BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-112O20
Chromosome1 (Build37)
Map Location 141,082,972 - 141,188,272
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCrb1
Upstream geneLOC100042596, Atp6v1g3, LOC100042600, Nek7, LOC545363, LOC667745, Lhx9, 2310009B15Rik, 1700019P21Rik, LOC100042623, Dennd1b
Downstream geneZbtb41, Aspm, F13b, Cfhr1, EG624286, EG214403, BC026782, LOC545399, EG545367, Cfh, Kcnt2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-112O20.bB6Ng01-112O20.g
ACCDH918856DH918857
length1,0801,159
definitionDH918856|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-112O20, 5' end.DH918857|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-112O20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(141,187,189 - 141,188,272)(141,082,972 - 141,084,121)
sequence
gaattctttaacacacaatgcctgctcctaaaatcagtggggaagggaag
ggattcctcagaccctccccatgtatagtgagggctgcctctttattttg
acctcaatatctccctggaacatagtttaccgttcctgctggacataatt
gacaaacagattcacccaatatgtaagaccgggaacacaaagatacttct
ccaaagaaatgtcttgccatcatgaaataattgcctcagtatcttttctg
agatctaccttcacactccagcaagaataaaatctactaaacaaaccagt
agatctgatatttgagtcatcactcttaaaccccgagaaaccataagtta
acgtcagctttgtgggtgttcatataagtgacaccttgtgacagtcctgg
ataatgtctaataggtaggcacctgcttcctctggtttactctcatccaa
cttttaagatgttaatgagttgaatattcagtattggctctggcttgcct
tgatgcagactgtcggggaacatcacctggacagcaatgctgtcccagca
ttgtacactggagaagtgagagtagtttcctgtaatttaatatcatttaa
tagggaaatgagaggagactaaactattcctatatatacctcagtcaatc
attttcttcagtgacactacttcatctgtattttatagggtcgttaaaga
cataataaagacactggcataaatgtcaataagtagtcggctttcatcca
taaggtattaactttaggtcaggatttttccatgatagctgaaaaagttt
tatctccatggaaaatttaggcaaaccttaatctgtgttcaacttaaaat
gtttctcgttaaggttacttagtcttgtcctgtgaaataaatcctgccag
tgtaatactgtttaatttgatcaaaccaagaaccatataaatgagtaaag
acctaaagttataataaacatggatttccaggtgacaacctaactcattg
caatagtaattaaggatactatttattttttttaaacgcaaaacttttca
tagccaccttatctaacattaggaatttac
gaattctgtacaaatttgaccctaagcacactgtgatgcaggttgtgata
ctgtcttggtgaggtagctgttctaagtggcatcaacagcagtgctgaat
ttcaatctcattacttgcatcatcttctctcgtttgtcttcactgcccca
tcttccagattgaatttttaaaaaatgttttcctgcttgtcacactttaa
atgtcaacaggctagtgtttatataattggcttttcctttctctttcttt
tcaatttattacaccctcccttaacatgagaacatttcttctgctctgga
cagtaagaaacaaaacaaaaacctttctggataattaactattcaacttc
attcagaaacatctatgtcttgtgcaatcttttccttcaaggcaagattg
tgttaccaaatttgatttcaatcaattgtattgtgcttaggataaaatga
aagacgttttgtgattggttttcattcctctatctttgagactagcatgt
aaatgggcaaaatagttctaataacaatcacggggcaacattattgtttt
ttgtttcttttacaaccatcttttttatattccaacaaatgactggatgt
cttttaaatgtacattttgaattctgtctatagcaggtattgttttaagt
ctccaaggtctgggcatcgtagaagttatatgttgttgttaaaggagtga
cttgggaaatttttcctagaccaccaaagccccacagctgattcagcttc
agcaatctgatacatagaacatgagagctatagaaattaggggagatgtc
caaaggcttctagctaggagtgtttgcctgacactttgaaggtgaccaag
aacctgagactagataaaacatgggcctatggagacagccacatactatt
gttctgctaaaagggatatagcagtactagcaacttcctactatgcctat
agatctgtgtctcacctgctcagccatgatcagagaagcttcctcttgca
gtcgatgaggatcaacataggagacttacactggacagttgttggaggaa
atgacagaacttcagatcatctgtcctaaaatggggtggtctttcaatta
tccccttcccccccagggatcaggaactagtagaaacagaagggacaaag
gtatgtatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_141187189_141188272
seq2: B6Ng01-112O20.b_47_1126 (reverse)

seq1  GTAAATTTCTAATGTTAGATAA-GTGGCTATGAAAAGTTTTGCGTTT-AA  48
      ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GTAAATTCCTAATGTTAGATAAGGTGGCTATGAAAAGTTTTGCGTTTAAA  50

seq1  AAAAATAAATAGTATTCTTTATTACTATTGCAATGAGTTAGGTTGTCACC  98
      ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATAAATAGTATCCTTAATTACTATTGCAATGAGTTAGGTTGTCACC  100

seq1  TGGAAATCCATGTTTATTTATATACTTTTATGTCTTTACTCATTTTATAT  148
      |||||||||||||||||   ||||  |||| ||||||||||| |||||||
seq2  TGGAAATCCATGTTTAT---TATAACTTTAGGTCTTTACTCA-TTTATAT  146

seq1  AGGTTCTTGGTTTGATCAAATTAAACAGTATTACACTGGCAGGATTTATT  198
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -GGTTCTTGGTTTGATCAAATTAAACAGTATTACACTGGCAGGATTTATT  195

seq1  TCACAGGACAAGACTAAGTAACCTTAACGAGAAAACATTTTAAGTTGAAC  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TCACAGGACAAGACTAAGTAACCTTAACGAG-AAACATTTTAAGTTGAAC  244

seq1  ACAGATTAAGGTTTGCCTAAATTTTCCATGGAGATAAAACTTTTTCAGCT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGATTAAGGTTTGCCTAAATTTTCCATGGAGATAAAACTTTTTCAGCT  294

seq1  ATCATGGAAAAATCCTGACCTAAAGTTAATACCTTATGGATGAAAGCCGA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATGGAAAAATCCTGACCTAAAGTTAATACCTTATGGATGAAAGCCGA  344

seq1  CTACTTATTGACATTTATGCCAGTGTCTTTATTATGTCTTTAACGACCCT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTTATTGACATTTATGCCAGTGTCTTTATTATGTCTTTAACGACCCT  394

seq1  ATAAAATACAGATGAAGTAGTGTCACTGAAGAAAATGATTGACTGAGGTA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAATACAGATGAAGTAGTGTCACTGAAGAAAATGATTGACTGAGGTA  444

seq1  TATATAGGAATAGTTTAGTCTCCTCTCATTTCCCTATTAAATGATATTAA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATAGGAATAGTTTAGTCTCCTCTCATTTCCCTATTAAATGATATTAA  494

seq1  ATTACAGGAAACTACTCTCACTTCTCCAGTGTACAATGCTGGGACAGCAT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACAGGAAACTACTCTCACTTCTCCAGTGTACAATGCTGGGACAGCAT  544

seq1  TGCTGTCCAGGTGATGTTCCCCGACAGTCTGCATCAAGGCAAGCCAGAGC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGTCCAGGTGATGTTCCCCGACAGTCTGCATCAAGGCAAGCCAGAGC  594

seq1  CAATACTGAATATTCAACTCATTAACATCTTAAAAGTTGGATGAGAGTAA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATACTGAATATTCAACTCATTAACATCTTAAAAGTTGGATGAGAGTAA  644

seq1  ACCAGAGGAAGCAGGTGCCTACCTATTAGACATTATCCAGGACTGTCACA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGAGGAAGCAGGTGCCTACCTATTAGACATTATCCAGGACTGTCACA  694

seq1  AGGTGTCACTTATATGAACACCCACAAAGCTGACGTTAACTTATGGTTTC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGTCACTTATATGAACACCCACAAAGCTGACGTTAACTTATGGTTTC  744

seq1  TCGGGGTTTAAGAGTGATGACTCAAATATCAGATCTACTGGTTTGTTTAG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGGGTTTAAGAGTGATGACTCAAATATCAGATCTACTGGTTTGTTTAG  794

seq1  TAGATTTTATTCTTGCTGGAGTGTGAAGGTAGATCTCAGAAAAGATACTG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATTTTATTCTTGCTGGAGTGTGAAGGTAGATCTCAGAAAAGATACTG  844

seq1  AGGCAATTATTTCATGATGGCAAGACATTTCTTTGGAGAAGTATCTTTGT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAATTATTTCATGATGGCAAGACATTTCTTTGGAGAAGTATCTTTGT  894

seq1  GTTCCCGGTCTTACATATTGGGTGAATCTGTTTGTCAATTATGTCCAGCA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCCGGTCTTACATATTGGGTGAATCTGTTTGTCAATTATGTCCAGCA  944

seq1  GGAACGGTAAACTATGTTCCAGGGAGATATTGAGGTCAAAATAAAGAGGC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACGGTAAACTATGTTCCAGGGAGATATTGAGGTCAAAATAAAGAGGC  994

seq1  AGCCCTCACTATACATGGGGAGGGTCTGAGGAATCCCTTCCCTTCCCCAC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCTCACTATACATGGGGAGGGTCTGAGGAATCCCTTCCCTTCCCCAC  1044

seq1  TGATTTTAGGAGCAGGCATTGTGTGTTAAAGAATTC  1084
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTTTAGGAGCAGGCATTGTGTGTTAAAGAATTC  1080

seq1: chr1_141082972_141084121
seq2: B6Ng01-112O20.g_68_1226

seq1  GAATTCTGTACAAATTTGACCCTAAGCACACTGTGATGCAGGTTGTGATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTACAAATTTGACCCTAAGCACACTGTGATGCAGGTTGTGATA  50

seq1  CTGTCTTGGTGAGGTAGCTGTTCTAAGTGGCATCAACAGCAGTGCTGAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTTGGTGAGGTAGCTGTTCTAAGTGGCATCAACAGCAGTGCTGAAT  100

seq1  TTCAATCTCATTACTTGCATCATCTTCTCTCGTTTGTCTTCACTGCCCCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAATCTCATTACTTGCATCATCTTCTCTCGTTTGTCTTCACTGCCCCA  150

seq1  TCTTCCAGATTGAATTTTTAAAAAATGTTTTCCTGCTTGTCACACTTTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCAGATTGAATTTTTAAAAAATGTTTTCCTGCTTGTCACACTTTAA  200

seq1  ATGTCAACAGGCTAGTGTTTATATAATTGGCTTTTCCTTTCTCTTTCTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCAACAGGCTAGTGTTTATATAATTGGCTTTTCCTTTCTCTTTCTTT  250

seq1  TCAATTTATTACACCCTCCCTTAACATGAGAACATTTCTTCTGCTCTGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATTTATTACACCCTCCCTTAACATGAGAACATTTCTTCTGCTCTGGA  300

seq1  CAGTAAGAAACAAAACAAAAACCTTTCTGGATAATTAACTATTCAACTTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAAGAAACAAAACAAAAACCTTTCTGGATAATTAACTATTCAACTTC  350

seq1  ATTCAGAAACATCTATGTCTTGTGCAATCTTTTCCTTCAAGGCAAGATTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAGAAACATCTATGTCTTGTGCAATCTTTTCCTTCAAGGCAAGATTG  400

seq1  TGTTACCAAATTTGATTTCAATCAATTGTATTGTGCTTAGGATAAAATGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTACCAAATTTGATTTCAATCAATTGTATTGTGCTTAGGATAAAATGA  450

seq1  AAGACGTTTTGTGATTGGTTTTCATTCCTCTATCTTTGAGACTAGCATGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACGTTTTGTGATTGGTTTTCATTCCTCTATCTTTGAGACTAGCATGT  500

seq1  AAATGGGCAAAATAGTTCTAATAACAATCACGGGGCAACATTATTGTTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGGGCAAAATAGTTCTAATAACAATCACGGGGCAACATTATTGTTTT  550

seq1  TTGTTTCTTTTACAACCATCTTTTTTATATTCCAACAAATGACTGGATGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTCTTTTACAACCATCTTTTTTATATTCCAACAAATGACTGGATGT  600

seq1  CTTTTAAATGTACATTTTGAATTCTGTCTATAGCAGGTATTGTTTTAAGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTAAATGTACATTTTGAATTCTGTCTATAGCAGGTATTGTTTTAAGT  650

seq1  CTCCAAGGTCTGGGCATCGTAGAAGTTATATGTTGTTGTTAAAGGAGTGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAAGGTCTGGGCATCGTAGAAGTTATATGTTGTTGTTAAAGGAGTGA  700

seq1  CTTGGGAAATTTTTCCTAGACCACCAAAGCCCCACAGCTGATTCAGCTTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGGAAATTTTTCCTAGACCACCAAAGCCCCACAGCTGATTCAGCTTC  750

seq1  AGCAATCTGATACATAGAACATGAGAGCTATAGAAATTAGGGGAGATGTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAATCTGATACATAGAACATGAGAGCTATAGAAATTAGGGGAGATGTC  800

seq1  CAAAGGCTTCTAGCTAGGAGTGTTTGCCTGACACTTTGAAGGTGACCAAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGGCTTCTAGCTAGGAGTGTTTGCCTGACACTTTGAAGGTGACCAAG  850

seq1  AACCTGAGACTAGATAAAACATGGGCCTATGGAGACAGCCACATACTATT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTGAGACTAGATAAAACATGGGCCTATGGAGACAGCCACATACTATT  900

seq1  GTTCTGCT-AAAGGGATATAGCAGTACTAGCAACTTCCTACTATGCCTAT  949
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTGCTAAAAGGGATATAGCAGTACTAGCAACTTCCTACTATGCCTAT  950

seq1  AGATCTGTGTCTCACCTGCTCAGCCATGATCAGAGAAGCTTCCTCTTGCA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCTGTGTCTCACCTGCTCAGCCATGATCAGAGAAGCTTCCTCTTGCA  1000

seq1  GTCGATGAGAATCAACATA-GAGACCTACAACTGGACAGT--GTGGA-GA  1045
      ||||||||| ||||||||| ||||| ||| ||||||||||   |||| ||
seq2  GTCGATGAGGATCAACATAGGAGACTTAC-ACTGGACAGTTGTTGGAGGA  1049

seq1  GATGACAG-ACTTCAGATCATTCTGTCCT-AAATAGGGT-GTCTT--CAT  1090
       ||||||| ||||||||||| |||||||| |||| |||| |||||   ||
seq2  AATGACAGAACTTCAGATCA-TCTGTCCTAAAATGGGGTGGTCTTTCAAT  1098

seq1  TATCCCCT--CCCCTCAGGGATCAGGGAACTATGTAG-AACAGAAGGACA  1137
      ||||||||  |||| ||||||||| ||||||| |||| |||||||||   
seq2  TATCCCCTTCCCCCCCAGGGATCA-GGAACTA-GTAGAAACAGAAGGGAC  1146

seq1  AAAGGTATGTATG  1150
      |||||||||||||
seq2  AAAGGTATGTATG  1159