BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-128J07
Chromosome1 (Build37)
Map Location 103,275,876 - 103,430,132
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC383650
Upstream geneC230078M14Rik, LOC100041909, LOC100040993
Downstream geneLOC100041056
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-128J07.bB6Ng01-128J07.g
ACCDH930395DH930396
length1,2141,134
definitionDH930395|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-128J07, 5' end.DH930396|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-128J07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(103,428,881 - 103,430,132)(103,275,876 - 103,276,998)
sequence
gaattcctcacttgtaaaattttaaaaatttatttgcttttattgtctgt
gtacaagtgttgtggctgtctgtatgtatgtgtaccttttaagcacctag
tgcctacagagtttaaacgaaaaggcatttacaggtgactgtgagtcacc
taatatgtgtgttaggaattgagcccaatttctctgcaagagcagcaagt
gcacttgaccacagaattaactttccagccccattgctgttaatgttttt
tcccattaatttatttattccctgtacatcttgatgacagcaccttttct
actaccagtccaattcaaaccttctcctccttcagtcccccattcccttc
tcctctgaaaaggaggaggacctcctgggtaacagcatgtctttagatat
aaagttttctaatatgcatgggttttattataagagcttaataattgagt
agaaatttttggatcaagcataagggatcatccatttggaattgttaaga
agttgttaagggtttaatttttttctttctgtcaccgaattcctaggatc
gtgggactactcttcttccaactactaagaccagtagtctgaaactttca
aatatacaccaaagataaaatattttctccaaatttttatttttatattt
tgtccctagtctacctttcccaacatatttcaaattaagtacatgctact
ccagcaactcaccacctccagatgttccctaggatctacacaggtagaca
tgtatgaaatggctagcccaagatgatccaaccttacaaactgtctgaat
gttttccttattgccttagccttaagtgtccctgaagtgtctagccactg
gatgacacagcctgctttccccaactttgaccaacattctagcttctact
ggactctaaaaatatttcctcagaagagtagaggcagtcaagaaaatccc
agcacccacacagagtgatccatgataaatccacaagtgagaaaaatggc
tttctaacatgccaaaacattgcaatcatggaaacacagagctttcactt
tctctttctcttccttgcctaactacattagactaatttctaagctagct
cagtctattgccttattggccactgcttggtactactaaaatatatgtca
catgaaaccaatcaatccaatctacaatcaggactcacctacttaccgga
tttccacttttttt
gaattctcacctgaggaataccaaatggcagagaaacacctgaaaaaatg
ttcaacatccttaatcatcagggaaatgcaaatcaaaacaaccctgagat
tccacctcacaccagtcagtatggctaagatgaataattcacatgacagc
agatgctgggaaggatgtggagaaagaggaacactcctccattattggtg
ggattgcaagcttgtacaaccactctggaaatcagtcttgcagttcctta
gaaaattggacatagtactacgggtggatccagcaataactctcctgggc
atatatctagaagatgtcacaactggtaagaaggacacatgctccactat
gttcatagcagccttatttataatagccagaagctggaaagaacccagat
gcccctcaacagaggaatggatacagaaaatgtggtacatttacacaatg
gagtactactcagctattaaaaagaatgaatttatgaaattcctagccaa
atggatggacctggagggcatcatgttttacatttctaagcaaccaccac
tgagagcttgcaaagcatgtccaggcactgcatacttcataagctgatat
ccagttttctcatttctctctctgaactctatggctacacttatagaata
cttagacgagtaagggcagaagtggtaggtattctgctgcagtgctaaag
acttctgtagaaacactgttctacaatggtgacagtgatatcctcacagt
cacaagctcttggagaatgcagtcctccaaatttaatagcctttacaatg
cttatcaaaacaactgtgattaattataaatatacttgaccttggtaatg
gtgatgttgcctcatatgagggatagggaaggtcattagactcttgccta
agattccaagcaagtcccttggacttgcctcatgttgtgtatagctctgt
tctagatcttaatagcctggcatgtggtagagtatgtgatagtagacttt
tgaagggggtgaatgccatttctcagctatgacagttttcatccatatgt
agtaagtttttgcaagtttggctgtttcggagttacatacatttataatt
gctcatcctcatgttcatggcaagaagcccaata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_103428881_103430132
seq2: B6Ng01-128J07.b_48_1261 (reverse)

seq1  AAAAAAAGTGGGATATCTGTTATGATGAGTTGGTAGGTCCTGATTTGGTA  50
      ||||||||| ||| ||| | ||     ||| |||  |||||||||  |||
seq2  AAAAAAAGT-GGAAATCCGGTA-----AGTAGGTGAGTCCTGATT--GTA  42

seq1  GATTGTGAATTTTGATTGTGTTTTCATAGTTGGACATTAATATTTTAGTA  100
      ||||| ||   |||||  || |||||| ||  |||||  |||||||||||
seq2  GATTG-GA---TTGAT--TGGTTTCAT-GT--GACAT--ATATTTTAGTA  81

seq1  AGGTACAAGGCAGTGGCCAATAAGGCAATAGACCTTGAGGCCTAGCCTTA  150
        |||| | ||||||||||||||||||||||||  ||||  |||| ||||
seq2  --GTACCAAGCAGTGGCCAATAAGGCAATAGAC--TGAG--CTAG-CTTA  124

seq1  GAAATGTAGTCTAATGTAGTTTAGCCAGGGAGAGGAAAGAGAAAAGTGGA  200
      ||||| |||||||||||||||  || ||| ||| ||||||| ||||| ||
seq2  GAAAT-TAGTCTAATGTAGTTAGGCAAGGAAGA-GAAAGAG-AAAGT-GA  170

seq1  AAGCTCTGTTGGTTCCATGATTGCAATGTTTTGGCATGTTAGAAAGCCAT  250
      |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  AAGCTCTG-TGTTTCCATGATTGCAATGTTTTGGCATGTTAGAAAGCCA-  218

seq1  TTTTTCTCACCTTGTGGATTTATCATTGGATCACTCTGTGTTGGGTGCTG  300
      ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||
seq2  TTTTTCTCA-CTTGTGGATTTATCA-TGGATCACTCTGTG-TGGGTGCTG  265

seq1  GGATTTTCTTTGACTGCCTCCTACTCTTCTTGAGGAAATATTTTTAGAGT  350
      |||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GGATTTTC-TTGACTGCCT-CTACTCTTC-TGAGGAAATATTTTTAGAGT  312

seq1  CCAGTAGAAGCTAGAATGTTGGTCAAAGTTGGGGAAAGCAGGCTGTGTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTAGAAGCTAGAATGTTGGTCAAAGTTGGGGAAAGCAGGCTGTGTCA  362

seq1  TCCAGTGGCTAGACACTTCAGGGACACTTAAGGCTAAGGCAATAAGGAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGTGGCTAGACACTTCAGGGACACTTAAGGCTAAGGCAATAAGGAAA  412

seq1  ACATTCAGACAGTTTGTAAGGTTGGATCATCTTGGGCTAGCCATTTCATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTCAGACAGTTTGTAAGGTTGGATCATCTTGGGCTAGCCATTTCATA  462

seq1  CATGTCTACCTGTGTAGATCCTAGGGAACATCTGGAGGTGGTGAGTTGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTCTACCTGTGTAGATCCTAGGGAACATCTGGAGGTGGTGAGTTGCT  512

seq1  GGAGTAGCATGTACTTAATTTGAAATATGTTGGGAAAGGTAGACTAGGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTAGCATGTACTTAATTTGAAATATGTTGGGAAAGGTAGACTAGGGA  562

seq1  CAAAATATAAAAATAAAAATTTGGAGAAAATATTTTATCTTTGGTGTATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATATAAAAATAAAAATTTGGAGAAAATATTTTATCTTTGGTGTATA  612

seq1  TTTGAAAGTTTCAGACTACTGGTCTTAGTAGTTGGAAGAAGAGTAGTCCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAAAGTTTCAGACTACTGGTCTTAGTAGTTGGAAGAAGAGTAGTCCC  662

seq1  ACGATCCTAGGAATTCGGTGACAGAAAGAAAAAAATTAAACCCTTAACAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGATCCTAGGAATTCGGTGACAGAAAGAAAAAAATTAAACCCTTAACAA  712

seq1  CTTCTTAACAATTCCAAATGGATGATCCCTTATGCTTGATCCAAAAATTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTAACAATTCCAAATGGATGATCCCTTATGCTTGATCCAAAAATTT  762

seq1  CTACTCAATTATTAAGCTCTTATAATAAAACCCATGCATATTAGAAAACT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTCAATTATTAAGCTCTTATAATAAAACCCATGCATATTAGAAAACT  812

seq1  TTATATCTAAAGACATGCTGTTACCCAGGAGGTCCTCCTCCTTTTCAGAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATCTAAAGACATGCTGTTACCCAGGAGGTCCTCCTCCTTTTCAGAG  862

seq1  GAGAAGGGAATGGGGGACTGAAGGAGGAGAAGGTTTGAATTGGACTGGTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGGGAATGGGGGACTGAAGGAGGAGAAGGTTTGAATTGGACTGGTA  912

seq1  GTAGAAAAGGTGCTGTCATCAAGATGTACAGGGAATAAATAAATTAATGG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAAAAGGTGCTGTCATCAAGATGTACAGGGAATAAATAAATTAATGG  962

seq1  GAAAAAACATTAACAGCAATGGGGCTGGAAAGTTAATTCTGTGGTCAAGT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAAACATTAACAGCAATGGGGCTGGAAAGTTAATTCTGTGGTCAAGT  1012

seq1  GCACTTGCTGCTCTTGCAGAGAAATTGGGCTCAATTCCTAACACACATAT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTTGCTGCTCTTGCAGAGAAATTGGGCTCAATTCCTAACACACATAT  1062

seq1  TAGGTGACTCACAGTCACCTGTAAATGCCTTTTCGTTTAAACTCTGTAGG  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTGACTCACAGTCACCTGTAAATGCCTTTTCGTTTAAACTCTGTAGG  1112

seq1  CACTAGGTGCTTAAAAGGTACACATACATACAGACAGCCACAACACTTGT  1200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTAGGTGCTTAAAAGGTACACATACATACAGACAGCCACAACACTTGT  1162

seq1  ACACAGACAATAAAAGCAAATAAATTTTTAAAATTTTACAAGTGAGGAAT  1250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGACAATAAAAGCAAATAAATTTTTAAAATTTTACAAGTGAGGAAT  1212

seq1  TC  1252
      ||
seq2  TC  1214

seq1: chr1_103275876_103276998
seq2: B6Ng01-128J07.g_95_1201

seq1  GCAGAGAAACACCTGAAAAAATGTTCAACATCCTTAATCATCAGGGAAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGAAACACCTGAAAAAATGTTCAACATCCTTAATCATCAGGGAAAT  50

seq1  GCAAATCAAAACAACCCTGAGATTCCACCTCACACCAGTCAGTATGGCTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAATCAAAACAACCCTGAGATTCCACCTCACACCAGTCAGTATGGCTA  100

seq1  AGATGAATAATTCACATGACAGCAGATGCTGGGAAGGATGTGGAGAAAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGAATAATTCACATGACAGCAGATGCTGGGAAGGATGTGGAGAAAGA  150

seq1  GGAACACTCCTCCATTATTGGTGGGATTGCAAGCTTGTACAACCACTCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACACTCCTCCATTATTGGTGGGATTGCAAGCTTGTACAACCACTCTG  200

seq1  GAAATCAGTCTTGCAGTTCCTTAGAAAATTGGACATAGTACTACGGGTGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATCAGTCTTGCAGTTCCTTAGAAAATTGGACATAGTACTACGGGTGG  250

seq1  ATCCAGCAATAACTCTCCTGGGCATATATCTAGAAGATGTCACAACTGGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAGCAATAACTCTCCTGGGCATATATCTAGAAGATGTCACAACTGGT  300

seq1  AAGAAGGACACATGCTCCACTATGTTCATAGCAGCCTTATTTATAATAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGGACACATGCTCCACTATGTTCATAGCAGCCTTATTTATAATAGC  350

seq1  CAGAAGCTGGAAAGAACCCAGATGCCCCTCAACAGAGGAATGGATACAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGCTGGAAAGAACCCAGATGCCCCTCAACAGAGGAATGGATACAGA  400

seq1  AAATGTGGTACATTTACACAATGGAGTACTACTCAGCTATTAAAAAGAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTGGTACATTTACACAATGGAGTACTACTCAGCTATTAAAAAGAAT  450

seq1  GAATTTATGAAATTCCTAGCCAAATGGATGGACCTGGAGGGCATCATGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTTATGAAATTCCTAGCCAAATGGATGGACCTGGAGGGCATCATGTT  500

seq1  TTACATTTCTAAGCAACCACCACTGAGAGCTTGCAAAGCATGTCCAGGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACATTTCTAAGCAACCACCACTGAGAGCTTGCAAAGCATGTCCAGGCA  550

seq1  CTGCATACTTCATAAGCTGATATCCAGTTTTCTCATTTCTCTCTCTGAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCATACTTCATAAGCTGATATCCAGTTTTCTCATTTCTCTCTCTGAAC  600

seq1  TCTATGGCTACACTTATAGAATACTTAGACGAGTAAGGGCAGAAGTGGTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATGGCTACACTTATAGAATACTTAGACGAGTAAGGGCAGAAGTGGTA  650

seq1  GGTATTCTGCTGCAGTGCTAAAGACTTCTGTAGAAACACTGTTCTACAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATTCTGCTGCAGTGCTAAAGACTTCTGTAGAAACACTGTTCTACAAT  700

seq1  GGTGACAGTGATATCCTCACAGTCACAAGCTCTTGGAGAATGCAGTCCTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGACAGTGATATCCTCACAGTCACAAGCTCTTGGAGAATGCAGTCCTC  750

seq1  CAAATTTAATAGCCTTTACAATGCTTATCAAAACAACTGTGATTAATTAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATTTAATAGCCTTTACAATGCTTATCAAAACAACTGTGATTAATTAT  800

seq1  AAAATATACTTGACCTTGGTAATGGTGATGTTGCCTCATATGAGGGATAG  850
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -AAATATACTTGACCTTGGTAATGGTGATGTTGCCTCATATGAGGGATAG  849

seq1  GGAAGGTCATTAGACTCTTGCCTAAGATTCCAAGCAGGTCCCCTTGGACT  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||
seq2  GGAAGGTCATTAGACTCTTGCCTAAGATTCCAAGCAAGT-CCCTTGGACT  898

seq1  TGCCTCCATGTTGTGTATAGCTCTGTTCCTAGATTCTTATAGCCTTGGCA  950
      ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||  | |||||| |||||
seq2  TGCCT-CATGTTGTGTATAGCTCTGTT-CTAGATCTTAATAGCC-TGGCA  945

seq1  TGTGGTAGAGTATGTGGATAGTAGACTTTTGAAGGGGGTGAATGCCATTT  1000
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGTAGAGTATGT-GATAGTAGACTTTTGAAGGGGGTGAATGCCATTT  994

seq1  CTCCAGCTATGAACAAGTTTTCATCCATAATGAAGTAAGTTTTTTGCAAG  1050
      || |||||||||   ||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||
seq2  CT-CAGCTATGA--CAGTTTTCATCCAT-ATGTAGTAAG-TTTTTGCAAG  1039

seq1  TTTATGGCTGTTTCGGAGTTACCATACATTTATAAATATCTCATCTCCCA  1100
      ||  ||||||||||||||||| ||||||||||| |||  |||||| | ||
seq2  TT--TGGCTGTTTCGGAGTTA-CATACATTTAT-AATTGCTCATC-CTCA  1084

seq1  TG-TCATGGCAAGTAAGCCCAATA  1123
      || |||||||||| ||||||||||
seq2  TGTTCATGGCAAG-AAGCCCAATA  1107