BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-117J20
Chromosome1 (Build37)
Map Location 13,514,420 - 13,590,566
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG621685, Tram1
Upstream geneLOC100039709, LOC621353, LOC100039733, Sulf1, Slco5a1, LOC383490, Prdm14, Ncoa2, LOC665341, LOC100039812
Downstream geneLactb2, Xkr9, LOC100039843, EG433273, LOC100039859, LOC100039869, Eya1, LOC665391
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-117J20.bB6Ng01-117J20.g
ACCDH922310DH922311
length9961,202
definitionDH922310|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-117J20, 5' end.DH922311|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-117J20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(13,589,631 - 13,590,566)(13,514,420 - 13,515,640)
sequence
gaattccttcatgccttctccaccatgatgactgtatcctctcaaaccag
aggccaaagcaaccctctcctgaactctttcaagcatttcttgagtggca
aggagggtaattaaagcaacttcgcacagggccatgcagatctagcttct
ctgtgccaggtcttctggtacagtgatggaaagctagcaaagcctacaca
ttccctaacgtggcatgcacagcttgacacacacggccgttccctacaca
tttgttagggcatgcctagtcattcaccacaatagcacccagatcatttc
actgtgcttcctacctggtcaagtttcagtactaactagagccaaccatg
tcaaactctaagaagatggcactgagagacaggaggaggaggtcttcctc
acacactagcctgggatggaaactatgcaaagaacccttgcagctgaggt
gctccgggtggctaaggacatttgactaacaatgactgtctctgctgttg
ccaactcctgcagcaacccttggaaccaatgacatttgacttaaggtagc
ttggatgcactcctttttgtcctttgtcccctcagatgtgcctgttccac
cagaaggctgtatctaggattgcagccttgctgatcccatgtaagagcta
tgtagtggagagtcattttctcacacatatttggagttgacatgccttct
ttgtgtccatagttaaacctctcgtgtcaccaagtatcaccatgctctcc
ccctgcaaggtgctgtttgtccctttaacttcagctgaaagtctcttgtc
agtctccaagcctttcctctgcatccctttgtgcaccacctggttcagaa
cccacactccctacctctttctggatattttcttctttgtctttcttaga
agtcaggctgcagccctcactgaaaatagcaacctgttttcccaagagct
ttctcaagaggtgctgttccctcaccccacccccacactcacatac
gaattcaaatcaggggaagctcaagagagactaacacagttgtccaggca
acacatgatgaaggactctggatacaaagggaggaatgcttacagctcag
agatgaactgggtgggagatggaaggctagaacaaacccaagtgtcacta
gattcctggagtaaggacagcattgtgtagttacctataggacttgtgga
tagtcacagaagtagctgagggctgaatgaaatgaaattttatgttaagg
tatagacggatgatagggacttctaagaagagacggtaaaaggagaagta
ctatatcccaaagggcatccatcacttaaagttaccgtatcagctatgaa
gagatggtttgaaagacctgggtgaatctaaaaagccatgtttgtatgga
tctcttttggccattctggtaagcactaggaatggagaacagtaatcaag
ccccatggcgttcctatgtagttctgatgatgtaggataatggtcacaac
atcacagggatcccaaggagcggagggagcatccttccaggccagtgtcg
gtcagtgttcattgtccacttgacagaatctagaacaccctgagagatgg
gcttctggagatgtccttgggaatgatctttattatgctaattggagtgg
aaccgtttcctagctataggatacttggggctgagctacaggatgggcat
aagaactggtgaagtaggcgtgcttgaacttcggaaatctcataaatccg
aggcaggatgaacagagctacccctcccagactccagtgtctgctctgga
acacatagccatgaccatcatctagagggccatgggcactcagtcacaca
gcatagcaccgggagttcttctgcatgctaatgaactctctagatagcct
tgagccattgtgcccacagccacatgaactgggtactcctgaaaggcagc
tggggctgaagagaatagagagcgagagagatgaggccaagacaatattt
ctgatcaaagcttcaagtttactaacacctgtgctatatagcagaaagcc
atcctgcaggtcaatctggatgctgtcacagctgaggtgatctatctgaa
gactggtttgcaataggtgtaaattacttgaatgcctgcttgtctaaggc
tctctcagcaggtagcagtgcctggtaagagcactagcctgtacagaaca
at
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_13589631_13590566
seq2: B6Ng01-117J20.b_47_982 (reverse)

seq1  CAGGTTGCTATTTTCAGTGAGGGCTGCAGCCTGACTTCTAAGAAAGACAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTTGCTATTTTCAGTGAGGGCTGCAGCCTGACTTCTAAGAAAGACAA  50

seq1  AGAAGAAAATATCCAGAAAGAGGTAGGGAGTGTGGGTTCTGAACCAGGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGAAAATATCCAGAAAGAGGTAGGGAGTGTGGGTTCTGAACCAGGTG  100

seq1  GTGCACAAAGGGATGCAGAGGAAAGGCTTGGAGACTGACAAGAGACTTTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCACAAAGGGATGCAGAGGAAAGGCTTGGAGACTGACAAGAGACTTTC  150

seq1  AGCTGAAGTTAAAGGGACAAACAGCACCTTGCAGGGGGAGAGCATGGTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGAAGTTAAAGGGACAAACAGCACCTTGCAGGGGGAGAGCATGGTGA  200

seq1  TACTTGGTGACACGAGAGGTTTAACTATGGACACAAAGAAGGCATGTCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTGGTGACACGAGAGGTTTAACTATGGACACAAAGAAGGCATGTCAA  250

seq1  CTCCAAATATGTGTGAGAAAATGACTCTCCACTACATAGCTCTTACATGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAAATATGTGTGAGAAAATGACTCTCCACTACATAGCTCTTACATGG  300

seq1  GATCAGCAAGGCTGCAATCCTAGATACAGCCTTCTGGTGGAACAGGCACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCAGCAAGGCTGCAATCCTAGATACAGCCTTCTGGTGGAACAGGCACA  350

seq1  TCTGAGGGGACAAAGGACAAAAAGGAGTGCATCCAAGCTACCTTAAGTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAGGGGACAAAGGACAAAAAGGAGTGCATCCAAGCTACCTTAAGTCA  400

seq1  AATGTCATTGGTTCCAAGGGTTGCTGCAGGAGTTGGCAACAGCAGAGACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTCATTGGTTCCAAGGGTTGCTGCAGGAGTTGGCAACAGCAGAGACA  450

seq1  GTCATTGTTAGTCAAATGTCCTTAGCCACCCGGAGCACCTCAGCTGCAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATTGTTAGTCAAATGTCCTTAGCCACCCGGAGCACCTCAGCTGCAAG  500

seq1  GGTTCTTTGCATAGTTTCCATCCCAGGCTAGTGTGTGAGGAAGACCTCCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCTTTGCATAGTTTCCATCCCAGGCTAGTGTGTGAGGAAGACCTCCT  550

seq1  CCTCCTGTCTCTCAGTGCCATCTTCTTAGAGTTTGACATGGTTGGCTCTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTGTCTCTCAGTGCCATCTTCTTAGAGTTTGACATGGTTGGCTCTA  600

seq1  GTTAGTACTGAAACTTGACCAGGTAGGAAGCACAGTGAAATGATCTGGGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGTACTGAAACTTGACCAGGTAGGAAGCACAGTGAAATGATCTGGGT  650

seq1  GCTATTGTGGTGAATGACTAGGCATGCCCTAACAAATGTGTAGGGAACGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATTGTGGTGAATGACTAGGCATGCCCTAACAAATGTGTAGGGAACGG  700

seq1  CCGTGTGTGTCAAGCTGTGCATGCCACGTTAGGGAATGTGTAGGCTTTGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTGTGTGTCAAGCTGTGCATGCCACGTTAGGGAATGTGTAGGCTTTGC  750

seq1  TAGCTTTCCATCACTGTACCAGAAGACCTGGCACAGAGAAGCTAGATCTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTTTCCATCACTGTACCAGAAGACCTGGCACAGAGAAGCTAGATCTG  800

seq1  CATGGCCCTGTGCGAAGTTGCTTTAATTACCCTCCTTGCCACTCAAGAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGCCCTGTGCGAAGTTGCTTTAATTACCCTCCTTGCCACTCAAGAAA  850

seq1  TGCTTGAAAGAGTTCAGGAGAGGGTTGCTTTGGCCTCTGGTTTGAGAGGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTGAAAGAGTTCAGGAGAGGGTTGCTTTGGCCTCTGGTTTGAGAGGA  900

seq1  TACAGTCATCATGGTGGAGAAGGCATGAAGGAATTC  936
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGTCATCATGGTGGAGAAGGCATGAAGGAATTC  936

seq1: chr1_13514420_13515640
seq2: B6Ng01-117J20.g_65_1266

seq1  GAATTCAAATCAGGGGAAGCTCAAGAGAGACTAACACAGTTGTCCAGGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAATCAGGGGAAGCTCAAGAGAGACTAACACAGTTGTCCAGGCA  50

seq1  ACACATGATGAAGGACTCTGGATACAAAGGGAGGAATGCTTACAGCTCAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATGATGAAGGACTCTGGATACAAAGGGAGGAATGCTTACAGCTCAG  100

seq1  AGATGAACTGGGTGGGAGATGGAAGGCTAGAACAAACCCAAGTGTCACTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGAACTGGGTGGGAGATGGAAGGCTAGAACAAACCCAAGTGTCACTA  150

seq1  GATTCCTGGAGTAAGGACAGCATTGTGTAGTTACCTATAGGACTTGTGGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCCTGGAGTAAGGACAGCATTGTGTAGTTACCTATAGGACTTGTGGA  200

seq1  TAGTCACAGAAGTAGCTGAGGGCTGAATGAAATGAAATTTTATGTTAAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCACAGAAGTAGCTGAGGGCTGAATGAAATGAAATTTTATGTTAAGG  250

seq1  TATAGACGGATGATAGGGACTTCTAAGAAGAGACGGTAAAAGGAGAAGTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGACGGATGATAGGGACTTCTAAGAAGAGACGGTAAAAGGAGAAGTA  300

seq1  CTATATCCCAAAGGGCATCCATCACTTAAAGTTACCGTATCAGCTATGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATATCCCAAAGGGCATCCATCACTTAAAGTTACCGTATCAGCTATGAA  350

seq1  GAGATGGTTTGAAAGACCTGGGTGAATCTAAAAAGCCATGTTTGTATGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATGGTTTGAAAGACCTGGGTGAATCTAAAAAGCCATGTTTGTATGGA  400

seq1  TCTCTTTTGGCCATTCTGGTAAGCACTAGGAATGGAGAACAGTAATCAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTTTGGCCATTCTGGTAAGCACTAGGAATGGAGAACAGTAATCAAG  450

seq1  CCCCATGGCGTTCCTATGTAGTTCTGATGATGTAGGATAATGGTCACAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCATGGCGTTCCTATGTAGTTCTGATGATGTAGGATAATGGTCACAAC  500

seq1  ATCACAGGGATCCCAAGGAGCGGAGGGAGCATCCTTCCAGGCCAGTGTCG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACAGGGATCCCAAGGAGCGGAGGGAGCATCCTTCCAGGCCAGTGTCG  550

seq1  GTCAGTGTTCATTGTCCACTTGACAGAATCTAGAACACCCTGAGAGATGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGTGTTCATTGTCCACTTGACAGAATCTAGAACACCCTGAGAGATGG  600

seq1  GCTTCTGGAGATGTCCTTGGGAATGATCTTTATTATGCTAATTGGAGTGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCTGGAGATGTCCTTGGGAATGATCTTTATTATGCTAATTGGAGTGG  650

seq1  AACCGTTTCCTAGCTATAGGATACTTGGGGCTGAGCTACAGGATGGGCAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCGTTTCCTAGCTATAGGATACTTGGGGCTGAGCTACAGGATGGGCAT  700

seq1  AAGAACTGGTGAAGTAGGCGTGCTTGAACTTCGGAAATCTCATAAATCCG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAACTGGTGAAGTAGGCGTGCTTGAACTTCGGAAATCTCATAAATCCG  750

seq1  AGGCAGGATGAACAGAGCTACCCCTCCCAGACTCCAGTGTCTGCTCTGGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGGATGAACAGAGCTACCCCTCCCAGACTCCAGTGTCTGCTCTGGA  800

seq1  ACACATAGCCATGACCATCATCTAGAGGGCCATGGGCACTCAGTCACACA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATAGCCATGACCATCATCTAGAGGGCCATGGGCACTCAGTCACACA  850

seq1  GCATAGCACCGGGAGTTCTTCTGCATGCTAATGAACTCTCTAGATAGCCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATAGCACCGGGAGTTCTTCTGCATGCTAATGAACTCTCTAGATAGCCT  900

seq1  TGAGCCATTGTGCCCACAGCCACATGAACTGGGTACTCCTGAAAGGCAGG  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TGAGCCATTGTGCCCACAGCCACATGAACTGGGTACTCCTGAAAGGCA-G  949

seq1  CTGGGGCTGAAAGAGAATAGAGAGCGAGAGAAGATGAGGCCAAGACAATA  1000
      ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  CTGGGGCTG-AAGAGAATAGAGAGCGAGAG-AGATGAGGCCAAGACAATA  997

seq1  -TTCTGATCAAAGCCTTCAAGTTTACTAACAACCTGTGCTTATATAAGCA  1049
       |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||
seq2  TTTCTGATCAAAG-CTTCAAGTTTACTAAC-ACCTGTGC-TATAT-AGCA  1043

seq1  GAGAGCCCATCCTGCAGGTCCATTCTTGATGCCTGTCACCAGCCTGTAGG  1099
      || || ||||||||||||| || ||| |||| |||||| ||| ||| |||
seq2  GAAAG-CCATCCTGCAGGT-CAATCTGGATG-CTGTCA-CAG-CTG-AGG  1087

seq1  TGATCTATCTGAAAGAACTGGTTTGGCAAATAGGTGTAAATTACTGGATT  1149
      |||||||||||||   |||||||||   ||||||||||||||||| || |
seq2  TGATCTATCTGAA--GACTGGTTTG--CAATAGGTGTAAATTACTTGAAT  1133

seq1  GCTTGC-TGTCTCAGGGGCCTCTCAGCAGGTAGCAGTGTCTTGGAGAAGA  1198
      || ||| ||||| | ||  ||||||||||||||||||| ||  |  ||||
seq2  GCCTGCTTGTCT-AAGGCTCTCTCAGCAGGTAGCAGTGCCT--GGTAAGA  1180

seq1  GCAGCAGCCTGTGACAGAACAAT  1221
      |||  ||||||| ||||||||||
seq2  GCACTAGCCTGT-ACAGAACAAT  1202