BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-116L20
Chromosome1 (Build37)
Map Location 58,115,216 - 58,256,013
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAox1, Aox3
Upstream geneLOC383509, 1700066M21Rik, 1110034B05Rik, 9430016H08Rik, LOC667339, 2810022L02Rik, Kctd18, Sgol2
Downstream geneAox4, Aox3l1, EG628262, Bzw1, Clk1, Ppil3, Nif3l1, Orc2l, BC049806, Ndufb3, EG667397, Als2cr12, Cflar, LOC100042431, Casp8, EG667419, Trak2, Als2cr2, 4930408G06Rik, EG667447, Als2cr11, Als2cr4, Mpp4, Als2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-116L20.bB6Ng01-116L20.g
ACCDH921662DH921663
length1,0911,133
definitionDH921662|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-116L20, 5' end.DH921663|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-116L20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(58,254,900 - 58,256,013)(58,115,216 - 58,116,361)
sequence
gaattcattcttatcccacaaatagaatttctcacagattctttcaaaag
cataagctgatgtagcataattaatttaaagatcttttatttgtcaaatg
cttcctttatatgtgatgcacatgtaatatgtaagacaagatggccatct
gggatggcgatcctggaagggagaggcaagtagatgctggatggcgttgg
gccgagagcaatggatatccgttacacctgatggataacagtggtgaatg
aaagaccacagtgatcttggagcagctgcacaagagcagaacttacaagt
gtgctgccctagggagcaggacatgggcagaattttgatttccacctcac
accactagatattctcaagttggaggggtgagtactaattttgcaaattc
aagttctgacgcttctgaaagtgagaggggatttgattgggaagctgact
ttcaagactgtaaaacacacagatgtgctagagggctcattcagtgttca
aggataaataattctagcaaagcattcaggcatggtgccagccaggccct
gagcctctcccagtgtatctccttatctgctcctaggttcagcgtccctg
ccctgcaaaaggatgccttgaaaacagcatagtccttttgcagtagcaaa
tactctgttctcaccctggaagcccactgctggtgacagtcctcagcagg
cgctgttgccctatctcaaagataacagtttcatcgacacctttggaaaa
gcatgtctttgagtcagtggaacctacctgtgcagagcatgcgctacata
gacataaattgctgcaaagccaaccccacacttgtttgtatttgtattac
gtcaaacacagatttctatgagatttacccagggccatgccatgttgatc
catctgtgtccctcatgctccaggtgggtgtaaaaccaagttagtgaaac
tgttttgggtgagtcctattttcccttcccctattccctctccccccttt
cttattcccttctttaacaagggcttgtcatgtagccagatggtcagttc
tattatgcagttaaatgctatcatgctatcacttgctcagt
gaattctccaaagttccactagatgctgtgtgagaagtcagattttcact
gagaaactttcatatctgcaggatcagggagactattcaagggagagtct
gtgttgtgagtgcagagtaaaagatgaagaaacctgagcaagctcgctgc
tctccagagcccagcagagggaaagggctgtgcactaagcagctatagtc
tgaccttttcatttctgtgaaggaaattggtctaatgatagtgagaagca
gcagtcaccgtggggtgggtttggactatggcatatggcatctctaagat
cctgggaaggtggctgaactggatctcagttttgtgaccatgaaatgagc
ctattaatatctcctagtttaattcatggagtttttttttaagctaccag
cgaaatgtgatagattcagtattcaaagaatccagccttcatgatctcca
ccattaaccccatcacacaccactgccatcaccacagccacctccatcac
catcgatagctccatcatggtcatttgtcaccacagtcagcactgtgtca
ccagcagcgcaatcgaatgcctccagtgtaaaggttccatgcctgtagct
ttggtctaacattttgaggccatcagtgattatgtagcttactcacacaa
ggctttacttcagggctgaccctgggtgctggcctcagcctggatcaggt
gaaggacattctggctgatatagtccagaagcttccagaagagaagacac
agacataccgtgctctcctgaagcacctgagaactctggctggctcccag
atcaggaacatggctgtatgtatgtatttgacaagaaacattgggcattc
atgttttgggtgactcttggcattcatgtcttggtgactcctttgggttc
ttaaagtaaatgaagagaaccactttgtaaaacaggacttaagcgcatct
tagttcttacgctttgtactatgtacacgtgaaagtgtctgtcttaaaag
tcttctaggggccacaatgtgagcagacatctggactcagatcttgaatt
ccccttctgctgtgtactgttaccctcaactactgttcaagtaacagcgc
tctgcttggggtgtgtgtttttggggaggtgga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_58254900_58256013
seq2: B6Ng01-116L20.b_49_1139 (reverse)

seq1  ACTGAGGCAAGGTGATAGCCATGAATTAAAGGCCAATTTAAACTGCATAA  50
      ||||| |||| ||||||| |||||  ||   ||  |||| ||||||||||
seq2  ACTGA-GCAA-GTGATAG-CATGA--TA---GC--ATTT-AACTGCATAA  39

seq1  TAGGACCTGGACCATCCTGGGCTACATGACAAGCCCTTGTTAAAGGAAGG  100
      ||| ||   |||||||   ||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TAGAAC--TGACCATC--TGGCTACATGACAAGCCCTTGTTAAA-GAAGG  84

seq1  GAAATAAAGAAAAGGGGGGGAGAGGGAATAGGGGAAGGGAAAAATAAGGA  150
      |||   ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||   ||||
seq2  GAA--TAAGAAA--GGGGGGAGAGGGAATAGGGGAAGGGAAAA--TAGGA  128

seq1  CTCACCCAAAACAGTTTCACTAACTTGGTTTTACACCCACCTGGAGCATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACCCAAAACAGTTTCACTAACTTGGTTTTACACCCACCTGGAGCATG  178

seq1  AGGGACACAGATGGATCAACATGGCATGGCCCTGGGTAAATCTCATAGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGACACAGATGGATCAACATGGCATGGCCCTGGGTAAATCTCATAGAA  228

seq1  ATCTGTGTTTTGACGTAATACAAATACAAACAAGTGTGGGGTTGGCTTTG  300
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGTG-TTTGACGTAATACAAATACAAACAAGTGTGGGGTTGGCTTTG  277

seq1  CAGCAATTTATGTCTATGTAGCGCATGCTCTGCACAGGTAGGTTCCACTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAATTTATGTCTATGTAGCGCATGCTCTGCACAGGTAGGTTCCACTG  327

seq1  ACTCAAAGACATGCTTTTCCAAAGGTGTCGATGAAACTGTTATCTTTGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAAAGACATGCTTTTCCAAAGGTGTCGATGAAACTGTTATCTTTGAG  377

seq1  ATAGGGCAACAGCGCCTGCTGAGGACTGTCACCAGCAGTGGGCTTCCAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGGCAACAGCGCCTGCTGAGGACTGTCACCAGCAGTGGGCTTCCAGG  427

seq1  GTGAGAACAGAGTATTTGCTACTGCAAAAGGACTATGCTGTTTTCAAGGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGAACAGAGTATTTGCTACTGCAAAAGGACTATGCTGTTTTCAAGGC  477

seq1  ATCCTTTTGCAGGGCAGGGACGCTGAACCTAGGAGCAGATAAGGAGATAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTTTTGCAGGGCAGGGACGCTGAACCTAGGAGCAGATAAGGAGATAC  527

seq1  ACTGGGAGAGGCTCAGGGCCTGGCTGGCACCATGCCTGAATGCTTTGCTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGGAGAGGCTCAGGGCCTGGCTGGCACCATGCCTGAATGCTTTGCTA  577

seq1  GAATTATTTATCCTTGAACACTGAATGAGCCCTCTAGCACATCTGTGTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTATTTATCCTTGAACACTGAATGAGCCCTCTAGCACATCTGTGTGT  627

seq1  TTTACAGTCTTGAAAGTCAGCTTCCCAATCAAATCCCCTCTCACTTTCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACAGTCTTGAAAGTCAGCTTCCCAATCAAATCCCCTCTCACTTTCAG  677

seq1  AAGCGTCAGAACTTGAATTTGCAAAATTAGTACTCACCCCTCCAACTTGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCGTCAGAACTTGAATTTGCAAAATTAGTACTCACCCCTCCAACTTGA  727

seq1  GAATATCTAGTGGTGTGAGGTGGAAATCAAAATTCTGCCCATGTCCTGCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATATCTAGTGGTGTGAGGTGGAAATCAAAATTCTGCCCATGTCCTGCT  777

seq1  CCCTAGGGCAGCACACTTGTAAGTTCTGCTCTTGTGCAGCTGCTCCAAGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTAGGGCAGCACACTTGTAAGTTCTGCTCTTGTGCAGCTGCTCCAAGA  827

seq1  TCACTGTGGTCTTTCATTCACCACTGTTATCCATCAGGTGTAACGGATAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGTGGTCTTTCATTCACCACTGTTATCCATCAGGTGTAACGGATAT  877

seq1  CCATTGCTCTCGGCCCAACGCCATCCAGCATCTACTTGCCTCTCCCTTCC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTGCTCTCGGCCCAACGCCATCCAGCATCTACTTGCCTCTCCCTTCC  927

seq1  AGGATCGCCATCCCAGATGGCCATCTTGTCTTACATATTACATGTGCATC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATCGCCATCCCAGATGGCCATCTTGTCTTACATATTACATGTGCATC  977

seq1  ACATATAAAGGAAGCATTTGACAAATAAAAGATCTTTAAATTAATTATGC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATAAAGGAAGCATTTGACAAATAAAAGATCTTTAAATTAATTATGC  1027

seq1  TACATCAGCTTATGCTTTTGAAAGAATCTGTGAGAAATTCTATTTGTGGG  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATCAGCTTATGCTTTTGAAAGAATCTGTGAGAAATTCTATTTGTGGG  1077

seq1  ATAAGAATGAATTC  1114
      ||||||||||||||
seq2  ATAAGAATGAATTC  1091

seq1: chr1_58115216_58116361
seq2: B6Ng01-116L20.g_67_1198

seq1  GAATTCTCCAAAGTTCCACTAGATGCTGTGTGAGAAGTCAGATTTTCACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCAAAGTTCCACTAGATGCTGTGTGAGAAGTCAGATTTTCACT  50

seq1  GAGAAACTTTCATATCTGCAGGATCAGGGAGACTATTCAAGGGAGAGTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAACTTTCATATCTGCAGGATCAGGGAGACTATTCAAGGGAGAGTCT  100

seq1  GTGTTGTGAGTGCAGAGTAAAAGATGAAGAAACCTGAGCAAGCTCGCTGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTGTGAGTGCAGAGTAAAAGATGAAGAAACCTGAGCAAGCTCGCTGC  150

seq1  TCTCCAGAGCCCAGCAGAGGGAAAGGGCTGTGCACTAAGCAGCTATAGTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCAGAGCCCAGCAGAGGGAAAGGGCTGTGCACTAAGCAGCTATAGTC  200

seq1  TGACCTTTTCATTTCTGTGAAGGAAATTGGTCTAATGATAGTGAGAAGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCTTTTCATTTCTGTGAAGGAAATTGGTCTAATGATAGTGAGAAGCA  250

seq1  GCAGTCACCGTGGGGTGGGTTTGGACTATGGCATATGGCATCTCTAAGAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTCACCGTGGGGTGGGTTTGGACTATGGCATATGGCATCTCTAAGAT  300

seq1  CCTGGGAAGGTGGCTGAACTGGATCTCAGTTTTGTGACCATGAAATGAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGGAAGGTGGCTGAACTGGATCTCAGTTTTGTGACCATGAAATGAGC  350

seq1  CTATTAATATCTCCTAGTTTAATTCATGGAGTTTTTTTTTAAGCTACCAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTAATATCTCCTAGTTTAATTCATGGAGTTTTTTTTTAAGCTACCAG  400

seq1  CGAAATGTGATAGATTCAGTATTCAAAGAATCCAGCCTTCATGATCTCCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAAATGTGATAGATTCAGTATTCAAAGAATCCAGCCTTCATGATCTCCA  450

seq1  CCATTAACCCCATCACACACCACTGCCATCACCACAGCCACCTCCATCAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTAACCCCATCACACACCACTGCCATCACCACAGCCACCTCCATCAC  500

seq1  CATCGATAGCTCCATCATGGTCATTTGTCACCACAGTCAGCACTGTGTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCGATAGCTCCATCATGGTCATTTGTCACCACAGTCAGCACTGTGTCA  550

seq1  CCAGCAGCGCAATCGAATGCCTCCAGTGTAAAGGTTCCATGCCTGTAGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCAGCGCAATCGAATGCCTCCAGTGTAAAGGTTCCATGCCTGTAGCT  600

seq1  TTGGTCTAACATTTTGAGGCCATCAGTGATTATGTAGCTTACTCACACAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTCTAACATTTTGAGGCCATCAGTGATTATGTAGCTTACTCACACAA  650

seq1  GGCTTTACTTCAGGGCTGACCCTGGGTGCTGGCCTCAGCCTGGATCAGGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTTACTTCAGGGCTGACCCTGGGTGCTGGCCTCAGCCTGGATCAGGT  700

seq1  GAAGGACATTCTGGCTGATATAGTCCAGAAGCTTCCAGAAGAGAAGACAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGACATTCTGGCTGATATAGTCCAGAAGCTTCCAGAAGAGAAGACAC  750

seq1  AGACATACCGTGCTCTCCTGAAGCACCTGAGAACTCTGGCTGGCTCCCAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACATACCGTGCTCTCCTGAAGCACCTGAGAACTCTGGCTGGCTCCCAG  800

seq1  ATCAGGAACATGGCTGTATGTATGTATTTGACAAGAAACATTGGGCATTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGGAACATGGCTGTATGTATGTATTTGACAAGAAACATTGGGCATTC  850

seq1  ATGTTTTGGGTGACTCCTTGGCATTCATGTCTTGGTGACTCCTTTGGGTT  900
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTTGGGTGACT-CTTGGCATTCATGTCTTGGTGACTCCTTTGGGTT  899

seq1  CTTTAAAGTAAATGAAGAGAACCACTCTGTAAAACAGGACTTAAAGCCGC  950
      | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||   |||
seq2  C-TTAAAGTAAATGAAGAGAACCACTTTGTAAAACAGGACTTAA--GCGC  946

seq1  ATCTTAGTTCTTACGCTTTGTAACTATGTAACACGTGAAAGTGTCTGTTC  1000
      ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||
seq2  ATCTTAGTTCTTACGCTTTGT-ACTATGT-ACACGTGAAAGTGTCTG-TC  993

seq1  TTAAAAGTC-TCTAGGGGGCCACATTGTGAGCAGACATCTGGACTCAGAT  1049
      ||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAGTCTTCTA-GGGGCCACAATGTGAGCAGACATCTGGACTCAGAT  1042

seq1  C-TGAA-TCCCCTTCTGGCTGTGGGTAACTG-TACCCTCAACTTACTGTC  1096
      | |||| ||||||||| ||||||    |||| |||||||||| |||||| 
seq2  CTTGAATTCCCCTTCT-GCTGTG---TACTGTTACCCTCAAC-TACTGTT  1087

seq1  CAAAGGTAAACAGCAGTCTCTGCTTGGGGTGTGTGTGTTTTGGGGGGTGG  1146
      |||  || ||||||   ||||||||||||||||||| ||| ||| |||||
seq2  CAA--GT-AACAGC--GCTCTGCTTGGGGTGTGTGTTTTTGGGGAGGTGG  1132