BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-126G16
Chromosome1 (Build37)
Map Location 96,367,477 - 96,489,220
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneHdlbp, Sept2, Farp2, Stk25, Bok, Thap4, Atg4b, Dtymk, Ing5, D2hgdh, Gal3st2, LOC100041596, EG666009, EG619597, Neu4, Pdcd1, LOC666012, LOC666025
Downstream geneLOC100040685, LOC383603, Tmem157, LOC100041686, Rnu7-ps2, St8sia4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-126G16.bB6Ng01-126G16.g
ACCDH928792DH928793
length1,009942
definitionDH928792|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-126G16, 5' end.DH928793|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-126G16, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(96,367,477 - 96,368,495)(96,488,268 - 96,489,220)
sequence
gaattcaggtcttcatgattgtgcaacaagtgctcttccctcgtgagcca
tctctccagctccagctccacacacttttgatttagttaaggatccagat
atggctgtctcttgtgagactatgccgggacctggtaaacacagaagtag
atgctcatagtcagctattggatggagcacagtgcccccaatggaggagc
tagggaaagtactcaaggagctgaagggatctgcaatcctataggtggaa
caacaatatgaactcaccaatacccgcccttgagctcgtgtctctagctg
catatgaatcagaagatggcctggtcggccatcagtggaaagagaggccc
attggtcgtgcaaactttatatgcctcagtacaggggaacgccagggcca
agaagtgggagtgggagcgtgtgggggactttggggatagcattggaaat
gtaattgaaataaatacccaataaaaatatgggaaaaaagaattagcata
aagattttgtttacttggaatatgttcattcatgttttctttgtggctga
ataccagtcagtgatgttggcactttactaagttatacattacttaaagc
ctgttgtccttttcacggtaaatgcatggcctagtcgtgtacagtaaata
ctgttgggctgcagaagcccacaaccctggttattacaaagtttctactt
tctcttccctgagggtcctcaaaccttggaggaggtggggtgacataaat
gcttcacttagaccagccttctgcagtctctgtgttcaatgcaaaaacag
ttttctctcacaaagtttgagaaatgaattgcccactcataggtataatg
gtaagtacttatggggcaatttattactatgtccatttagtaaaatataa
cattagttctccactgggcccatgtactggccagccactttcccctctcc
agttatagtacaagcatgagatttttcttctgagtgacattacatccatc
agaaagtgc
gaattcaagtaaatccatgctaaagagataagcattctttttcatttaac
attttacttctggaatccccagcagctaagtgtagtaccttacagagcaa
ggcaagaatggttagtcttgccattcttctgaatcacttaggagcatgta
atgtttctcttttcttctatatcatctctaagcatgcttcccctaatact
tttggcttctccaatttttgacttctttactctttctaagtatctcttcc
tcctactgagtggctgcttgtccatcatgtctgatctctgtgcaggctta
aatggcaccctccttcatcctccttcaggtagatgctgagacttacagct
tgccaaccctgtactttgttttttgggtttttttaaactcgaacaaaatt
atcctttagtttaaaaagaagaaaaataaagaaagaatcttcctcttgct
tctgtagtaattagattgctcttacccatccttgctatccatcctccata
agatttgtttattcctcactactggcaagggagacagggtacatgggaga
aattgagaggaggaaaggaaaaggggaaattatgtaattgtattataata
tcaaatttaacaatagtttttttaaatactattttgatatatgaaagata
attgttattgttctaattcatttaatattgatttccacttagggaaagta
tgtttaaatttatacgcctacactgtgattttaatttagcacgcacacat
acacacacatagatatcatatgtataatccatattctgtatatgagagca
aataaatggtatttgactgactttagactcttttgctaacataagaatct
ctgcacccactccctataattgctgtttgtctttacagctaatccttatt
gctatttgatctatacgtgatgtatgaatagggagcataaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_96367477_96368495
seq2: B6Ng01-126G16.b_44_1052

seq1  GAATTCAGGTCTTCATGATTGTGCAACAAGTGCTCTTCCCTCGTGAGCCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGTCTTCATGATTGTGCAACAAGTGCTCTTCCCTCGTGAGCCA  50

seq1  TCTCTCCAGCTCCAGCTCCACACACTTTTGATTTAGTTAAGGATCCAGAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCCAGCTCCAGCTCCACACACTTTTGATTTAGTTAAGGATCCAGAT  100

seq1  ATGGCTGTCTCTTGTGAGACTATGCCGGGACCTGGTAAACACAGAAGTAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCTGTCTCTTGTGAGACTATGCCGGGACCTGGTAAACACAGAAGTAG  150

seq1  ATGCTCATAGTCAGCTATTGGATGGAGCACAGTGCCCCCAATGGAGGAGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTCATAGTCAGCTATTGGATGGAGCACAGTGCCCCCAATGGAGGAGC  200

seq1  TAGGGAAAGTACTCAAGGAGCTGAAGGGATCTGCAATCCTATAGGTGGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGAAAGTACTCAAGGAGCTGAAGGGATCTGCAATCCTATAGGTGGAA  250

seq1  CAACAATATGAACTCACCAATACCCGCCCTTGAGCTCGTGTCTCTAGCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAATATGAACTCACCAATACCCGCCCTTGAGCTCGTGTCTCTAGCTG  300

seq1  CATATGAATCAGAAGATGGCCTGGTCGGCCATCAGTGGAAAGAGAGGCCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATGAATCAGAAGATGGCCTGGTCGGCCATCAGTGGAAAGAGAGGCCC  350

seq1  ATTGGTCGTGCAAACTTTATATGCCTCAGTACAGGGGAACGCCAGGGCCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGTCGTGCAAACTTTATATGCCTCAGTACAGGGGAACGCCAGGGCCA  400

seq1  AGAAGTGGGAGTGGGAGCGTGTGGGGGACTTTGGGGATAGCATTGGAAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGTGGGAGTGGGAGCGTGTGGGGGACTTTGGGGATAGCATTGGAAAT  450

seq1  GTAATTGAAATAAATACCCAATAAAAATATGGGAAAAAAGAATTAGCATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATTGAAATAAATACCCAATAAAAATATGGGAAAAAAGAATTAGCATA  500

seq1  AAGATTTTGTTTACTTGGAATATGTTCATTCATGTTTTCTTTGTGGCTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATTTTGTTTACTTGGAATATGTTCATTCATGTTTTCTTTGTGGCTGA  550

seq1  ATACCAGTCAGTGATGTTGGCACTTTACTAAGTTATACATTACTTAAAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCAGTCAGTGATGTTGGCACTTTACTAAGTTATACATTACTTAAAGC  600

seq1  CTGTTGTCCTTTTCACGGTAAATGCATGGCCTAGTCGTGTACAGTAAATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTGTCCTTTTCACGGTAAATGCATGGCCTAGTCGTGTACAGTAAATA  650

seq1  CTGTTGGGCTGCAGAAGCCCACAACCCTGGTTATTACAAAGTTTCTACTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTGGGCTGCAGAAGCCCACAACCCTGGTTATTACAAAGTTTCTACTT  700

seq1  TCTCTTCCCTGAGGGTCCTCAAACCTTGGAGGAGGTGGGGTGACATAAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTCCCTGAGGGTCCTCAAACCTTGGAGGAGGTGGGGTGACATAAAT  750

seq1  GCTTCACTTAGGACCAGCCTTCTGCAGTCTCTGTGTTCAATGCAAAAACA  800
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCACTTA-GACCAGCCTTCTGCAGTCTCTGTGTTCAATGCAAAAACA  799

seq1  AGTTTCTCTCACAAAGTTTGAGAAATGAATTGCCCACTCATAGGGTATAA  850
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GTTTTCTCTCACAAAGTTTGAGAAATGAATTGCCCACTCATA-GGTATAA  848

seq1  TGGTAAGTACTTAGGGGGCAATTTATTACTATGTCCATTTAGTAAAATAA  900
      ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TGGTAAGTACTTATGGGGCAATTTATTACTATGTCCATTTAGTAAAAT-A  897

seq1  TAACATTAGGTTCTCCACTGGGGCCCATGTACTGGCCAGCCAC-TTCCCC  949
      |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TAACATTA-GTTCTCCACT-GGGCCCATGTACTGGCCAGCCACTTTCCCC  945

seq1  TCTCCCAGTTAAGAGTACAAGGCATGAGATATTTCTTCTGGAGTGGACAT  999
      ||| |||||| | ||||||| ||||||||| |||||||| |||| |||||
seq2  TCT-CCAGTT-ATAGTACAA-GCATGAGATTTTTCTTCT-GAGT-GACAT  990

seq1  TACATCCAATCAGAAAGTGC  1019
      ||||||| ||||||||||||
seq2  TACATCC-ATCAGAAAGTGC  1009

seq1: chr1_96488268_96489220
seq2: B6Ng01-126G16.g_69_1010 (reverse)

seq1  TTTTATTGCTCACTATTCATAACATACACGTTATAGATCAAAATAGGCAA  50
      ||||| ||||| |||||||| |||| |||| |||||||| ||||||   |
seq2  TTTTA-TGCTCCCTATTCAT-ACAT-CACG-TATAGATC-AAATAG--CA  43

seq1  ATAAGGAATTAGCTGTAAAGACAAACAGCATATTTATAGGGAGTGGGTGC  100
      |||||| ||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||
seq2  ATAAGG-ATTAGCTGTAAAGACAAACAGC--AATTATAGGGAGTGGGTGC  90

seq1  AGAGATTCTTATGTTAAGCAAAAGAGTCTAAAGTCAGTCAAATACCATTT  150
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATTCTTATGTT-AGCAAAAGAGTCTAAAGTCAGTCAAATACCATTT  139

seq1  ATTTGCTCTCATATACAGAATATGGATTATACATATGATATCTATGTGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGCTCTCATATACAGAATATGGATTATACATATGATATCTATGTGTG  189

seq1  TGTATGTGTGCGTGCTAAATTAAAATCACAGTGTAGGCGTATAAATTTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGTGTGCGTGCTAAATTAAAATCACAGTGTAGGCGTATAAATTTAA  239

seq1  ACATACTTTCCCTAAGTGGAAATCAATATTAAATGAATTAGAACAATAAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACTTTCCCTAAGTGGAAATCAATATTAAATGAATTAGAACAATAAC  289

seq1  AATTATCTTTCATATATCAAAATAGTATTTAAAAAAACTATTGTTAAATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTATCTTTCATATATCAAAATAGTATTTAAAAAAACTATTGTTAAATT  339

seq1  TGATATTATAATACAATTACATAATTTCCCCTTTTCCTTTCCTCCTCTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATATTATAATACAATTACATAATTTCCCCTTTTCCTTTCCTCCTCTCA  389

seq1  ATTTCTCCCATGTACCCTGTCTCCCTTGCCAGTAGTGAGGAATAAACAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTCCCATGTACCCTGTCTCCCTTGCCAGTAGTGAGGAATAAACAAA  439

seq1  TCTTATGGAGGATGGATAGCAAGGATGGGTAAGAGCAATCTAATTACTAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTATGGAGGATGGATAGCAAGGATGGGTAAGAGCAATCTAATTACTAC  489

seq1  AGAAGCAAGAGGAAGATTCTTTCTTTATTTTTCTTCTTTTTAAACTAAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGCAAGAGGAAGATTCTTTCTTTATTTTTCTTCTTTTTAAACTAAAG  539

seq1  GATAATTTTGTTCGAGTTTAAAAAAACCCAAAAAACAAAGTACAGGGTTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAATTTTGTTCGAGTTTAAAAAAACCCAAAAAACAAAGTACAGGGTTG  589

seq1  GCAAGCTGTAAGTCTCAGCATCTACCTGAAGGAGGATGAAGGAGGGTGCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGCTGTAAGTCTCAGCATCTACCTGAAGGAGGATGAAGGAGGGTGCC  639

seq1  ATTTAAGCCTGCACAGAGATCAGACATGATGGACAAGCAGCCACTCAGTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAAGCCTGCACAGAGATCAGACATGATGGACAAGCAGCCACTCAGTA  689

seq1  GGAGGAAGAGATACTTAGAAAGAGTAAAGAAGTCAAAAATTGGAGAAGCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGAAGAGATACTTAGAAAGAGTAAAGAAGTCAAAAATTGGAGAAGCC  739

seq1  AAAAGTATTAGGGGAAGCATGCTTAGAGATGATATAGAAGAAAAGAGAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTATTAGGGGAAGCATGCTTAGAGATGATATAGAAGAAAAGAGAAA  789

seq1  CATTACATGCTCCTAAGTGATTCAGAAGAATGGCAAGACTAACCATTCTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTACATGCTCCTAAGTGATTCAGAAGAATGGCAAGACTAACCATTCTT  839

seq1  GCCTTGCTCTGTAAGGTACTACACTTAGCTGCTGGGGATTCCAGAAGTAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTGCTCTGTAAGGTACTACACTTAGCTGCTGGGGATTCCAGAAGTAA  889

seq1  AATGTTAAATGAAAAAGAATGCTTATCTCTTTAGCATGGATTTACTTGAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTTAAATGAAAAAGAATGCTTATCTCTTTAGCATGGATTTACTTGAA  939

seq1  TTC  953
      |||
seq2  TTC  942