BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-111E18
Chromosome7 (Build37)1 (Build37)
Map Location 55,944,146 - 55,944,91890,705,466 - 90,706,503
singlet/doubletsingletsinglet
Overlap genenone
Upstream geneMrgprc3-ps, EG435977, EG619792, Mrgprc7-ps, Mrgpra18-ps, EG435978, Mrgprc2-ps, Mrgpra4, Mrgprx1, Mrgprb7-ps, Mrgprb12-ps, EG270335, Mrgprb5, Mrgprb4, Mrgprb13, Mrgprb8, Mrgprb1, Mrgprx2, Mrgprb2, Mrgprb9-ps, Mrgprb3, EG639116
Downstream geneZdhhc13, Csrp3, E2f8, LOC100040465, 9130015G15Rik, 5330421F07Rik, Dbx1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-111E18.bB6Ng01-111E18.g
ACCDH917676DH917677
length7751,043
definitionDH917676|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-111E18, 5' end.DH917677|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-111E18, 3' end.
singlet/doubletsingletsinglet
BLAST hituniqueunique
Map location.(55,944,146 - 55,944,918)(90,705,466 - 90,706,503)
sequence
gaattcagttttactatagtccatatgatatctctaatcttaaatttttg
atctgaattctaatgctaagcaattattccttcatatggagtgagtttca
agtctaatcaaagtgcagttagttaccttcatcactatattaccactata
gtgtgtatgttacctgactgtgttgtctcatagattacagaatacatagc
cgagtaaggaaacacacacacacacacacacacacggctcctcaaagcag
cttcccccagatacataaagtagctccctgcaaactaatttttttaacaa
taaattatgtcttaaagtttagttacaaggtagtaggtttgtccatactc
tttgttctaattaaccctcgtcatctctcattatttgtctattcttccac
ccctccactgtgtaaatcttttagccctcaaactcgtctttgtactttca
cactttcttcattccattcttttgcctccattaaggctccctcttcctaa
gacctctttctagtgtccttgttttcatgggcaatcatagaagaacacaa
aaattagagatttcaagttaacattcacataaagagactatatagcattt
gcctttttgttgttcttggggtttatacctcaatgtaaaatttccagtaa
tagccctttacatgaaaatttcacaatataatttgtcttttgcagtacaa
tgaaattccgtggcttatatgcacatatttaattgtccaatcatcagttg
ggtgaacatccttggctaaataata
gaattccacaaaacaacccacaagggatgctcttgcagtgctgctgctgg
ccagggtcttctgagggctaagcaaatgggatatagcttttaatatgcat
gcttttcagcttaggctaggttggctgggatactaacccatccttagtca
aggaacatctgttggtcagatttcttccacaatgcttgaccttggattct
tggttcaaagcctacttggttgtgtggtgggagagtaagggctggaaaga
gctgtagcaagattcacacatggggccctcaggttggctcagtgggtaaa
ggcacttgtttatcaaacaggtgacctagttcaaccttatgggacccatg
gaaaggtggagggagggagccgactccacagatttgtcctttgacctcca
cggattcaagtcatgcccccacccccgtacagtatgtgcacagtgcatac
aataataataaaattaatgtttaaaagattaacatgtgaaatcagctagt
tggcagaggactggaaattcacactgagaagagcccacatgacacacatg
taagaagaggtggtgtgtgctatgtggttgacctataaagggatcatagg
actcctgacccagtgcttctgagttgaagctctcctcagtcactagccca
ctcctatttccaggaacgctttccttttcttaataaactgtctttaattc
tgtttctagttatgtgttcctggaacaaacctttgtcctggggatacaag
gacctatagacatcaagcaggcacccctggagactcagatcacagcttct
cccacgtcttacactggtaaactatatggaccggaacagagtaggtgatg
gagacagctcaacacaagtagggttgcctaccattggccatttagtgctt
caacatcacactggtatttaagaatctccagttttagtaacttgtgaagg
gcaatacattggtaccagcatggtactaatatggatctgtcaacaagtgc
tatttcgaataaaatcccttgggaaaactttaattcacacagt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_55944146_55944918
seq2: B6Ng01-111E18.b_47_821 (reverse)

seq1  TATTAATTAGCCAA-GATGTTCA-CCAACTGATGATTGGACAATTAAATA  48
      ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTATTTAGCCAAGGATGTTCACCCAACTGATGATTGGACAATTAAATA  50

seq1  TTGTGCATATAAGCAACGGAATTTCATTGTACTGC-AAAGACAAATTATA  97
       ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  -TGTGCATATAAGCCACGGAATTTCATTGTACTGCAAAAGACAAATTATA  99

seq1  TTGTGAAATTTTCATGTAAAGGGCTATTACTGGAAATTTTACATTGAGGT  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGAAATTTTCATGTAAAGGGCTATTACTGGAAATTTTACATTGAGGT  149

seq1  ATAAACCCCAAGAACAACAAAAAGGCAAATGCTATATAGTCTCTTTATGT  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAACCCCAAGAACAACAAAAAGGCAAATGCTATATAGTCTCTTTATGT  199

seq1  GAATGTTAACTTGAAATCTCTAATTTTTGTGTTCTTCTATGATTGCCCAT  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGTTAACTTGAAATCTCTAATTTTTGTGTTCTTCTATGATTGCCCAT  249

seq1  GAAAACAAGGACACTAGAAAGAGGTCTTAGGAAGAGGGAGCCTTAATGGA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAACAAGGACACTAGAAAGAGGTCTTAGGAAGAGGGAGCCTTAATGGA  299

seq1  GGCAAAAGAATGGAATGAAGAAAGTGTGAAAGTACAAAGACGAGTTTGAG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAAAGAATGGAATGAAGAAAGTGTGAAAGTACAAAGACGAGTTTGAG  349

seq1  GGCTAAAAGATTTACACAGTGGAGGGGTGGAAGAATAGACAAATAATGAG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTAAAAGATTTACACAGTGGAGGGGTGGAAGAATAGACAAATAATGAG  399

seq1  AGATGACGAGGGTTAATTAGAACAAAGAGTATGGACAAACCTACTACCTT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGACGAGGGTTAATTAGAACAAAGAGTATGGACAAACCTACTACCTT  449

seq1  GTAACTAAACTTTAAGACATAATTTATTGTTAAAAAAATTAGTTTGCAGG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACTAAACTTTAAGACATAATTTATTGTTAAAAAAATTAGTTTGCAGG  499

seq1  GAGCTACTTTATGTATCTGGGGGAAGCTGCTTTGAGGAGCCGTGTGTGTG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTACTTTATGTATCTGGGGGAAGCTGCTTTGAGGAGCCGTGTGTGTG  549

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTTTCCTTACTCGGCTATGTATTCTGTAATCTATGAG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTTTCCTTACTCGGCTATGTATTCTGTAATCTATGAG  599

seq1  ACAACACAGTCAGGTAACATACACACTATAGTGGTAATATAGTGATGAAG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACACAGTCAGGTAACATACACACTATAGTGGTAATATAGTGATGAAG  649

seq1  GTAACTAACTGCACTTTGATTAGACTTGAAACTCACTCCATATGAAGGAA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACTAACTGCACTTTGATTAGACTTGAAACTCACTCCATATGAAGGAA  699

seq1  TAATTGCTTAGCATTAGAATTCAGATCAAAAATTTAAGATTAGAGATATC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTGCTTAGCATTAGAATTCAGATCAAAAATTTAAGATTAGAGATATC  749

seq1  ATATGGACTATAGTAAAACTGAATTC  773
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGGACTATAGTAAAACTGAATTC  775

seq1: chr1_90705466_90706503
seq2: B6Ng01-111E18.g_67_1109 (reverse)

seq1  ACTGT-TGAATTAAAGTTTTCCC-AGGGATTTTTTTCGAA--TGACCTTG  46
      ||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||   |  ||||
seq2  ACTGTGTGAATTAAAGTTTTCCCAAGGGATTTTATTCGAAATAGCACTTG  50

seq1  -TGACAG-TCCTTATTAGTACCATTGCCTGGTAACAATGTATTGCACTTC  94
       |||||| ||| ||||||||||||   |||||| ||||||||||| ||||
seq2  TTGACAGATCCATATTAGTACCAT--GCTGGTACCAATGTATTGCCCTTC  98

seq1  ACAAGTACCTAACACTGGGATTTCTAAAAATACAGTGTGATGTTTGGAGC  144
      ||||||  |||| |||||   |||| |||   |||||||||| ||| |||
seq2  ACAAGTTACTAAAACTGGAGATTCTTAAATACCAGTGTGATG-TTGAAGC  147

seq1  ACTAAATGGCCAATGGGTAGGCAACCCTACTTGTGTTGAGCTGTCTTCAA  194
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || |
seq2  ACTAAATGGCCAAT-GGTAGGCAACCCTACTTGTGTTGAGCTGTC-TCCA  195

seq1  TCACCTACTCTGTTCCGGTCCATATAGTTTACC-GTGTAAGACGTTGGAG  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||
seq2  TCACCTACTCTGTTCCGGTCCATATAGTTTACCAGTGTAAGACGTGGGAG  245

seq1  AAGCTGTGATCTGAGTCT-CAGGGGTGCCTGC-TGATGTCTATAGGTCCT  291
      |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  AAGCTGTGATCTGAGTCTCCAGGGGTGCCTGCTTGATGTCTATAGGTCCT  295

seq1  TGTAT-CCCAGGACAAAGGTTTGTTCCAGGAACACATAACTAGAAACAGA  340
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATCCCCAGGACAAAGGTTTGTTCCAGGAACACATAACTAGAAACAGA  345

seq1  ATTAAAGACAGTTTATTAAGAAAAGGAAAGCGTTCCTGGAAATAGGAGTG  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAAGACAGTTTATTAAGAAAAGGAAAGCGTTCCTGGAAATAGGAGTG  395

seq1  GGCTAGTGACTGAGGAGAGCTTCAACTCAGAAGCACTGGGTCAGGAGTCC  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTAGTGACTGAGGAGAGCTTCAACTCAGAAGCACTGGGTCAGGAGTCC  445

seq1  TATGATCCCTTTATAGGTCAACCACATAGCACACACCACCTCTTCTTACA  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGATCCCTTTATAGGTCAACCACATAGCACACACCACCTCTTCTTACA  495

seq1  TGTGTGTCATGTGGGCTCTTCTCAGTGTGAATTTCCAGTCCTCTGCCAAC  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTCATGTGGGCTCTTCTCAGTGTGAATTTCCAGTCCTCTGCCAAC  545

seq1  TAGCTGATTTCACATGTTAATCTTTTAAACATTAATTTTATTATTATTGT  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTGATTTCACATGTTAATCTTTTAAACATTAATTTTATTATTATTGT  595

seq1  ATGCACTGTGCACATACTGTACGGGGGTGGGGGCATGACTTGAATCCGTG  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCACTGTGCACATACTGTACGGGGGTGGGGGCATGACTTGAATCCGTG  645

seq1  GAGGTCAAAGGACAAATCTGTGGAGTCGGCTCCCTCCCTCCACCTTTCCA  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTCAAAGGACAAATCTGTGGAGTCGGCTCCCTCCCTCCACCTTTCCA  695

seq1  TGGGTCCCATAAGGTTGAACTAGGTCACCTGTTTGATAAACAAGTGCCTT  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTCCCATAAGGTTGAACTAGGTCACCTGTTTGATAAACAAGTGCCTT  745

seq1  TACCCACTGAGCCAACCTGAGGGCCCCATGTGTGAATCTTGCTACAGCTC  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCACTGAGCCAACCTGAGGGCCCCATGTGTGAATCTTGCTACAGCTC  795

seq1  TTTCCAGCCCTTACTCTCCCACCACACAACCAAGTAGGCTTTGAACCAAG  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCAGCCCTTACTCTCCCACCACACAACCAAGTAGGCTTTGAACCAAG  845

seq1  AATCCAAGGTCAAGCATTGTGGAAGAAATCTGACCAACAGATGTTCCTTG  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCAAGGTCAAGCATTGTGGAAGAAATCTGACCAACAGATGTTCCTTG  895

seq1  ACTAAGGATGGGTTAGTATCCCAGCCAACCTAGCCTAAGCTGAAAAGCAT  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAGGATGGGTTAGTATCCCAGCCAACCTAGCCTAAGCTGAAAAGCAT  945

seq1  GCATATTAAAAGCTATATCCCATTTGCTTAGCCCTCAGAAGACCCTGGCC  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATATTAAAAGCTATATCCCATTTGCTTAGCCCTCAGAAGACCCTGGCC  995

seq1  AGCAGCAGCACTGCAAGAGCATCCCTTGTGGGTTGTTTTGTGGAATTC  1038
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGCAGCACTGCAAGAGCATCCCTTGTGGGTTGTTTTGTGGAATTC  1043