BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-110O02
Chromosome1 (Build37)
Map Location 53,463,170 - 53,614,189
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100042162
Upstream geneNab1, LOC546736, Gm553, LOC100042094, EG433305, 5330401P04Rik, 2210010L05Rik, Inpp1, Hibch, 1700019D03Rik, Gdf8, 1700019A02Rik, Pms1, LOC671024, Ormdl1, Osgepl1, Asnsd1, EG627858, EG627866
Downstream geneDnahc7, Stk17b, Hecw2, 4930511H11Rik, Gtf3c3, EG627915, D230012E17Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-110O02.bB6Ng01-110O02.g
ACCDH917379DH917380
length1,2221,092
definitionDH917379|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-110O02, 5' end.DH917380|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-110O02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(53,612,947 - 53,614,189)(53,463,170 - 53,464,244)
sequence
gaattcagggtcatccttggctacaaactagccggaacaagaaacaaaag
gaattctaactaaaggaaatgagctttgaattctgaaaaaggaaaaggaa
aaggaaggaaggaaggaaagaaggaaggaaggcaggcaagtgttgacccc
agaaatggttattatcctcactattatccctgaaccctctccactcacac
ctaaccctccaccttgactgctcttttggtttatgctgactctgcactgt
cccattgttatgccatcttcccagccctcttcacttttggccgagctgtt
gtgacagctcccttggcagagatgtttcctgctctggatactactattgc
aatactaccaatgtcttctatcaaaagaaatcctactatgttattccaga
tgtaaaagctactggggagctggagaggtggcttaggggtgaagaaagca
tcctgctcttgaagaggactagagtttgcttcctggcactctcactgaga
gctcataagcagtgtgctatagctccaggagacccagggctttcttctgg
agtcagtaggcacatgcattcacatctgcaccaactcagatacaggcaca
cacatacatataattaagacataagacaaacctttaagactattggactc
tttttttttttttttttgtccacaaaagaaagtgttaagagctaatggag
ctaatgtgtgtatactgttgtttcttgtctatcccagaggcctatgtatc
tgtcacagtgatctttgagcctctgcatgccccatgcctttctacatgct
gttttctctctctgaagtgctcaccttagcaatgactttcctccctaaca
aatgaatccagtgtttgaacaaagaaccattgagcatacaaacggttcag
aatggcatacactatgtcctgtgcttggcatttgtctgaaggttctgtgt
agactaccctcctggtctttcttcttctggttgctggagcaagctcacac
aacttccagttgtgagcttctcagtctgcctggagtgtgggctgctgctg
catcttttatcatgtaacattccacatcctctttctcagcagctctgggc
attgagcctggaacgaaggcacttcttattttctcgaatggcaaaagctc
caactgcatgtaactaggaccgattggaaattagaatctgtctcgtagca
agctgctcccactcaaagagag
gaattcctttaggaaaatcctaactttccagatcattctatggattctca
tttttgttcaagtaattgatgaagtaagatggagtaagcatacatttttc
ttctggcaaaaaaaaatgtacaagtatgtttgtgtgcatataaaataaaa
ttaataatttaacaaacatctgtcctcaatgatattactccgggtagaca
cactgatatttagtaaagtggtttgcttagctgaaggccactcagctaag
ctcattactgagcaattttggtataccaagtcatctatactaatcattca
ataaatcctgtttcatgtgctacttcaccactctcaagataatgctggag
ttttagtgcctgaaaacctgcttcctgaggtaacaggtagatgcagactg
gttaaaaggaaaacaaagaagtctgtataatctctaggctcagtgcatgc
aattccacaggttgagtatgggtaattaaccactttaaaaactttatgca
atgttttcataacttaaacattttagctgggtccaaaaattgtatagtgt
catcacttccactcagatgtcagatgtcaacaggaatgccaattttttcc
tatgtcagaaggacactgagaaaagttaggagggataaagtcctgaatac
ggaagtaaccatagtttcatcaagacaccttttcatgagaatgcattgtt
ttcaaactccttcatgaagtcttgagcatggtaggctgggaaggaaacag
ttgtgcatagcaacctatgtgaagaagggattttataggtgtacataata
aaaggaataataaacaaggtagctgagggtttgttaagtcttgagtctca
gcagtgtgcacattccaatgcattgataacagggactcttgagttaattg
gccagagaatgatggccttaggcattcttcttgtttggagaaagtacaat
ttagtggttacatggcattgtgtcccagagtctctgccttccttgtgtgc
ttattttcccctaattatgtttctgcagttaagatatggaataaaaggtg
gtgtggaatcttgggccaactctcccataaacccgggtagtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_53612947_53614189
seq2: B6Ng01-110O02.b_48_1269 (reverse)

seq1  CTCTCTTTGA-TGGGAGCAGC-TGGTCAGA-AATGATCCCTAAATTCTCC  47
      |||||||||| |||||||||| || |  || |  |||  ||||  | |||
seq2  CTCTCTTTGAGTGGGAGCAGCTTGCTACGAGACAGAT-TCTAA--TTTCC  47

seq1  ATACTGTCCCCAAGTACAATGTACAGTTGGGAGGGCTCTCTGCATTCGAG  97
      |  | || || |  ||||   | ||||||   | ||| |   ||||||||
seq2  AATCGGT-CCTAGTTACA---TGCAGTTG---GAGCTTTTGCCATTCGAG  90

seq1  AAAAT-AGAAGTGGCCTCTGGTTCCAGGCTCAATGCCCAGAGCTTGCTGA  146
      ||||| ||||||| | ||  ||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  AAAATAAGAAGTGCCTTC--GTTCCAGGCTCAATGCCCAGAGC-TGCTGA  137

seq1  G-AAGAGGATGTGGGAAATG-TACATGATAAAAGATGCAGCCAGCCAGCC  194
      | ||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||| ||| |||||
seq2  GAAAGAGGATGTGG--AATGTTACATGATAAAAGATGCAG-CAG-CAGCC  183

seq1  CACCACTCCAGGCAGACTGAG-AGCTCACCAACTTGGAAGTTGGTGTGGA  243
      || |||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||| |||| ||
seq2  CA-CACTCCAGGCAGACTGAGAAGCTCA-CAAC-TGGAAGTT-GTGT-GA  228

seq1  GCTTGCCTCCAGCAACCCAGGAAGAAGAAAGACCCAGGAGGGTAGTCTAC  293
      ||||| |||||||||||   |||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GCTTG-CTCCAGCAACC--AGAAGAAGAAAGA-CCAGGAGGGTAGTCTAC  274

seq1  ACAGAACCTTCAGACAAATGCCAAGCACAGGACATAGTGTATTGCCATTT  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
seq2  ACAGAACCTTCAGACAAATGCCAAGCACAGGACATAGTGTA-TGCCA-TT  322

seq1  CTGAACCGTTTGTATGCTCAATGGTTCTTTGTTCAAACACTGGATTCATT  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAACCGTTTGTATGCTCAATGGTTCTTTGTTCAAACACTGGATTCATT  372

seq1  TGTTAGGGAGGAAAGTCATTGCTAAGGTGAGCACTTCAGAGAGAGAAAAC  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAGGGAGGAAAGTCATTGCTAAGGTGAGCACTTCAGAGAGAGAAAAC  422

seq1  AGCATGTAGAAAGGCATGGGGCATGCAGAGGCTCAAAGATCACTGTGACA  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATGTAGAAAGGCATGGGGCATGCAGAGGCTCAAAGATCACTGTGACA  472

seq1  GATACATAGGCCTCTGGGATAGACAAGAAACAACAGTATACACACATTAG  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACATAGGCCTCTGGGATAGACAAGAAACAACAGTATACACACATTAG  522

seq1  CTCCATTAGCTCTTAACACTTTCTTTTGTGGACAAAAAAAAAAAAAAAAA  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCATTAGCTCTTAACACTTTCTTTTGTGGACAAAAAAAAAAAAAAAAA  572

seq1  GAGTCCAATAGTCTTAAAGGTTTGTCTTATGTCTTAATTATATGTATGTG  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCCAATAGTCTTAAAGGTTTGTCTTATGTCTTAATTATATGTATGTG  622

seq1  TGTGCCTGTATCTGAGTTGGTGCAGATGTGAATGCATGTGCCTACTGACT  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCCTGTATCTGAGTTGGTGCAGATGTGAATGCATGTGCCTACTGACT  672

seq1  CCAGAAGAAAGCCCTGGGTCTCCTGGAGCTATAGCACACTGCTTATGAGC  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAAGAAAGCCCTGGGTCTCCTGGAGCTATAGCACACTGCTTATGAGC  722

seq1  TCTCAGTGAGAGTGCCAGGAAGCAAACTCTAGTCCTCTTCAAGAGCAGGA  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGTGAGAGTGCCAGGAAGCAAACTCTAGTCCTCTTCAAGAGCAGGA  772

seq1  TGCTTTCTTCACCCCTAAGCCACCTCTCCAGCTCCCCAGTAGCTTTTACA  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTCTTCACCCCTAAGCCACCTCTCCAGCTCCCCAGTAGCTTTTACA  822

seq1  TCTGGAATAACATAGTAGGATTTCTTTTGATAGAAGACATTGGTAGTATT  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGAATAACATAGTAGGATTTCTTTTGATAGAAGACATTGGTAGTATT  872

seq1  GCAATAGTAGTATCCAGAGCAGGAAACATCTCTGCCAAGGGAGCTGTCAC  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATAGTAGTATCCAGAGCAGGAAACATCTCTGCCAAGGGAGCTGTCAC  922

seq1  AACAGCTCGGCCAAAAGTGAAGAGGGCTGGGAAGATGGCATAACAATGGG  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGCTCGGCCAAAAGTGAAGAGGGCTGGGAAGATGGCATAACAATGGG  972

seq1  ACAGTGCAGAGTCAGCATAAACCAAAAGAGCAGTCAAGGTGGAGGGTTAG  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGCAGAGTCAGCATAAACCAAAAGAGCAGTCAAGGTGGAGGGTTAG  1022

seq1  GTGTGAGTGGAGAGGGTTCAGGGATAATAGTGAGGATAATAACCATTTCT  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGAGTGGAGAGGGTTCAGGGATAATAGTGAGGATAATAACCATTTCT  1072

seq1  GGGGTCAACACTTGCCTGCCTTCCTTCCTTCTTTCCTTCCTTCCTTCCTT  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTCAACACTTGCCTGCCTTCCTTCCTTCTTTCCTTCCTTCCTTCCTT  1122

seq1  TTCCTTTTCCTTTTTCAGAATTCAAAGCTCATTTCCTTTAGTTAGAATTC  1193
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTTTCCTTTTTCAGAATTCAAAGCTCATTTCCTTTAGTTAGAATTC  1172

seq1  CTTTTGTTTCTTGTTCCGGCTAGTTTGTAGCCAAGGATGACCCTGAATTC  1243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTGTTTCTTGTTCCGGCTAGTTTGTAGCCAAGGATGACCCTGAATTC  1222

seq1: chr1_53463170_53464244
seq2: B6Ng01-110O02.g_69_1160

seq1  GAATTCCTTTAGGAAAATCCTAACTTTCCAGATCATTCTATGGATTCTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTTAGGAAAATCCTAACTTTCCAGATCATTCTATGGATTCTCA  50

seq1  TTTTTGTTCAAGTAATTGATGAAGTAAGATGGAGTAAGCATACATTTTTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGTTCAAGTAATTGATGAAGTAAGATGGAGTAAGCATACATTTTTC  100

seq1  TTCTGGCAAAAAAAAATGTACAAGTATGTTTGTGTGCATATAAAATAAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGCAAAAAAAAATGTACAAGTATGTTTGTGTGCATATAAAATAAAA  150

seq1  TTAATAATTTAACAAACATCTGTCCTCAATGATATTACTCCGGGTAGACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATAATTTAACAAACATCTGTCCTCAATGATATTACTCCGGGTAGACA  200

seq1  CACTGATATTTAGTAAAGTGGTTTGCTTAGCTGAAGGCCACTCAGCTAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGATATTTAGTAAAGTGGTTTGCTTAGCTGAAGGCCACTCAGCTAAG  250

seq1  CTCATTACTGAGCAATTTTGGTATACCAAGTCATCTATACTAATCATTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATTACTGAGCAATTTTGGTATACCAAGTCATCTATACTAATCATTCA  300

seq1  ATAAATCCTGTTTCATGTGCTACTTCACCACTCTCAAGATAATGCTGGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATCCTGTTTCATGTGCTACTTCACCACTCTCAAGATAATGCTGGAG  350

seq1  TTTTAGTGCCTGAAAACCTGCTTCCTGAGGTAACAGGTAGATGCAGACTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAGTGCCTGAAAACCTGCTTCCTGAGGTAACAGGTAGATGCAGACTG  400

seq1  GTTAAAAGGAAAACAAAGAAGTCTGTATAATCTCTAGGCTCAGTGCATGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAAAGGAAAACAAAGAAGTCTGTATAATCTCTAGGCTCAGTGCATGC  450

seq1  AATTCCACAGGTTGAGTATGGGTAATTAACCACTTTAAAAACTTTATGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCCACAGGTTGAGTATGGGTAATTAACCACTTTAAAAACTTTATGCA  500

seq1  ATGTTTTCATAACTTAAACATTTTAGCTGGGTCCAAAAATTGTATAGTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTTCATAACTTAAACATTTTAGCTGGGTCCAAAAATTGTATAGTGT  550

seq1  CATCACTTCCACTCAGATGTCAGATGTCAACAGGAATGCCAATTTTTTCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCACTTCCACTCAGATGTCAGATGTCAACAGGAATGCCAATTTTTTCC  600

seq1  TATGTCAGAAGGACACTGAGAAAAGTTAGGAGGGATAAAGTCCTGAATAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTCAGAAGGACACTGAGAAAAGTTAGGAGGGATAAAGTCCTGAATAC  650

seq1  GGAAGTAACCATAGTTTCATCAAGACACC-TTTCATGAGAATGCATTGTT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGTAACCATAGTTTCATCAAGACACCTTTTCATGAGAATGCATTGTT  700

seq1  TTCAAACTCCTTCATGAAGTCTTGAGCATGGTAGGCTGGGAAGGAAACAG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAACTCCTTCATGAAGTCTTGAGCATGGTAGGCTGGGAAGGAAACAG  750

seq1  TTGTGCATAGCAACCTATGTGAAGAAGGGATTTTATAGGTGTACATAATA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGCATAGCAACCTATGTGAAGAAGGGATTTTATAGGTGTACATAATA  800

seq1  AAAGGAATAATAAACAAGGTAGCTGAGGG-TTGTTAAG-CTTGAGTCTCA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||
seq2  AAAGGAATAATAAACAAGGTAGCTGAGGGTTTGTTAAGTCTTGAGTCTCA  850

seq1  GCAGTGTGCACATTCCAAATGCATTGATAACAGGGACTC-TGAG-TAAAT  895
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||| |
seq2  GCAGTGTGCACATTCC-AATGCATTGATAACAGGGACTCTTGAGTTAATT  899

seq1  GGTCAGAGAATGAT-GCCTTAGGCA-TCTTCT--GTTGGAGAAAGTACAA  941
      || ||||||||||| |||||||||| ||||||   |||||||||||||||
seq2  GGCCAGAGAATGATGGCCTTAGGCATTCTTCTTGTTTGGAGAAAGTACAA  949

seq1  -TTAGTGGTAACATGGCA-TGTGTCCCAGAGTCTCTGCCTTCC-TGTGTG  988
       |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TTTAGTGGTTACATGGCATTGTGTCCCAGAGTCTCTGCCTTCCTTGTGTG  999

seq1  CTTATTGT-CCCTAAATATGTTTCTGCAGTTAAGTATA-GGAAT-AAAGG  1035
      |||||| | |||||| |||||||||||||||||| ||| ||||| |||||
seq2  CTTATTTTCCCCTAATTATGTTTCTGCAGTTAAG-ATATGGAATAAAAGG  1048

seq1  TGGTGTGAAATCTTGGGCTAA--CTTCCATAAACC--TGTAGTG  1075
      ||||||| |||||||||| ||  || |||||||||   ||||||
seq2  TGGTGTGGAATCTTGGGCCAACTCTCCCATAAACCCGGGTAGTG  1092