BAC Information

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BAC

Clone NameB6Ng01-118H19
Chromosome1 (Build37)
Map Location 113,168,086 - 113,292,562
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100041429, EG626652, Cdh19
Downstream geneEG666578, Dsel, LOC547247, EG626897, LOC666615
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-118H19.bB6Ng01-118H19.g
ACCDH922952DH922953
length1,148863
definitionDH922952|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-118H19, 5' end.DH922953|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-118H19, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(113,168,086 - 113,169,239)(113,291,706 - 113,292,562)
sequence
gaattcttccatcacattttatgattatacagatgctcttttttgctaat
gtctaaattaaatgcctgctgatctatgaagtcctccctgccatctttga
tcccctggagtttgttaaacagaaccatgtgctacctttggaataaattt
agtaattatcttcataaaaatgtgtttccgagctggtgagatggcttagt
gggtaagagaaaccgactgctcttccaaaagtctggagttcaaatcccag
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agatagattgatagatatagatgtagatgtagatgtagatatagatatat
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agactacctaagtgttggacatttggtgatgtttcacacctaaaataaac
acattgataaaagcagcacattttaatagttggaaaaaattaaaatatag
ttaaatgaaaaactttaaaataggtaattattataatagtaatacaaata
gaaaccagatttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_113168086_113169239
seq2: B6Ng01-118H19.b_44_1191

seq1  GAATTCTTCCATCACATTTTATGATTATACAGATGCTCTTTTTTGCTAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  GTCTAAATTAAATGCCTGCTGATCTATGAAGTCCTCCCTGCCATCTTTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  TCCCCTGGAGTTTGTTAAACAGAACCATGTGCTACCTTTGGAATAAATTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCTGGAGTTTGTTAAACAGAACCATGTGCTACCTTTGGAATAAATTT  150

seq1  AGTAATTATCTTCATAAAAATGTGTTTCCGAGCTGGTGAGATGGCTTAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAATTATCTTCATAAAAATGTGTTTCCGAGCTGGTGAGATGGCTTAGT  200

seq1  GGGTAAGAGAAACCGACTGCTCTTCCAAAAGTCTGGAGTTCAAATCCCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTAAGAGAAACCGACTGCTCTTCCAAAAGTCTGGAGTTCAAATCCCAG  250

seq1  CAACCACATGGTGGCTCACAACCATCCATAACGAGATCTGACTCCCTCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCACATGGTGGCTCACAACCATCCATAACGAGATCTGACTCCCTCTT  300

seq1  CTGGAGTATCTGAAGACAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAGTGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAGTATCTGAAGACAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAGTGC  350

seq1  TTTTATTTTCATATAATTAAATACATTAATGTGTTTTATAGCTTGAGGTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATTTTCATATAATTAAATACATTAATGTGTTTTATAGCTTGAGGTT  400

seq1  CAATAGAAAAAAAACACAGTTATATGACTTAAACACCGGTTTCAGTCTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAGAAAAAAAACACAGTTATATGACTTAAACACCGGTTTCAGTCTTG  450

seq1  TTTTTCGCATGCAGAATTAAGATGAAACAATGTTAGTGGGATCTTCTTAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCGCATGCAGAATTAAGATGAAACAATGTTAGTGGGATCTTCTTAT  500

seq1  TAAGTTTCAGGTTTGTGTACAGTGTACAGTGAAAAGCAGAGCTGTAACAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTTTCAGGTTTGTGTACAGTGTACAGTGAAAAGCAGAGCTGTAACAT  550

seq1  CACTATATTCTACAAAATGACTCAATTAAGGTAAAATTTTATTATTATAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTATATTCTACAAAATGACTCAATTAAGGTAAAATTTTATTATTATAT  600

seq1  GCATCAATGTATAATAATAATTACTGTCTAAATATTAATATATTAAAACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCAATGTATAATAATAATTACTGTCTAAATATTAATATATTAAAACA  650

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTAGAGCCAGAGAGATAGGGTCCTGCATATGATGCAAGTTCAGTCAC  700

seq1  AAAACTCACATTGGGGAGATTATAACCACCCATAATATCAGCTCCAGAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTCACATTGGGGAGATTATAACCACCCATAATATCAGCTCCAGAGA  750

seq1  ATCTAATTCTCTGTTCCAGCATGAACAGAAACCTGCTCTTAATTGTTCAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAATTCTCTGTTCCAGCATGAACAGAAACCTGCTCTTAATTGTTCAT  800

seq1  ACCAACATACAAAAATGCACATATACACATAACTTAAGAGAAGATCCTTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAACATACAAAAATGCACATATACACATAACTTAAGAGAAGATCCTTC  850

seq1  AAAACATGCAAAATTTCTAATATGTTTATAAAACACACAATATATAATGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACATGCAAAATTTCTAATATGTTTATAAAACACACAATATATAATGT  900

seq1  ATATATATATATATGTATGTATATATATATATATGTATATATATAAATGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATATATATATGTATGTATATATATATATATGTATATATATAAATGT  950

