BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-112P09
Chromosome1 (Build37)
Map Location 77,877,634 - 78,046,487
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100039137, Tfdp1-ps, Epha4, LOC100039330
Downstream genePax3, LOC100039210, Sgpp2, LOC100039382, Farsb, Mogat1, Acsl3, Utp14b, LOC620521, Kcne4, LOC100039260, EG545332
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-112P09.bB6Ng01-112P09.g
ACCDH918882DH918883
length9781,016
definitionDH918882|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-112P09, 5' end.DH918883|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-112P09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(78,045,518 - 78,046,487)(77,877,634 - 77,878,654)
sequence
gaattcttaaggagaaacatgctgttgatcggtattgcctatgacattaa
gaatgctatctatgggatataaatatatttactagtttaaaaacataaat
ctatgagtcaaattcttggatgtctgtggctgtactatagatcttatatg
acttaaagaaacgaattttaatctgaaggacatcaactgctagctccgga
cttctgctcatctgtagctcaaattctttctaaaatttcagatcatgcct
tatttcatctaaacaatattaatatcttgtattcttgagtgatgtccctt
tcaactaggactcctcctcaccaaagctgcactgttcttctaatgtgtgc
catccattagtattgtaaccagccttctagattcttttccatttcacttt
tgtataacagtcttttagagtttaggatatatattgctagggtatttttt
ttttttgctaaaaaaagatataaaaataaataaagatggtgtttctctaa
tacttccaagaagttttccgtttcatgtcacctagccataattacttagc
tctagttaagaggagagcactgtcatgaatgaagaagcatgtggtattta
aagagtaactgctgtgctgcaggtaccacactgttcacatacctaatcct
ctacagttaacagtctacagcaactgggtctcatcatctctaccttatcc
tggagaaatgtgagactcagagaattgaagcactctcccagggaagaagt
tgattcctatcttggttttatcctttccgtgattccaaagtctagattct
tatttttctatggttcaatgccaccttagattttaaattgaagacatagt
ttttgaagtttgcaggctgtgacaatggaatgttctattttttatgtcct
cccaagccttaattcagctcttctgagattctggaggctcaatgagtggc
taccccattgaaaaaaaaaccaaagaaa
gaattccagggctacacagagaaaccctgtctcaaaaaaaaatcaataga
tagataataggtagataggtagagagagagagagagagagagagagagag
agagagagagatagactgtacatccagccagaaaggaaaacctagaccat
aataggagctcaaacaactcaatggcataaaaaaatatataaatggaaag
tgatctaaacaaagatctctcaaaaatacatatacaaatgatcaatgggc
atactacaaagtattcaatatcattagtcataaaagaaatgtaaatcaga
accataatgaggctctatgtcacaccagataaaatagctacaaccacaaa
aaaattaagaaagggagattcttatatactgctggtagggattcagattc
ataaagtcattcccaaaacagtagaaaagaacctcaaacactaaaactag
agccattgtaagctcctcaaaccaagtgaaagagctactcccattcccat
gttcactgtggtactattcataagagctgagaaatggatccacagagcag
tctgtcagtgaataagtggacaaggggaatatagaacatacacaaacaca
aatattaaaaaaataaaaacagaaagaaaggttatgacatggatgaaagt
ggggtgcatatgctagggcacagaaagacaaaccctgcatggtctcactc
ggctgttaaagcccgaaaagataaagtggtggttagagatgacaataaag
ggtgtagagatggacggtgaaccaaatggagtgggtcagggctaattggt
gagcacaaagccacagtaacagcaaaagtcagccaagagataacagaatg
gagaaaaacttattaccagcagcagcaaggagatcagaggagaaatttcc
aaaacaatgtcctccccacaagcatggggtctatctgtggtccctatatg
tgacttatattggaagcactgtgaaagatgcccaatccctacaggtcagt
ttcagatgtgcctctc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_78045518_78046487
seq2: B6Ng01-112P09.b_35_1012 (reverse)

seq1  TTTCTTTGTGTTCTTTTATTCAAT-GGGTAGCCACTCATTGAGCCTCCAG  49
      |||||||| ||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTTG-GTT-TTTTTTTCAATGGGGTAGCCACTCATTGAGCCTCCAG  48

seq1  AATCTCAG-AGAGCTGTACTAAGGCTTGGGAGGACAT-AAAAATAGAACA  97
      |||||||| ||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  AATCTCAGAAGAGCTGAATTAAGGCTTGGGAGGACATAAAAAATAGAACA  98

seq1  TTCCATTGTCACAGCCTGCAAACTTCAAAAACTATGTCTTCAA-TTAAAA  146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TTCCATTGTCACAGCCTGCAAACTTCAAAAACTATGTCTTCAATTTAAAA  148

seq1  TCT-AGGTGGCATTGAACCATAG-AAAATAAGAATCTAGACTTTGGAATC  194
      ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAGGTGGCATTGAACCATAGAAAAATAAGAATCTAGACTTTGGAATC  198

seq1  ACGG-AAGGAT-AAACCAAGATAGGAATCAACTTCTTCCCT-GGAGAGTG  241
      |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  ACGGAAAGGATAAAACCAAGATAGGAATCAACTTCTTCCCTGGGAGAGTG  248

seq1  CTTCAATTCTCTGAGTCTCACATTTCTCCAGGATAAGGTAGAGATGATGA  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAATTCTCTGAGTCTCACATTTCTCCAGGATAAGGTAGAGATGATGA  298

seq1  GACCCAGTTGCTGTAGACTGTTAACTGTAGAGGATTAGGTATGTGAACAG  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCAGTTGCTGTAGACTGTTAACTGTAGAGGATTAGGTATGTGAACAG  348

seq1  TGTGGTACCTGCAGCACAGCAGTTACTCTTTAAATACCACATGCTTCTTC  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGTACCTGCAGCACAGCAGTTACTCTTTAAATACCACATGCTTCTTC  398

seq1  ATTCATGACAGTGCTCTCCTCTTAACTAGAGCTAAGTAATTATGGCTAGG  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCATGACAGTGCTCTCCTCTTAACTAGAGCTAAGTAATTATGGCTAGG  448

seq1  TGACATGAAACGGAAAACTTCTTGGAAGTATTAGAGAAACACCATCTTTA  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATGAAACGGAAAACTTCTTGGAAGTATTAGAGAAACACCATCTTTA  498

seq1  TTTATTTTTATATCTTTTTTTAGCAAAAAAAAAAAATACCCTAGCAATAT  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTTTATATCTTTTTTTAGCAAAAAAAAAAAATACCCTAGCAATAT  548

seq1  ATATCCTAAACTCTAAAAGACTGTTATACAAAAGTGAAATGGAAAAGAAT  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCCTAAACTCTAAAAGACTGTTATACAAAAGTGAAATGGAAAAGAAT  598

seq1  CTAGAAGGCTGGTTACAATACTAATGGATGGCACACATTAGAAGAACAGT  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAAGGCTGGTTACAATACTAATGGATGGCACACATTAGAAGAACAGT  648

seq1  GCAGCTTTGGTGAGGAGGAGTCCTAGTTGAAAGGGACATCACTCAAGAAT  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCTTTGGTGAGGAGGAGTCCTAGTTGAAAGGGACATCACTCAAGAAT  698

seq1  ACAAGATATTAATATTGTTTAGATGAAATAAGGCATGATCTGAAATTTTA  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGATATTAATATTGTTTAGATGAAATAAGGCATGATCTGAAATTTTA  748

seq1  GAAAGAATTTGAGCTACAGATGAGCAGAAGTCCGGAGCTAGCAGTTGATG  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGAATTTGAGCTACAGATGAGCAGAAGTCCGGAGCTAGCAGTTGATG  798

seq1  TCCTTCAGATTAAAATTCGTTTCTTTAAGTCATATAAGATCTATAGTACA  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTCAGATTAAAATTCGTTTCTTTAAGTCATATAAGATCTATAGTACA  848

seq1  GCCACAGACATCCAAGAATTTGACTCATAGATTTATGTTTTTAAACTAGT  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACAGACATCCAAGAATTTGACTCATAGATTTATGTTTTTAAACTAGT  898

seq1  AAATATATTTATATCCCATAGATAGCATTCTTAATGTCATAGGCAATGCC  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  AAATATATTTATATCCCATAGATAGCATTCTTAATGTCATAGGCAATACC  948

seq1  -ATCAACAGCATGTTTCTCCTTAAGAATTC  970
       |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCAACAGCATGTTTCTCCTTAAGAATTC  978

seq1: chr1_77877634_77878654
seq2: B6Ng01-112P09.g_69_1084

seq1  GAATTCCAGGGCTACACAGAGAAACCCTGTCTCAAAAAAAAATCAATAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGGCTACACAGAGAAACCCTGTCTCAAAAAAAAATCAATAGA  50

seq1  TAGATAATAGGTAGATAGGTAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATAATAGGTAGATAGGTAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG  100

seq1  AGAGAGAGAGATAGACTGTACATCCAGCCAGAAAGGAAAACCTAGACCAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGAGAGATAGACTGTACATCCAGCCAGAAAGGAAAACCTAGACCAT  150

seq1  AATAGGAGCTCAAACAACTCAATGGCATAAAAAAATATATAAATGGAAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGGAGCTCAAACAACTCAATGGCATAAAAAAATATATAAATGGAAAG  200

seq1  TGATCTAAACAAAGATCTCTCAAAAATACATATACAAATGATCAATGGGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCTAAACAAAGATCTCTCAAAAATACATATACAAATGATCAATGGGC  250

seq1  ATACTACAAAGTATTCAATATCATTAGTCATAAAAGAAATGTAAATCAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTACAAAGTATTCAATATCATTAGTCATAAAAGAAATGTAAATCAGA  300

seq1  ACCATAATGAGGCTCTATGTCACACCAGATAAAATAGCTACAACCACAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATAATGAGGCTCTATGTCACACCAGATAAAATAGCTACAACCACAAA  350

seq1  AAAATTAAGAAAGGGAGATTCTTATATACTGCTGGTAGGGATTCAGATTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTAAGAAAGGGAGATTCTTATATACTGCTGGTAGGGATTCAGATTC  400

seq1  ATAAAGTCATTCCCAAAACAGTAGAAAAGAACCTCAAACACTAAAACTAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAGTCATTCCCAAAACAGTAGAAAAGAACCTCAAACACTAAAACTAG  450

seq1  AGCCATTGTAAGCTCCTCAAACCAAGTGAAAGAGCTACTCCCATTCCCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCATTGTAAGCTCCTCAAACCAAGTGAAAGAGCTACTCCCATTCCCAT  500

seq1  GTTCACTGTGGTACTATTCATAAGAGCTGAGAAATGGATCCACAGAGCAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCACTGTGGTACTATTCATAAGAGCTGAGAAATGGATCCACAGAGCAG  550

seq1  TCTGTCAGTGAATAAGTGGACAAGGGGAATATAGAACATACACAAACACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCAGTGAATAAGTGGACAAGGGGAATATAGAACATACACAAACACA  600

seq1  AATATTAAAAAAATAAAAACAGAAAGAAAGGTTATGACATGGATGAAAGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATTAAAAAAATAAAAACAGAAAGAAAGGTTATGACATGGATGAAAGT  650

seq1  GGGGTGCATATGCTAGGGCACAGAAAGACAAACCCTGCATGGTCTCACTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTGCATATGCTAGGGCACAGAAAGACAAACCCTGCATGGTCTCACTC  700

seq1  GGCTGTTAAAGCCCGAAAAGATAAAGTGGTGGTTAGAGATGACAATAAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGTTAAAGCCCGAAAAGATAAAGTGGTGGTTAGAGATGACAATAAAG  750

seq1  GGTGTAGAGATGGACGGTGAACCAAATGGAGTGGGTCAGGGCTAATTGGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTAGAGATGGACGGTGAACCAAATGGAGTGGGTCAGGGCTAATTGGT  800

seq1  GAGCACAAAGCCACAGTAACAGCAAAAGTCAGCCAAGAGATAACAGAATG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCACAAAGCCACAGTAACAGCAAAAGTCAGCCAAGAGATAACAGAATG  850

seq1  GAGAAAAACTTATTACCAGCAGCAAGCAAGGAGATCAGAGGAGAAATTTC  900
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAAAACTTATTACCAGCAGC-AGCAAGGAGATCAGAGGAGAAATTTC  899

seq1  CAAAACAATGTCCTCCCCACAAGCATGGGGGTCTTATCTGTGGTCCCTAT  950
      |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||
seq2  CAAAACAATGTCCTCCCCACAAGCAT-GGGGTC-TATCTGTGGTCCCTAT  947

seq1  ATGTGAC-TATATTGGAAAGCACTGTGAAAGAATGCCCATTCCCAACAGG  999
      ||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||| |||| ||| |
seq2  ATGTGACTTATATTGG-AAGCACTGTGAAAG-ATGCCCAATCCCTACA-G  994

seq1  GTCAGTTTCAGATGTGCCTCTC  1021
      ||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGTTTCAGATGTGCCTCTC  1016