BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-129L05
Chromosome1 (Build37)
Map Location 84,536,138 - 84,731,505
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDner, Trip12
Upstream gene5033414K04Rik, LOC100039638
Downstream geneFbxo36, Slc16a14, LOC100039695, EG665317, LOC100039723, A530032D15Rik, LOC100039742, LOC100040158, LOC621835, EG665378, C130026I21Rik, LOC100040135, LOC639868
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-129L05.bB6Ng01-129L05.g
ACCDH931215DH931216
length1,1171,050
definitionDH931215|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-129L05, 5' end.DH931216|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-129L05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(84,536,138 - 84,537,262)(84,730,446 - 84,731,505)
sequence
gaattctagaatccgtgaaagactgtctccaaaaaaagagcaattgggat
tggagagatggcatgggggttgagagcaatggccaatcttgcaaaagacc
tgggtttgattcctagcactcacaaggaggcttacaaccatctgcatcta
gtctccaaacatccatgcccttttctggcctctataggcactgcatgcac
atattacatagacatatatgcacacaaaacacctatacacataaagtggg
aaaacgtgagagcaattgaggaggacaacctatgtcaacctccggtctcc
atacatacatgctcatgcacacacacatgcatatgtacaaacaaatgcat
acacctgcatgaacatacacacatgaacacattcccacataagcgtgttc
acacatgaactcacacttacacatgctcatatactcatacaaagcatgaa
tagtcttctcaaactactttgcatgcaccatgataccaggtgctgcctat
tatggtccgcagtctcttaaactaagtcactggaatgaattgctcatgca
caaggccctgtgcgagtgtgatgagaacagtggccagttgctccttccag
gtagaagtgtaaattctctaagctttagtgcctccctttgatgacggaaa
tgcctggaataacccagagtgagagcagtattgtccaaggtgtccatcaa
acagcagctaagtcggggcaaaggagcccttaacaagttccacataccca
gggcagcaactgtgtcttacaaaaggcagcaggaaagacctgaaatgaaa
tagaattcactccaaaaaaggaggctctttggggttgggatcatttgaga
gctgatagaagccagtatgtcccttttacagacagacactcctagcatac
ttaggaaaaatggcacttcttttcctttattggtaatatgaaatcaacat
attatgaaatgaaatacccagggtagaaaaaagactaatctaatttaaac
atcttacacggctggtagacttaccagacctcagtgattgcaaagaagtt
ggaacttgagcttttgttactcaaaattctgttatggcccactttgtgtt
ttgaccataattatctt
gaattcactctgtagaccaagctagcctcgaacacagaaatccgcctgcc
tctgcctcccaaatccctggatttaaaggcgtgcgccaccactacctggc
agtactcagatttcttatttgcaaacagggtttatttgtaaacagggttg
ataagacagctcagtgggtaaaggtacttgccaccaagtctgataacccg
agtttgatccttagagctcatatgatgaaaagagaaatgtttaacacaaa
ttgtcccttgaaacctaaactcacacatgataggcattaattagtagaca
attctaattaaatgaaacctctatgagttcagaacaatttttcacggtct
cttcttagagttagggtttgaaatcaataatttatcatgttcaataggtt
cttccctattaactctgaaaagggttctaagatccaacttcattgggaaa
atgtgtccaccaaatcatgttgctagaataactagcaaactaaaatatgt
aaaacacttagaacattgcctggcatagataaaccaagtttttttgtttg
tttgtttttgttattgctcttgttttagttgctatatttgcttatttgag
gcagtctcctatcctttatttttttctagaatatcatatttttgtctctt
taaaaatggaaatgaaatcagatcatctaggtagctgtacatttagtagt
agatatatttaggacactcctgaccaatctcagaagggagttatgtttgg
ctttggtgggtatggcataggttttcagtaatatctgaggaatttaattt
ctttaagttaattccactttacttttagaaacaacttatttaagagaaag
taatagactactatgatttgtccttaacttggataatttggtgaagagaa
attgttctgatcaccaccttgtggacaacatctgtactgcgtggtctaat
ctttttcctcccctttactctgtgactggaaatgggtgaaaacaaataac
aagtcctactaccataatggaagtttcttatttttagaagtgaacatatt

quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_84536138_84537262
seq2: B6Ng01-129L05.b_45_1161

seq1  GAATTCTAGAATCCGTGAAAGACTGTCTCCAAAAAAAGAGCAATTGGGAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAGAATCCGTGAAAGACTGTCTCCAAAAAAAGAGCAATTGGGAT  50

seq1  TGGAGAGATGGCATGGGGGTTGAGAGCAATGGCCAATCTTGCAAAAGACC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGAGATGGCATGGGGGTTGAGAGCAATGGCCAATCTTGCAAAAGACC  100

seq1  TGGGTTTGATTCCTAGCACTCACAAGGAGGCTTACAACCATCTGCATCTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTTTGATTCCTAGCACTCACAAGGAGGCTTACAACCATCTGCATCTA  150

seq1  GTCTCCAAACATCCATGCCCTTTTCTGGCCTCTATAGGCACTGCATGCAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCCAAACATCCATGCCCTTTTCTGGCCTCTATAGGCACTGCATGCAC  200

seq1  ATATTACATAGACATATATGCACACAAAACACCTATACACATAAAGTGGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTACATAGACATATATGCACACAAAACACCTATACACATAAAGTGGG  250

seq1  AAAACGTGAGAGCAATTGAGGAGGACAACCTATGTCAACCTCCGGTCTCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACGTGAGAGCAATTGAGGAGGACAACCTATGTCAACCTCCGGTCTCC  300

seq1  ATACATACATGCTCATGCACACACACATGCATATGTACAAACAAATGCAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATACATGCTCATGCACACACACATGCATATGTACAAACAAATGCAT  350

seq1  ACACCTGCATGAACATACACACATGAACACATTCCCACATAAGCGTGTTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCTGCATGAACATACACACATGAACACATTCCCACATAAGCGTGTTC  400

seq1  ACACATGAACTCACACTTACACATGCTCATATACTCATACAAAGCATGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATGAACTCACACTTACACATGCTCATATACTCATACAAAGCATGAA  450

seq1  TAGTCTTCTCAAACTACTTTGCATGCACCATGATACCAGGTGCTGCCTAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCTTCTCAAACTACTTTGCATGCACCATGATACCAGGTGCTGCCTAT  500

seq1  TATGGTCCGCAGTCTCTTAAACTAAGTCACTGGAATGAATTGCTCATGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGTCCGCAGTCTCTTAAACTAAGTCACTGGAATGAATTGCTCATGCA  550

seq1  CAAGGCCCTGTGCGAGTGTGATGAGAACAGTGGCCAGTTGCTCCTTCCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGCCCTGTGCGAGTGTGATGAGAACAGTGGCCAGTTGCTCCTTCCAG  600

seq1  GTAGAAGTGTAAATTCTCTAAGCTTTAGTGCCTCCCTTTGATGACGGAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAAGTGTAAATTCTCTAAGCTTTAGTGCCTCCCTTTGATGACGGAAA  650

seq1  TGCCTGGAATAACCCAGAGTGAGAGCAGTATTGTCCAAGGTGTCCATCAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTGGAATAACCCAGAGTGAGAGCAGTATTGTCCAAGGTGTCCATCAA  700

seq1  ACAGCAGCTAAGTCGGGGCAAAGGAGCCCTTAACAAGTTCCACATACCCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCAGCTAAGTCGGGGCAAAGGAGCCCTTAACAAGTTCCACATACCCA  750

seq1  GGGCAGCAACTGTGTCTTACAAAAGGCAGCAGGAAAGACCTGAAATGAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCAGCAACTGTGTCTTACAAAAGGCAGCAGGAAAGACCTGAAATGAAA  800

seq1  TAGAATTCACTCCAAAAAAAGGAGGCTCTTTGGGGTTGGGATCATTTGAG  850
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAATTCACTCC-AAAAAAGGAGGCTCTTTGGGGTTGGGATCATTTGAG  849

seq1  AGCTGATAGAAGCCAGTATGTCCCTTTCACAGACAGACACTCCTAGCATA  900
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGATAGAAGCCAGTATGTCCCTTTTACAGACAGACACTCCTAGCATA  899

seq1  CTTAGGAAACATGGCACTTCTTTTCCTTTATTGGTAATATGAAATCAACA  950
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGGAAAAATGGCACTTCTTTTCCTTTATTGGTAATATGAAATCAACA  949

seq1  TATTATGAAATGAAATACCCAGGGTAGAAAAAAAGACATATCTAAATTAA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||| ||||
seq2  TATTATGAAATGAAATACCCAGGGTAG-AAAAAAGACTAATCTAATTTAA  998

seq1  ACATCCTACACGGCTGGTAGACTTACCAGACCCTCAGTGATTGCAGAG-A  1049
      ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |
seq2  ACATCTTACACGGCTGGTAGACTTACCAGA-CCTCAGTGATTGCAAAGAA  1047

seq1  GTTGGACCTTGAGCTATTGTTAACTCCAAAATATCTGTTTATTGCCCACC  1099
      |||||| |||||||| ||||| ||| |||||| |||| |||| ||||| |
seq2  GTTGGAACTTGAGCTTTTGTT-ACT-CAAAAT-TCTG-TTATGGCCCA-C  1092

seq1  TTTGTGTTTTGACCTAATAA-TATCTT  1125
      ||||||||||||||  |||| ||||||
seq2  TTTGTGTTTTGACC--ATAATTATCTT  1117

seq1: chr1_84730446_84731505
seq2: B6Ng01-129L05.g_67_1116 (reverse)

seq1  AATATGTCAACCTTCTAAAAATAAAGAAAACCTCCATAATGGTAGGTAGA  50
      |||||||  | |||||||||||||   |||| ||||| |||||| |||| 
seq2  AATATGTTCA-CTTCTAAAAATAA--GAAACTTCCATTATGGTA-GTAG-  45

seq1  GACCTTGTTATTTTGCTCTCCACTCATTTCCAGTCACTAGAGTAAAGGGA  100
      || ||||||||||   | | ||| ||||||||||||| ||||||||||| 
seq2  GA-CTTGTTATTT--GTTTTCACCCATTTCCAGTCAC-AGAGTAAAGGG-  90

seq1  GAGAAAAAAGATTAGA-CACGCAGTTACAGATGTTGTCCACAAGGTGGTG  149
      ||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAAAAAGATTAGACCACGCAG-TACAGATGTTGTCCACAAGGTGGTG  139

seq1  ATCCAGAGCCATTTCTCTTTCACAAAATTATCCCAAGTTAAGGACAAATC  199
      || |||| | ||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||
seq2  AT-CAGAACAATTTCTC-TTCACCAAATTAT-CCAAGTTAAGGACAAATC  186

seq1  ATAGTAGTCTATTACTTTCTCTTAAAT-AGTTGTTTCTAAAAGTAAAGTG  248
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTAGTCTATTACTTTCTCTTAAATAAGTTGTTTCTAAAAGTAAAGTG  236

seq1  GATTTAACTTAAAG-AATTAAATTCCTCAGATATTACTGAAAACCTATGC  297
      || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTAACTTAAAGAAATTAAATTCCTCAGATATTACTGAAAACCTATGC  286

seq1  CATACCCACCAAAGCC-AACATAACTCCCTTCTGAGATTGGTCAGGAGTG  346
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACCCACCAAAGCCAAACATAACTCCCTTCTGAGATTGGTCAGGAGTG  336

seq1  TCCTAAATATATCTACTACTAAATGTACAGCTACCTAGATGATCTGATTT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAAATATATCTACTACTAAATGTACAGCTACCTAGATGATCTGATTT  386

seq1  CATTTCCATTTTTAAAGAGACAAAAATATGATATTCTAGAAAAAAATAAA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTCCATTTTTAAAGAGACAAAAATATGATATTCTAGAAAAAAATAAA  436

seq1  GGATAGGAGACTGCCTCAAATAAGCAAATATAGCAACTAAAACAAGAGCA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATAGGAGACTGCCTCAAATAAGCAAATATAGCAACTAAAACAAGAGCA  486

seq1  ATAACAAAAACAAACAAACAAAAAAACTTGGTTTATCTATGCCAGGCAAT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACAAAAACAAACAAACAAAAAAACTTGGTTTATCTATGCCAGGCAAT  536

seq1  GTTCTAAGTGTTTTACATATTTTAGTTTGCTAGTTATTCTAGCAACATGA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTAAGTGTTTTACATATTTTAGTTTGCTAGTTATTCTAGCAACATGA  586

seq1  TTTGGTGGACACATTTTCCCAATGAAGTTGGATCTTAGAACCCTTTTCAG  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGTGGACACATTTTCCCAATGAAGTTGGATCTTAGAACCCTTTTCAG  636

seq1  AGTTAATAGGGAAGAACCTATTGAACATGATAAATTATTGATTTCAAACC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAATAGGGAAGAACCTATTGAACATGATAAATTATTGATTTCAAACC  686

seq1  CTAACTCTAAGAAGAGACCGTGAAAAATTGTTCTGAACTCATAGAGGTTT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACTCTAAGAAGAGACCGTGAAAAATTGTTCTGAACTCATAGAGGTTT  736

seq1  CATTTAATTAGAATTGTCTACTAATTAATGCCTATCATGTGTGAGTTTAG  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTAATTAGAATTGTCTACTAATTAATGCCTATCATGTGTGAGTTTAG  786

seq1  GTTTCAAGGGACAATTTGTGTTAAACATTTCTCTTTTCATCATATGAGCT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCAAGGGACAATTTGTGTTAAACATTTCTCTTTTCATCATATGAGCT  836

seq1  CTAAGGATCAAACTCGGGTTATCAGACTTGGTGGCAAGTACCTTTACCCA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGGATCAAACTCGGGTTATCAGACTTGGTGGCAAGTACCTTTACCCA  886

seq1  CTGAGCTGTCTTATCAACCCTGTTTACAAATAAACCCTGTTTGCAAATAA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGCTGTCTTATCAACCCTGTTTACAAATAAACCCTGTTTGCAAATAA  936

seq1  GAAATCTGAGTACTGCCAGGTAGTGGTGGCGCACGCCTTTAAATCCAGGG  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATCTGAGTACTGCCAGGTAGTGGTGGCGCACGCCTTTAAATCCAGGG  986

seq1  ATTTGGGAGGCAGAGGCAGGCGGATTTCTGTGTTCGAGGCTAGCTTGGTC  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGGGAGGCAGAGGCAGGCGGATTTCTGTGTTCGAGGCTAGCTTGGTC  1036

seq1  TACAGAGTGAATTC  1060
      ||||||||||||||
seq2  TACAGAGTGAATTC  1050