BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-117A21
Chromosome1 (Build37)
Map Location 94,094,346 - 94,257,036
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040419
Upstream geneRamp1, Ube2f, LOC665783, Scly, Espnl, Klhl30, BC056923, Ilkap, 1700020N18Rik, Hes6, Per2, Traf3ip1, Asb1, Twist2, Hdac4
Downstream geneLOC665883, Ndufa10, Olfr1416, Olfr1415, Olfr1414, Olfr1413, Olfr1412, Olfr1411, Olfr1410, Olfr12, Myeov2, Otos, Gpc1, Ankmy1, Dusp28, LOC100040511, Rnpepl1, Capn10, Gpr35, Aqp12, Kif1a, Agxt, 2310007B03Rik, E030010N08Rik, Sned1, Mterfd2, LOC665966, Pask, Ppp1r7
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-117A21.bB6Ng01-117A21.g
ACCDH921893DH921894
length711850
definitionDH921893|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-117A21, 5' end.DH921894|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-117A21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(94,256,326 - 94,257,036)(94,094,346 - 94,095,194)
sequence
gaattccaagagtggaaacatgggaacttccacacccacgccatttccac
tatggacatcagggagctgcaggaatggcttcaggacttcaatggtatcc
catggtcctcgtggaatacaaaaaaaaaaaaaaagttgttgcttggatat
acctcatcaaagagacatactacagatggtcatggagggcaccttcaggg
ccccaaggctcccgctgagaccatcctattgttgctgcccagtgggaatc
catgcagcaagccaatgctaggagactacagcatgctgactaccatggct
ctctgacttcactggggccaccctacaggctgcatgctctccgtggtggt
gaccatggactttggtgtcttcctacactaccctgttgagtagggagggc
ttgcagggccttgagaattctctcctgttccagctgcttacacgtagact
gatctggaaaatggagctatccatgcctggcttgggattccacattctct
gcagtgtccttacgggcatgtattatttattggaagaggtagctgcctcg
ggagtaattctcctttgtaattctctggcagaaggggcagatttgccagc
tgcaggcttggcttgtcagggtctcctaaggctgtaaacccctggcatgt
aacagccactctctgcatgcctgccacatctcaaagttggtgtggggtgg
ggggcggtagg
gaattcaaaatataaatggagatgtggaaatgggagttgtcaaactgtct
acagaaggactttagtttggggctcgtgtactgggcagcacatgaaataa
catccctgggtgttgtatctgaagattctgacagaaagaacgggagcagc
tatagtgattaatcaaagactctcctgataatttgagaagactgcctctc
ctgagaccagcagatgtagaatgtgagtcagggaagtggagtggagagat
tcaccaaagcacagaaagttggttgcagggctgctgagatccctccatgg
tcaaggttcttgctgccaagcctgaggatctaagtttgatccccaggatc
cacgtgtgtcaagaagaaaagaactgactcgtgcaagctgtcttctgatc
tcaacatccgtgtgcacatgagtgtttacacacaaaatacccacatgcaa
agaggcatacaggggctagagagatggctcagcagttaagagcactgact
gttcttccagaggtcctgagttcaaaccccagcaaccacatggtggctca
caaccatctgtaacaagacctgattctttcttctggtgtctgatgacagc
tacagtgtacttacatgtaataaataaaataaatcttaaaaaaaaaaaac
caaagaggcagacaaatgtgatttttttaaaaggtcagtgcaaacatgtg
gggattcatctcacatgaagacatacatgaacccaacttctgtattagtc
agggttctctagagacacagaacttatgggtaggaatttgttgatgactt
acagtctgcagtccaactcccaacatgggtcagcagcagctgtgaatgga

quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_94256326_94257036
seq2: B6Ng01-117A21.b_44_754 (reverse)

seq1  CCTACCGCCCCCCACCCCACACCAACTTTGAGATGTGGCAGGCATGCAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACCGCCCCCCACCCCACACCAACTTTGAGATGTGGCAGGCATGCAGA  50

seq1  GAGTGGCTGTTACATGCCAGGGGTTTACAGCCTTAGGAGACCCTGACAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGGCTGTTACATGCCAGGGGTTTACAGCCTTAGGAGACCCTGACAAG  100

seq1  CCAAGCCTGCAGCTGGCAAATCTGCCCCTTCTGCCAGAGAATTACAAAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGCCTGCAGCTGGCAAATCTGCCCCTTCTGCCAGAGAATTACAAAGG  150

seq1  AGAATTACTCCCGAGGCAGCTACCTCTTCCAATAAATAATACATGCCCGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATTACTCCCGAGGCAGCTACCTCTTCCAATAAATAATACATGCCCGT  200

seq1  AAGGACACTGCAGAGAATGTGGAATCCCAAGCCAGGCATGGATAGCTCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGACACTGCAGAGAATGTGGAATCCCAAGCCAGGCATGGATAGCTCCA  250

seq1  TTTTCCAGATCAGTCTACGTGTAAGCAGCTGGAACAGGAGAGAATTCTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCAGATCAGTCTACGTGTAAGCAGCTGGAACAGGAGAGAATTCTCA  300

seq1  AGGCCCTGCAAGCCCTCCCTACTCAACAGGGTAGTGTAGGAAGACACCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCCTGCAAGCCCTCCCTACTCAACAGGGTAGTGTAGGAAGACACCAA  350

seq1  AGTCCATGGTCACCACCACGGAGAGCATGCAGCCTGTAGGGTGGCCCCAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCATGGTCACCACCACGGAGAGCATGCAGCCTGTAGGGTGGCCCCAG  400

seq1  TGAAGTCAGAGAGCCATGGTAGTCAGCATGCTGTAGTCTCCTAGCATTGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGTCAGAGAGCCATGGTAGTCAGCATGCTGTAGTCTCCTAGCATTGG  450

seq1  CTTGCTGCATGGATTCCCACTGGGCAGCAACAATAGGATGGTCTCAGCGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCTGCATGGATTCCCACTGGGCAGCAACAATAGGATGGTCTCAGCGG  500

seq1  GAGCCTTGGGGCCCTGAAGGTGCCCTCCATGACCATCTGTAGTATGTCTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCTTGGGGCCCTGAAGGTGCCCTCCATGACCATCTGTAGTATGTCTC  550

seq1  TTTGATGAGGTATATCCAAGCAACAACTTTTTTTTTTTTTTTGTATTCCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGATGAGGTATATCCAAGCAACAACTTTTTTTTTTTTTTTGTATTCCA  600

seq1  CGAGGACCATGGGATACCATTGAAGTCCTGAAGCCATTCCTGCAGCTCCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGGACCATGGGATACCATTGAAGTCCTGAAGCCATTCCTGCAGCTCCC  650

seq1  TGATGTCCATAGTGGAAATGGCGTGGGTGTGGAAGTTCCCATGTTTCCAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGTCCATAGTGGAAATGGCGTGGGTGTGGAAGTTCCCATGTTTCCAC  700

seq1  TCTTGGAATTC  711
      |||||||||||
seq2  TCTTGGAATTC  711

seq1: chr1_94094346_94095194
seq2: B6Ng01-117A21.g_68_917

seq1  GAATTCAAAATATAAATGGAGATGTGGAAATGGGAGTTGTCAAACTGTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAATATAAATGGAGATGTGGAAATGGGAGTTGTCAAACTGTCT  50

seq1  ACAGAAGGACTTTAGTTTGGGGCTCGTGTACTGGGCAGCACATGAAATAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAAGGACTTTAGTTTGGGGCTCGTGTACTGGGCAGCACATGAAATAA  100

seq1  CATCCCTGGGTGTTGTATCTGAAGATTCTGACAGAAAGAACGGGAGCAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCCTGGGTGTTGTATCTGAAGATTCTGACAGAAAGAACGGGAGCAGC  150

seq1  TATAGTGATTAATCAAAGACTCTCCTGATAATTTGAGAAGACTGCCTCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGTGATTAATCAAAGACTCTCCTGATAATTTGAGAAGACTGCCTCTC  200

seq1  CTGAGACCAGCAGATGTAGAATGTGAGTCAGGGAAGTGGAGTGGAGAGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGACCAGCAGATGTAGAATGTGAGTCAGGGAAGTGGAGTGGAGAGAT  250

seq1  TCACCAAAGCACAGAAAGTTGGTTGCAGGGCTGCTGAGATCCCTCCATGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCAAAGCACAGAAAGTTGGTTGCAGGGCTGCTGAGATCCCTCCATGG  300

seq1  TCAAGGTTCTTGCTGCCAAGCCTGAGGATCTAAGTTTGATCCCCAGGATC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGGTTCTTGCTGCCAAGCCTGAGGATCTAAGTTTGATCCCCAGGATC  350

seq1  CACGTGTGTCAAGAAGAAAAGAACTGACTCGTGCAAGCTGTCTTCTGATC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGTGTGTCAAGAAGAAAAGAACTGACTCGTGCAAGCTGTCTTCTGATC  400

seq1  TCAACATCCGTGTGCACATGAGTGTTTACACACAAAATACCCACATGCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACATCCGTGTGCACATGAGTGTTTACACACAAAATACCCACATGCAA  450

seq1  AGAGGCATACAGGGGCTAGAGAGATGGCTCAGCAGTTAAGAGCACTGACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGCATACAGGGGCTAGAGAGATGGCTCAGCAGTTAAGAGCACTGACT  500

seq1  GTTCTTCCAGAGGTCCTGAGTTCAAACCCCAGCAACCACATGGTGGCTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTTCCAGAGGTCCTGAGTTCAAACCCCAGCAACCACATGGTGGCTCA  550

seq1  CAACCATCTGTAACAAGACCTGATTCTTTCTTCTGGTGTCTGATGACAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCATCTGTAACAAGACCTGATTCTTTCTTCTGGTGTCTGATGACAGC  600

seq1  TACAGTGTACTTACATGTAATAAATAAAATAAATCTTAAAAAAAAAAAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGTGTACTTACATGTAATAAATAAAATAAATCTTAAAAAAAAAAAAC  650

seq1  CAAAGAGGCAGACAAATGTGATTTTTTTAAAAGGTCAGTGCAAACATGTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGAGGCAGACAAATGTGATTTTTTTAAAAGGTCAGTGCAAACATGTG  700

seq1  GGGATTCATCTCACATGAAGACATACATGAA-CCAACTTCTGTATTAGTC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GGGATTCATCTCACATGAAGACATACATGAACCCAACTTCTGTATTAGTC  750

seq1  AGGGTTCTCTAGAGACACAGAACTTATGGGTAGGAATTTGTTGATGACTT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTTCTCTAGAGACACAGAACTTATGGGTAGGAATTTGTTGATGACTT  800

seq1  ACAGTCTGCAGTCCAACTCCCAACAATGGTCAGCAGCAGCTGTGAATGGA  849
      |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTCTGCAGTCCAACTCCCAACATGGGTCAGCAGCAGCTGTGAATGGA  850