BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-121O05
Chromosome1 (Build37)
Map Location 69,948,716 - 70,069,297
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSpag16
Upstream geneErbb4, LOC667842, EG241084, Ikzf2
Downstream geneA830006F12Rik, LOC100043210, EG667884, EG666083, LOC100042804, LOC100042809
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-121O05.bB6Ng01-121O05.g
ACCDH925456DH925457
length1,2161,068
definitionDH925456|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-121O05, 5' end.DH925457|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-121O05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(69,948,716 - 69,949,938)(70,068,223 - 70,069,297)
sequence
gaattccatgagaagaagtaagtgtactggctagttttgtgtcaacttga
cacaggtggagttatcacagaaaaaggagcttcagttgagaaaatgcctc
catgagatccaactgtaaggcattttctcaattagtgatcaaagagaaaa
ggccccttgtgggtgggaccatctctgggctggtaatcttggttctataa
gagagcaggctgagcaagccaggggaagcaagccagtaaggaacatcctt
ccatggcctctgcatcagctcctgcttcctgacctgcttgagttccagtc
ctgacttccttggtgatgaacagcagtatggaagtgtaagccaaataaac
cctttcctccccgacttgcttcttggtcatgatgtttgtgcaggaataga
aactctgactaagacggtaaggaactttgaaagtgtgtggattcatctag
caccatagacacataatgaacttgcaacagtggttgcaattacagacaat
acctgatgaagcttagagtacttctatgccatctaatcaggtccacaatt
tttttcctaaagccaaactatcaagttaagtagggacatgaaaggcaaca
atatcctatatttttaaacaatatcctttattttatggaaggaagccttg
atttcgacagttcctgcaaacatgtacatgagttttactttctttttagg
gatgccaaggtctacagcttccgatgtaactattatagtaagacttcata
aatcaaggaatcattggtatattttattaatgaactgaaatgtataattc
aagtatatataataaggatgaatctctaggaaaaatagccaaggaatgtg
tgcatagtcctacaaagcttactagtaaacagaattcggtcacagtatta
tcaatcaaaaaggagattagctctttttgtgactgattcattgaggttgc
aatatttgcatatatacccccacacacacacacacatgttgaatgtccaa
agaggatatctagtatcttgctttaccactttaaattttatttacttgag
ccaggatttctacttaacttgggagctctgattgtagccatagcttttct
aaattcagtcctcttgtttcgtcactatgggggtgggggttgcagagcct
tgatggccatgccttggccttttacatggaagtctagatccactcaagtt
cttatacctgtgctgc
gaattcacttcaaactaccactgctgaaaatggagactgcagcacaagaa
gtcactaagtattttgttttattatgctcattttccaaatctgaaaacaa
aaatatttttcttgaatttctcttcaaatcatcctgttttgttttgtttt
gttttgttttgttttccaggagaagttgaagagtgggtagacattgattc
cagttcattccactgatacagcctgcctacctggactatttacccttgtg
tatatggcacatggtgctaataacactgtatgcaaatcctttcttgtgac
aatccttgaacctgggttggtaggtgatcatgtgactaccagcagcatga
ttttatgggggacagacattttgttaaatataagtctagatttttatttc
agtccttttattcatatattcatatatccatacaatacttaatgtgtttg
cattttaatgtaaaaaataacttgtttaaagcacttttgaaattaaaatg
ctaaaatatgatggttgatttgttttcataatctgaaactacttgatgct
ggattgaatataaccaaacaaaacatgagtgtttcaaactttagctccaa
taataatggcaatgtataaaattgagaattataaaaatatgtaattacta
gaaaaacaagtaaaaacccttactagacaagcatggacacattgtagttc
ataggtgtatatgacacatctttgtaactgctgtcaagtgagaaactatg
actcagtggtgggtagtctattagttactttcatgttcctgtgacaaaat
ccaagataaaagtgacttaagggaggaaaagcttgcttgaaattataagt
caaggggtgtaccaactattgttttctcatttgggaaaaagaagctagga
gttgagaatgtccctccttaagtcagtctgtgatttaattagtattgatg
tgaaattcctagcccattgatactagtgctaccctgggctgtcacgttga
gtggggaaaaaaagagagcctgagcaaaacatgaagagcaagtcagtaag
cataccttctctatgcca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_69948716_69949938
seq2: B6Ng01-121O05.b_48_1263

seq1  GAATTCCATGAGAAGAAGTAAGTGTACTGGCTAGTTTTGTGTCAACTTGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATGAGAAGAAGTAAGTGTACTGGCTAGTTTTGTGTCAACTTGA  50

seq1  CACAGGTGGAGTTATCACAGAAAAAGGAGCTTCAGTTGAGAAAATGCCTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGGTGGAGTTATCACAGAAAAAGGAGCTTCAGTTGAGAAAATGCCTC  100

seq1  CATGAGATCCAACTGTAAGGCATTTTCTCAATTAGTGATCAAAGAGAAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAGATCCAACTGTAAGGCATTTTCTCAATTAGTGATCAAAGAGAAAA  150

seq1  GGCCCCTTGTGGGTGGGACCATCTCTGGGCTGGTAATCTTGGTTCTATAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCCTTGTGGGTGGGACCATCTCTGGGCTGGTAATCTTGGTTCTATAA  200

seq1  GAGAGCAGGCTGAGCAAGCCAGGGGAAGCAAGCCAGTAAGGAACATCCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGCAGGCTGAGCAAGCCAGGGGAAGCAAGCCAGTAAGGAACATCCTT  250

seq1  CCATGGCCTCTGCATCAGCTCCTGCTTCCTGACCTGCTTGAGTTCCAGTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGGCCTCTGCATCAGCTCCTGCTTCCTGACCTGCTTGAGTTCCAGTC  300

seq1  CTGACTTCCTTGGTGATGAACAGCAGTATGGAAGTGTAAGCCAAATAAAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACTTCCTTGGTGATGAACAGCAGTATGGAAGTGTAAGCCAAATAAAC  350

seq1  CCTTTCCTCCCCGACTTGCTTCTTGGTCATGATGTTTGTGCAGGAATAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTCCTCCCCGACTTGCTTCTTGGTCATGATGTTTGTGCAGGAATAGA  400

seq1  AACTCTGACTAAGACGGTAAGGAACTTTGAAAGTGTGTGGATTCATCTAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCTGACTAAGACGGTAAGGAACTTTGAAAGTGTGTGGATTCATCTAG  450

seq1  CACCATAGACACATAATGAACTTGCAACAGTGGTTGCAATTACAGACAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCATAGACACATAATGAACTTGCAACAGTGGTTGCAATTACAGACAAT  500

seq1  ACCTGATGAAGCTTAGAGTACTTCTATGCCATCTAATCAGGTCCACAATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGATGAAGCTTAGAGTACTTCTATGCCATCTAATCAGGTCCACAATT  550

seq1  TTTTTCCTAAAGCCAAACTATCAAGTTAAGTAGGGACATGAAAGGCAACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCCTAAAGCCAAACTATCAAGTTAAGTAGGGACATGAAAGGCAACA  600

seq1  ATATCCTATATTTTTAAACAATATCCTTTATTTTATGGAAGGAAGCCTTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCCTATATTTTTAAACAATATCCTTTATTTTATGGAAGGAAGCCTTG  650

seq1  ATTTCGACAGTTCCTGCAAACATGTACATGAGTTTTACTTTCTTTTTAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCGACAGTTCCTGCAAACATGTACATGAGTTTTACTTTCTTTTTAGG  700

seq1  GATGCCAAGGTCTACAGCTTCCGATGTAACTATTATAGTAAGACTTCATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCCAAGGTCTACAGCTTCCGATGTAACTATTATAGTAAGACTTCATA  750

seq1  AATCAAGGAATCATTGGTATATTTTATTAATGAACTGAAATGTATAATTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAAGGAATCATTGGTATATTTTATTAATGAACTGAAATGTATAATTC  800

seq1  AAGTATATATAATAAGGATGAATCTCTAGGAAAAATAGCCAAGGAATGTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTATATATAATAAGGATGAATCTCTAGGAAAAATAGCCAAGGAATGTG  850

seq1  TGCATAGTCCTACAAAGCTTACTAGTAAACAGAATTCGGTCACAGTATTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATAGTCCTACAAAGCTTACTAGTAAACAGAATTCGGTCACAGTATTA  900

seq1  TCAATCAAAAAGGAGATTAGCTCTTTTTGTGACTGATTCATTGAGGTTGC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATCAAAAAGGAGATTAGCTCTTTTTGTGACTGATTCATTGAGGTTGC  950

seq1  AAATATTTGCATATATTACCCCCCCCACACACACACACACATGTTGAATG  1000
       |||||||||||||||     |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -AATATTTGCATATAT----ACCCCCACACACACACACACATGTTGAATG  995

seq1  TCCAAAGAGGATATCTAGTATCTTGCTTTACCACTTTAAATTTTATTTAC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAAGAGGATATCTAGTATCTTGCTTTACCACTTTAAATTTTATTTAC  1045

seq1  TTGAGCCAGGATTTCTCACTAAACTT-GGAGCTCTGATTGTAGCCAATAA  1099
      |||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||| ||| 
seq2  TTGAGCCAGGATTTCT-ACTTAACTTGGGAGCTCTGATTGTAGCC-ATAG  1093

seq1  GCTATCTAAATCCAGTCCTTCTGTTTCGGTCACTAT-GGTGTTGGGGTTG  1148
        | ||||||| |||||||  |||||| |||||||| || || |||||||
seq2  CTTTTCTAAATTCAGTCCTCTTGTTTC-GTCACTATGGGGGTGGGGGTTG  1142

seq1  CAGGAGCCTGGATGGCCATG-CTTGGCCTTTTACATGGATG-CTAGGGAT  1196
      || |||||| |||||||||| |||||||||||||||||| | |||  |||
seq2  CA-GAGCCTTGATGGCCATGCCTTGGCCTTTTACATGGAAGTCTA--GAT  1189

seq1  CCAAACTCAAGTTCTTATAC--TTGCTGC  1223
      ||  ||||||||||||||||   ||||||
seq2  CC--ACTCAAGTTCTTATACCTGTGCTGC  1216

seq1: chr1_70068223_70069297
seq2: B6Ng01-121O05.g_65_1132 (reverse)

seq1  TGCCATAGAGAAGTATTGCTTACTGACTTGCTCCTCATGTCTTGCTCAGG  50
      || ||||||||||   ||||||||||||||||| |||||| |||||||||
seq2  TGGCATAGAGAAGGTATGCTTACTGACTTGCTCTTCATGTTTTGCTCAGG  50

seq1  CTCTCTTTTTTTCCCCCACTCAACGTGACAGCCCAGGGGTAGCACTAGTA  100
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  CTCTCTTTTTTT-CCCCACTCAACGTGACAGCCCA-GGGTAGCACTAGTA  98

seq1  TCAATGGGCTAGGAATTTCCACATCAATTACTAATTAAAATCACAGACTG  150
      |||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||| 
seq2  TCAATGGGCTAGGAATTT-CACATCAA-TACTAATT-AAATCACAGACT-  144

seq1  GACTTAAGGAGGGACATTCTCAACTCCTAGCTTCTTTTTTCCCAAATGAG  200
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  GACTTAAGGAGGGACATTCTCAACTCCTAGCTTC-TTTTTCCCAAATGAG  193

seq1  AAAACAATAGTTGGTACACCCCTTGACTTATAATTTCAAGCAAGCTTTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACAATAGTTGGTACACCCCTTGACTTATAATTTCAAGCAAGCTTTTC  243

seq1  CTTCCTTAAGTCACTTTTATCTTGGATTTTGTCACAGGAACCTGAAAGTA  300
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CTCCCTTAAGTCACTTTTATCTTGGATTTTGTCACAGGAACATGAAAGTA  293

seq1  ACTAATAGACTACCCACCACTGAGTCATAGTTTCTCACTTGACAGCAGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAATAGACTACCCACCACTGAGTCATAGTTTCTCACTTGACAGCAGTT  343

seq1  ACAAAGATGTGTCATATACACCTATGAACTACAATGTGTCCATGCTTGTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGATGTGTCATATACACCTATGAACTACAATGTGTCCATGCTTGTC  393

seq1  TAGTAAGGGTTTTTACTTGTTTTTCTAGTAATTACATATTTTTATAATTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTAAGGGTTTTTACTTGTTTTTCTAGTAATTACATATTTTTATAATTC  443

seq1  TCAATTTTATACATTGCCATTATTATTGGAGCTAAAGTTTGAAACACTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATTTTATACATTGCCATTATTATTGGAGCTAAAGTTTGAAACACTCA  493

seq1  TGTTTTGTTTGGTTATATTCAATCCAGCATCAAGTAGTTTCAGATTATGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTGTTTGGTTATATTCAATCCAGCATCAAGTAGTTTCAGATTATGA  543

seq1  AAACAAATCAACCATCATATTTTAGCATTTTAATTTCAAAAGTGCTTTAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAATCAACCATCATATTTTAGCATTTTAATTTCAAAAGTGCTTTAA  593

seq1  ACAAGTTATTTTTTACATTAAAATGCAAACACATTAAGTATTGTATGGAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGTTATTTTTTACATTAAAATGCAAACACATTAAGTATTGTATGGAT  643

seq1  ATATGAATATATGAATAAAAGGACTGAAATAAAAATCTAGACTTATATTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGAATATATGAATAAAAGGACTGAAATAAAAATCTAGACTTATATTT  693

seq1  AACAAAATGTCTGTCCCCCATAAAATCATGCTGCTGGTAGTCACATGATC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAATGTCTGTCCCCCATAAAATCATGCTGCTGGTAGTCACATGATC  743

seq1  ACCTACCAACCCAGGTTCAAGGATTGTCACAAGAAAGGATTTGCATACAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTACCAACCCAGGTTCAAGGATTGTCACAAGAAAGGATTTGCATACAG  793

seq1  TGTTATTAGCACCATGTGCCATATACACAAGGGTAAATAGTCCAGGTAGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTATTAGCACCATGTGCCATATACACAAGGGTAAATAGTCCAGGTAGG  843

seq1  CAGGCTGTATCAGTGGAATGAACTGGAATCAATGTCTACCCACTCTTCAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCTGTATCAGTGGAATGAACTGGAATCAATGTCTACCCACTCTTCAA  893

seq1  CTTCTCCTGGAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAGGATGATTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTCCTGGAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAGGATGATTT  943

seq1  GAAGAGAAATTCAAGAAAAATATTTTTGTTTTCAGATTTGGAAAATGAGC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAGAAATTCAAGAAAAATATTTTTGTTTTCAGATTTGGAAAATGAGC  993

seq1  ATAATAAAACAAAATACTTAGTGACTTCTTGTGCTGCAGTCTCCATTTTC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATAAAACAAAATACTTAGTGACTTCTTGTGCTGCAGTCTCCATTTTC  1043

seq1  AGCAGTGGTAGTTTGAAGTGAATTC  1075
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGTGGTAGTTTGAAGTGAATTC  1068