BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-105L09
Chromosome1 (Build37)
Map Location 181,974,431 - 182,105,705
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCdc42bpa, Cabc1
Upstream geneSmyd3, LOC666354, LOC433941, Tfb2m, LOC100040874, 9630058J23Rik, Sccpdh, Gm1305, Ahctf1, LOC100040914, LOC100042190
Downstream genePsen2, EG277333, Itpkb, 6330403A02Rik, Gm821, Parp1, Lin9, Mixl1, LOC666431, Acbd3, H3f3a, BC031781, Lefty2, Pycr2, Lefty1, Tmem63a, Ephx1, 9130409I23Rik, EG625597, Fgfr3-ps, Nvl, Cnih4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-105L09.bB6Ng01-105L09.g
ACCDH913658DH913659
length7761,112
definitionDH913658|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-105L09, 5' end.DH913659|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-105L09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(182,104,931 - 182,105,705)(181,974,431 - 181,975,529)
sequence
gaattcactctccatgtttcttctcgcctgttttttaatggcctccagaa
atcttaaaagtcatgcatgtagttgacacgagacttcctttgtcaccatg
ggcctgattgttttgaataaacaagctgttttgctgccatgtcttggacc
tgagagtgtgggcacttgacacctttggttctcttagtgacctctgtgat
aggaacggctggtaaggtgggcaaagtagagcatgcactgccacctagtg
gcaaataaatatagtattaaatgtgtaaaagaattaccttttaattaaaa
agcatttaaaaagttacttgagtgttgtgtttttggtttttgtttttgtt
tttgttttttgagacaaggttaccatatatactcctggatattctggaat
ttgctttgcatccttgggtggccttgaactatgttagacctcgtgcctca
gcctccaaaatgctgggatgacagcatgtgtggccacacacagcctaaat
ttctttctatacattttcagcaaatccagcgtttttctgtaatgcattga
ttattgtagaaagactggagaagagtttcatagcccttgccccgtctctg
agtggtatgccgtcctgtacagcctttgggaagggagcttccaggaaggt
gtgggccctgagccagactcccaggctctctgcctggcctcagccatacc
tcctgggagggaagacccaagggctattgttctcggtcactatcagtgct
gccagcatgggagtgggggggggggg
gaattcttttgaagtggaaacttaagggttctttgggaagtcaggtgtat
tggatggtgttttgctggggcaaacactcaaaggagtgctcttctaaagt
ggacacaggttaaaggatgtttgctaaagcagacatgtgcaggaacattt
cactgaagcagacacaggtgaaaggatgttctgctaaagcaagcatgtga
aaggacaagtgatgaagaattcctcgctaacaacacacatgtattggttc
accttaccttgcatagctgagctctatttgttgtgactccagagaaggaa
acccaccaaaaaaaacttcttgtgaggttccttaggcttcttgccacttc
tgaggacttgggctgattggcagagtgatgtcagctgatacagactcatg
tggagtttcgctaaaagacatgtgatgaagccaagaccagtggaggacac
atgatgtttggagggagttataaatatgacccaaaggacagtgacagggg
cttgcttgcatagctagctcactatgaaatgtaaggcgaacctcatgtcg
catacaatctcaggagagggtacaggtgaatggggcaagctagtgtaaac
aatgtactgttgaatcagggtagttagtaaaggcatagattagtatgcat
ctctgagggtttcttctgttagactgacttttcaagggactttttactgg
gtatggaccaggaggttactgcaaaatgacagctcctttttcagttattt
acttacaaacacttaatgtgacatttatcacttagatctgaaatgtgtat
aaacatcacaaaggatgtcagtcattattgctttgcatattcatcaggtt
atatttactgatgattaaattcaatccccttatcctttcttctgttcatt
ctgtctccttatttcccatacctggtcttctccagttcctttcctgtagt
ggatttagctacttaaggtagagtgcatagataattgatgccaagatatg
aaaagaacaaatactcattattagacattatgtttgaagaggctgtgcaa
gtggtgtgttaccctcttgcagggaacttagttcactttccagaacccac
ttaagtgactgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_182104931_182105705
seq2: B6Ng01-105L09.b_47_821 (reverse)

seq1  CCCCCCCCCCCACTCCCATGCTGGCAGCACTGATAGTGACCGAGAACAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCCCCCCCACTCCCATGCTGGCAGCACTGATAGTGACCGAGAACAAT  50

