BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-130K06
Chromosome1 (Build37)
Map Location 175,237,416 - 175,360,389
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDarc, Cadm3
Upstream geneIgsf8, Kcnj9, Kcnj10, Pigm, LOC665819, Slamf9, LOC100040274, Igsf9, Tagln2, Ccdc19, EG240916, Slamf8, Fcrl6, Dusp23, LOC100040320, Crp, LOC665875, Apcs, Olfr16, GA_x5J8B7W5Q1F-395172-396104, Olfr1408, GA_x5J8B7W5Q1F-344462-343889, Olfr1406, Olfr218, Olfr1405-ps1, Olfr1404, Fcer1a, Olfr1403
Downstream geneAim2, EG240921, BC094916, LOC623121, AI447904, E430029J22Rik, LOC665972, AI607873, Ifi204, EG666028, LOC100040462, Mnda, Ifi203, Ifi202b, Ifi205, Olfr433, Olfr432, GA_x5J8B7W3B3M-30314-31216, Olfr430, Olfr429, Olfr426, Olfr1528-ps1, Olfr244, Olfr424, Olfr423-ps1, Olfr421, Olfr422-ps1, Olfr420, Spna1, Olfr419, 1810030J14Rik, Olfr417, GA_x5J8B7W3B3M-312879-313274, GA_x5J8B7W3B3M-318013-318414, Olfr415
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-130K06.bB6Ng01-130K06.g
ACCDH931904DH931905
length1,011910
definitionDH931904|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-130K06, 5' end.DH931905|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-130K06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(175,237,416 - 175,238,426)(175,359,467 - 175,360,389)
sequence
gaattcatcctcattacttatggagttttagaaacattttctttcaaagt
acaaaatttgaatgtattttcattaaaatacaaataaaatacaaatataa
aatatttggtcagcagattttcttttgtatgctttaaaaaagggctattt
ttactctaaaatacttaactatttatatttcaactacagaacaaagacca
cctttaataaatgtcaaagagttaagtcaaaattatgttaagctaaaatt
ttatttttactattttaaagcattactaatatcacttcaactatttttaa
agttcaattacttggacaaatgagacggctttacaggtttaagccaccta
ccaccacacccgagaacctgagtatttaatattcagaacctacaaggaag
gacagaactcactactgagagttgtcctcagacctctccaaaatgtctgt
gttattatatatctacacacatacaaagccaaaaacaatgaatgtttaaa
aaacattgtattgggaggctggagcactggttcgacatcaagagcactgt
tgctcttctgaagcacccagattcaacccggggcacttcggtgtaggttc
acaactgtctgtaattccagttccagaggatctgatgtcctcttctggcc
ttgaggaccaggcactaatgtaatacacagatgtgcatgcatgtggttca
tagaagtgtatgcagtcaaaacatacatacatatataaataaattttaaa
ataaacaaaaaagtattaaattacataactagaacattcaatgtatatgt
gtttgtaaagaaataatgtcaccatttggaatgatatgtatactatattg
gctacaaatacttatgtttaacattaatgtgagttgtttatgattgcaaa
gcattctcatctgccatgtgcaacctgtgtgagtcagcaagtctctgtgg
aatctctaattggaatgctaagagaggcaaggaaatggacagttgacact
actgggaaatg
gaattctagaacctgaccttaagaccttcaaagcacagtcacaatcaggt
cctccagaagggggagctaaggaacagagcagggctttcaggacacagat
tgcttaaaggggtaatgttgacaagtacaaaccaaacgagaattaggcat
gagttctacttacaccaacatacttggtagagactattcaagcatgactt
ttgcctactgccaaccagctctctgtttcttcttcatcaggctacataaa
ttcctttgttgccagctggatggggaggcagacctaagtacatctcctgt
catcttttcattacagttctaataacgtatatttaaaaggcgtgtcatga
catcttctacgtgtatcagggagcgagcccttactcactaccagtagtct
aagctgagacttaattgttggatcagcatctgagctgtgattaagtaaca
caggccatgagtcatgtgttaggtagaacagctgtaatataaaacacgaa
ctacagttacagtgagtgatatggaggtaacaggttacaagattcacctg
ccctactttactccaagtccagacccagtagagtttgagagatgccgaca
tacaatggcataagctgcagatatcagtggcatttccagtcactctgtgg
aaggttcaaacaggaagatcagtgaggtcttgatgttctaacccaaggat
tagaggcatagtgggcgagttgctataatgtcctcaactgtaaatccaac
agtagtagaaaacagcaatgaagtagctgaggctagaacacattgagatg
gtatcattaaaactgcaggcagcgagaggagtgagtgatgaaaagtagga
tctgttgctaccaatcagaagggagtctatttgaggggggtggaatgggc
agcaggagtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_175237416_175238426
seq2: B6Ng01-130K06.b_43_1053

seq1  GAATTCATCCTCATTACTTATGGAGTTTTAGAAACATTTTCTTTCAAAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATCCTCATTACTTATGGAGTTTTAGAAACATTTTCTTTCAAAGT  50

seq1  ACAAAATTTGAATGTATTTTCATTAAAATACAAATAAAATACAAATATAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAATTTGAATGTATTTTCATTAAAATACAAATAAAATACAAATATAA  100

seq1  AATATTTGGTCAGCAGATTTTCTTTTGTATGCTTTAAAAAAGGGCTATTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATTTGGTCAGCAGATTTTCTTTTGTATGCTTTAAAAAAGGGCTATTT  150

seq1  TTACTCTAAAATACTTAACTATTTATATTTCAACTACAGAACAAAGACCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTCTAAAATACTTAACTATTTATATTTCAACTACAGAACAAAGACCA  200

seq1  CCTTTAATAAATGTCAAAGAGTTAAGTCAAAATTATGTTAAGCTAAAATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTAATAAATGTCAAAGAGTTAAGTCAAAATTATGTTAAGCTAAAATT  250

seq1  TTATTTTTACTATTTTAAAGCATTACTAATATCACTTCAACTATTTTTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTTTACTATTTTAAAGCATTACTAATATCACTTCAACTATTTTTAA  300

seq1  AGTTCAATTACTTGGACAAATGAGACGGCTTTACAGGTTTAAGCCACCTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCAATTACTTGGACAAATGAGACGGCTTTACAGGTTTAAGCCACCTA  350

seq1  CCACCACACCCGAGAACCTGAGTATTTAATATTCAGAACCTACAAGGAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCACACCCGAGAACCTGAGTATTTAATATTCAGAACCTACAAGGAAG  400

seq1  GACAGAACTCACTACTGAGAGTTGTCCTCAGACCTCTCCAAAATGTCTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGAACTCACTACTGAGAGTTGTCCTCAGACCTCTCCAAAATGTCTGT  450

seq1  GTTATTATATATCTACACACATACAAAGCCAAAAACAATGAATGTTTAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATTATATATCTACACACATACAAAGCCAAAAACAATGAATGTTTAAA  500

seq1  AAACATTGTATTGGGAGGCTGGAGCACTGGTTCGACATCAAGAGCACTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATTGTATTGGGAGGCTGGAGCACTGGTTCGACATCAAGAGCACTGT  550

seq1  TGCTCTTCTGAAGCACCCAGATTCAACCCGGGGCACTTCGGTGTAGGTTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTTCTGAAGCACCCAGATTCAACCCGGGGCACTTCGGTGTAGGTTC  600

seq1  ACAACTGTCTGTAATTCCAGTTCCAGAGGATCTGATGTCCTCTTCTGGCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACTGTCTGTAATTCCAGTTCCAGAGGATCTGATGTCCTCTTCTGGCC  650

seq1  TTGAGGACCAGGCACTAATGTAATACACAGATGTGCATGCATGTGGTTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGGACCAGGCACTAATGTAATACACAGATGTGCATGCATGTGGTTCA  700

seq1  TAGAAGTGTATGCAGTCAAAACATACATACATATATAAATAAATTTTAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAGTGTATGCAGTCAAAACATACATACATATATAAATAAATTTTAAA  750

seq1  ATAAACAAAAAAGTATTAAATTACATAACTAGAACATTCAATGTATATGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAACAAAAAAGTATTAAATTACATAACTAGAACATTCAATGTATATGT  800

seq1  GTTTGTAAAGAAATAATGTCACCATTTGGAATGATATGTATACTATATTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGTAAAGAAATAATGTCACCATTTGGAATGATATGTATACTATATTG  850

seq1  GCTACAAATACTTATGTTTAACATTAATGTGAGTTGTTTATGATTGCAAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACAAATACTTATGTTTAACATTAATGTGAGTTGTTTATGATTGCAAA  900

seq1  GCATTCTCATCTGCCATGTGCAACCTGTGTGAGTCAGCAAGTCTCTGTGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTCTCATCTGCCATGTGCAACCTGTGTGAGTCAGCAAGTCTCTGTGG  950

seq1  AATCTCTAATTGGAATGCTAAGAGAGGCAAGGAAATGGACAGTTGACACT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTCTAATTGGAATGCTAAGAGAGGCAAGGAAATGGACAGTTGACACT  1000

seq1  ACTGGGAAATG  1011
      |||||||||||
seq2  ACTGGGAAATG  1011

seq1: chr1_175359467_175360389
seq2: B6Ng01-130K06.g_67_976 (reverse)

seq1  CACTCCCTTGCTGCCCCATTTCACCCCCCTCAAATAGACTCCCTTCTGAT  50
      ||||||  ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CACTCC--TGCTG-CCCATTCCACCCCCCTCAAATAGACTCCCTTCTGA-  46

seq1  TTGCTAGCATACAGATCCCTTACTTCTCATCACTCACTCCCTTCTCGCTG  100
      ||| ||||| ||||||||  ||||| ||||||||||||||  ||||||||
seq2  TTGGTAGCA-ACAGATCC--TACTTTTCATCACTCACTCC--TCTCGCTG  91

seq1  CCCTGCAGTTTTTAATGATACCATCTCAATGTGTTCTAGCCTCAGCTACC  150
       ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  -CCTGCAG-TTTTAATGATACCATCTCAATGTGTTCTAGCCTCAGCTA-C  138

seq1  TTCATTGCTG-TTTCTACTACTGTTGGATTTACAGTTGAGGACATTATTA  199
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TTCATTGCTGTTTTCTACTACTGTTGGATTTACAGTTGAGGACATTA-TA  187

seq1  GCAACTCGCCCACTATGCCTCTTATCCTTGGGTTAGAACATCAAGACCTC  249
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACTCGCCCACTATGCCTCTAATCCTTGGGTTAGAACATCAAGACCTC  237

seq1  ACTGATCTTCCTGTTTGAAACCTTCCACAGAGTGACTGGAAATGCCACTG  299
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGATCTTCCTGTTTG-AACCTTCCACAGAGTGACTGGAAATGCCACTG  286

seq1  ATATCTGCAGCTTATGCCATTGTATGTCGGCATCTCTCAAACTCTACTGG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCTGCAGCTTATGCCATTGTATGTCGGCATCTCTCAAACTCTACTGG  336

seq1  GTCTGGACTTGGAGTAAAGTAGGGCAGGTGAATCTTGTAACCTGTTACCT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGGACTTGGAGTAAAGTAGGGCAGGTGAATCTTGTAACCTGTTACCT  386

seq1  CCATATCACTCACTGTAACTGTAGTTCGTGTTTTATATTACAGCTGTTCT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATATCACTCACTGTAACTGTAGTTCGTGTTTTATATTACAGCTGTTCT  436

seq1  ACCTAACACATGACTCATGGCCTGTGTTACTTAATCACAGCTCAGATGCT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTAACACATGACTCATGGCCTGTGTTACTTAATCACAGCTCAGATGCT  486

seq1  GATCCAACAATTAAGTCTCAGCTTAGACTACTGGTAGTGAGTAAGGGCTC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCAACAATTAAGTCTCAGCTTAGACTACTGGTAGTGAGTAAGGGCTC  536

seq1  GCTCCCTGATACACGTAGAAGATGTCATGACACGCCTTTTAAATATACGT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCCTGATACACGTAGAAGATGTCATGACACGCCTTTTAAATATACGT  586

seq1  TATTAGAACTGTAATGAAAAGATGACAGGAGATGTACTTAGGTCTGCCTC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAGAACTGTAATGAAAAGATGACAGGAGATGTACTTAGGTCTGCCTC  636

seq1  CCCATCCAGCTGGCAACAAAGGAATTTATGTAGCCTGATGAAGAAGAAAC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATCCAGCTGGCAACAAAGGAATTTATGTAGCCTGATGAAGAAGAAAC  686

seq1  AGAGAGCTGGTTGGCAGTAGGCAAAAGTCATGCTTGAATAGTCTCTACCA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGCTGGTTGGCAGTAGGCAAAAGTCATGCTTGAATAGTCTCTACCA  736

seq1  AGTATGTTGGTGTAAGTAGAACTCATGCCTAATTCTCGTTTGGTTTGTAC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATGTTGGTGTAAGTAGAACTCATGCCTAATTCTCGTTTGGTTTGTAC  786

seq1  TTGTCAACATTACCCCTTTAAGCAATCTGTGTCCTGAAAGCCCTGCTCTG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCAACATTACCCCTTTAAGCAATCTGTGTCCTGAAAGCCCTGCTCTG  836

seq1  TTCCTTAGCTCCCCCTTCTGGAGGACCTGATTGTGACTGTGCTTTGAAGG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTAGCTCCCCCTTCTGGAGGACCTGATTGTGACTGTGCTTTGAAGG  886

seq1  TCTTAAGGTCAGGTTCTAGAATTC  923
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAAGGTCAGGTTCTAGAATTC  910