BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-118N16
Chromosome1 (Build37)
Map Location 137,144,858 - 137,315,251
singlet/doubletdoublet
Overlap geneElf3, Rnpep, Timm17a, Lmod1, Tmem58, Ipo9
Upstream geneMyog, Ppfia4, LOC100042382, Tmem183a, 4933406M09Rik, Cyb5r1, Adipor1, Klhl12, Rabif, 4931440L10Rik, Jarid1b, LOC100042418, Syt2, Ppp1r12b, Ube2t, Lgr6, Ptprv, LOC100042432, Ptpn7, Arl8a, Gpr37l1, LOC100043064
Downstream geneNav1, EG215714, LOC623327, Csrp1, Phlda3, Tnni1, Lad1, Tnnt2, LOC100042477, Pkp1, 9830123M21Rik, Tmem9, Ascl5, Cacna1s, Kif21b, 2310006M14Rik, 5730559C18Rik, LOC100042513, Gpr25, Camsap1l1, 9230116N13Rik, Ddx59
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-118N16.bB6Ng01-118N16.g
ACCDH923226DH923227
length1,177975
definitionDH923226|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-118N16, 5' end.DH923227|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-118N16, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(137,314,086 - 137,315,251)(137,144,858 - 137,145,833)
sequence
gaattctgattgcaccttggcactctgctttgtctctttgagccttagtt
tctaagatgctatcttcagatgttatcttatttctgttctgttactctga
agagacaccatgaccagtacaactctgatcagattgaggcttgccacagt
aggggtgagctcaggatcgtcgtggcaggaagcaggacaggtaggctgct
agatcagtagctgagagacacactaggcctggcataggcctttggaacct
caaagcccatccccagtgacacactcccttcaacaaggccacacctactc
cagcgaggccgtacctcctcaaacagtttcattccctggtgactagacat
ctagatatatgagtctatgaaggccattctcattcaaaccaccacagagg
agtttttggtagttgacctatgctaatctatgtaaagtattgagcataat
agctgacatgcattagtagactgagtaacctttagttattaggcttaaca
taattcttgcgtattctttcctatttagctgactctgtatcctcttgaaa
atgtcttgatagttccatctttagatgataatatataaacacatgaaatg
aagtgtaaagtgatcaaattcaaagacttgtactccactgcatagttcaa
ccaggaaaaaattaagaatagtcagtgttgagttgagtgtggcagtactc
acctttaaacccagcacttagaaggcagcaatctctgtgagttctaggcc
aaccagagctatacagtaaaaccctgtcttaaagatagaacaaaaaaata
gtcagggctaaagagatgactggtttaagaatgcttgctgctcttccaga
agactcaagtcaggttcccagccctgtgtgctgttagctgcctctactcc
agcagtttgctgtacctccagctccttcactcacatacatgtgccccctg
acctcacacacatgccaataaattcaaacatttgatttttcatttacgga
ctggagaaaataactttgtttaagaacactgactgctcttccaaagacct
ggagcttagtttctcaggacccaaatcagtggctcacaagtcgtcagtta
ctcagctcctggggatcttatgccatcttcaaccttctgagaacagcaca
catgtgggcaatacaatacaatacttc
gaattcagagctagagtgagttcaaggccaacctcaggtgcatgagcttg
tgagaggttgaggagcagactgagagaaagagcggaggagactgattttc
tggagtctttagctactgctgtgtttcttcagctattagaggagagagaa
ttgatgcctgtctgctgtctccatggtaatggcagtttttcattggccca
atccccgccttggccctgacttgtaaggaacccggcttgagatacaagga
ctctaaatcccagcatgccttgtatgttgggactttcccatcagccctgt
agcgtgggtcacagaggccggcaggtgtggagatgggcaggtgagactga
gtcacgcggggagactgggcgtggcttcctggatcggctccatagttcaa
gtgctggttccagtaacgggcagctgagctggcttaattgccgcagccgc
ctcagcctagttctgcacgtagcagcagcacctgcagcggggctgtaggg
tgagaagcagatggcattccccaggagcagccgccccaaggctatcacga
gagttccctccttctccttcgggtggtacctagggtccttgagtagtctg
gtttaaacctaccccatgatagatgtgtttgtttatcaggagaccactta
ctaaactgcctatcttttataagtggaattgagacaactgagcaccactg
agcttaggggttgcttagcacctttcaaagctgtcagttggggggggctg
tggggaagtctggagacgtggttcaagccctagctcctaactctctggtt
tgctggtttccttatactgcagacttgttgcaagtgatagggagatgact
ggagactccgtgggctcctctacccaaggctctctatcttactggctacg
tctctaagaggttaaagctagcacttgggaggcagaggcaggtggatttc
tgagtttcgaggccagctctggtct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_137314086_137315251
seq2: B6Ng01-118N16.b_58_1223 (reverse)

seq1  GAAGTATGTGTATTTGTAT--GCCACATGTGTGCTGGTTCCTCAGAGGGT  48
      ||||||| |||| ||||||   ||||||||||||||  | |||||| |||
seq2  GAAGTAT-TGTA-TTGTATTGCCCACATGTGTGCTG--TTCTCAGAAGGT  46

seq1  GGAAGATGGCATAAGATCCCCAGGAGCTGGAGTCACTGACGAC-TGTGAG  97
       ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||
seq2  TGAAGATGGCATAAGATCCCCAGGAGCT-GAGTAACTGACGACTTGTGAG  95

seq1  CCACCTGATTTGGGTTCTG-GGAACTGAGCT-CAGGTCCTTTGGAAGAGC  145
      ||| ||||||||||| ||| | |||| |||| ||||| ||||||||||||
seq2  CCA-CTGATTTGGGTCCTGAGAAACTAAGCTCCAGGT-CTTTGGAAGAGC  143

seq1  AGTCAGTGTTCTTAAACAAAGTTA-TCTCTCCAGTCCCTTAATTGAAAAA  194
      |||||||||||||||||||||||| | |||||||| || ||| |||||||
seq2  AGTCAGTGTTCTTAAACAAAGTTATTTTCTCCAGT-CCGTAAATGAAAAA  192

seq1  TCAAATGTTTG-ATTTATTGGCATGTGTGTGAGGTCAGGGGGCACATGTA  243
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATGTTTGAATTTATTGGCATGTGTGTGAGGTCAGGGGGCACATGTA  242

seq1  TGTGAGTGAAGGAGCTGGAGGTACAGCAAACTGCTGGAGTAGAGGCAGCT  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAGTGAAGGAGCTGGAGGTACAGCAAACTGCTGGAGTAGAGGCAGCT  292

seq1  AACAGCACACAGGGCTGGGAACCTGACCTGAGTCTTCTGGAAGAGCAGCA  343
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGCACACAGGGCTGGGAACCTGACTTGAGTCTTCTGGAAGAGCAGCA  342

seq1  AGCATTCTT-AACCAGTCATCTCTTTAGCCCTGACTATTTTTTTGTTCTA  392
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATTCTTAAACCAGTCATCTCTTTAGCCCTGACTATTTTTTTGTTCTA  392

seq1  TCTTTAAGACAGGGTTTTACTGTATAGCTCTGGTTGGCCTAGAACTCACA  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTAAGACAGGGTTTTACTGTATAGCTCTGGTTGGCCTAGAACTCACA  442

seq1  GAGATTGCTGCCTTCTAAGTGCTGGGTTTAAAGGTGAGTACTGCCACACT  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATTGCTGCCTTCTAAGTGCTGGGTTTAAAGGTGAGTACTGCCACACT  492

seq1  CAACTCAACACTGACTATTCTTAATTTTTTCCTGGTTGAACTATGCAGTG  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTCAACACTGACTATTCTTAATTTTTTCCTGGTTGAACTATGCAGTG  542

seq1  GAGTACAAGTCTTTGAATTTGATCACTTTACACTTCATTTCATGTGTTTA  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTACAAGTCTTTGAATTTGATCACTTTACACTTCATTTCATGTGTTTA  592

seq1  TATATTATCATCTAAAGATGGAACTATCAAGACATTTTCAAGAGGATACA  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTATCATCTAAAGATGGAACTATCAAGACATTTTCAAGAGGATACA  642

seq1  GAGTCAGCTAAATAGGAAAGAATACGCAAGAATTATGTTAAGCCTAATAA  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCAGCTAAATAGGAAAGAATACGCAAGAATTATGTTAAGCCTAATAA  692

seq1  CTAAAGGTTACTCAGTCTACTAATGCATGTCAGCTATTATGCTCAATACT  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAGGTTACTCAGTCTACTAATGCATGTCAGCTATTATGCTCAATACT  742

seq1  TTACATAGATTAGCATAGGTCAACTACCAAAAACTCCTCTGTGGTGGTTT  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACATAGATTAGCATAGGTCAACTACCAAAAACTCCTCTGTGGTGGTTT  792

seq1  GAATGAGAATGGCCTTCATAGACTCATATATCTAGATGTCTAGTCACCAG  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGAGAATGGCCTTCATAGACTCATATATCTAGATGTCTAGTCACCAG  842

seq1  GGAATGAAACTGTTTGAGGAGGTACGGCCTCGCTGGAGTAGGTGTGGCCT  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATGAAACTGTTTGAGGAGGTACGGCCTCGCTGGAGTAGGTGTGGCCT  892

seq1  TGTTGAAGGGAGTGTGTCACTGGGGATGGGCTTTGAGGTTCCAAAGGCCT  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGAAGGGAGTGTGTCACTGGGGATGGGCTTTGAGGTTCCAAAGGCCT  942

seq1  ATGCCAGGCCTAGTGTGTCTCTCAGCTACTGATCTAGCAGCCTACCTGTC  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCAGGCCTAGTGTGTCTCTCAGCTACTGATCTAGCAGCCTACCTGTC  992

seq1  CTGCTTCCTGCCACGACGATCCTGAGCTCACCCCTACTGTGGCAAGCCTC  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTCCTGCCACGACGATCCTGAGCTCACCCCTACTGTGGCAAGCCTC  1042

seq1  AATCTGATCAGAGTTGTACTGGTCATGGTGTCTCTTCAGAGTAACAGAAC  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTGATCAGAGTTGTACTGGTCATGGTGTCTCTTCAGAGTAACAGAAC  1092

seq1  AGAAATAAGATAACATCTGAAGATAGCATCTTAGAAACTAAGGCTCAAAG  1142
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATAAGATAACATCTGAAGATAGCATCTTAGAAACTAAGGCTCAAAG  1142

seq1  AGACAAAGCAGAGTGCCAAGGTGC  1166
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAAAGCAGAGTGCCAAGGTGC  1166

seq1: chr1_137144858_137145833
seq2: B6Ng01-118N16.g_67_1041

seq1  GAATTCAGAGCTAGAGTGAGTTCAAGGCCAACCTCAGGTGCATGAGCTTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGAGCTAGAGTGAGTTCAAGGCCAACCTCAGGTGCATGAGCTTG  50

seq1  TGAGAGGTTGAGGAGCAGACTGAGAGAAAGAGCGGAGGAGACTGATTTTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAGGTTGAGGAGCAGACTGAGAGAAAGAGCGGAGGAGACTGATTTTC  100

seq1  TGGAGTCTTTAGCTACTGCTGTGTTTCTTCAGCTATTAGAGGAGAGAGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGTCTTTAGCTACTGCTGTGTTTCTTCAGCTATTAGAGGAGAGAGAA  150

seq1  TTGATGCCTGTCTGCTGTCTCCATGGTAATGGCAGTTTTTCATTGGCCCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATGCCTGTCTGCTGTCTCCATGGTAATGGCAGTTTTTCATTGGCCCA  200

