BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-112E07
Chromosome1 (Build37)
Map Location 129,650,521 - 129,830,521
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAcmsd, Ccnt2, Ysk4, Rab3gap1
Upstream geneE030049G20Rik, LOC383559, Mgat5, LOC667090, Tmem163
Downstream geneZranb3, LOC666778, LOC100042670, EG666784, R3hdm1, LOC667109, LOC100042111, Ubxd2, Lct, Mcm6, Dars, LOC620659, Cxcr4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-112E07.bB6Ng01-112E07.g
ACCDH918375DH918376
length1,012667
definitionDH918375|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-112E07, 5' end.DH918376|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-112E07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(129,829,524 - 129,830,521)(129,650,521 - 129,651,186)
sequence
gaattcagtaccaactctgcctacatgagacctaattcaactttctcctt
tctactcaatatcaaaagacaacaacatttctgttctagttgggtttctg
ttgccatggcaatgctaaccaaaaccaactaaaggaaagggtttatctta
taactttcaagtcaagaccatcgctgagggaagtcagaacagatactcag
gagaacttagaggcaggaactgaagctaacacttaggctatggagggagg
ttctttgctgcttgctctccatgccttgctcagcctgcttctttatacaa
cctgctagagatagtgtcatccaatgggtttcctgacatcaatcattaac
taagaaaatgtcctatggacttgtctacaggctagtctgatggaggcaat
tcctccagtgagatttcctcttcccaggtgtctcgtttgtctcacattga
caaacattaatcaggacaatattgattattctatgaacatataatacaaa
tggttccatttattaatttaattattgtatgtgaacccatgatacatcaa
gtgaagggaattacataaaataatcacatgcaatgctggtgaggatacac
atccatcctatcgatcactacatacttactttatgcttatacactttata
cttacatacttctacacttatatacttagcttatgcttgtacacttagtt
tatacttatatacttatacacttagagacttaacccttagtttaataata
gctactaaaacatttcaagatataaaaccagtcaattacattgacaaatg
cttaggttcatcaaaagtcgaggaaatagccaggcatggtagtgcatacc
ttttaatcccagcacttgggaaacaagagaaacagatctctatagtttgg
gacaaccttatctacaaagtgagttaagtgactttcgaccagacaaggct
actaggaagactttcttaaatgattgtagatagatagtagaatgatgatg
gtaggtagatag
gaattctgttctgtgaggggaaagaaattatgattagattgagagtaata
acggctactgttgattgggtatatgtctttcaggcctctttcagatagct
tggctaatctgaacttcttctaggcagcttagcttgtctgagagagtttc
tcagtagtctttattgtttatatatgtttaggggaggggcctagtgtata
tggtcagtttcagggacttcctgagtttacccaggttgcctgtaggatga
actgttttcccttcctttacagtatcttgtgtctggatgactttactttc
aaaatggaaagtttcacttctcttttaatatcatgcatcttaataagctt
ctctgcatgtttcacctaaaatattccacttaaaacatcccatgtcttaa
ggcgcttccctccaagatggaggttttatctataatgaatttgctagaaa
caaataacaacaacacacactggtgaggctacaaaaaccacaaaactcac
acacatgcacgcacgagctgatgtgttttataaaaaagagagccaggata
tgtttgatagaacatggtgtggtgaggtgggaggggtgcctccgtgggcc
catgctgaaaatcccttccccctgagggaccatctatatgatggatcttt
ttatagaaatagagctt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_129829524_129830521
seq2: B6Ng01-112E07.b_43_1054 (reverse)

seq1  CTATCTATCTA-------------TCTATCTATCTA-----TTTTAAGAA  32
      ||||||| |||              |||||||||||      ||||||||
seq2  CTATCTACCTACCATCATCATTCTACTATCTATCTACAATCATTTAAGAA  50

seq1  AGTGCTTCCTATGTAGCCTTGTCTGGTCTGAAAGTCACTTAACTCACTTT  82
      ||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  AGT-CTTCCTA-GTAGCCTTGTCTGGTC-GAAAGTCACTTAACTCACTTT  97

seq1  GTAGATAAGGTTGTCCCAAACTATTAGAGATCTGTTTGCTCTTGTTTCCC  132
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GTAGATAAGGTTGTCCCAAACTA-TAGAGATCTGTTT-CTCTTGTTTCCC  145

seq1  AAGTGCTGGGATT-AAAGGTATGCACTACCATGCCTGGCTATTTCCTCGA  181
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGCTGGGATTAAAAGGTATGCACTACCATGCCTGGCTATTTCCTCGA  195

seq1  CTTTTGATGAACCTAAGCATTTGTCAATGTAATTGACTGGTTTTATATCT  231
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTGATGAACCTAAGCATTTGTCAATGTAATTGACTGGTTTTATATCT  245

seq1  TGAAATGTTTTAGTAGCTATTATTAAACTAAGGGTTAAGTCTCTAAGTGT  281
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATGTTTTAGTAGCTATTATTAAACTAAGGGTTAAGTCTCTAAGTGT  295

seq1  ATAAGTATATAAGTATAAACTAAGTGTACAAGCATAAGCTAAGTATATAA  331
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGTATATAAGTATAAACTAAGTGTACAAGCATAAGCTAAGTATATAA  345

seq1  GTGTAGAAGTATGTAAGTATAAAGTGTATAAGCATAAAGTAAGTATGTAG  381
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTAGAAGTATGTAAGTATAAAGTGTATAAGCATAAAGTAAGTATGTAG  395

seq1  TGATCGATAGGATGGATGTGTATCCTCACCAGCATTGCATGTGATTATTT  431
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCGATAGGATGGATGTGTATCCTCACCAGCATTGCATGTGATTATTT  445

seq1  TATGTAATTCCCTTCACTTGATGTATCATGGGTTCACATACAATAATTAA  481
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTAATTCCCTTCACTTGATGTATCATGGGTTCACATACAATAATTAA  495

seq1  ATTAATAAATGGAACCATTTGTATTATATGTTCATAGAATAATCAATATT  531
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAATAAATGGAACCATTTGTATTATATGTTCATAGAATAATCAATATT  545

seq1  GTCCTGATTAATGTTTGTCAATGTGAGACAAACGAGACACCTGGGAAGAG  581
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTGATTAATGTTTGTCAATGTGAGACAAACGAGACACCTGGGAAGAG  595

seq1  GAAATCTCACTGGAGGAATTGCCTCCATCAGACTAGCCTGTAGACAAGTC  631
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATCTCACTGGAGGAATTGCCTCCATCAGACTAGCCTGTAGACAAGTC  645

seq1  CATAGGACATTTTCTTAGTTAATGATTGATGTCAGGAAACCCATTGGATG  681
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGGACATTTTCTTAGTTAATGATTGATGTCAGGAAACCCATTGGATG  695

seq1  ACACTATCTCTAGCAGGTTGTATAAAGAAGCAGGCTGAGCAAGGCATGGA  731
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTATCTCTAGCAGGTTGTATAAAGAAGCAGGCTGAGCAAGGCATGGA  745

seq1  GAGCAAGCAGCAAAGAACCTCCCTCCATAGCCTAAGTGTTAGCTTCAGTT  781
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAAGCAGCAAAGAACCTCCCTCCATAGCCTAAGTGTTAGCTTCAGTT  795

seq1  CCTGCCTCTAAGTTCTCCTGAGTATCTGTTCTGACTTCCCTCAGCGATGG  831
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCCTCTAAGTTCTCCTGAGTATCTGTTCTGACTTCCCTCAGCGATGG  845

seq1  TCTTGACTTGAAAGTTATAAGATAAACCCTTTCCTTTAGTTGGTTTTGGT  881
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGACTTGAAAGTTATAAGATAAACCCTTTCCTTTAGTTGGTTTTGGT  895

seq1  TAGCATTGCCATGGCAACAGAAACCCAACTAGAACAGAAATGTTGTTGTC  931
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCATTGCCATGGCAACAGAAACCCAACTAGAACAGAAATGTTGTTGTC  945

seq1  TTTTGATATTGAGTAGAAAGGAGAAAGTTGAATTAGGTCTCATGTAGGCA  981
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGATATTGAGTAGAAAGGAGAAAGTTGAATTAGGTCTCATGTAGGCA  995

seq1  GAGTTGGTACTGAATTC  998
      |||||||||||||||||
seq2  GAGTTGGTACTGAATTC  1012

seq1: chr1_129650521_129651186
seq2: B6Ng01-112E07.g_66_732

seq1  GAATTCTGTTCTGTGAGGGGAAAGAAATTATGATTAGATTGAGAGTAATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTTCTGTGAGGGGAAAGAAATTATGATTAGATTGAGAGTAATA  50

seq1  ACGGCTACTGTTGATTGGGTATATGTCTTTCAGGCCTCTTTCAGATAGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGCTACTGTTGATTGGGTATATGTCTTTCAGGCCTCTTTCAGATAGCT  100

seq1  TGGCTAATCTGAACTTCTTCTAGGCAGCTTAGCTTGTCTGAGAGAGTTTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTAATCTGAACTTCTTCTAGGCAGCTTAGCTTGTCTGAGAGAGTTTC  150

seq1  TCAGTAGTCTTTATTGTTTATATATGTTTAGGGGAGGGGCCTAGTGTATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTAGTCTTTATTGTTTATATATGTTTAGGGGAGGGGCCTAGTGTATA  200

seq1  TGGTCAGTTTCAGGGACTTCCTGAGTTTACCCAGGTTGCCTGTAGGATGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCAGTTTCAGGGACTTCCTGAGTTTACCCAGGTTGCCTGTAGGATGA  250

seq1  ACTGTTTTCCCTTCCTTTACAGTATCTTGTGTCTGGATGACTTTACTTTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTTTTCCCTTCCTTTACAGTATCTTGTGTCTGGATGACTTTACTTTC  300

seq1  AAAATGGAAAGTTTCACTTCTCTTTTAATATCATGCATCTTAATAAGCTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGGAAAGTTTCACTTCTCTTTTAATATCATGCATCTTAATAAGCTT  350

seq1  CTCTGCATGTTTCACCTAAAATATTCCACTTAAAACATCCCATGTCTTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGCATGTTTCACCTAAAATATTCCACTTAAAACATCCCATGTCTTAA  400

seq1  GGCGCTTCCCTCCAAGATGGAGGTTTTATCTATAATGAATTTGCTAGAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCGCTTCCCTCCAAGATGGAGGTTTTATCTATAATGAATTTGCTAGAAA  450

seq1  CAAATAACAACAACACACACTGGTGAGGCTACAAAAACCACAAAACTCAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATAACAACAACACACACTGGTGAGGCTACAAAAACCACAAAACTCAC  500

seq1  ACACATGCACGCACGAGCTGATGTGTTTTATAAAAAAGAGAGCCAGGATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATGCACGCACGAGCTGATGTGTTTTATAAAAAAGAGAGCCAGGATA  550

seq1  TGTTTGATAGAACATGGTGTGGTGAGGTGGGAGGGGTGCCTCAGTGGGCC  600
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TGTTTGATAGAACATGGTGTGGTGAGGTGGGAGGGGTGCCTCCGTGGGCC  600

seq1  CATGCTGAGACATCCCTTCCCCCTGAGGGACCAGCTATATGATGGAT-TT  649
      |||||||| | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||
seq2  CATGCTGA-AAATCCCTTCCCCCTGAGGGACCATCTATATGATGGATCTT  649

seq1  AGTATAG-AATAGAGTTT  666
        ||||| ||||||| ||
seq2  TTTATAGAAATAGAGCTT  667