seq1  AGCCCTTGGGTCTTCCCTCCCAGGAGGTATGGCTGAGGCCAGGCAGAGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCTTGGGTCTTCCCTCCCAGGAGGTATGGCTGAGGCCAGGCAGAGAG  100

seq1  CCTGGGAGTCTGGCTCAGGGCCCACACCTTCCTGGAAGCTCCCTTCCCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGGAGTCTGGCTCAGGGCCCACACCTTCCTGGAAGCTCCCTTCCCAA  150

seq1  AGGCTGTACAGGACGGCATACCACTCAGAGACGGGGCAAGGGCTATGAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTGTACAGGACGGCATACCACTCAGAGACGGGGCAAGGGCTATGAAA  200

seq1  CTCTTCTCCAGTCTTTCTACAATAATCAATGCATTACAGAAAAACGCTGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTCTCCAGTCTTTCTACAATAATCAATGCATTACAGAAAAACGCTGG  250

seq1  ATTTGCTGAAAATGTATAGAAAGAAATTTAGGCTGTGTGTGGCCACACAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGCTGAAAATGTATAGAAAGAAATTTAGGCTGTGTGTGGCCACACAT  300

seq1  GCTGTCATCCCAGCATTTTGGAGGCTGAGGCACGAGGTCTAACATAGTTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTCATCCCAGCATTTTGGAGGCTGAGGCACGAGGTCTAACATAGTTC  350

seq1  AAGGCCACCCAAGGATGCAAAGCAAATTCCAGAATATCCAGGAGTATATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCCACCCAAGGATGCAAAGCAAATTCCAGAATATCCAGGAGTATATA  400

seq1  TGGTAACCTTGTCTCAAAAAACAAAAACAAAAACAAAAACCAAAAACACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTAACCTTGTCTCAAAAAACAAAAACAAAAACAAAAACCAAAAACACA  450

seq1  ACACTCAAGTAACTTTTTAAATGCTTTTTAATTAAAAGGTAATTCTTTTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTCAAGTAACTTTTTAAATGCTTTTTAATTAAAAGGTAATTCTTTTA  500

seq1  CACATTTAATACTATATTTATTTGCCACTAGGTGGCAGTGCATGCTCTAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATTTAATACTATATTTATTTGCCACTAGGTGGCAGTGCATGCTCTAC  550

seq1  TTTGCCCACCTTACCAGCCGTTCCTATCACAGAGGTCACTAAGAGAACCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCCCACCTTACCAGCCGTTCCTATCACAGAGGTCACTAAGAGAACCA  600

seq1  AAGGTGTCAAGTGCCCACACTCTCAGGTCCAAGACATGGCAGCAAAACAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTGTCAAGTGCCCACACTCTCAGGTCCAAGACATGGCAGCAAAACAG  650

seq1  CTTGTTTATTCAAAACAATCAGGCCCATGGTGACAAAGGAAGTCTCGTGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTTTATTCAAAACAATCAGGCCCATGGTGACAAAGGAAGTCTCGTGT  700

seq1  CAACTACATGCATGACTTTTAAGATTTCTGGAGGCCATTAAAAAACAGGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTACATGCATGACTTTTAAGATTTCTGGAGGCCATTAAAAAACAGGC  750

seq1  GAGAAGAAACATGGAGAGTGAATTC  775
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGAAACATGGAGAGTGAATTC  775

seq1: chr1_181974431_181975529
seq2: B6Ng01-105L09.g_88_1179

seq1  CTTAAGGGTTCTTTGGGAAGTCAGGTGTATTGGATGGTGTTTTGCTGGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAGGGTTCTTTGGGAAGTCAGGTGTATTGGATGGTGTTTTGCTGGGG  50

seq1  CAAACACTCAAAGGAGTGCTCTTCTAAAGTGGACACAGGTTAAAGGATGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACACTCAAAGGAGTGCTCTTCTAAAGTGGACACAGGTTAAAGGATGT  100

seq1  TTGCTAAAGCAGACATGTGCAGGAACATTTCACTGAAGCAGACACAGGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTAAAGCAGACATGTGCAGGAACATTTCACTGAAGCAGACACAGGTG  150

seq1  AAAGGATGTTCTGCTAAAGCAAGCATGTGAAAGGACAAGTGATGAAGAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGATGTTCTGCTAAAGCAAGCATGTGAAAGGACAAGTGATGAAGAAT  200

seq1  TCCTCGCTAACAACACACATGTATTGGTTCACCTTACCTTGCATAGCTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCGCTAACAACACACATGTATTGGTTCACCTTACCTTGCATAGCTGA  250

seq1  GCTCTATTTGTTGTGACTCCAGAGAAGGAAACCCACCAAAAAAAACTTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTATTTGTTGTGACTCCAGAGAAGGAAACCCACCAAAAAAAACTTCT  300

seq1  TGTGAGGTTCCTTAGGCTTCTTGCCACTTCTGAGGACTTGGGCTGATTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAGGTTCCTTAGGCTTCTTGCCACTTCTGAGGACTTGGGCTGATTGG  350

seq1  CAGAGTGATGTCAGCTGATACAGACTCATGTGGAGTTTCGCTAAAAGACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGTGATGTCAGCTGATACAGACTCATGTGGAGTTTCGCTAAAAGACA  400

seq1  TGTGATGAAGCCAAGACCAGTGGAGGACACATGATGTTTGGAGGGAGTTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGATGAAGCCAAGACCAGTGGAGGACACATGATGTTTGGAGGGAGTTA  450

seq1  TAAATATGACCCAAAGGACAGTGACAGGGGCTTGCTTGCATAGCTAGCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATATGACCCAAAGGACAGTGACAGGGGCTTGCTTGCATAGCTAGCTC  500

seq1  ACTATGAAATGTAAGGCGAACCTCATGTCGCATACAATCTCAGGAGAGGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATGAAATGTAAGGCGAACCTCATGTCGCATACAATCTCAGGAGAGGG  550

seq1  TACAGGTGAATGGGGCAAGCTAGTGTAAACAATGTACTGTTGAATCAGGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGGTGAATGGGGCAAGCTAGTGTAAACAATGTACTGTTGAATCAGGG  600

seq1  TAGTTAGTAAAGGCATAGATTAGTATGCATCTCTGAGGGTTTCTTCTGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTAGTAAAGGCATAGATTAGTATGCATCTCTGAGGGTTTCTTCTGTT  650

seq1  AGACTGACTTTTCAAGGGACTTTTTACTGGGTATGGACCAGGAGGTTACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTGACTTTTCAAGGGACTTTTTACTGGGTATGGACCAGGAGGTTACT  700

seq1  GCAAAATGACAGCTCCTTTTTCAGTTA-TTACTTACAAACACTTAATGTG  749
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAATGACAGCTCCTTTTTCAGTTATTTACTTACAAACACTTAATGTG  750

seq1  ACATTTATCACTTAGATCTGAAATGTGTATAAACATCACAAAGGATGTCA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTATCACTTAGATCTGAAATGTGTATAAACATCACAAAGGATGTCA  800

seq1  GTCATTATTGCTTTGCATATTCATCAGGTTATATTTACTGATGATTAAAT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATTATTGCTTTGCATATTCATCAGGTTATATTTACTGATGATTAAAT  850

seq1  TCAATCCCCTTATCCTTTCTTCTGTTCATTCTGTCTCCTTATTTCCCATA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATCCCCTTATCCTTTCTTCTGTTCATTCTGTCTCCTTATTTCCCATA  900

seq1  CCTGGTCTTCTCCAGTTTCCTTTCCTGTAGTGGATTTAGCTAACTTAAGG  949
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CCTGGTCTTCTCCAG-TTCCTTTCCTGTAGTGGATTTAGCT-ACTTAAGG  948

seq1  TAAGAGTGCATAAGATAAATTGATGCCAAGATATGAAAAGGAACAAATAC  999
      | ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  T-AGAGTGCAT-AGAT-AATTGATGCCAAGATATGAAAA-GAACAAATAC  994

seq1  TCATAATTAAGACATTATGTTTG-AGAGGCTGGTCAAGTGTGTGTG-TAC  1047
      |||| ||| |||||||||||||| ||||||||  |||||| ||||| |||
seq2  TCATTATT-AGACATTATGTTTGAAGAGGCTGTGCAAGTG-GTGTGTTAC  1042

seq1  CCTCTTGCAGAGGACCTTAGTTCACTTCCCAGGACCCACTTTAGGTGACT  1097
      |||||||||| ||| |||||||||||| |||| |||||| ||| ||||||
seq2  CCTCTTGCAG-GGAACTTAGTTCACTTTCCAGAACCCAC-TTAAGTGACT  1090

seq1  GT  1099
      ||
seq2  GT  1092