BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-114C21
Chromosome1 (Build37)
Map Location 140,322,808 - 140,443,004
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNek7
Upstream geneLOC100043143, Ptprc, LOC100042596, Atp6v1g3, LOC100042600
Downstream geneLOC545363, LOC667745, Lhx9, 2310009B15Rik, 1700019P21Rik, LOC100042623, Dennd1b, Crb1, Zbtb41, Aspm, F13b
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-114C21.bB6Ng01-114C21.g
ACCDH919766DH919767
length1,0351,107
definitionDH919766|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-114C21, 5' end.DH919767|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-114C21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(140,441,962 - 140,443,004)(140,322,808 - 140,323,927)
sequence
gaattccatagcaggattttacagtttccttcagtataataaatgagatg
caattagcaagataaagggtacaaggctaggagttactgtactgctcata
tatcaagagagactcttggataaacccaggacaaggcattatcagcctta
cccaaagttcatttgacggcctaagagttgggatgtgatttgtttatgaa
tgggtgccatctttggatgcattaagaggtctgtactattcagttcacta
gagagtgattaggcaggcccactggagtgctgtgttttccagaccttagc
tcatagttacagcaagtactaagatgtgagacgggtggaagagtgtactt
accagtaatttaggaatcttataaaacccccaaaataggaagctctcact
gccccaaagggcatataattactaaacagaccatgtatgttatatatagg
tacagttaccaacacaaggcatataggagttttctgtgactatggactat
aaactggccaagtgacaacatttgaaggcagtgggtgttccactaaggct
tggttttgttgcaactaattgtcacaaataactggctgcttccatgaatt
agttgtattagtatatatccctgtagagttgcaaatcaacaaaaaaaata
aaaacaaacaaacaaacaaacaaacaaacaaaaaaaccccaaaacctggt
actggttacattttgtaagtgctgttttccttaggcctccttgcctctct
gtatctccctaataccatgggtgcctttctcactgcagtttctgaaagct
gtttgagagcagaaaccatttctgatgattctggctttgggctgattagc
agtagtagaaaacaaagagttaagaatgggaagtattttacctctaacca
agaggctagttgcaattaatggttgttaggggagggcagtctgtttcttc
agtgaatgagcaccctccagggtgggctcagagtgatgaccagcaatcgg
actcatggttattttgtatgagctgctgttgttgt
gaattccagacgagcttaagatacagtgttagatcttgtctcaaacaaag
atagtgggagtggggagagtaactctggaaaaatatagaaattaacaaca
caaagaagaaccatggacacttaggcacagatagattgcctgatgaagag
tcccctaaggctaagatccagacttggttgacaaaggcatggtcatggtt
ttctaaatgacggagaagtcaccatagtgccctcctggtggaacatgcaa
gaaaccaaccctccaaggtggcaaggagtatagagatatacctcttaata
agccaaccaaatgggtgtttgtttactattggaaaaactaacacgccttt
aagactcagagttgtaatatgcctgcatagaagtagctatgtgctttatc
aacatgagaaacaggaagcaaaggcctgtcttcctgtaatgtttcaccac
tgccctctgctatcaaagtctaacgttgtgacagctgacaatcaatcaat
caatcaataaatcaataaatcaataaataaataaataaataaataaataa
ataacaaaatggaccaagatcctttcactagagcaagcaatgaattgaaa
gtgctaataatgtcacaagtgacactgtcaacttgtttgttcactttctc
cacacatctgtgtttgcatgtgcatttaaattatagtttgtcaacaaaat
gacttcatatttctctcttacaggagatgtctgtcttggatttacaatgt
tttattctttccccaagatgagaagtaccacctagccattatattatcac
tacctttactaattagtccctgtattcatttataaccacattggaaattc
tacttcataaagactatagtataaaatcaacattcaccatttttacataa
aataaaaatgtataggaaaacaaagaaaattgcaaacaaatacaaataca
gatgtatgagaaaagaaagcctagaaaccagattgtctaaacctggttct
gattttttggttgctatttatagctctttctttagagtctcttctagtct
ttccttatctgtagcaaatttattgaccaagtctttgcctgatggagtga
tcaagct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_140441962_140443004
seq2: B6Ng01-114C21.b_45_1079 (reverse)

seq1  ACAACAACAGCAGCTCATACAAAATAACCATGGAGTCCGGATTTGCTTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||   |||| |||
seq2  ACAACAACAGCAGCTCATACAAAATAACCAT-GAGTCCG--ATTGC-TGG  46

seq1  TCAATCACTCCTGAGCCCACCCTGGAGGGTGGCTCATTCCACTGAAGAAA  100
      || |||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||
seq2  TC-ATCACT-CTGAGCCCACCCTGGAGGGT-GCTCATT-CACTGAAG-AA  91

seq1  ACAGACTGCCCTCCCCTAACAACCATTAATTGCAACTAGCCTCTTGGTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGACTGCCCTCCCCTAACAACCATTAATTGCAACTAGCCTCTTGGTTA  141

seq1  GAGGTAAAATACTT-CCATTCTTAACTCTTTGTTTTCTACTACTGCTAAT  199
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTAAAATACTTCCCATTCTTAACTCTTTGTTTTCTACTACTGCTAAT  191

seq1  CAGCCCAAAGCCAGAATCATCAGAAATGGTTTCTGCTCTCAAACAGCTTT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCCAAAGCCAGAATCATCAGAAATGGTTTCTGCTCTCAAACAGCTTT  241

seq1  CAGAAACTGCAGTGAGAAAGGCACCCATGGTATTAGGGAGATACAGAGAG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAACTGCAGTGAGAAAGGCACCCATGGTATTAGGGAGATACAGAGAG  291

seq1  GCAAGGAGGCCTAAGGAAAACAGCACTTACAAAATGTAACCAGTACCAGG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGGAGGCCTAAGGAAAACAGCACTTACAAAATGTAACCAGTACCAGG  341

seq1  TTTTGGGGTTTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTTATTTT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGGGGTTTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTTATTTT  391

seq1  TTTTGTTGATTTGCAACTCTACAGGGATATATACTAATACAACTAATTCA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTTGATTTGCAACTCTACAGGGATATATACTAATACAACTAATTCA  441

seq1  TGGAAGCAGCCAGTTATTTGTGACAATTAGTTGCAACAAAACCAAGCCTT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAGCAGCCAGTTATTTGTGACAATTAGTTGCAACAAAACCAAGCCTT  491

seq1  AGTGGAACACCCACTGCCTTCAAATGTTGTCACTTGGCCAGTTTATAGTC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGAACACCCACTGCCTTCAAATGTTGTCACTTGGCCAGTTTATAGTC  541

seq1  CATAGTCACAGAAAACTCCTATATGCCTTGTGTTGGTAACTGTACCTATA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGTCACAGAAAACTCCTATATGCCTTGTGTTGGTAACTGTACCTATA  591

seq1  TATAACATACATGGTCTGTTTAGTAATTATATGCCCTTTGGGGCAGTGAG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAACATACATGGTCTGTTTAGTAATTATATGCCCTTTGGGGCAGTGAG  641

seq1  AGCTTCCTATTTTGGGGGTTTTATAAGATTCCTAAATTACTGGTAAGTAC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTCCTATTTTGGGGGTTTTATAAGATTCCTAAATTACTGGTAAGTAC  691

seq1  ACTCTTCCACCCGTCTCACATCTTAGTACTTGCTGTAACTATGAGCTAAG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTTCCACCCGTCTCACATCTTAGTACTTGCTGTAACTATGAGCTAAG  741

seq1  GTCTGGAAAACACAGCACTCCAGTGGGCCTGCCTAATCACTCTCTAGTGA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGGAAAACACAGCACTCCAGTGGGCCTGCCTAATCACTCTCTAGTGA  791

seq1  ACTGAATAGTACAGACCTCTTAATGCATCCAAAGATGGCACCCATTCATA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAATAGTACAGACCTCTTAATGCATCCAAAGATGGCACCCATTCATA  841

seq1  AACAAATCACATCCCAACTCTTAGGCCGTCAAATGAACTTTGGGTAAGGC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAATCACATCCCAACTCTTAGGCCGTCAAATGAACTTTGGGTAAGGC  891

seq1  TGATAATGCCTTGTCCTGGGTTTATCCAAGAGTCTCTCTTGATATATGAG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAATGCCTTGTCCTGGGTTTATCCAAGAGTCTCTCTTGATATATGAG  941

seq1  CAGTACAGTAACTCCTAGCCTTGTACCCTTTATCTTGCTAATTGCATCTC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTACAGTAACTCCTAGCCTTGTACCCTTTATCTTGCTAATTGCATCTC  991

seq1  ATTTATTATACTGAAGGAAACTGTAAAATCCTGCTATGGAATTC  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATTATACTGAAGGAAACTGTAAAATCCTGCTATGGAATTC  1035

seq1: chr1_140322808_140323927
seq2: B6Ng01-114C21.g_66_1172

seq1  GAATTCCAGACGAGCTTAAGATACAGTGTTAGATCTTGTCTCAAACAAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGACGAGCTTAAGATACAGTGTTAGATCTTGTCTCAAACAAAG  50

seq1  ATAGTGGGAGTGGGGAGAGTAACTCTGGAAAAATATAGAAATTAACAACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTGGGAGTGGGGAGAGTAACTCTGGAAAAATATAGAAATTAACAACA  100

