BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-120C20
Chromosome1 (Build37)
Map Location 102,921,604 - 103,058,054
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneC230078M14Rik, EG666200
Downstream geneLOC100041909, LOC100040993, LOC383650
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-120C20.bB6Ng01-120C20.g
ACCDH924189DH924190
length8471,159
definitionDH924189|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-120C20, 5' end.DH924190|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-120C20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(103,057,208 - 103,058,054)(102,921,604 - 102,922,762)
sequence
gaattctattagtgacttttctggccaatgagattaatgatatgttggtg
agacatagtctggattatttgtgtatgaacgtgggaaagtaaaggaattt
cattctgttttgggatgggcatgcttgggctcatacaaaagacaaaccca
gagaacacaaaagctatcacacaacccactctctgaagagagagacagag
aatctgggattgagaatgcctataagtggccttcttgttttgctatcaaa
gctggtgagccaaacgctatgcagcaatgtagcctcatgggataaagtct
tttgatgctccagtatttctgctctgacaacaaacctttcaaaagctcct
caagataatgggacaggaataaaggactgagtatgaatgtcaaaaaactg
taaagatggtggattctccttgccactttttctctggtccattacttact
ttgaaaatatatacagatttcccagagcttgtgagcccaccactctagct
attaaaattgcatatacaggggatacatgctcatgtttatttgccagtta
tgtactctttttctggaattctcagggaacaatggaccctgtctcagaaa
gtaaggttgacagtgagggatgacagccaaagctgtccactgtcttccaa
ataaatacacttctgctgggaggcatggtggtgcaagcctttaatcccag
cacttgagaggcagaggcaggcagatttctgagttcgaggccagcctggt
ctacaaagtgagtttcagtgataaaatcagcactcattttcttttctttt
tctcttggtgataaatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg
gaattccggggcccatgtgaatctgcatagcatatcttggctttgtgctg
ttgtctcattcactcaccattgcaatcctcctgttcctgcactccccacc
acctctctgccaaatgcagagttcggctctaaatgtggaacagagatcag
aagaagttcctcatgatgctctggtttgaattcgatgcagaagtgataca
tagaaggggtagaacaagcactggtgctttgaagagcaggatgaagtatg
aggaagctgtgtgtgtttctggggtttgggtgtgctataaatgtctcttg
attggaaagagagttccattagtaaatgctttttgtaaaagcatgaggac
ttggcttctatacctcaaaactcatgttaaaaacccatatgaagtaagga
attagtatgtgaagaccagtagatcccatgtgtgaactctaggacactga
agcactgtctcaaaaaattaggtggatagcaactagggaatctaaactct
ggtatccatatatgcatgcatacatgtgtgtgctcatacacataaacaca
caaatgataacctcttgtctatcttcactgggcagaatcttcactgggca
gacttatcattgcttgttcagttttatacaactacatgagcaaatttata
atttttgagtgatgaaatatgagggaccttttcattttttaatcacaatt
cctggtttttattcatttcagaacccatacaaagctataaagtcatgatc
taagaccttttaaaattaaattactttatttatttacattacaaattttg
ccctcctttcagttcatgtcccagaatttttactccataaccttttgctt
ctgagagggttctatctcactacaaaacccttcccaacttttgtggccct
cagcatcccccttctctgggacattaagtctctacaggaatatgtggtcc
tatcctagtggggacaaggcattcctctgctaaataagtgccagagaccg
cggaacaagaccatgtatgctctttggttggtggcctagtttctatgaga
gcctcccagggatctgggtagtgaatgtatgattttcccatagcgttgca
atcccctcacgctccttcagtcctcccaatactattccaagaggttctga
ccttagtcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_103057208_103058054
seq2: B6Ng01-120C20.b_42_888 (reverse)

seq1  CACACACACACACACACACACACACACACACATTTATCACCAAGAGAAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACACACACACACACACACATTTATCACCAAGAGAAAA  50

seq1  AGAAAAGAAAATGAGTGCTGATTTTATCACTGAAACTCACTTTGTAGACC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAGAAAATGAGTGCTGATTTTATCACTGAAACTCACTTTGTAGACC  100

seq1  AGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCTGCCTGCCTCTGCCTCTCAAGTGCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCTGCCTGCCTCTGCCTCTCAAGTGCTG  150

seq1  GGATTAAAGGCTTGCACCACCATGCCTCCCAGCAGAAGTGTATTTATTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTAAAGGCTTGCACCACCATGCCTCCCAGCAGAAGTGTATTTATTTG  200

seq1  GAAGACAGTGGACAGCTTTGGCTGTCATCCCTCACTGTCAACCTTACTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGACAGTGGACAGCTTTGGCTGTCATCCCTCACTGTCAACCTTACTTT  250

seq1  CTGAGACAGGGTCCATTGTTCCCTGAGAATTCCAGAAAAAGAGTACATAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGACAGGGTCCATTGTTCCCTGAGAATTCCAGAAAAAGAGTACATAA  300

seq1  CTGGCAAATAAACATGAGCATGTATCCCCTGTATATGCAATTTTAATAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCAAATAAACATGAGCATGTATCCCCTGTATATGCAATTTTAATAGC  350

seq1  TAGAGTGGTGGGCTCACAAGCTCTGGGAAATCTGTATATATTTTCAAAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGTGGTGGGCTCACAAGCTCTGGGAAATCTGTATATATTTTCAAAGT  400

seq1  AAGTAATGGACCAGAGAAAAAGTGGCAAGGAGAATCCACCATCTTTACAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAATGGACCAGAGAAAAAGTGGCAAGGAGAATCCACCATCTTTACAG  450

seq1  TTTTTTGACATTCATACTCAGTCCTTTATTCCTGTCCCATTATCTTGAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTGACATTCATACTCAGTCCTTTATTCCTGTCCCATTATCTTGAGG  500

seq1  AGCTTTTGAAAGGTTTGTTGTCAGAGCAGAAATACTGGAGCATCAAAAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTTTGAAAGGTTTGTTGTCAGAGCAGAAATACTGGAGCATCAAAAGA  550

seq1  CTTTATCCCATGAGGCTACATTGCTGCATAGCGTTTGGCTCACCAGCTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATCCCATGAGGCTACATTGCTGCATAGCGTTTGGCTCACCAGCTTT  600

seq1  GATAGCAAAACAAGAAGGCCACTTATAGGCATTCTCAATCCCAGATTCTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGCAAAACAAGAAGGCCACTTATAGGCATTCTCAATCCCAGATTCTC  650

seq1  TGTCTCTCTCTTCAGAGAGTGGGTTGTGTGATAGCTTTTGTGTTCTCTGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTCTCTCTTCAGAGAGTGGGTTGTGTGATAGCTTTTGTGTTCTCTGG  700

seq1  GTTTGTCTTTTGTATGAGCCCAAGCATGCCCATCCCAAAACAGAATGAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGTCTTTTGTATGAGCCCAAGCATGCCCATCCCAAAACAGAATGAAA  750

seq1  TTCCTTTACTTTCCCACGTTCATACACAAATAATCCAGACTATGTCTCAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTTACTTTCCCACGTTCATACACAAATAATCCAGACTATGTCTCAC  800

seq1  CAACATATCATTAATCTCATTGGCCAGAAAAGTCACTAATAGAATTC  847
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACATATCATTAATCTCATTGGCCAGAAAAGTCACTAATAGAATTC  847

seq1: chr1_102921604_102922762
seq2: B6Ng01-120C20.g_67_1225

seq1  GAATTCCGGGGCCCATGTGAATCTGCATAGCATATCTTGGCTTTGTGCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCGGGGCCCATGTGAATCTGCATAGCATATCTTGGCTTTGTGCTG  50

seq1  TTGTCTCATTCACTCACCATTGCAATCCTCCTGTTCCTGCACTCCCCACC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCTCATTCACTCACCATTGCAATCCTCCTGTTCCTGCACTCCCCACC  100

seq1  ACCTCTCTGCCAAATGCAGAGTTCGGCTCTAAATGTGGAACAGAGATCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCTCTGCCAAATGCAGAGTTCGGCTCTAAATGTGGAACAGAGATCAG  150

seq1  AAGAAGTTCCTCATGATGCTCTGGTTTGAATTCGATGCAGAAGTGATACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGTTCCTCATGATGCTCTGGTTTGAATTCGATGCAGAAGTGATACA  200

seq1  TAGAAGGGGTAGAACAAGCACTGGTGCTTTGAAGAGCAGGATGAAGTATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAGGGGTAGAACAAGCACTGGTGCTTTGAAGAGCAGGATGAAGTATG  250

seq1  AGGAAGCTGTGTGTGTTTCTGGGGTTTGGGTGTGCTATAAATGTCTCTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGCTGTGTGTGTTTCTGGGGTTTGGGTGTGCTATAAATGTCTCTTG  300

seq1  ATTGGAAAGAGAGTTCCATTAGTAAATGCTTTTTGTAAAAGCATGAGGAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGAAAGAGAGTTCCATTAGTAAATGCTTTTTGTAAAAGCATGAGGAC  350

seq1  TTGGCTTCTATACCTCAAAACTCATGTTAAAAACCCATATGAAGTAAGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCTTCTATACCTCAAAACTCATGTTAAAAACCCATATGAAGTAAGGA  400

seq1  ATTAGTATGTGAAGACCAGTAGATCCCATGTGTGAACTCTAGGACACTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGTATGTGAAGACCAGTAGATCCCATGTGTGAACTCTAGGACACTGA  450

seq1  AGCACTGTCTCAAAAAATTAGGTGGATAGCAACTAGGGAATCTAAACTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACTGTCTCAAAAAATTAGGTGGATAGCAACTAGGGAATCTAAACTCT  500

seq1  GGTATCCATATATGCATGCATACATGTGTGTGCTCATACACATAAACACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATCCATATATGCATGCATACATGTGTGTGCTCATACACATAAACACA  550

seq1  CAAATGATAACCTCTTGTCTATCTTCACTGGGCAGAATCTTCACTGGGCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGATAACCTCTTGTCTATCTTCACTGGGCAGAATCTTCACTGGGCA  600

seq1  GACTTATCATTGCTTGTTCAGTTTTATACAACTACATGAGCAAATTTATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTATCATTGCTTGTTCAGTTTTATACAACTACATGAGCAAATTTATA  650

seq1  ATTTTTGAGTGATGAAATATGA-GGACCTTTTCATTTTTTAATCACAATT  699
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTGAGTGATGAAATATGAGGGACCTTTTCATTTTTTAATCACAATT  700

seq1  CCTGGTTTTTATTCATTTCAGAACCCATACAAAGCTATAAAGTCATGATC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGTTTTTATTCATTTCAGAACCCATACAAAGCTATAAAGTCATGATC  750

seq1  TAAGACCTTTTAAAATTAAATTACTTTATTTATTTACATTACAAATTTTG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGACCTTTTAAAATTAAATTACTTTATTTATTTACATTACAAATTTTG  800

seq1  CCCTCCTTTCCAGTTCATGTCCCAGAATTTTTACTCCATAACCTTTTGCT  849
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCCTTT-CAGTTCATGTCCCAGAATTTTTACTCCATAACCTTTTGCT  849

seq1  TCTGAGAGGGTTCTATCTCACTACAAAACCCTTCCCAAC-TTTGTGGCCC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TCTGAGAGGGTTCTATCTCACTACAAAACCCTTCCCAACTTTTGTGGCCC  899

seq1  TCAGCATCCCCCTTCTCTGGGACATTAAGTCTCTACAGG-ATATGTTGGG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||
seq2  TCAGCATCCCCCTTCTCTGGGACATTAAGTCTCTACAGGAATATGT--GG  947

seq1  TCCTATCCTAGT-GAGACAAGGCATTCCTCTGCTACATAAGTGCCAGAGA  996
      |||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TCCTATCCTAGTGGGGACAAGGCATTCCTCTGCTAAATAAGTGCCAGAGA  997

seq1  -CGCGG-ACAAGACCATGTATGCTCTTTGGTTGGTGGCTTAGTTTCTATG  1044
       ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  CCGCGGAACAAGACCATGTATGCTCTTTGGTTGGTGGCCTAGTTTCTATG  1047

seq1  AG---CTCCCAGGGGTCTGGGTTAGTTGATATGTTTGTTTTTCCTATAGA  1091
      ||   ||||||||| |||||| ||| ||| |||| || |||||| |||| 
seq2  AGAGCCTCCCAGGGATCTGGG-TAG-TGA-ATGTATGATTTTCCCATAGC  1094

seq1  GCTGCCATCCCCTTCAGCTCCTTCAGTCCTTCCCATAACTATTCCAAAGG  1141
      | ||| |||||||   ||||||||||||| |||||  |||||||| ||| 
seq2  GTTGCAATCCCCTCACGCTCCTTCAGTCC-TCCCAATACTATTCC-AAGA  1142

seq1  GGTTCCTGACCTCAGTCC  1159
      |||| ||||||| |||||
seq2  GGTT-CTGACCTTAGTCC  1159