seq1  ATCCCCGCCTTGGCCCTGACTTGTAAGGAACCCGGCTTGAGATACAAGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCCGCCTTGGCCCTGACTTGTAAGGAACCCGGCTTGAGATACAAGGA  250

seq1  CTCTAAATCCCAGCATGCCTTGTATGTTGGGACTTTCCCATCAGCCCTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAAATCCCAGCATGCCTTGTATGTTGGGACTTTCCCATCAGCCCTGT  300

seq1  AGCGTGGGTCACAGAGGCCGGCAGGTGTGGAGATGGGCAGGTGAGACTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGTGGGTCACAGAGGCCGGCAGGTGTGGAGATGGGCAGGTGAGACTGA  350

seq1  GTCACGCGGGGAGACTGGGCGTGGCTTCCTGGATCGGCTCCATAGTTCAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACGCGGGGAGACTGGGCGTGGCTTCCTGGATCGGCTCCATAGTTCAA  400

seq1  GTGCTGGTTCCAGTAACGGGCAGCTGAGCTGGCTTAATTGCCGCAGCCGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTGGTTCCAGTAACGGGCAGCTGAGCTGGCTTAATTGCCGCAGCCGC  450

seq1  CTCAGCCTAGTTCTGCACGTAGCAGCAGCACCTGCAGCGGGGCTGTAGGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGCCTAGTTCTGCACGTAGCAGCAGCACCTGCAGCGGGGCTGTAGGG  500

seq1  TGAGAAGCAGATGGCATTCCCCAGGAGCAGCCGCCCCAAGGCTATCACGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAAGCAGATGGCATTCCCCAGGAGCAGCCGCCCCAAGGCTATCACGA  550

seq1  GAGTTCCCTCCTTCTCCTTCGGGTGGTACCTAGGGTCCTTGAGTAGTCTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTCCCTCCTTCTCCTTCGGGTGGTACCTAGGGTCCTTGAGTAGTCTG  600

seq1  GTTTAAACCTACCCCATGATAGATGTGTTTGTTTATCAGGAGACCACTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAAACCTACCCCATGATAGATGTGTTTGTTTATCAGGAGACCACTTA  650

seq1  CTAAACTGCCTATCTTTTATAAGTGGAATTGAGACAACTGAGCACCACTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAACTGCCTATCTTTTATAAGTGGAATTGAGACAACTGAGCACCACTG  700

seq1  AGCTTAGGGGTTGCTTAGCACCTTTCAAAGCTGTCAGTTGGGGGGGGCTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTAGGGGTTGCTTAGCACCTTTCAAAGCTGTCAGTTGGGGGGGGCTG  750

seq1  TGGGGAAGTCTGGAGACGTGGTTCAAGCCCTAGCTCCTAACTCTCTGGTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGAAGTCTGGAGACGTGGTTCAAGCCCTAGCTCCTAACTCTCTGGTT  800

seq1  TGCTGGTTTCCTTATACTGCAGACTTGTTGCAAGTGATAGGGAGATGACT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGGTTTCCTTATACTGCAGACTTGTTGCAAGTGATAGGGAGATGACT  850

seq1  GGAGACTCCGTGGGCTCCTCTACCCAAGGCTCTCTATCTTACTTGGCTAC  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GGAGACTCCGTGGGCTCCTCTACCCAAGGCTCTCTATCTTAC-TGGCTAC  899

seq1  GTCTCTAAAGAGGTTAAAGCTTAGCACGTGGGAGGCAGAGGCAGGTGGAT  950
      |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCT-AAGAGGTTAAAGC-TAGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGTGGAT  947

seq1  TTCTGAG-TTCGAGGCCAGC-CTGGTCT  976
      ||||||| |||||||||||| |||||||
seq2  TTCTGAGTTTCGAGGCCAGCTCTGGTCT  975