BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-117D18
Chromosome1 (Build37)
Map Location 34,541,163 - 34,667,391
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTesp1, Cfc1, Tesp2, 9430069J07Rik
Upstream genePrim2, 1700001G17Rik, Rab23, Bag2, Zfp451, OTTMUSG00000022109, B230209C24Rik, Dst, LOC100040913, LOC383629, LOC100040938, Ccdc115, Imp4, Ptpn18
Downstream geneAA619741, Arhgef4, BC043098, Plekhb2, LOC666261
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-117D18.bB6Ng01-117D18.g
ACCDH922026DH922027
length8511,109
definitionDH922026|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-117D18, 5' end.DH922027|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-117D18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(34,541,163 - 34,542,005)(34,666,269 - 34,667,391)
sequence
gaattccaggatatccagggctatatagagagactctgtctcaaaaacaa
acaaacaaacaaacaaacaaaccaccccacacttaacatgagtcagggtg
tgactcagtggttaagtgcttgccgttcatctatgaagctctgggttctt
aggcagcacagggatgtggagggggcggtagatcttgcgactgaaattaa
agtagacagggtgtgatgcttgctacttcgtgaggatctagagtcagctg
ggagacaagcctctgagtaggcctgtgagggacagagacattccgtcagc
cacagttgttaactgattggcattgcaagacaaggaaaggggggaggggg
aggaggctatgacgacagtggtggcaatgatacttctggttttgtttttg
tttaaaaaaaaaaccacgaagtgctaacatagagttttcaaaaagagagg
tgtattttattcatatttacccaaggtgatacggagagctctctgaacaa
ggagctgctgtcatgggaggaaccgagtgtggacaccccggggtggtcgg
agaagcttggtgagtgagacttttggtcaggtctgtcctagtagtcctga
atgtgagacagggaatgtagcacatgatgttattttcttgactcaaccgt
aatttttctatttctttgtttcaatttgtttaatagacacacacacacac
ataaaaattgtatgtattaatgctagctttcgatacctgtgtacatttgt
atgatgtttaaaatcaggtaaagtgtattgatttttctcacttaattgtt
tctagagggtggaattctttcaaaatctattgtttttagatttccagctt
a
gaattcattactaatatttttgaatatcatgtagtatttctgttatttca
aaatttctgttcattgaattaaaagatatgaatatgagggtacatctagg
gaaaagttgctgtgatatcattttgatctagtatgtcttaaatgtgaaga
gctgtgcatatatgtgtgcattaaagaatacatacatacagacttaaata
aaaaagcttttctataacacacaaaaaaagatgatttccaagttgcagat
caaagttcttatcaataaacctgtgtcttccaacatataagagttatctg
tgcaccaagaggcattccttgagaagaatgaacaaatatccgggtaacct
agatgtggtatcaacaacagagcacagaattattctacccaagtctaact
tattcgatcagtgggtttactggagctctagtatgcatgtggagtcaatt
atgagaaggattgactcaagggcagtttatctcaaaatgcctgacccagc
tctggcttcagcttaggaaagctgcctttctggaacttctggtaactgga
tatcagcccttgcttgtcattgttgagggccataagtaccccacatgcgt
tagactatggattggctctcccttaaataagctacattctagcagtccca
aagggtatgatattcttcacagcaaaagccactgaagtttctactggctt
tgacttctgcatgagcaaatatctgcctatttgatccactgaagcagtag
ttacccaatgtctgcatctttcttacttttgctgtaataagacagcatga
ccaaggcagcaaacgtataaaagtgaatgtgtacttcagactaatattta
caaactgagagtctactgtggtacaggataggcattgtgagtggaacagc
tgagagctcacttggcccacaagtgggaggcagagagggaatcactgaga
ctgccctgggctttgaaacctccaaacccagcccagggacagagctcttc
cccaagaccacaccctctaatccttcccaagaagaactagtatgaagcac
atgtccctctgtgaccaacctcatcacccctaatatccttagcattgtac
tagaagaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_34541163_34542005
seq2: B6Ng01-117D18.b_44_894

seq1  GAATTCCAGGATATCCAGGGCTATATAGAGAGACTCTGTCTCAAAAACAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGATATCCAGGGCTATATAGAGAGACTCTGTCTCAAAAACAA  50

seq1  ACAAACAAACAAACAAACAAACCACCCCACACTTAACATGAGTCAGGGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAACAAACAAACAAACAAACCACCCCACACTTAACATGAGTCAGGGTG  100

seq1  TGACTCAGTGGTTAAGTGCTTGCCGTTCATCTATGAAGCTCTGGGTTCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTCAGTGGTTAAGTGCTTGCCGTTCATCTATGAAGCTCTGGGTTCTT  150

seq1  AGGCAGCACAGGGATGTGGAGGGGGCGGTAGATCTTGCGACTGAAATTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGCACAGGGATGTGGAGGGGGCGGTAGATCTTGCGACTGAAATTAA  200

seq1  AGTAGACAGGGTGTGATGCTTGCTACTTCGTGAGGATCTAGAGTCAGCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGACAGGGTGTGATGCTTGCTACTTCGTGAGGATCTAGAGTCAGCTG  250

seq1  GGAGACAAGCCTCTGAGTAGGCCTGTGAGGGACAGAGACATTCCGTCAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGACAAGCCTCTGAGTAGGCCTGTGAGGGACAGAGACATTCCGTCAGC  300

seq1  CACAGTTGTTAACTGATTGGCATTGCAAGACAAGGAAAGGGGGGAGGGGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGTTGTTAACTGATTGGCATTGCAAGACAAGGAAAGGGGGGAGGGGG  350

seq1  AGGAGGCTATGACGACAGTGGTGGCAATGATACTTCTGGTTTTGTTTTTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGGCTATGACGACAGTGGTGGCAATGATACTTCTGGTTTTGTTTTTG  400

seq1  TTTAAAAAAAAAACCACGAAGTGCTAACATAGAGTTTTCAAAAAGAGAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAAAAAAAACCACGAAGTGCTAACATAGAGTTTTCAAAAAGAGAGG  450

seq1  TGTATTTTATTCATATTTACCCAAGGTGATACGGAGAGCTCTCTGAACAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATTTTATTCATATTTACCCAAGGTGATACGGAGAGCTCTCTGAACAA  500

seq1  GGAGCTGCTGTCATGGGAGGAACCGAGTGTGGACACCCCGGGGTGGTCGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCTGCTGTCATGGGAGGAACCGAGTGTGGACACCCCGGGGTGGTCGG  550

seq1  AGAAGCTTGGTGAGTGAGACTTTTGGTCAGGTCTGTCCTAGTAGTCCTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGCTTGGTGAGTGAGACTTTTGGTCAGGTCTGTCCTAGTAGTCCTGA  600

seq1  ATGTGAGACAGGGAATGTAGCACATGATGTTATTTTCTTGACTCAACCGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGAGACAGGGAATGTAGCACATGATGTTATTTTCTTGACTCAACCGT  650

seq1  AA-TTTTCTATTTCTTTGTTTCAATTTGTTTAATAGACACACACACACAC  699
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTTCTATTTCTTTGTTTCAATTTGTTTAATAGACACACACACACAC  700

seq1  AT-AAAATTGTATGTATTAATGCTAGCTTTCGATACCTGTGTACA-TTGT  747
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  ATAAAAATTGTATGTATTAATGCTAGCTTTCGATACCTGTGTACATTTGT  750

seq1  ATGATG-TTAAAATCAGGTTAAGTGTATTGA-TTTTCTCAGTT-ATTGTT  794
      |||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||| || ||||||
seq2  ATGATGTTTAAAATCAGGTAAAGTGTATTGATTTTTCTCACTTAATTGTT  800

seq1  TCTAGAGGGT-GAGATCTTTCAAAATCTA-TGTTTTTAGATTTCCAGCTC  842
      |||||||||| ||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||| 
seq2  TCTAGAGGGTGGAATTCTTTCAAAATCTATTGTTTTTAGATTTCCAGCTT  850

seq1  A  843
      |
seq2  A  851

seq1: chr1_34666269_34667391
seq2: B6Ng01-117D18.g_67_1175 (reverse)

seq1  TTTCTTCCTAGTGACAATGCTAAGGATGTATTTAGGGGGTTGAATGAGGT  50
      |||||| ||||| ||||||||||||||    |||||||  || |||||||
seq2  TTTCTT-CTAGT-ACAATGCTAAGGAT---ATTAGGGG--TG-ATGAGGT  42

seq1  TGGTCCACAGAGGGACATGTGCTTCAATACTTGGTTCCTTCTTTGGGAAG  100
      |||| |||||||||||||||||||| ||||| |  | |||| ||||||||
seq2  TGGT-CACAGAGGGACATGTGCTTC-ATACTAG--TTCTTC-TTGGGAAG  87

seq1  GATTAGAGGGTGTGGTCTTGGGGAAGAGCTCTGTCCCTGGGGCTGGGTTT  150
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  GATTAGAGGGTGTGGTCTTGGGGAAGAGCTCTGTCCCT-GGGCTGGGTTT  136

seq1  GGAGGTTTCAAAGCCCAGGGCAGTCTCAGTGATTCCCTCTCTGCCTCCCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGTTTCAAAGCCCAGGGCAGTCTCAGTGATTCCCTCTCTGCCTCCCA  186

seq1  CTTGTGGGCCAAGTGAGCTCTCAGCTGTTCCACTCACAATGCCTATCCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTGGGCCAAGTGAGCTCTCAGCTGTTCCACTCACAATGCCTATCCTG  236

seq1  TACCACAGTAGACTCTCAGTTTGTAAATATTAGTCTGAAGTACACATTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCACAGTAGACTCTCAGTTTGTAAATATTAGTCTGAAGTACACATTCA  286

seq1  CTTTTATACGTTTGCTGCCTTGGTCATGCTGTCTTATTACAGCAAAAGTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTATACGTTTGCTGCCTTGGTCATGCTGTCTTATTACAGCAAAAGTA  336

seq1  AGAAAGATGCAGACATTGGGTAACTACTGCTTCAGTGGATCAAATAGGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGATGCAGACATTGGGTAACTACTGCTTCAGTGGATCAAATAGGCA  386

seq1  GATATTTGCTCATGCAGAAGTCAAAGCCAGTAGAAACTTCAGTGGCTTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATTTGCTCATGCAGAAGTCAAAGCCAGTAGAAACTTCAGTGGCTTTT  436

seq1  GCTGTGAAGAATATCATACCCTTTGGGACTGCTAGAATGTAGCTTATTTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTGAAGAATATCATACCCTTTGGGACTGCTAGAATGTAGCTTATTTA  486

seq1  AGGGAGAGCCAATCCATAGTCTAACGCATGTGGGGTACTTATGGCCCTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAGAGCCAATCCATAGTCTAACGCATGTGGGGTACTTATGGCCCTCA  536

seq1  ACAATGACAAGCAAGGGCTGATATCCAGTTACCAGAAGTTCCAGAAAGGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATGACAAGCAAGGGCTGATATCCAGTTACCAGAAGTTCCAGAAAGGC  586

seq1  AGCTTTCCTAAGCTGAAGCCAGAGCTGGGTCAGGCATTTTGAGATAAACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTTCCTAAGCTGAAGCCAGAGCTGGGTCAGGCATTTTGAGATAAACT  636

seq1  GCCCTTGAGTCAATCCTTCTCATAATTGACTCCACATGCATACTAGAGCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTTGAGTCAATCCTTCTCATAATTGACTCCACATGCATACTAGAGCT  686

seq1  CCAGTAAACCCACTGATCGAATAAGTTAGACTTGGGTAGAATAATTCTGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTAAACCCACTGATCGAATAAGTTAGACTTGGGTAGAATAATTCTGT  736

seq1  GCTCTGTTGTTGATACCACATCTAGGTTACCCGGATATTTGTTCATTCTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTGTTGTTGATACCACATCTAGGTTACCCGGATATTTGTTCATTCTT  786

seq1  CTCAAGGAATGCCTCTTGGTGCACAGATAACTCTTATATGTTGGAAGACA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAGGAATGCCTCTTGGTGCACAGATAACTCTTATATGTTGGAAGACA  836

seq1  CAGGTTTATTGATAAGAACTTTGATCTGCAACTTGGAAATCATCTTTTTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTTTATTGATAAGAACTTTGATCTGCAACTTGGAAATCATCTTTTTT  886

seq1  TGTGTGTTATAGAAAAGCTTTTTTATTTAAGTCTGTATGTATGTATTCTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTTATAGAAAAGCTTTTTTATTTAAGTCTGTATGTATGTATTCTT  936

seq1  TAATGCACACATATATGCACAGCTCTTCACATTTAAGACATACTAGATCA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGCACACATATATGCACAGCTCTTCACATTTAAGACATACTAGATCA  986

seq1  AAATGATATCACAGCAACTTTTCCCTAGATGTACCCTCATATTCATATCT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGATATCACAGCAACTTTTCCCTAGATGTACCCTCATATTCATATCT  1036

seq1  TTTAATTCAATGAACAGAAATTTTGAAATAACAGAAATACTACATGATAT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATTCAATGAACAGAAATTTTGAAATAACAGAAATACTACATGATAT  1086

seq1  TCAAAAATATTAGTAATGAATTC  1123
      |||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAAATATTAGTAATGAATTC  1109