BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-109A24
Chromosome1 (Build37)
Map Location 155,997,169 - 156,114,707
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLamc2, Lamc1, EG667795, EG626058, 1700012A16Rik, Dhx9, Npl, LOC626096, Rgs8, Rgs16, Rnasel, LOC100043347, Rgsl1, 5830403L16Rik, EG433365, Teddm1, LOC100043357, Glul, LOC100043359
Downstream geneCacna1e, LOC671336, Ier5, Mr1, Stx6, EG667867, BC034090
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-109A24.bB6Ng01-109A24.g
ACCDH916076DH916077
length1,067606
definitionDH916076|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-109A24, 5' end.DH916077|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-109A24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(155,997,169 - 155,998,237)(156,114,103 - 156,114,707)
sequence
gaattctgagatctctgtatttaaaagagggaatgtctctgttcccacag
acaagacaaggtggcaaagagtgtcaggtgtcagggcacccctcccccaa
tacacacacacacttctgacagctctggtgttcacctgtaggctaatctc
tgcccacaggcctggaccaggcttgacaacagctcctccctcagaccgcc
ccagccctgctgggtggcggttgatgattccctggctgtttgttctgcta
gaggagacagaagactgcagtgtgctggaatcctgccctgcccactctgc
acagctgcctcccccagcacatggaagctgctgagcagacagagaatcaa
agatgattacgggctgctggaaaaccgtgcgcttctgcctggctgcatct
gcctgccaagctgttatgtaagccacagacccgttcaggcctggaaccaa
acaatgctgctgacagcccttctgtgacctgcttatcagctaagctgcca
gaaaccctgcctcacctggagcacacctgccccttgagaactttgcccat
cctgcgctgacaagccattttcatatttgttttggggtttccctgtctct
gctcccttccagcacagacatatgggtgggtcagggccaagagttgactt
tggtcagattccaagtgactaagacatttaactctggaaagcttcgtttc
acaacccaggggttgtttttcagcctcctaagtgaataattcactttggc
tgtttagacactagagctgaactcctggagcccccagatgacctcctgcc
tggagagggactgaccgatctgctctgataaccaaaaacttatttaggga
tcctagatatgccccacagccaaaggcaccaaatttgatgccgaagaact
ttacttccagcatgtccatgactcggtaaatttgttggtttctcagcact
tcagtttcttaggtctctctctctctctctctctctctctctctctctct
atgtaatgcagatgtctgcagtagcccacagggaaaatcaagctgaaaat
ataagctgtgcccacgt
gaattcaaactcaagtcctcatgcttctgtggtaagcactttaccaactg
agccacctctccaggctttaaaaatatgtttaatcgataggtaaaatttg
attcagaagaaagagttaagtctggaaactcaacaaccaagcccaagatg
tgaagttaaaatctcaagacattcaaggttctggatagagcacagcagcc
catgtgcccgagaaaatgcagtgactctcataggtgaactctgcataaca
gtttgcaacccgtgaagctcacatctctccactgctgtgctttgtttaca
cggtgacttgctttttgatggcatgaccccgactaaactacttatcctct
acgagccttgagcttcttacaagaatggggatagtgttgtccatctctta
gggttgcttaggatgttggctaagtgcagaatttaaaaatgctttcagtg
aaaactgtaaggcatggctgagagaaattaaagatgataataaaatgtga
cataccatattgatgggttattcagtaatgttaaatgatataaggtctcc
aggttatcaattcaatcaaattaccaggttctttgggggtggggtgtttg
gtgatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_155997169_155998237
seq2: B6Ng01-109A24.b_46_1112

seq1  GAATTCTGAGATCTCTGTATTTAAAAGAGGGAATGTCTCTGTTCCCACAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGAGATCTCTGTATTTAAAAGAGGGAATGTCTCTGTTCCCACAG  50

seq1  ACAAGACAAGGTGGCAAAGAGTGTCAGGTGTCAGGGCACCCCTCCCCCAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGACAAGGTGGCAAAGAGTGTCAGGTGTCAGGGCACCCCTCCCCCAA  100

seq1  TACACACACACACTTCTGACAGCTCTGGTGTTCACCTGTAGGCTAATCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACACACACACTTCTGACAGCTCTGGTGTTCACCTGTAGGCTAATCTC  150

seq1  TGCCCACAGGCCTGGACCAGGCTTGACAACAGCTCCTCCCTCAGACCGCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCACAGGCCTGGACCAGGCTTGACAACAGCTCCTCCCTCAGACCGCC  200

seq1  CCAGCCCTGCTGGGTGGCGGTTGATGATTCCCTGGCTGTTTGTTCTGCTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCCCTGCTGGGTGGCGGTTGATGATTCCCTGGCTGTTTGTTCTGCTA  250

seq1  GAGGAGACAGAAGACTGCAGTGTGCTGGAATCCTGCCCTGCCCACTCTGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAGACAGAAGACTGCAGTGTGCTGGAATCCTGCCCTGCCCACTCTGC  300

seq1  ACAGCTGCCTCCCCCAGCACATGGAAGCTGCTGAGCAGACAGAGAATCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCTGCCTCCCCCAGCACATGGAAGCTGCTGAGCAGACAGAGAATCAA  350

seq1  AGATGATTACGGGCTGCTGGAAAACCGTGCGCTTCTGCCTGGCTGCATCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGATTACGGGCTGCTGGAAAACCGTGCGCTTCTGCCTGGCTGCATCT  400

seq1  GCCTGCCAAGCTGTTATGTAAGCCACAGACCCGTTCAGGCCTGGAACCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGCCAAGCTGTTATGTAAGCCACAGACCCGTTCAGGCCTGGAACCAA  450

seq1  ACAATGCTGCTGACAGCCCTTCTGTGACCTGCTTATCAGCTAAGCTGCCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATGCTGCTGACAGCCCTTCTGTGACCTGCTTATCAGCTAAGCTGCCA  500

seq1  GAAACCCTGCCTCACCTGGAGCACACCTGCCCCTTGAGAACTTTGCCCAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACCCTGCCTCACCTGGAGCACACCTGCCCCTTGAGAACTTTGCCCAT  550

seq1  CCTGCGCTGACAAGCCATTTTCATATTTGTTTTGGGGTTTCCCTGTCTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCGCTGACAAGCCATTTTCATATTTGTTTTGGGGTTTCCCTGTCTCT  600

seq1  GCTCCCTTCCAGCACAGACATATGGGTGGGTCAGGGCCAAGAGTTGACTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCCTTCCAGCACAGACATATGGGTGGGTCAGGGCCAAGAGTTGACTT  650

seq1  TGGTCAGATTCCAAGTGACTAAGACATTTAACTCTGGAAAGCTTCGTTTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCAGATTCCAAGTGACTAAGACATTTAACTCTGGAAAGCTTCGTTTC  700

seq1  ACAACCCAGGGGTTGTTTTTCAGCCTCCTAAGTGAATAATTCACTTTGGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACCCAGGGGTTGTTTTTCAGCCTCCTAAGTGAATAATTCACTTTGGC  750

seq1  TGTTTAGACACTAGAGCTGAACTCCTGGAGCCCCCAGATGACCTCCTGCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTAGACACTAGAGCTGAACTCCTGGAGCCCCCAGATGACCTCCTGCC  800

seq1  TGGAGAGGGACTGACCGATCTGCTCTGATAACCAAAAACTTATTTAGGGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGAGGGACTGACCGATCTGCTCTGATAACCAAAAACTTATTTAGGGA  850

seq1  TCCTAGATATGCCCCACAGCCAAAGGCACCAAATTTGATGCCGAAGAACT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAGATATGCCCCACAGCCAAAGGCACCAAATTTGATGCCGAAGAACT  900

