BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-121C02
Chromosome1 (Build37)
Map Location 28,879,747 - 29,049,747
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG623924
Upstream geneEG433281, EG665903, Gm597, LOC435614
Downstream geneEG433283, LOC100040665, LOC665944
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-121C02.bB6Ng01-121C02.g
ACCDH924892DH924893
length8671,072
definitionDH924892|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-121C02, 5' end.DH924893|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-121C02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(28,879,747 - 28,880,613)(29,048,676 - 29,049,747)
sequence
gaattctcttaattttcatgataactaaagaaaatatgtacagagaaaga
agagtcagaataatttgaaaataaaaaaacttttagtttgctgtcactat
tccaattatacccataagactatttgttcaaaatagagcagagaaaactt
tgtaatgaaagtgtgcattattccttgcacattaatatattaaattatca
ggtcagggagttagagtgccctttgggtcaataggccacttaagcatcta
gttaaatttatatgagtacattgcttgaaagataattgtaatcatataaa
atgcctcagttcaatgattccaatgtggcttaaagataatgaatcttttg
tatcattcatcttgggaatattaacattatcaagtcttatgactgctaat
gagctttttgcaaggaaaaagcataaattacaggcgcagatattttgatt
gttataagggtgatgctttaaaaagcaattagtatgcctatgagtaaaca
gcagatctgaaattgactttgatcgcaaggaaactgaatatttcaagcat
cataaccattttatgaaaattaatcccttaataaaactagaaacattgcc
caagttttaaataaagtacagctatgaagtttgaaaagtatcagtagcag
aagagctctggaaggataaaggtaatgatctgtttttatatggattgagc
aacttaaatagacagtgaaaaggagaaagtctaccactcagaattccata
aaacttatagaaaaatatgaacatgaaatctattgaagtgattgaactgt
atgtatgaggcagatatgtatatgtgtgtgcatgtacatgtgtgtgtgtg
tgtgtgtgtgagagaga
gaattctgtatctcaagcattctttggtcaggagagaaatgtcctgaaat
gcggcctggagggtgcattagcagaatctaccttaagcctgccaaggtga
actacatcagagtaagccctaagcgtttcattggtgcaagtaatcagtat
tgctttgaagattcttctcctattctaattaacatgatgaaagatacagt
gataccttgatactttatcagatgaagtcattttgggttctctgtgattg
atgcttattttgaaaacctggggatgggagtggatatggccaaagtacat
tgtatgaaatacttaaaaaataggtttttttaaaagaaaagcaaaaaagc
ataccttagcataaactgtttatatgattattgtgctccatcgcataaat
ttcttggtaaaatatgaagatgtctttaaaattggtattattctcatgct
gtgagggcagtgatggctcactggaattgtttcagggttgagtctacagc
tactagcagagtcacttgcacagaatgatcatatatgtacagcacaaact
ggtcttggaagtcttcattatatcctcactcattttaactcccattcatg
ggttatgaagtctcacacagtatctttacatattgccttactaatacatt
gtaagaaaattttctgtgtcttcacaaagaacaaactgaggacacagttc
caacacttccagcagctcctccttgtgccttcaatgacactctcatgctt
aacatagtaaagccactcaaacaatgagggtttctaatagcctgtggtta
ttagagactccaagaacagtttggccatagcctcttcctttcactgcttt
ctctttgtcctgggaggtgcagagccaggaggactcctagtactatgtga
ccagagatgtaactcattctgtgagttccacattcacagcctgcctaaat
gactatagtagagagttggtgatgaagacatttaatatcaacctctggta
tccctgcatgtacatgacagacagtgaaataaatacatgatactcataac
tctcataatccacatgttactc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_28879747_28880613
seq2: B6Ng01-121C02.b_45_911

seq1  GAATTCTCTTAATTTTCATGATAACTAAAGAAAATATGTACAGAGAAAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTTAATTTTCATGATAACTAAAGAAAATATGTACAGAGAAAGA  50

seq1  AGAGTCAGAATAATTTGAAAATAAAAAAACTTTTAGTTTGCTGTCACTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTCAGAATAATTTGAAAATAAAAAAACTTTTAGTTTGCTGTCACTAT  100

seq1  TCCAATTATACCCATAAGACTATTTGTTCAAAATAGAGCAGAGAAAACTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAATTATACCCATAAGACTATTTGTTCAAAATAGAGCAGAGAAAACTT  150

seq1  TGTAATGAAAGTGTGCATTATTCCTTGCACATTAATATATTAAATTATCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAATGAAAGTGTGCATTATTCCTTGCACATTAATATATTAAATTATCA  200

seq1  GGTCAGGGAGTTAGAGTGCCCTTTGGGTCAATAGGCCACTTAAGCATCTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCAGGGAGTTAGAGTGCCCTTTGGGTCAATAGGCCACTTAAGCATCTA  250

seq1  GTTAAATTTATATGAGTACATTGCTTGAAAGATAATTGTAATCATATAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAATTTATATGAGTACATTGCTTGAAAGATAATTGTAATCATATAAA  300

seq1  ATGCCTCAGTTCAATGATTCCAATGTGGCTTAAAGATAATGAATCTTTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCTCAGTTCAATGATTCCAATGTGGCTTAAAGATAATGAATCTTTTG  350

seq1  TATCATTCATCTTGGGAATATTAACATTATCAAGTCTTATGACTGCTAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCATTCATCTTGGGAATATTAACATTATCAAGTCTTATGACTGCTAAT  400

seq1  GAGCTTTTTGCAAGGAAAAAGCATAAATTACAGGCGCAGATATTTTGATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTTTTTGCAAGGAAAAAGCATAAATTACAGGCGCAGATATTTTGATT  450

seq1  GTTATAAGGGTGATGCTTTAAAAAGCAATTAGTATGCCTATGAGTAAACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATAAGGGTGATGCTTTAAAAAGCAATTAGTATGCCTATGAGTAAACA  500

seq1  GCAGATCTGAAATTGACTTTGATCGCAAGGAAACTGAATATTTCAAGCAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGATCTGAAATTGACTTTGATCGCAAGGAAACTGAATATTTCAAGCAT  550

seq1  CATAACCATTTTATGAAAATTAATCCCTTAATAAAACTAGAAACATTGCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAACCATTTTATGAAAATTAATCCCTTAATAAAACTAGAAACATTGCC  600

seq1  CAAGTTTTAAATAAAGTACAGCTATGAAGTTTGAAAAGTATCAGTAGCAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTTTTAAATAAAGTACAGCTATGAAGTTTGAAAAGTATCAGTAGCAG  650

seq1  AAGAGCTCTGGAAGGATAAAGGTAATGATCTGTTTTTATATGGATTGAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGCTCTGGAAGGATAAAGGTAATGATCTGTTTTTATATGGATTGAGC  700

seq1  AACTTAAATAGACAGTGAAAAGGAGAAAGTCTACCACTCAGAATTCCATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTAAATAGACAGTGAAAAGGAGAAAGTCTACCACTCAGAATTCCATA  750

seq1  AAACTTATAGAAAAATATGAACATGAAATCTATTGAAGTGATTGAACTGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTTATAGAAAAATATGAACATGAAATCTATTGAAGTGATTGAACTGT  800

seq1  ATGTATGAGGCAGATATGTATATGTGTGTGCATGTACATGTGTGTGTGTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATGAGGCAGATATGTATATGTGTGTGCATGTACATGTGTGTGTGTG  850

seq1  TGTGTGTGTGAGAGAGA  867
      |||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGAGAGAGA  867

seq1: chr1_29048676_29049747
seq2: B6Ng01-121C02.g_63_1134 (reverse)

seq1  GAGT-ACATGTGGATTATGAGAG-TATGAGTATTCATGTATGTATCTCAC  48
      |||| |||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||| ||||
seq2  GAGTAACATGTGGATTATGAGAGTTATGAGTA-TCATGTATTTATTTCAC  49

seq1  TGTCTGTCCATGTACATGCAGGGATACCAGAGGTTGATATTAAATGTCTT  98
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTGT-CATGTACATGCAGGGATACCAGAGGTTGATATTAAATGTCTT  98

seq1  CATCACCAACTCTCTACTATAGTCATTTAGGCAGGCTGTGAATGTGGAAC  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCACCAACTCTCTACTATAGTCATTTAGGCAGGCTGTGAATGTGGAAC  148

seq1  TCACAGAATGAGTTACATCTCTGGTCACATAGTACTAGGAGTCCTCCTGG  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGAATGAGTTACATCTCTGGTCACATAGTACTAGGAGTCCTCCTGG  198

seq1  CTCTGCACCTCCCAGGACAAAGAGAAAGCAGTGAAAGGAAGAGGCTATGG  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGCACCTCCCAGGACAAAGAGAAAGCAGTGAAAGGAAGAGGCTATGG  248

seq1  CCAAACTGTTCTTGGAGTCTCTAATAACCACAGGCTATTAGAAACCCTCA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAACTGTTCTTGGAGTCTCTAATAACCACAGGCTATTAGAAACCCTCA  298

seq1  TTGTTTGAGTGGCTTTACTATGTTAAGCATGAGAGTGTCATTGAAGGCAC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTGAGTGGCTTTACTATGTTAAGCATGAGAGTGTCATTGAAGGCAC  348

seq1  AAGGAGGAGCTGCTGGAAGTGTTGGAACTGTGTCCTCAGTTTGTTCTTTG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGGAGCTGCTGGAAGTGTTGGAACTGTGTCCTCAGTTTGTTCTTTG  398

seq1  TGAAGACACAGAAAATTTTCTTACAATGTATTAGTAAGGCAATATGTAAA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGACACAGAAAATTTTCTTACAATGTATTAGTAAGGCAATATGTAAA  448

seq1  GATACTGTGTGAGACTTCATAACCCATGAATGGGAGTTAAAATGAGTGAG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACTGTGTGAGACTTCATAACCCATGAATGGGAGTTAAAATGAGTGAG  498

seq1  GATATAATGAAGACTTCCAAGACCAGTTTGTGCTGTACATATATGATCAT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATAATGAAGACTTCCAAGACCAGTTTGTGCTGTACATATATGATCAT  548

seq1  TCTGTGCAAGTGACTCTGCTAGTAGCTGTAGACTCAACCCTGAAACAATT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGCAAGTGACTCTGCTAGTAGCTGTAGACTCAACCCTGAAACAATT  598

seq1  CCAGTGAGCCATCACTGCCCTCACAGCATGAGAATAATACCAATTTTAAA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTGAGCCATCACTGCCCTCACAGCATGAGAATAATACCAATTTTAAA  648

seq1  GACATCTTCATATTTTACCAAGAAATTTATGCGATGGAGCACAATAATCA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATCTTCATATTTTACCAAGAAATTTATGCGATGGAGCACAATAATCA  698

seq1  TATAAACAGTTTATGCTAAGGTATGCTTTTTTGCTTTTCTTTTAAAAAAA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAACAGTTTATGCTAAGGTATGCTTTTTTGCTTTTCTTTTAAAAAAA  748

seq1  CCTATTTTTTAAGTATTTCATACAATGTACTTTGGCCATATCCACTCCCA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATTTTTTAAGTATTTCATACAATGTACTTTGGCCATATCCACTCCCA  798

seq1  TCCCCAGGTTTTCAAAATAAGCATCAATCACAGAGAACCCAAAATGACTT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCAGGTTTTCAAAATAAGCATCAATCACAGAGAACCCAAAATGACTT  848

seq1  CATCTGATAAAGTATCAAGGTATCACTGTATCTTTCATCATGTTAATTAG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGATAAAGTATCAAGGTATCACTGTATCTTTCATCATGTTAATTAG  898

seq1  AATAGGAGAAGAATCTTCAAAGCAATACTGATTACTTGCACCAATGAAAC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGGAGAAGAATCTTCAAAGCAATACTGATTACTTGCACCAATGAAAC  948

seq1  GCTTAGGGCTTACTCTGATGTAGTTCACCTTGGCAGGCTTAAGGTAGATT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTAGGGCTTACTCTGATGTAGTTCACCTTGGCAGGCTTAAGGTAGATT  998

seq1  CTGCTAATGCACCCTCCAGGCCGCATTTCAGGACATTTCTCTCCTGACCA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTAATGCACCCTCCAGGCCGCATTTCAGGACATTTCTCTCCTGACCA  1048

seq1  AAGAATGCTTGAGATACAGAATTC  1072
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATGCTTGAGATACAGAATTC  1072