BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-126B03
Chromosome1 (Build37)
Map Location 14,738,181 - 14,889,161
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMsc, Smt3h2-ps4, EG665407, Trpa1
Upstream geneLOC100039843, EG433273, LOC100039859, LOC100039869, Eya1, LOC665391
Downstream geneEG269105, LOC100039949, LOC100039959, Kcnb2, Ppia-ps1_109.1, Terf1, Gm106
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-126B03.bB6Ng01-126B03.g
ACCDH928535DH928536
length1,142927
definitionDH928535|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-126B03, 5' end.DH928536|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-126B03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(14,888,006 - 14,889,161)(14,738,181 - 14,739,119)
sequence
gaattctttgtaaatggagaagacaagcctcaaggtgaattactagtgtt
tcaccatgagttaggaaaactgcccaacaccttgactgactgacaacagc
atcatggctaatgagccagctaatatttattgcctacctattaagtacat
ctgaaatgtgaaggtgttatttcttataataagtacattttcatcctgtt
attgtgtttaatacagaatcaaaatgcacatgggcttatgtttttttaaa
caaaagtaaatgttttataacatggattgacctcctggtttgcctttcat
attcttatttaatctattttaaaaattaagtaaatccactttcaagaccc
ccatctgttttgtttggcttagcctaaagcataggtgctgaagtgttgtt
tgtggaaacaaggaagagaggagcagaagggaggacatgtcaaatgctgc
cttggctgctcctcctgcttgcaggatctctcacgtgatatggggacgaa
acatgagacctcatccctatgggttttcctctatctgtttttagattatt
ttcatatttgtctgcactagattggaaaatgctatgctacagaacagtat
gaaatataccctaccacactgatgcagttgtattaaaagactccttttct
cacagatgcaacacatcaaagagctggtgatggatgaagacaatgacgga
tgcacacctctccattatgcctgtaggcagggggttcctgtctctgtaaa
taacctccttggcttcaatgtgtccattcatagcaaaagtaaagataaga
agtcgcccctgcattttgcagccaggtgaggaccagactcccaatatttg
agcgtgtttgtttctgttttgtatttatctcacacatatgaacctgacct
tttcaagttatgggcgcatcaatacatgtcagagacttctgcagacataa
gtgatacgaggcttttgaatgaaggggatctccatgggatgacccctctc
acctggcagcaaaaatgggcatgataaagtcgttcaactccttctgaaga
aagggcttatttctcaggggaggcatgagtcatggattgtgtatatctaa
atttgggcatttaacaatctttaatatttatgatggtacaaa
gaattcctgatgcatccttggaattgcaggtatatgagacacccatgctc
atatactgctgtggattgagctcagtggttcctgaccactcactgagcag
tagctatgactctaagctatagttccacttctcacctttattactatatc
ttgctagaaacttttcactaaatccatgaggcagaaaattcttgagattt
tttttcttctgtatcgattacagaattacatacagactactgttaaaagt
gaattcaaaggacatgatcgcaatagtgttcatgtgagtcagtgggttga
aagtctgtgtgcttgtttgtggggcaccctgagaataaaattacgagaaa
ataacccattttaaatattgatctttgaaagtctgctccatttctttatt
tatccaaattcttactattgtcagtattcaatgtaacttcttttgtgggt
ctgtttgctcctttgagacacttgttacaagagcaatcccaccactgaac
ccactcactcccctgtgagtttttgttctatgtaagctaatgtgctacag
ctctggaaagtggtcagcttataatctttcttctccagcctccgagagag
tgagatggcaggctgtagcacccacctggctttgggtctattctaaagac
tgaactattaaatgtcctctcccctaaggcttgcccctgcctccggattt
cctctccttgtgagcttttccagtgttactgactacataagcattgcagt
tgctggaccatgctccagtgcttgctccggaccacttttttggcccagtt
cagatgaagaaactgagattagaggataatttacatttgctgcatgtagt
gcaataaacacttaatctatatgggtctgagatttctgcttttattcatt
ttatcagggtcactatgctgctactat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_14888006_14889161
seq2: B6Ng01-126B03.b_48_1189 (reverse)

seq1  TTTGTACCATCATTTAAAATATTACAGAATAGTTTAAAATGCCCAAATTT  50
      |||||||||||||   |||||||| || || |||  ||||||||||||||
seq2  TTTGTACCATCAT---AAATATTAAAG-ATTGTT--AAATGCCCAAATTT  44

seq1  AAGATATACACAATTCCATGAACTCATGCCTCACCTGAGAAATAAGGCCC  100
       |||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||  ||
seq2  -AGATATACACAA-TCCATG-ACTCATGCCTCCCCTGAGAAATAAG--CC  89

seq1  CTTTCTTCAGAAGGAGTTGAACGACTTTATCATGCCCATTTTTTGCTGCC  150
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  CTTTCTTCAGAAGGAGTTGAACGACTTTATCATGCCCA-TTTTTGCTGCC  138

seq1  AGGTGGAGAGGGGTCATCCCATGGAGATCCCCTTCATTCAAAAGCCTCGT  200
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGT-GAGAGGGGTCATCCCATGGAGATCCCCTTCATTCAAAAGCCTCGT  187

seq1  ATCACTTATGTCTTGCAGAAGTCTCTGACATGTATTGATGCGCCCATAAC  250
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACTTATGTC-TGCAGAAGTCTCTGACATGTATTGATGCGCCCATAAC  236

seq1  TTGAAAAGGTCAGGTTCATATGTGTGAGATAAATACAAAACAGAAACAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAAAGGTCAGGTTCATATGTGTGAGATAAATACAAAACAGAAACAAA  286

seq1  CACGCTCAAATATTGGGAGTCTGGTCCTCACCTGGCTGCAAAATGCAGGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGCTCAAATATTGGGAGTCTGGTCCTCACCTGGCTGCAAAATGCAGGG  336

seq1  GCGACTTCTTATCTTTACTTTTGCTATGAATGGACACATTGAAGCCAAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGACTTCTTATCTTTACTTTTGCTATGAATGGACACATTGAAGCCAAGG  386

seq1  AGGTTATTTACAGAGACAGGAACCCCCTGCCTACAGGCATAATGGAGAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTATTTACAGAGACAGGAACCCCCTGCCTACAGGCATAATGGAGAGG  436

seq1  TGTGCATCCGTCATTGTCTTCATCCATCACCAGCTCTTTGATGTGTTGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCATCCGTCATTGTCTTCATCCATCACCAGCTCTTTGATGTGTTGCA  486

seq1  TCTGTGAGAAAAGGAGTCTTTTAATACAACTGCATCAGTGTGGTAGGGTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGAGAAAAGGAGTCTTTTAATACAACTGCATCAGTGTGGTAGGGTA  536

seq1  TATTTCATACTGTTCTGTAGCATAGCATTTTCCAATCTAGTGCAGACAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTCATACTGTTCTGTAGCATAGCATTTTCCAATCTAGTGCAGACAAA  586

seq1  TATGAAAATAATCTAAAAACAGATAGAGGAAAACCCATAGGGATGAGGTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAAAATAATCTAAAAACAGATAGAGGAAAACCCATAGGGATGAGGTC  636

seq1  TCATGTTTCGTCCCCATATCACGTGAGAGATCCTGCAAGCAGGAGGAGCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGTTTCGTCCCCATATCACGTGAGAGATCCTGCAAGCAGGAGGAGCA  686

seq1  GCCAAGGCAGCATTTGACATGTCCTCCCTTCTGCTCCTCTCTTCCTTGTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAGGCAGCATTTGACATGTCCTCCCTTCTGCTCCTCTCTTCCTTGTT  736

seq1  TCCACAAACAACACTTCAGCACCTATGCTTTAGGCTAAGCCAAACAAAAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACAAACAACACTTCAGCACCTATGCTTTAGGCTAAGCCAAACAAAAC  786

seq1  AGATGGGGGTCTTGAAAGTGGATTTACTTAATTTTTAAAATAGATTAAAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGGGGGTCTTGAAAGTGGATTTACTTAATTTTTAAAATAGATTAAAT  836

seq1  AAGAATATGAAAGGCAAACCAGGAGGTCAATCCATGTTATAAAACATTTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATATGAAAGGCAAACCAGGAGGTCAATCCATGTTATAAAACATTTA  886

seq1  CTTTTGTTTAAAAAAACATAAGCCCATGTGCATTTTGATTCTGTATTAAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTGTTTAAAAAAACATAAGCCCATGTGCATTTTGATTCTGTATTAAA  936

seq1  CACAATAACAGGATGAAAATGTACTTATTATAAGAAATAACACCTTCACA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAATAACAGGATGAAAATGTACTTATTATAAGAAATAACACCTTCACA  986

seq1  TTTCAGATGTACTTAATAGGTAGGCAATAAATATTAGCTGGCTCATTAGC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGATGTACTTAATAGGTAGGCAATAAATATTAGCTGGCTCATTAGC  1036

seq1  CATGATGCTGTTGTCAGTCAGTCAAGGTGTTGGGCAGTTTTCCTAACTCA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGATGCTGTTGTCAGTCAGTCAAGGTGTTGGGCAGTTTTCCTAACTCA  1086

seq1  TGGTGAAACACTAGTAATTCACCTTGAGGCTTGTCTTCTCCATTTACAAA  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGAAACACTAGTAATTCACCTTGAGGCTTGTCTTCTCCATTTACAAA  1136

seq1  GAATTC  1156
      ||||||
seq2  GAATTC  1142

seq1: chr1_14738181_14739119
seq2: B6Ng01-126B03.g_66_992

seq1  GAATTCCTGATGCATCCTTGGAATTGCAGGTATATGAGACACCCATGCTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGATGCATCCTTGGAATTGCAGGTATATGAGACACCCATGCTC  50

seq1  ATATACTGCTGTGGATTGAGCTCAGTGGTTCCTGACCACTCACTGAGCAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATACTGCTGTGGATTGAGCTCAGTGGTTCCTGACCACTCACTGAGCAG  100

seq1  TAGCTATGACTCTAAGCTATAGTTCCACTTCTCACCTTTATTACTATATC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTATGACTCTAAGCTATAGTTCCACTTCTCACCTTTATTACTATATC  150

seq1  TTGCTAGAAACTTTTCACTAAATCCATGAGGCAGAAAATTCTTGAGATTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTAGAAACTTTTCACTAAATCCATGAGGCAGAAAATTCTTGAGATTT  200

seq1  TTTTTCTTCTGTATCGATTACAGAATTACATACAGACTACTGTTAAAAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCTTCTGTATCGATTACAGAATTACATACAGACTACTGTTAAAAGT  250

seq1  GAATTCAAAGGACATGATCGCAATAGTGTTCATGTGAGTCAGTGGGTTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAGGACATGATCGCAATAGTGTTCATGTGAGTCAGTGGGTTGA  300

seq1  AAGTCTGTGTGCTTGTTTGTGGGGCACCCTGAGAATAAAATTACGAGAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCTGTGTGCTTGTTTGTGGGGCACCCTGAGAATAAAATTACGAGAAA  350

seq1  ATAACCCATTTTAAATATTGATCTTTGAAAGTCTGCTCCATTTCTTTATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACCCATTTTAAATATTGATCTTTGAAAGTCTGCTCCATTTCTTTATT  400

seq1  TATCCAAATTCTTACTATTGTCAGTATTCAATGTAACTTCTTTTGTGGGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCAAATTCTTACTATTGTCAGTATTCAATGTAACTTCTTTTGTGGGT  450

seq1  CTGTTTGCTCCTTTGAGACACTTGTTACAAGAGCAATCCCACCACTGAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTGCTCCTTTGAGACACTTGTTACAAGAGCAATCCCACCACTGAAC  500

seq1  CCACTCACTCCCCTGTGAGTTTTTGTTCTATGTAAGCTAATGTGCTACAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTCACTCCCCTGTGAGTTTTTGTTCTATGTAAGCTAATGTGCTACAG  550

seq1  CTCTGGAAAGTGGTCAGCTTATAATCTTTCTTCTCCAGCCTCCGAGAGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGGAAAGTGGTCAGCTTATAATCTTTCTTCTCCAGCCTCCGAGAGAG  600

seq1  TGAGATGGCAGGCTGTAGCACCCACCTGGCTTTGGGTCTATTCTAAAGAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGATGGCAGGCTGTAGCACCCACCTGGCTTTGGGTCTATTCTAAAGAC  650

seq1  TGAACTATTAAATGTCCTCTCCCCTAAGGCTTGCCCCTGCCTCCGGATTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACTATTAAATGTCCTCTCCCCTAAGGCTTGCCCCTGCCTCCGGATTT  700

seq1  CCTCTCCTTGTGAGCTTTTCCAGTGTTACTGACTACATAAGCATTGCAGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTCCTTGTGAGCTTTTCCAGTGTTACTGACTACATAAGCATTGCAGT  750

seq1  TGCTGGACCATGCTCCAGTGCTTGCTCCGGAACCACTCTTTTGGCCCAGT  800
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||
seq2  TGCTGGACCATGCTCCAGTGCTTGCTCCGG-ACCACTTTTTTGGCCCAGT  799

seq1  TCAGATGAAGAAACTGAGATTAGAAGGAATAAATTTACATTTGCTGCATG  850
      ||||||||||||||||||||||| ||||   |||||||||||||||||||
seq2  TCAGATGAAGAAACTGAGATTAG-AGGA--TAATTTACATTTGCTGCATG  846

seq1  TAGTGCAATAAACCACTTAAATTCTAATATGGGTCTGAGGAATTTCTGCT  900
      |||||||||||| |||||||  ||| |||||||||||||  |||||||||
seq2  TAGTGCAATAAA-CACTTAA--TCT-ATATGGGTCTGAG--ATTTCTGCT  890

seq1  TTTATTCATCTTATCCAGGGTCACTATGGCTGCTACTAT  939
      ||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||
seq2  TTTATTCATTTTAT-CAGGGTCACTAT-GCTGCTACTAT  927