BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-121J04
Chromosome1 (Build37)
Map Location 61,901,882 - 62,025,418
singlet/doubletdoublet
Overlap genePard3b
Upstream geneRpl18-rs8, Ctla4, LOC100043049, Icos, LOC433313, LOC100042566
Downstream geneLOC667592, Nrp2, LOC100043070
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-121J04.bB6Ng01-121J04.g
ACCDH925222DH925223
length1,225723
definitionDH925222|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-121J04, 5' end.DH925223|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-121J04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(62,024,175 - 62,025,418)(61,901,882 - 61,902,604)
sequence
gaattctgtgacaattagcaagagtgcctataaaagtgctttgaggtcac
aagagaaagaccacataaataccaggtgtgattattctgactacacagaa
ctatcaagcagctttttgtgtaagctacaattataaaggagagtaatcca
ccatggcaaaggtaatgctgtaaattagggtctggatcactttcgagact
tattttagacagtcatattagagacagacagagaggcaaagtagcttcaa
gtgagatgctgagcagaggtgagaggtgtgagcagcagcactggaaagca
catgacgcagagccatttattaaatgtaggcttgaaccaaagccactaaa
ggatgaactctgacagcttctaatccacactgcagcttagcaaccctgaa
cagcattaagagcaatctggggctttgcaggcaccatcattatttctatc
acagtgcatgtttctaagaaaggaacctaaattccccaaatatcggtttc
aagataactgttaataagtcctacacaagcattttctagaaaatgaacaa
aacatttaataaagccacacttcattagttaagcctcctctatttccaat
taccaatattctaatctgcctacacttttatttcttaattaaagtttctc
cgatctatcagagtgtcatcaattaaaatcaaatgtaaattaatcgtggc
tttggatccctacacccatacacaattttcatcagctggtatcatactcc
ttgagagtccctgggtaggtttcatttatctacagcttggaaagtaattt
agttgcaggcagatatgtgaagtgtgcatagaggcctgcacattatgtta
acgttcatgatgaaaatatttgctatgcctgttcccaacattgtctttgc
agacaccttactcaaactggtcttcaaacaaacttttcctaacaggtatg
agccaggggacacttagtggttctcaggtcttgaactttgctattcagat
ttaagacattgggtactgtactatcatatgacagtctgcattatcattat
tttacaacaccaacaaagtgggcacagatgctgcacaaccggagttcatt
cttgggctgattgaccacaccagagaataacaggttaaacaagtgtgaat
gactggtgacaatatggacccaggtgatccaagtcttgggggtaatttca
gaatgcttccactgagttaactgaa
gaattccagtctcccagcaacctgaccgtatgccacagcacaattcatag
gatgagtccttccttaaaatcatgtgttagtgctcatgtgataagctact
tattaatctgagagtgatttttgtcatagtataattattaatctgtctta
gactcattgaatccatctgaaaacattaagatgcaaattctgtttttctc
cttgttcaacaatatcagccccaatatctttagcttatatttatttttga
attttctataaggccacaaaattatacatattgatatactctcatgtgat
atctaaacatacatatatgttgcttaatatttaaacccaagtaggcatat
ctgaggagactaagcagcttttaatagatttcggatgccccatcattttt
gacatcaaaaaccgtttttaaatgatagcatgatatatggattttcaata
agtaatcctttggattaggtccaagtgttccattgatggtagagtagaga
ccattggaagggtttgggtactagtttttttttccattttttattaggta
tttagctcatttacatttccaatgctataccaaaatagttttgttattaa
aggtattggcataagatggtaaatataaagatattgtatgaaggatggga
atatgtaaattatggtgtaagttataagtataggaaagtatatgtatttt
atgatattagagaggataatgca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_62024175_62025418
seq2: B6Ng01-121J04.b_43_1267 (reverse)

seq1  TTCAGTGAACTCAGTGGAAGCCATCTTGAATTATCCCCCAAAGAATTGTG  50
      |||||| ||||||||||||||  |||  |||||  |||| |||| ||| |
seq2  TTCAGTTAACTCAGTGGAAGCATTCTGAAATTA--CCCCCAAGACTTG-G  47

seq1  ATTCAACCTGGGTTCCCATATGTTCACCAGTCAATCACAACTTGTTTAAA  100
      ||   ||||||||  ||||||  |||||||||| |||| |||||||||| 
seq2  AT--CACCTGGGT--CCATATTGTCACCAGTCATTCAC-ACTTGTTTAAC  92

seq1  CTGTTTATTCTCTGTGTGTGTGTCCATCAGCCCA--GATGAACTCCGGGT  148
      ||| |||||||||| ||||| ||| |||||||||   |||||||||||  
seq2  CTG-TTATTCTCTG-GTGTG-GTCAATCAGCCCAAGAATGAACTCCGG--  137

seq1  TGGTGCCAGCATTCTTGTGCCCACTTTGTTGGTGTTGTAAAAATAATGAT  198
      | ||| ||||||   ||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TTGTG-CAGCAT--CTGTGCCCACTTTGTTGGTGTTGT-AAAATAATGAT  183

seq1  AATTGCAGACTGTCATATGATAGTACAGTACCCAATGTCTTAAATCCTGA  248
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  AA-TGCAGACTGTCATATGATAGTACAGTACCCAATGTCTTAAAT-CTGA  231

seq1  ATAGCAAAGTTCAAGACCCTGAGAACCACTAAGTGTCCCCTGGCTCATAC  298
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCAAAGTTCAAGA-CCTGAGAACCACTAAGTGTCCCCTGGCTCATAC  280

seq1  CTGTTAGGAAAAGTTTGTTTTGAAGACCAGTTTGAGTAAGGTGTCTGCAA  348
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTAGGAAAAGTTTG-TTTGAAGACCAGTTTGAGTAAGGTGTCTGCAA  329

seq1  AGACAATGTTGGGAACAGGCATAGCAAATATTTTCATCATGAACGTTAAC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAATGTTGGGAACAGGCATAGCAAATATTTTCATCATGAACGTTAAC  379

seq1  ATAATGTGCAGGCCTCTATGCACACTTCACATATCTGCCTGCAACTAAAT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATGTGCAGGCCTCTATGCACACTTCACATATCTGCCTGCAACTAAAT  429

seq1  TACTTTCCAAGCTGTAGATAAATGAAACCTACCCAGGGACTCTCAAGGAG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTTCCAAGCTGTAGATAAATGAAACCTACCCAGGGACTCTCAAGGAG  479

seq1  TATGATACCAGCTGATGAAAATTGTGTATGGGTGTAGGGATCCAAAGCCA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGATACCAGCTGATGAAAATTGTGTATGGGTGTAGGGATCCAAAGCCA  529

seq1  CGATTAATTTACATTTGATTTTAATTGATGACACTCTGATAGATCGGAGA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGATTAATTTACATTTGATTTTAATTGATGACACTCTGATAGATCGGAGA  579

seq1  AACTTTAATTAAGAAATAAAAGTGTAGGCAGATTAGAATATTGGTAATTG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTTAATTAAGAAATAAAAGTGTAGGCAGATTAGAATATTGGTAATTG  629

seq1  GAAATAGAGGAGGCTTAACTAATGAAGTGTGGCTTTATTAAATGTTTTGT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATAGAGGAGGCTTAACTAATGAAGTGTGGCTTTATTAAATGTTTTGT  679

seq1  TCATTTTCTAGAAAATGCTTGTGTAGGACTTATTAACAGTTATCTTGAAA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTTCTAGAAAATGCTTGTGTAGGACTTATTAACAGTTATCTTGAAA  729

seq1  CCGATATTTGGGGAATTTAGGTTCCTTTCTTAGAAACATGCACTGTGATA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGATATTTGGGGAATTTAGGTTCCTTTCTTAGAAACATGCACTGTGATA  779

seq1  GAAATAATGATGGTGCCTGCAAAGCCCCAGATTGCTCTTAATGCTGTTCA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATAATGATGGTGCCTGCAAAGCCCCAGATTGCTCTTAATGCTGTTCA  829

seq1  GGGTTGCTAAGCTGCAGTGTGGATTAGAAGCTGTCAGAGTTCATCCTTTA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTGCTAAGCTGCAGTGTGGATTAGAAGCTGTCAGAGTTCATCCTTTA  879

seq1  GTGGCTTTGGTTCAAGCCTACATTTAATAAATGGCTCTGCGTCATGTGCT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCTTTGGTTCAAGCCTACATTTAATAAATGGCTCTGCGTCATGTGCT  929

seq1  TTCCAGTGCTGCTGCTCACACCTCTCACCTCTGCTCAGCATCTCACTTGA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGTGCTGCTGCTCACACCTCTCACCTCTGCTCAGCATCTCACTTGA  979

seq1  AGCTACTTTGCCTCTCTGTCTGTCTCTAATATGACTGTCTAAAATAAGTC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTACTTTGCCTCTCTGTCTGTCTCTAATATGACTGTCTAAAATAAGTC  1029

seq1  TCGAAAGTGATCCAGACCCTAATTTACAGCATTACCTTTGCCATGGTGGA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGAAAGTGATCCAGACCCTAATTTACAGCATTACCTTTGCCATGGTGGA  1079

seq1  TTACTCTCCTTTATAATTGTAGCTTACACAAAAAGCTGCTTGATAGTTCT  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTCTCCTTTATAATTGTAGCTTACACAAAAAGCTGCTTGATAGTTCT  1129

seq1  GTGTAGTCAGAATAATCACACCTGGTATTTATGTGGTCTTTCTCTTGTGA  1198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTAGTCAGAATAATCACACCTGGTATTTATGTGGTCTTTCTCTTGTGA  1179

seq1  CCTCAAAGCACTTTTATAGGCACTCTTGCTAATTGTCACAGAATTC  1244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAAAGCACTTTTATAGGCACTCTTGCTAATTGTCACAGAATTC  1225

seq1: chr1_61901882_61902604
seq2: B6Ng01-121J04.g_64_786

seq1  GAATTCCAGTCTCCCAGCAACCTGACCGTATGCCACAGCACAATTCATAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGTCTCCCAGCAACCTGACCGTATGCCACAGCACAATTCATAG  50

seq1  GATGAGTCCTTCCTTAAAATCATGTGTTAGTGCTCATGTGATAAGCTACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAGTCCTTCCTTAAAATCATGTGTTAGTGCTCATGTGATAAGCTACT  100

seq1  TATTAATCTGAGAGTGATTTTTGTCATAGTATAATTATTAATCTGTCTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAATCTGAGAGTGATTTTTGTCATAGTATAATTATTAATCTGTCTTA  150

seq1  GACTCATTGAATCCATCTGAAAACATTAAGATGCAAATTCTGTTTTTCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCATTGAATCCATCTGAAAACATTAAGATGCAAATTCTGTTTTTCTC  200

seq1  CTTGTTCAACAATATCAGCCCCAATATCTTTAGCTTATATTTATTTTTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTTCAACAATATCAGCCCCAATATCTTTAGCTTATATTTATTTTTGA  250

seq1  ATTTTCTATAAGGCCACAAAATTATACATATTGATATACTCTCATGTGAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCTATAAGGCCACAAAATTATACATATTGATATACTCTCATGTGAT  300

seq1  ATCTAAACATACATATATGTTGCTTAATATTTAAACCCAAGTAGGCATAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAAACATACATATATGTTGCTTAATATTTAAACCCAAGTAGGCATAT  350

seq1  CTGAGGAGACTAAGCAGCTTTTAATAGATTTCGGATGCCCCATCATTTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGGAGACTAAGCAGCTTTTAATAGATTTCGGATGCCCCATCATTTTT  400

seq1  GACATCAAAAACCGTTTTTAAATGATAGCATGATATATGGATTTTCAATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATCAAAAACCGTTTTTAAATGATAGCATGATATATGGATTTTCAATA  450

seq1  AGTAATCCTTTGGATTAGGTCCAAGTGTTCCATTGATGGTAGAGTAGAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAATCCTTTGGATTAGGTCCAAGTGTTCCATTGATGGTAGAGTAGAGA  500

seq1  CCATTGGAAGGGTTTGGGTACTAGTTTTTTTTTCCATTTTTTATTAGGTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTGGAAGGGTTTGGGTACTAGTTTTTTTTTCCATTTTTTATTAGGTA  550

seq1  TTTAGCTCATTTACATTTCCAATGCTATACCAAAATAGTTTTGTTATTAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGCTCATTTACATTTCCAATGCTATACCAAAATAGTTTTGTTATTAA  600

seq1  AGGTATTGGCATAAGATGGTAAATATAAAGATATTGTATGAAGGATGGGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTATTGGCATAAGATGGTAAATATAAAGATATTGTATGAAGGATGGGA  650

seq1  ATATGTAAATTATGGTGTAAGTTATAAGTATAGGAAAGTATATGTATTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTAAATTATGGTGTAAGTTATAAGTATAGGAAAGTATATGTATTTT  700

seq1  ATGATATTAGAGAGGATAATGCA  723
      |||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATATTAGAGAGGATAATGCA  723