BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-118E09
Chromosome1 (Build37)
Map Location 112,381,649 - 112,495,371
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG626652
Upstream geneEG666508, Cdh7, LOC100041429
Downstream geneCdh19
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-118E09.bB6Ng01-118E09.g
ACCDH922796DH922797
length1,1131,175
definitionDH922796|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-118E09, 5' end.DH922797|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-118E09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(112,381,649 - 112,382,746)(112,494,174 - 112,495,371)
sequence
gaattctttgaaatgttgtgagtatttcaggttgaagttacctctttccc
tgtgtgtcaaataagattatcaaagacatcaatgactttcttttatttct
caggtgacttcatttgtataagagaagtcaatggctacatattctcttcc
atctgcattaagctcttccttgctgaatttcagcctgactcaatagatgt
cacagactcagttgaatattacttggtcccacaattcactgaagtcaaat
tactgcaaagattcttagttttaagactatccaataacacttcagacatt
tagacatatgcacacataagcacacaggagtatatatatatgtatatata
tatatatatatacatcatatacatacacacacacacatatattattgaca
tatgatacatggtatatgatatatgatatgcaatacacgatatgctatat
gatctatatattatatatatatgcatgtgtttatagtgtgtacatgtatg
aatgtttgtatgcatcagctattagatattatctctgaatttattctcaa
ataatatgattgaaatgatctaaggaattcgtaatgagagtgtgaggtta
tatgtacaggtgattaacagagttctagtagtcataaaacagccagtcac
tccaaaatgtcaatgtacgtattctatcattgttttcctgattgtataat
tgaaattattgaactacaattgaaagaaaaaacaattatacacattttca
cttgttaatttaaagccactgagctatggaaatccaaaaaaaatatctta
aaattaccttccttctgcactggtttcataaaattcatttcaggatgatt
gaaatgagtattgccatcattaaaggaatgaatggtcttgttgtggatag
ccctaaaattccacatttagtttcagtctggccactataaaattaatata
ttgtccagataactatggagtagcataaactgaacaaatgttatctcagt
tactgtttgtggtgtaataatggtactactatgcaacaatttaatggaac
gcccagtataggtattagggtattgatcaaagtaaatctgtttaaaaata
tcaacggtggatt
gaattccagcccagagctagaataactgccaagaaatataaaaatttgat
aacttatgattaagaatttattttaaaattaaattccagaatgatggagg
acacaaaagaaaatgaaaaggttgtgcataactatcatcaagttgtgcca
agtataaaacctattacagtgcctaaggcaatgtggttaccattatctct
tatgtaaggatatacatgtttccatcactgacactgaatttccatacaga
ttactgatctatatagcacctaggaatgctttgaaaggttcttgaaattt
tagaaaattcaacctagattaactacattttagatacatcatcttgtata
ttcaactaaggaaggaatagaaacatctttatggagtcttctaagtccta
attttgtacacattttaatcattggtagtaaaaactagttcttgaattat
tgcattaatgtatcactgaattttcagaatgtataaaaatgtcttcagta
tatctggccaatttttatattacttcatataactgaatgctaattctgtc
ctgaataatgaatcttgttaaaaattggatatttaaatcaatataatttt
atgtatacacttgtatatataacatactcataatctttgttgcacctgta
cactactttatatcttggttaatcttatgatatttatttgcttctttgca
ttttgttgatatattagcttcctgagttttatttttattttatttttatt
agatattttctttatttacatttcaaatgttatcctctttcctagtttcc
tctccaaaagtcccatatccactctgccctctccctgctcccgaacatac
ccactcctgcttcctggacctggaattcctctgtgctagagcttagaaca
ttcataagaccctgggcctctcctctcagtgatgaccaactgggccatcc
tctgctacatatgcagctggagatataagtcctaccatgtgtttttttga
ttagtggtttagttccagggagctctggggtactggttaattcatattgt
tttttttttagggctgcaaccccttcagctcctgggtacttttcttgatc
ctgaaaatcaagaaatactacctcagttttcattgtgatgaaatcattca
tttagtattctgagaatgccatgca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_112381649_112382746
seq2: B6Ng01-118E09.b_48_1140

seq1  GAATTCTTTGAAATGTTGTGAGTATTTCAGGTTGAAGTTACCTCTTTCCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGAAATGTTGTGAGTATTTCAGGTTGAAGTTACCTCTTTCCC  50

seq1  TGTGTGTCAAATAAGATTATCAAAGACATCAATGACTTTCTTTTATTTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTCAAATAAGATTATCAAAGACATCAATGACTTTCTTTTATTTCT  100

seq1  CAGGTGACTTCATTTGTATAAGAGAAGTCAATGGCTACATATTCTCTTCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTGACTTCATTTGTATAAGAGAAGTCAATGGCTACATATTCTCTTCC  150

seq1  ATCTGCATTAAGCTCTTCCTTGCTGAATTTCAGCCTGACTCAATAGATGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGCATTAAGCTCTTCCTTGCTGAATTTCAGCCTGACTCAATAGATGT  200

seq1  CACAGACTCAGTTGAATATTACTTGGTCCCACAATTCACTGAAGTCAAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGACTCAGTTGAATATTACTTGGTCCCACAATTCACTGAAGTCAAAT  250

seq1  TACTGCAAAGATTCTTAGTTTTAAGACTATCCAATAACACTTCAGACATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGCAAAGATTCTTAGTTTTAAGACTATCCAATAACACTTCAGACATT  300

seq1  TAGACATATGCACACATAAGCACACAGGAGTATATATATATGTATATATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACATATGCACACATAAGCACACAGGAGTATATATATATGTATATATA  350

seq1  TATATATATATACATCATATACATACACACACACACATATATTATTGACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATATATATACATCATATACATACACACACACACATATATTATTGACA  400

seq1  TATGATACATGGTATATGATATATGATATGCAATACACGATATGCTATAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGATACATGGTATATGATATATGATATGCAATACACGATATGCTATAT  450

seq1  GATCTATATATTATATATATATGCATGTGTTTATAGTGTGTACATGTATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTATATATTATATATATATGCATGTGTTTATAGTGTGTACATGTATG  500

seq1  AATGTTTGTATGCATCAGCTATTAGATATTATCTCTGAATTTATTCTCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTTTGTATGCATCAGCTATTAGATATTATCTCTGAATTTATTCTCAA  550

seq1  ATAATATGATTGAAATGATCTAAGGAATTCGTAATGAGAGTGTGAGGTTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATATGATTGAAATGATCTAAGGAATTCGTAATGAGAGTGTGAGGTTA  600

seq1  TATGTACAGGTGATTAACAGAGTTCTAGTAGTCATAAAACAGCCAGTCAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTACAGGTGATTAACAGAGTTCTAGTAGTCATAAAACAGCCAGTCAC  650

seq1  TCCAAAATGTCAATGTACGTATTCTATCATTGTTTTCCTGATTGTATAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAAATGTCAATGTACGTATTCTATCATTGTTTTCCTGATTGTATAAT  700

seq1  TGAAATTATTGAACTACAATTGAAAGAAAAAACAATTATACACATTTTCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATTATTGAACTACAATTGAAAGAAAAAACAATTATACACATTTTCA  750

seq1  CTTGTTAATTTAAAGCCACTGAGCTATGGAAATCCAAAAAAAATATCTTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTTAATTTAAAGCCACTGAGCTATGGAAATCCAAAAAAAATATCTTA  800

seq1  AAATTACCTTCCTTCTGCACTGGTTTCATAAAATTCATTTCAGGATGATT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTACCTTCCTTCTGCACTGGTTTCATAAAATTCATTTCAGGATGATT  850

seq1  GAAATGAGTATTGCCATCATTAAAGGAATGAATGGTCTTGTTGTGGATAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATGAGTATTGCCATCATTAAAGGAATGAATGGTCTTGTTGTGGATAG  900

seq1  CCCTAAAATTCCACATTTAGTTTCAGTCTGGCCACTATAAAATTAATATA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTAAAATTCCACATTTAGTTTCAGTCTGGCCACTATAAAATTAATATA  950

seq1  TTGTCCAGATAACTATGGAGTAGCATAAACTGAAACAAATGTTATCTCAG  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TTGTCCAGATAACTATGGAGTAGCATAAACTG-AACAAATGTTATCTCAG  999

seq1  TTACTGTTTGT-GTGTCACATATGGTACTACTATGCAAACAATTTAATGG  1049
      ||||||||||| |||| | | ||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TTACTGTTTGTGGTGTAATA-ATGGTACTACTATGC-AACAATTTAATGG  1047

seq1  ATCGCCCAGTATTAGGTATATGGGTATTGATCAAAGTTAAGATCTGTTT  1098
      | ||||||||| |||||||  ||||||||||||||||  | ||||||||
seq2  AACGCCCAGTA-TAGGTATTAGGGTATTGATCAAAGT--AAATCTGTTT  1093

seq1: chr1_112494174_112495371
seq2: B6Ng01-118E09.g_69_1243 (reverse)

seq1  TGCATGGCATGCTCACAGATATACTAAAAATTGGATAGAATTTCATCACA  50
      |||||||||| |||| |   ||||||||   || ||   |||||||||||
seq2  TGCATGGCATTCTCAGA---ATACTAAA---TGAAT--GATTTCATCACA  42

seq1  AATTGAAAAAACTGA-GTAGATAATTTCTTGAATATTTCAAGGAATCAGA  99
      |  ||  |||||||| ||||   |||||||||   |||||  | ||||  
seq2  A--TG--AAAACTGAGGTAG--TATTTCTTGA--TTTTCA--GGATCAAG  82

seq1  GAAAGTACCCAAGGAGCTGAAGGGGTTTGCAGCCCTATAAAAGAAAAACA  149
       ||||||||| |||||||||||||| |||||||||  ||||| |||||||
seq2  AAAAGTACCC-AGGAGCTGAAGGGG-TTGCAGCCC--TAAAAAAAAAACA  128

seq1  ATATGAATTAACCAGTACCCCCAGAGCTCCCTGGAACTAAACCACTAATC  199
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGAATTAACCAGTA-CCCCAGAGCTCCCTGGAACTAAACCACTAATC  177

seq1  AAAGAAAACACATGGTAGGACTTATATCTCCAGCTGCATATGTAGCAGAG  249
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAA-AAAACACATGGTAGGACTTATATCTCCAGCTGCATATGTAGCAGAG  226

seq1  GATGGCCCAGTTGGTCATCACTGAGAGGAGAGGCCCAGGGTCTTATGAAT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGCCCAGTTGGTCATCACTGAGAGGAGAGGCCCAGGGTCTTATGAAT  276

seq1  GTTCTAAGCTCTAGCACAGAGGAATTCCAGGTCCAGGAAGCAGGAGTGGG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTAAGCTCTAGCACAGAGGAATTCCAGGTCCAGGAAGCAGGAGTGGG  326

seq1  TATGTTCGGGAGCAGGGAGAGGGCAGAGTGGATATGGGACTTTTGGAGAG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTTCGGGAGCAGGGAGAGGGCAGAGTGGATATGGGACTTTTGGAGAG  376

seq1  GAAACTAGGAAAGAGGATAACATTTGAAATGTAAATAAAGAAAATATCTA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACTAGGAAAGAGGATAACATTTGAAATGTAAATAAAGAAAATATCTA  426

seq1  ATAAAAATAAAATAAAAATAAAACTCAGGAAGCTAATATATCAACAAAAT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAAATAAAATAAAAATAAAACTCAGGAAGCTAATATATCAACAAAAT  476

seq1  GCAAAGAAGCAAATAAATATCATAAGATTAACCAAGATATAAAGTAGTGT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAGAAGCAAATAAATATCATAAGATTAACCAAGATATAAAGTAGTGT  526

seq1  ACAGGTGCAACAAAGATTATGAGTATGTTATATATACAAGTGTATACATA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGTGCAACAAAGATTATGAGTATGTTATATATACAAGTGTATACATA  576

seq1  AAATTATATTGATTTAAATATCCAATTTTTAACAAGATTCATTATTCAGG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTATATTGATTTAAATATCCAATTTTTAACAAGATTCATTATTCAGG  626

seq1  ACAGAATTAGCATTCAGTTATATGAAGTAATATAAAAATTGGCCAGATAT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAATTAGCATTCAGTTATATGAAGTAATATAAAAATTGGCCAGATAT  676

seq1  ACTGAAGACATTTTTATACATTCTGAAAATTCAGTGATACATTAATGCAA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAAGACATTTTTATACATTCTGAAAATTCAGTGATACATTAATGCAA  726

seq1  TAATTCAAGAACTAGTTTTTACTACCAATGATTAAAATGTGTACAAAATT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTCAAGAACTAGTTTTTACTACCAATGATTAAAATGTGTACAAAATT  776

seq1  AGGACTTAGAAGACTCCATAAAGATGTTTCTATTCCTTCCTTAGTTGAAT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACTTAGAAGACTCCATAAAGATGTTTCTATTCCTTCCTTAGTTGAAT  826

seq1  ATACAAGATGATGTATCTAAAATGTAGTTAATCTAGGTTGAATTTTCTAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAAGATGATGTATCTAAAATGTAGTTAATCTAGGTTGAATTTTCTAA  876

seq1  AATTTCAAGAACCTTTCAAAGCATTCCTAGGTGCTATATAGATCAGTAAT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTCAAGAACCTTTCAAAGCATTCCTAGGTGCTATATAGATCAGTAAT  926

seq1  CTGTATGGAAATTCAGTGTCAGTGATGGAAACATGTATATCCTTACATAA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTATGGAAATTCAGTGTCAGTGATGGAAACATGTATATCCTTACATAA  976

seq1  GAGATAATGGTAACCACATTGCCTTAGGCACTGTAATAGGTTTTATACTT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATAATGGTAACCACATTGCCTTAGGCACTGTAATAGGTTTTATACTT  1026

seq1  GGCACAACTTGATGATAGTTATGCACAACCTTTTCATTTTCTTTTGTGTC  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACAACTTGATGATAGTTATGCACAACCTTTTCATTTTCTTTTGTGTC  1076

seq1  CTCCATCATTCTGGAATTTAATTTTAAAATAAATTCTTAATCATAAGTTA  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCATCATTCTGGAATTTAATTTTAAAATAAATTCTTAATCATAAGTTA  1126

seq1  TCAAATTTTTATATTTCTTGGCAGTTATTCTAGCTCTGGGCTGGAATTC  1198
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATTTTTATATTTCTTGGCAGTTATTCTAGCTCTGGGCTGGAATTC  1175