seq1  TTACTTCCAGCATGTCCATGACTCGGTTAAATTTGTTGGTTTCTCAGCAC  950
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTTCCAGCATGTCCATGACTCGG-TAAATTTGTTGGTTTCTCAGCAC  949

seq1  TTCAGTTTCTTAGGTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGTTTCTTAGGTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC  999

seq1  TATTGTAATGCAGATGTCTGCAGTAGGCACACAGGAAAATTCAAGCTG-A  1049
      || |||||||||||||||||||||| || |||||| ||| |||||||| |
seq2  TA-TGTAATGCAGATGTCTGCAGTA-GCCCACAGGGAAAATCAAGCTGAA  1047

seq1  AATATTAGCTGTGCCCACGT  1069
      ||||| ||||||||||||||
seq2  AATATAAGCTGTGCCCACGT  1067

seq1: chr1_156114103_156114707
seq2: B6Ng01-109A24.g_65_670 (reverse)

seq1  CATCACC-AACACCCCACCCCCAAAGAACCTGGTAATTTGATTGAATTGA  49
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCACCAAACACCCCACCCCCAAAGAACCTGGTAATTTGATTGAATTGA  50

seq1  TAACCTGGAGACCTTATATCATTTAACATTACTGAATAACCCATCAATAT  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCTGGAGACCTTATATCATTTAACATTACTGAATAACCCATCAATAT  100

seq1  GGTATGTCACATTTTATTATCATCTTTAATTTCTCTCAGCCATGCCTTAC  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATGTCACATTTTATTATCATCTTTAATTTCTCTCAGCCATGCCTTAC  150

seq1  AGTTTTCACTGAAAGCATTTTTAAATTCTGCACTTAGCCAACATCCTAAG  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTTCACTGAAAGCATTTTTAAATTCTGCACTTAGCCAACATCCTAAG  200

seq1  CAACCCTAAGAGATGGACAACACTATCCCCATTCTTGTAAGAAGCTCAAG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCCTAAGAGATGGACAACACTATCCCCATTCTTGTAAGAAGCTCAAG  250

seq1  GCTCGTAGAGGATAAGTAGTTTAGTCGGGGTCATGCCATCAAAAAGCAAG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCGTAGAGGATAAGTAGTTTAGTCGGGGTCATGCCATCAAAAAGCAAG  300

seq1  TCACCGTGTAAACAAAGCACAGCAGTGGAGAGATGTGAGCTTCACGGGTT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCGTGTAAACAAAGCACAGCAGTGGAGAGATGTGAGCTTCACGGGTT  350

seq1  GCAAACTGTTATGCAGAGTTCACCTATGAGAGTCACTGCATTTTCTCGGG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAACTGTTATGCAGAGTTCACCTATGAGAGTCACTGCATTTTCTCGGG  400

seq1  CACATGGGCTGCTGTGCTCTATCCAGAACCTTGAATGTCTTGAGATTTTA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGGGCTGCTGTGCTCTATCCAGAACCTTGAATGTCTTGAGATTTTA  450

seq1  ACTTCACATCTTGGGCTTGGTTGTTGAGTTTCCAGACTTAACTCTTTCTT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCACATCTTGGGCTTGGTTGTTGAGTTTCCAGACTTAACTCTTTCTT  500

seq1  CTGAATCAAATTTTACCTATCGATTAAACATATTTTTAAAGCCTGGAGAG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAATCAAATTTTACCTATCGATTAAACATATTTTTAAAGCCTGGAGAG  550

seq1  GTGGCTCAGTTGGTAAAGTGCTTACCACAGAAGCATGAGGACTTGAGTTT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCTCAGTTGGTAAAGTGCTTACCACAGAAGCATGAGGACTTGAGTTT  600

seq1  GAATTC  605
      ||||||
seq2  GAATTC  606