATGCCAGGAAACACAGGTGACCTGCAGTCAGTGCCCTAAGAGAATTC  1093
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCAGGAAACACAGGTGACCTGCAGTCAGTGCCCTAAGAGAATTC  1095