seq1  CAAAGAAGAACCATGGACACTTAGGCACAGATAGATTGCCTGATGAAGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGAAGAACCATGGACACTTAGGCACAGATAGATTGCCTGATGAAGAG  150

seq1  TCCCCTAAGGCTAAGATCCAGACTTGGTTGACAAAGGCATGGTCATGGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCTAAGGCTAAGATCCAGACTTGGTTGACAAAGGCATGGTCATGGTT  200

seq1  TTCTAAATGACGGAGAAGTCACCATAGTGCCCTCCTGGTGGAACATGCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAAATGACGGAGAAGTCACCATAGTGCCCTCCTGGTGGAACATGCAA  250

seq1  GAAACCAACCCTCCAAGGTGGCAAGGAGTATAGAGATATACCTCTTAATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACCAACCCTCCAAGGTGGCAAGGAGTATAGAGATATACCTCTTAATA  300

seq1  AGCCAACCAAATGGGTGTTTGTTTACTATTGGAAAAACTAACACGCCTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAACCAAATGGGTGTTTGTTTACTATTGGAAAAACTAACACGCCTTT  350

seq1  AAGACTCAGAGTTGTAATATGCCTGCATAGAAGTAGCTATGTGCTTTATC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACTCAGAGTTGTAATATGCCTGCATAGAAGTAGCTATGTGCTTTATC  400

seq1  AACATGAGAAACAGGAAGCAAAGGCCTGTCTTCCTGTAATGTTTCACCAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATGAGAAACAGGAAGCAAAGGCCTGTCTTCCTGTAATGTTTCACCAC  450

seq1  TGCCCTCTGCTATCAAAGTCTAACGTTGTGACAGCTGACAATCAATCAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCTCTGCTATCAAAGTCTAACGTTGTGACAGCTGACAATCAATCAAT  500

seq1  CAATCAATAAATCAATAAATCAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCAATAAATCAATAAATCAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAA  550

seq1  ATAACAAAATGGACCAAGATCCTTTCACTAGAGCAAGCAATGAATTGAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACAAAATGGACCAAGATCCTTTCACTAGAGCAAGCAATGAATTGAAA  600

seq1  GTGCTAATAATGTCACAAGTGACACTGTCAACTTGTTTGTTCACTTTCTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTAATAATGTCACAAGTGACACTGTCAACTTGTTTGTTCACTTTCTC  650

seq1  CACACATCTGTGTTTGCATGTGCATTTAAATTATAGTTTGTCAACAAAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACATCTGTGTTTGCATGTGCATTTAAATTATAGTTTGTCAACAAAAT  700

seq1  GACTTCATATTTCTCTCTTACAGGAGATGTCTGTCTTGGATTTACAATGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTCATATTTCTCTCTTACAGGAGATGTCTGTCTTGGATTTACAATGT  750

seq1  TTTATTCTTTCCCCAAGATGAGAAGTACCACCTAGCCATTATATTATCAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTCTTTCCCCAAGATGAGAAGTACCACCTAGCCATTATATTATCAC  800

seq1  TACCTTTACTAATTAGTCCCTGTATTCATTTATAACCACATTGGAAATTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTTTACTAATTAGTCCCTGTATTCATTTATAACCACATTGGAAATTC  850

seq1  TACTTCATAAAGACTATAGTATAAAATCAACATTCACCATTTTTACATAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTCATAAAGACTATAGTATAAAATCAACATTCACCATTTTTACATAA  900

seq1  AATAAAAATGTATAGGAAAACAAAGAAAAATTGCAAACAAATACAAATAA  950
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
seq2  AATAAAAATGTATAGGAAAACAAAG-AAAATTGCAAACAAATACAAAT-A  948

seq1  CAGATGTATGAAGAAAAGAAAGCCTAGAAACCAGATTGTTCCTAAACCTG  1000
      |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||
seq2  CAGATGTATG-AGAAAAGAAAGCCTAGAAACCAGATTGT--CTAAACCTG  995

seq1  GTCCTGATTTTTTGGTTGCTATTTATAGCTCCTTTCTTTAGAGTCTCTTC  1050
      || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  GTTCTGATTTTTTGGTTGCTATTTATAGCT-CTTTCTTTAGAGTCTCTTC  1044

seq1  TAGTCTTTCCTTATCTGTAAGCAAATGTTAGTTGACCACAGGTCTTTGCC  1100
      |||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||  || |||||||||
seq2  TAGTCTTTCCTTATCTGT-AGCAAAT-TTA-TTGAC--CAAGTCTTTGCC  1089

seq1  TGATGGAGTGATCCAAAGCT  1120
      |||||||||||||  |||||
seq2  TGATGGAGTGATC--AAGCT  1107