seq1  GCATATAATATTCCTAAAAATCTATATTAATATGTCAGTTGTGTTACTGA  1000
      ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATATAATATTCCT-AAAATTTATATTAATATGTCAGTTGTGTTACTGA  999

seq1  ATTGTGTTGAATGATTGTGTTCAACATTATTGCTACTATTCTAATTTTAC  1050
      ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  ATTGTGTTGAATGATTGTG-TCAACATTATTGCTACTATTCTAA-TTTAC  1047

seq1  AATGAAAACATAAAACTATGAATTACTTTTTCTTACACTTTTGTTTTTTT  1100
       ||||||||||||||||||| | |||||||   ||| |||||||||||||
seq2  -ATGAAAACATAAAACTATGGAATACTTTT--CTACGCTTTTGTTTTTTT  1094

seq1  TTAAATTTTTTTATTAGGTATTTAGC-TCA-TTTACATTTCCAATGC--T  1146
      | |    |||||| |||||||||||| ||| ||||||||| | ||||  |
seq2  TCA---GTTTTTAATAGGTATTTAGCGTCAGTTTACATTTTC-ATGCCAT  1140

seq1  ATACAAAA  1154
      ||||||||
seq2  ATACAAAA  1148

seq1: chr1_113291706_113292562
seq2: B6Ng01-118H19.g_69_930 (reverse)

seq1  AAATCTGGCTTCTATTTGTATTACTATTATAATAATTACCTATTTT-AAG  49
      |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  AAATCTGGTTTCTATTTGTATTACTATTATAATAATTACCTATTTTAAAG  50

seq1  TTTTTCATTT-ACTATATTTTAATTTTTTCCAACTATTAAAATGTGCTGC  98
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCATTTAACTATATTTTAATTTTTTCCAACTATTAAAATGTGCTGC  100

seq1  TTTTATCAATGTG-TTATTTTAGGTGTGAAACATCACC-AATGTCCAACA  146
      ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TTTTATCAATGTGTTTATTTTAGGTGTGAAACATCACCAAATGTCCAACA  150

seq1  CTTAGGTAGTCTCC-AAAAGGAATGAGTCAATCTTAAATTGCAAGATGTA  195
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CTTAGGTAGTCTCCAAAAAGGAATGAGTCAATCTTAAATCGCAAGATGTA  200

seq1  ATGTGTAAAATAATATATCTATATCTACATCTACATCTACATCTATATCT  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTAAAATAATATATCTATATCTACATCTACATCTACATCTATATCT  250

seq1  ATCAATCTATCTATATACAATATAGTTTCTTATAGAACTAGACTACATTT  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAATCTATCTATATACAATATAGTTTCTTATAGAACTAGACTACATTT  300

seq1  TATAGAATGCTGAGAGATTTCTACATTCATACTGTTCACATACAAGTGTG  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGAATGCTGAGAGATTTCTACATTCATACTGTTCACATACAAGTGTG  350

seq1  CTCATTATGTTGATACTGCAATTCTATTTAGTTATCTACAAGTTACACAT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATTATGTTGATACTGCAATTCTATTTAGTTATCTACAAGTTACACAT  400

seq1  TCAAAAACATGACATCTAGTTACCAAAGAATTACAAAATAAAATTTATAA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAAACATGACATCTAGTTACCAAAGAATTACAAAATAAAATTTATAA  450

seq1  TGACTTAAGGAAGCATACCATTTTGTTTGGGTACAGCTCAATTCATTGCT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTTAAGGAAGCATACCATTTTGTTTGGGTACAGCTCAATTCATTGCT  500

seq1  ATCCTGGACTATGAATAACCTTAGATGAAAGCATACACATACCTCAAGAC  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTGGACTATGAATAACCTTAGATGAAAGCATACACATACCTCAAGAC  550

seq1  ATAAGAACACACCTCCTTTATTTTCTTCTCCAAAGCTTATTTTTCACACA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGAACACACCTCCTTTATTTTCTTCTCCAAAGCTTATTTTTCACACA  600

seq1  CTTTATGGCATCAAAATTATGTTTACTATGATGAGACAATTGCTTCCTAA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATGGCATCAAAATTATGTTTACTATGATGAGACAATTGCTTCCTAA  650

seq1  TTCTAGCTTTTATTGAAAAATGTTATAGAAGTGATCAAAAGTAAATTGAT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAGCTTTTATTGAAAAATGTTATAGAAGTGATCAAAAGTAAATTGAT  700

seq1  GGTCAATATTGGAAGTCTTACAGTTTCTTCAAATTCTAATATACAACACA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCAATATTGGAAGTCTTACAGTTTCTTCAAATTCTAATATACAACACA  750

seq1  GTATGATTTATAAATGTGTATGATTAAATGAAACCATAAAGCCAAGCATT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGATTTATAAATGTGTATGATTAAATGAAACCATAAAGCCAAGCATT  800

seq1  TTAGGAACAAATAATTAATCTCACTACTCAGGGGGTAGAGACAGGTGGAT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGAACAAATAATTAATCTCACTACTCAGGGGGTAGAGACAGGTGGAT  850

seq1  CCCTGTGAATTC  857
      ||||||||||||
seq2  CCCTGTGAATTC  862