BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-121G24
Chromosome1 (Build37)
Map Location 39,059,164 - 39,178,323
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEif5b, Rev1, EG329123, Aff3, Lonrf2, Chst10, EG625775, Nms, Pdcl3
Downstream geneNpas2, LOC100041999, Rpl31, Tbc1d8, D1Bwg0212e, Rnf149, EG329126, Creg2, 4933400N17Rik, LOC100042065, Map4k4, Il1r2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-121G24.bB6Ng01-121G24.g
ACCDH925122DH925123
length1,146921
definitionDH925122|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-121G24, 5' end.DH925123|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-121G24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(39,059,164 - 39,060,319)(39,177,589 - 39,178,323)
sequence
gaattcccaactggctgattgaaatcacagtgatgtggagaggttggaat
gttataggtccacaggctaattcggttattttgggctagctttagccccc
ttatttagagccagtccttgcccacacctcagtgttgaaactaacatcct
gactaatagatacaaactcttgcaatctattaccttagtagactacagtt
tccaccaactccaaagctggaagtcatcagcaccttaggcctgtagaaaa
gggtgcccatctcacccaccgtacctgcccttctggtgtactcaccaatg
tgttttaaatttgccttggtttatgacattctatatcctgtacaatctgt
aaaacttcatgaaactgacccccgtactggaacatggaattaggggtagc
ctaatctgtgttcccaggctgtgatcactcaaagtggctccaggataaac
tatctcttactcttgttaaggtgagcgctatagtttctgtgttgatggca
ggtacagctgtgagctgtgtggggcaggaagtgagatggcagctgtaccc
acctctcagttggaggcactgtacagcatccaggcaattctatgctatca
ataaggaacagaacaagtcgggtgtggtggtgcacgcctttaatcccagc
actcaggaggcagaggcaggcggatttctgaggtcgaggccagcctggtc
tacaaagtgagttccaggacagccaagcctatacagaaaccctgtcttga
aaaaccaaaaaaaacaaaaaaaaacaaaagcaaaacaacaaaaaaaggaa
cagaacaagtacactcttttctttcaattttcatatatatgaataatata
tttgttaaatattaggtattttatatctattaaatagctaaaaatgcttg
aacataaaatcttattaagttgtttgactcttatactacttaataaagga
accgttgctaacacttactttgcccagtgcaggatagtgaatttagggcc
ctgtgcacactagacacactcaaggtctgcgcacactaggacaatccttt
catgaactttgtcccagcccaagactggcagtattttcttttagcttatt
gcaaatgagcaaactagttgggccacgaagccgacctgctggggac
gaattctatggagacagcaaagcagcacgggtaggtctaactaaccccat
acaacagcagcagaactataacagccccactcgtcccatggatattcact
gtcttctccacatcagctggggtaaccatggcatacaagttggccagagt
tcctgggctcagagccttaaagttacagcgaaagacccacagtggagatg
cacattgtgaccagtgctggagggagagagagccaggtcagagaggacca
tggctcagccacacatactctgtctaggcacagtaaaagagacaccttgg
gaaaacagtctcttggataatcttttataatttataatttataatttatg
tccctgatacctgaagccccttctggtctccttgggcaactgcatacaca
tgaagcgcttgcgtgcgagcagacaaaaactcatacgtataaaataaaaa
taagtggtgatgttgttgttgatgatgatgataaatcattgtactagggt
tagacacttgagagcactcacggctcttacagacaacccaggctcagttc
ccaatatcatgtaggcttacaatcatttataatttctgtcccagatatct
gatgcccctctagtttccttgggcactgtacacacatgacacagttgcat
gcaagcagacaaaacactcataccctataaaataaaaaaaaaaagaagaa
tgaaatcccttttataaattgcattaagtgatcaggaaacagctctgtca
gtcaagtgcttactgagggattgagttcagatttcccagaacctcagaca
aaagccagcggcttctgtctatacccttagtcctgaaaggccatggggac
aagaggtcttggaagctctctggccagcttgcctattcaaagcactgagg
tccaggtctttctaacactcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_39059164_39060319
seq2: B6Ng01-121G24.b_49_1194

seq1  GAATTCCCAACTGGCTGATTGAAATCACAGTGATGTGGAGAGGTTGGAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCAACTGGCTGATTGAAATCACAGTGATGTGGAGAGGTTGGAAT  50

seq1  GTTATAGGTCCACAGGCTAATTCGGTTATTTTGGGCTAGCTTTAGCCCCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATAGGTCCACAGGCTAATTCGGTTATTTTGGGCTAGCTTTAGCCCCC  100

seq1  TTATTTAGAGCCAGTCCTTGCCCACACCTCAGTGTTGAAACTAACATCCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTAGAGCCAGTCCTTGCCCACACCTCAGTGTTGAAACTAACATCCT  150

seq1  GACTAATAGATACAAACTCTTGCAATCTATTACCTTAGTAGACTACAGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTAATAGATACAAACTCTTGCAATCTATTACCTTAGTAGACTACAGTT  200

seq1  TCCACCAACTCCAAAGCTGGAAGTCATCAGCACCTTAGGCCTGTAGAAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACCAACTCCAAAGCTGGAAGTCATCAGCACCTTAGGCCTGTAGAAAA  250

seq1  GGGTGCCCATCTCACCCACCGTACCTGCCCTTCTGGTGTACTCACCAATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGCCCATCTCACCCACCGTACCTGCCCTTCTGGTGTACTCACCAATG  300

seq1  TGTTTTAAATTTGCCTTGGTTTATGACATTCTATATCCTGTACAATCTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTAAATTTGCCTTGGTTTATGACATTCTATATCCTGTACAATCTGT  350

seq1  AAAACTTCATGAAACTGACCCCCGTACTGGAACATGGAATTAGGGGTAGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTTCATGAAACTGACCCCCGTACTGGAACATGGAATTAGGGGTAGC  400

seq1  CTAATCTGTGTTCCCAGGCTGTGATCACTCAAAGTGGCTCCAGGATAAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATCTGTGTTCCCAGGCTGTGATCACTCAAAGTGGCTCCAGGATAAAC  450

seq1  TATCTCTTACTCTTGTTAAGGTGAGCGCTATAGTTTCTGTGTTGATGGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTCTTACTCTTGTTAAGGTGAGCGCTATAGTTTCTGTGTTGATGGCA  500

seq1  GGTACAGCTGTGAGCTGTGTGGGGCAGGAAGTGAGATGGCAGCTGTACCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTACAGCTGTGAGCTGTGTGGGGCAGGAAGTGAGATGGCAGCTGTACCC  550

seq1  ACCTCTCAGTTGGAGGCACTGTACAGCATCCAGGCAATTCTATGCTATCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCTCAGTTGGAGGCACTGTACAGCATCCAGGCAATTCTATGCTATCA  600

seq1  ATAAGGAACAGAACAAGTCGGGTGTGGTGGTGCACGCCTTTAATCCCAGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGGAACAGAACAAGTCGGGTGTGGTGGTGCACGCCTTTAATCCCAGC  650

seq1  ACTCAGGAGGCAGAGGCAGGCGGATTTCTGAGGTCGAGGCCAGCCTGGTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGGAGGCAGAGGCAGGCGGATTTCTGAGGTCGAGGCCAGCCTGGTC  700

seq1  TACAAAGTGAGTTCCAGGACAGCCAAGCCTATACAGAAACCCTGTCTTGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAAGTGAGTTCCAGGACAGCCAAGCCTATACAGAAACCCTGTCTTGA  750

seq1  AAAACCAAAAAAAACAAAAAAAAACAAAAGCAAAACAACAAAAAAAGGAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACCAAAAAAAACAAAAAAAAACAAAAGCAAAACAACAAAAAAAGGAA  800

seq1  CAGAACAAGTACACTCTTTTCTTTCAATTTTCATATATATGAATAATATA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAACAAGTACACTCTTTTCTTTCAATTTTCATATATATGAATAATATA  850

seq1  TTTGTTAAATATTAGGTATTTTATATCTATTAAATAGCTAAAAATGCTTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTAAATATTAGGTATTTTATATCTATTAAATAGCTAAAAATGCTTG  900

seq1  AACATAAAATCTTATTAAGTTGTTTGACTCTTATAACTACTTAATAAAAG  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||
seq2  AACATAAAATCTTATTAAGTTGTTTGACTCTTAT-ACTACTTAAT-AAAG  948

seq1  GAACCGTTGCTAACACTTACTTTGCCCAGTGCAGGATAGTGAATTTAGGG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCGTTGCTAACACTTACTTTGCCCAGTGCAGGATAGTGAATTTAGGG  998

seq1  CCCTGTGCACACTAGGACAACACTCAGGGCTCTGCGCACACTAGGACAAT  1050
      |||||||||||||| ||| ||||||| || ||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGTGCACACTA-GAC-ACACTCAAGG-TCTGCGCACACTAGGACAAT  1045

seq1  CCTTTTCAATGAACTTTGTCCCAGCCCAAGAAACTGGCCAGTA-TTTCTT  1099
      |||||   ||||||||||||||||||||||  ||||| ||||| ||||||
seq2  CCTTT--CATGAACTTTGTCCCAGCCCAAG--ACTGG-CAGTATTTTCTT  1090

seq1  TTAGCTTAATTGCACATGAGCCAAACCTAG-TGGGCCACG-AGCCGACCT  1147
      ||||||| |||||| ||||||  || |||| ||||||||| |||||||||
seq2  TTAGCTT-ATTGCAAATGAGC--AAACTAGTTGGGCCACGAAGCCGACCT  1137

seq1  GCTGGGGAC  1156
      |||||||||
seq2  GCTGGGGAC  1146

seq1: chr1_39177589_39178323
seq2: B6Ng01-121G24.g_64_801 (reverse)

seq1  TTCCTGATCACTTAATGCAATTTATAAAA-GGATTTCATTCTTC-TTTTT  48
      ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||
seq2  TTCCTGATCACTTAATGCAATTTATAAAAGGGATTTCATTCTTCTTTTTT  50

seq1  TTTTTATTTTATA-GGTATGAGTGTTTTGTCTGCTTGCATGCAACTGTGT  97
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTATTTTATAGGGTATGAGTGTTTTGTCTGCTTGCATGCAACTGTGT  100

seq1  CATGTGTGTACAGTGCCCAAGGAAACTAGAGGGGCATCAGATATCTGGGA  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGTGTACAGTGCCCAAGGAAACTAGAGGGGCATCAGATATCTGGGA  150

seq1  CAGAAATTATAAATGATTGTAAGCCTACATGATATTGGGAACTGAGCCTG  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAATTATAAATGATTGTAAGCCTACATGATATTGGGAACTGAGCCTG  200

seq1  GGTTGTCTGTAAGAGCCGTGAGTGCTCTCAAGTGTCTAACCCTAGTACAA  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGTCTGTAAGAGCCGTGAGTGCTCTCAAGTGTCTAACCCTAGTACAA  250

seq1  TGATTTATCATCATCATCAACAACAACATCACCACTTATTTTTATTTTAT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTTATCATCATCATCAACAACAACATCACCACTTATTTTTATTTTAT  300

seq1  ACGTATGAGTTTTTGTCTGCTCGCACGCAAGCGCTTCATGTGTATGCAGT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTATGAGTTTTTGTCTGCTCGCACGCAAGCGCTTCATGTGTATGCAGT  350

seq1  TGCCCAAGGAGACCAGAAGGGGCTTCAGGTATCAGGGACATAAATTATAA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCAAGGAGACCAGAAGGGGCTTCAGGTATCAGGGACATAAATTATAA  400

seq1  ATTATAAATTATAAAAGATTATCCAAGAGACTGTTTTCCCAAGGTGTCTC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATAAATTATAAAAGATTATCCAAGAGACTGTTTTCCCAAGGTGTCTC  450

seq1  TTTTACTGTGCCTAGACAGAGTATGTGTGGCTGAGCCATGGTCCTCTCTG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTACTGTGCCTAGACAGAGTATGTGTGGCTGAGCCATGGTCCTCTCTG  500

seq1  ACCTGGCTCTCTCTCCCTCCAGCACTGGTCACAATGTGCATCTCCACTGT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGGCTCTCTCTCCCTCCAGCACTGGTCACAATGTGCATCTCCACTGT  550

seq1  GGGTCTTTCGCTGTAACTTTAAGGCTCTGAGCCCAGGAACTCTGGCCAAC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCTTTCGCTGTAACTTTAAGGCTCTGAGCCCAGGAACTCTGGCCAAC  600

seq1  TTGTATGCCATGGTTACCCCAGCTGATGTGGAGAAGACAGTGAATATCCA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTATGCCATGGTTACCCCAGCTGATGTGGAGAAGACAGTGAATATCCA  650

seq1  TGGGACGAGTGGGGCTGTTATAGTTCTGCTGCTGTTGTATGGGGTTAGTT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGACGAGTGGGGCTGTTATAGTTCTGCTGCTGTTGTATGGGGTTAGTT  700

seq1  AGACCTACCCGTGCTGCTTTGCTGTCTCCATAGAATTC  735
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCTACCCGTGCTGCTTTGCTGTCTCCATAGAATTC  738